The effect of solvation on biomolecular conformation: 2-Amino-1- phenylethanol

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 33, 2007, Pages 9940-9954

  Baker, Christopher M ^a,b   Grant, Guy H ^b  

^a UNIVERSITY OF OXFORD   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALCOHOLS; COMPUTER SIMULATION; DRUG PRODUCTS; MOLECULAR DYNAMICS; SOLVATION;

GAS-PHASE MOLECULES; HYDRATED CLUSTERS; MOLECULAR MECHANICS SIMULATIONS;

MOLECULAR STRUCTURE;

EID: 84962423530     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp071059w     Document Type: Article

References (67)

1. Robertson, E. G.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 5, 1.
2. Simons, J. P. C. R. Chim. 2003, 6, 17.
3. Butz, P.; Kroemer, R. T.; Macleod, N. A.; Simons, J. P. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 544.
4. Graham, R. J.; Kroemer, R. T.; Mons, M.; Robertson, E. G.; Snoek, L. C.; Simons, J. P. J. Phys. Chem. A 1999, 105, 9706.
5. Miller, T. F., III; Clary, D. C. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 2484.
6. Miller, T. F., III; Clary, D. C. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 731.
7. Macleod, N. A.; Robertson, E. G.; Simons, J. P. Mol. Phys. 2003, 101, 2199.
8. Hawkins, C. J.; Lawrence, G. A.; Palmer, J. A. Aust. J. Chem. 1978, 31, 2399.
9. Hawkins, C. J.; Palmer, J. A. Aust. J. Chem. 1978, 31, 1689.
10. Miller, T. F., III; Clary, D. C. J. Chem. Phys. 2002, 116, 8262.
11. Butz, P.; Kroemer, R. T.; Macleod, N. A.; Robertson, E. G.; Simons, J. P. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 1050.
12. Snoek, L. C.; van Mourik, T.; Simons, J. P. Mol. Phys. 2003, 101, 1239.
13. van Mourik, T. Chem. Phys. Lett. 2005, 414, 364.
14. van Mourik, T.; Früchtl, H. A. Mol. Phys. 2005, 103, 1641.
15. Snoek, L. C.; van Mourik, T.; Çarçabal, P.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2003, 5, 4519.
16. Alagona, G.; Ghio, C. Int. J. Quant. Chem. 2002, 90, 641.
17. Miertuš, S.; Scrocco, E.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1981, 55, 117.
18. Çaraçabal, P.; Snoek, L. C.; van Mourik, T. Mol. Phys. 2005, 103, 1633.
19. van Mourik, T. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2827.
20. Sun, S.; Bernstein, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 5086.
21. Dickinson, J. A.; Hockridge, M. R.; Kroemer, R. T.; Robertson, E. G.; Simons, J. P.; McCombie, J.; Walker, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 2622.
22. Hockridge, M. R.; Robertson, E. G. J. Phys. Chem. A. 1999, 103, 3618.
23. Scheiner, S.; Kar, T.; Pattanayak, J. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 13257.
24. Engdahl, A.; Nelander, B. J. Chem. Phys. 1987, 86, 4831.
25. Urban, J. J.; Cramer, C. J.; Famini, G. R. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 8226.
26. Alagona, G.; Ghio, C. Chem. Phys. 1996, 204, 239.
27. Nagy, P. I.; Takács-Novák, K. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2838.
28. Nagy, P. I.; Alagona, G.; Ghio, C. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 4804.
29. Butz, P.; Kroemer, R. T.; Macleod, N. A.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 3566.
30. Tsai, H.; Roberts, J. D. Mag. Res. Chem. 1992, 30, 828.
31. Aleman, C.; Puiggalí, J. J. Org. Chem. 1997, 62, 3076.
32. Price, D. J.; Roberts, J. D.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9672.
33. Nagy, P. I.; Alagona, G.; Ghio, C.; Takács-Novák, K. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 2770.
34. Ison, R. R.; Partington, P.; Roberts, G. C. K. Mol. Pharm. 1973, 9, 756.
35. Macleod, N. A.; Butz, P.; Simons, J. P.; Grant, G. H.; Baker, C. M.; Tranter, G. E. Isr. J. Chem. 2004, 44, 27.
36. Macleod, N. A.; Butz, P.; Simons, J. P.; Grant, G. H.; Baker, C. M.; Tranter, G. E. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 1432.
37. Baker, C. M.; Grant, G. H. Chem. Commun. 2006, 13, 1387.
38. Leach, A. R. Molecular Modelling Principles and Applications; Longman: Harlow, 1996.
39. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
40. Brunger, A.; Brooks, C. L., III; Karplus, M. Chem. Phys. Lett. 1984, 105, 495.
41. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
42. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuzcera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiórkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
43. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
44. Jorgensen, W. L. BOSS 4.2; Yale University: New Haven, CT, 2001.
45. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225.
46. Jorgensen, W. L.; Ravimohan, C. J. Chem. Phys. 1983, 83, 3050.
47. Murdock, S. E.; Tai, K.; Ng, M. H.; Johnston, S.; Wu, B.; Fangohr, H.; Laughton, C. A.; Essex, J. W.; Sansom, M. S. P. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1477.
48. Mulliken, R. S. J. Chem. Phys. 1955, 23, 1833.
49. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr,; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, D. A.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Baboul, A. G.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; AlLaham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, Revision A.7; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, 1998.
50. Allinger, N. L.; Yuh, Y. H.; Lii, J.-H. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8551.
51. Tsuzuki, S.; Honda, K.; Uchimaru, T.; Mikami, M.; Tanabe, K. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3746.
52. Biot, C.; Buisine, E.; Rooman, M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13988.
53. Halgren, T. A.; Damm, W. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 236.
54. MacKerell, A. D., Jr. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1584.
55. Ma, J. C.; Dougherty, D. A. Chem. Rev. 1997, 97, 1303.
56. Aschi, M.; Mazza, F.; Di Nola, A. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2002, 987, 177.
57. Harder, E.; Anisimov, V. M.; Vorobyov, I. V.; Lopes, P. E. M.; Noskov, S. Y.; MacKerell, A. D. Jr.; Roux, B. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1587.
58. Zwier, T. S. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 8827.
59. Danilov, V. I.; van Mourik, T.; Poltev, V. I. Chem. Phys. Lett. 2006, 429, 255.
60. Tsuzuki, S.; Honda, K.; Uchimaru, T.; Mikami, M.; Tanabe, K. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 11450.
61. Feyereisen, M. W.; Feller, D.; Dixon, D. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2993.
62. Mobley, D. L.; Dumnot, É.; Chodera, J. D.; Dill, K. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 2242.
63. Jorgensen, W. L. Biochemical and Organic Simulation System User's Manual; Yale University: New Haven, CT, 2004.
64. Patra, M.; Karttunen, M. J. Comput. Chem. 2004, 25, 678.
65. Mu, Y.; Kosov, D. S.; Stock, G. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 5064.
66. Raschke, T. M.; Levitt, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 13492.
67. Makriyannis, A.; Knittel, J. Tetrahedron Lett. 1981, 22, 4631.