Study of the optical and magnetic properties of pyrimidine in water combining PCM and QM/MM methodologies

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 12, Issue 42, 2010, Pages 14023-14033

  Manzoni, Vinícius ^a   Lyra, Marcelo L ^a   Gester, Rodrigo M ^b,c   Coutinho, Kaline ^b   Canuto, Sylvio ^b  

^a FEDERAL UNIVERSITY OF ALAGOAS   (Brazil)

^b UNIVERSITY OF SÃO PAULO   (Brazil)

^c FEDERAL UNIVERSITY OF PARÁ   (Brazil)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84961981184     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0cp00122h     Document Type: Article

References (88)

1. C. E. Dykstra, G. Frenking, K. S. Kim and G. E. Scuseria, Theory and Applications of Computational Chemistry. The First Forty Years, Elsevier, 2005
2. C. Reichardt, Solvent Effects in Organic Chemistry, Verlag Chemie, New York, 1979
3. O. Tapia O. Goscinski Mol. Phys. 1975 29 1653
4. J. L. Rivail D. Rinaldi Chem. Phys. 1976 18 233
5. S. Miertus E. Scrocco J. Tomasi Chem. Phys. 1981 55 117
6. K. V. Mikkelsen H. Ågren H. J. A. Jensen Chem. Phys. 1988 89 3086
7. E. Cances B. Mennucci J. Tomasi J. Chem. Phys. 1997 107 3032
8. A. Klamt G. Schüürman J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1993 1993 799
9. C. J. Cramer D. G. Truhlar J. Am. Chem. Soc. 1991 113 8305
10. M. M. Karelson M. C. Zerner J. Phys. Chem. 1992 96 6949
11. J. Tomasi M. Persico Chem. Rev. 1994 94 2027
12. O. Christiansen K. V. Mikkelsen J. Chem. Phys. 1999 110 1365
13. S. A. Monte T. Muller M. Dallos H. Lischka M. Diedenhofen A. Klamt Theor. Chem. Acc. 2004 111 78
14. A. Warshel M. Levitt J. Mol. Biol. 1976 103 227
15. C. J. Cramer D. G. Truhlar Chem. Rev. 1999 99 2161
16. M. J. Field P. A. Bash M. Karplus J. Comput. Chem. 1990 11 700
17. J. Gao X. Xia Science 1992 258 631
18. D. Bakowies W. Thiel J. Phys. Chem. 1996 100 10580
19. B. T. Thole P. Th. Van Duijnen Theor. Chim. Acta 1980 55 307
20. J. T. Blair K. Krogh-Jespersen R. M. Levy J. Am. Chem. Soc. 1989 111 6948
21. Continuum Solvation Models in Chemical Physics, ed., B. Mennucci, and, R. Cammi,, Wiley, 2007
22. Solvation Effects on Molecules and Biomolecules. Computational Methods and Applications, ed., S. Canuto,, Springer, 2008
23. J. Tomasi Theor. Chem. Acc. 2004 112 184
24. J. G. Kirkwood J. Chem. Phys. 1934 2 351
25. L. Onsager J. Am. Chem. Soc. 1936 58 1486
26. See the special issue of the Adv. Quantum Chem. Combining Quantum Mechanics and Molecular Mechanics. Some Recent Progresses in QM/MM Methods, 2010, vol. 59
27. K. Coutinho, R. Rivelino, H. C. Georg and S. Canuto, ch. 7 in ref. 22, pp. 159-189
28. Ü. F. Röhrig I. Frank J. Hutter A. Laio J. VandeVondele U. Rothlisberger ChemPhysChem 2003 4 1177
29. N. Galamba R. A. Mata B. J. C. Cabral J. Phys. Chem. A 2009 113 14684
30. N. Galamba B. J. C. Cabral J. Phys. Chem. B 2009 113 16151
31. N. A. Murugan Z. Rinkevicius H. Ågren J. Phys. Chem. A 2009 113 4833
32. K. Coutinho S. Canuto Adv. Quantum Chem. 1997 28 89
33. K. Coutinho S. Canuto J. Chem. Phys. 2000 113 9132
34. K. Coutinho S. Canuto THEOCHEM 2003 632 235
35. E. E. Dahlke D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput. 2007 3 46
36. N. A. McDonald H. A. Carlson W. L. Jorgensen J. Phys. Org. Chem. 1997 10 563
37. W. Xie J. Gao J. Chem. Theory Comput. 2007 3 1890
38. A. Öhrn G. Karlström J. Chem. Theory Comput. 2007 3 1993
39. S. Nakagawa P. Mark H. Ågren J. Chem. Theory Comput. 2007 3 1947
40. J. Kongsted A. Osted K. V. Mikkelsen O. Christiansen Mol. Phys. 2002 100 1813
41. H. C. Georg K. Coutinho S. Canuto Chem. Phys. Lett. 2006 429 119
42. R. C. Barreto K. Coutinho H. C. Georg S. Canuto Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 1388
43. E. Cancés B. Mennucci J. Tomasi J. Chem. Phys. 1997 107 3031
44. M. Cossi V. Barone B. Mennucci J. Tomasi Chem. Phys. Lett. 1998 286 253
45. T. Malaspina K. Coutinho S. Canuto J. Chem. Phys. 2002 117 1692
46. K. Coutinho and S. Canuto, DICE: A Monte Carlo program for molecular liquid simulation, v. 2.8, University of São Paulo, São Paulo, 2003
47. N. Metropolis A. W. Rosenbluth M. N. Rosenbluth A. H. Teller E. Teller J. Chem. Phys. 1953 21 1087
48. M. P. Allen and D. J. Tildesley, Computer Simulation of Liquids, Oxford University Press, Oxford, 1987
49. H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. van Gusteren and J. Hermans, in Intermolecular Forces, ed., B. Pullman,, Reidel, Dordrecht, 1981, p. 331
50. W. L. Jorgensen N. A. McDonald THEOCHEM 1998 424 145
51. W. L. Jorgensen J. M. Briggs M. L. Contreras J. Phys. Chem. 1990 94 1683
52. E. Runge E. K. U. Gross Phys. Rev. Lett. 1984 52 997
53. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648
54. C. Lee W. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B: Condens. Matter 1988 37 785
55. F. Jensen J. Chem. Theory Comput. 2008 4 719
56. K. Coutinho H. C. Georg T. L. Fonseca V. Ludwig S. Canuto Chem. Phys. Lett. 2007 437 148
57. M. L. Sánchez M. A. Aguilar F. J. Olivares del Valle J. Comput. Chem. 1997 18 313
58. M. L. Sánchez M. E. Martin M. A. Aguilar F. J. Olivares del Valle J. Comput. Chem. 2000 21 705
59. M. L. Sánchez M. E. Martin I. Fdez. Galván F. J. Olivares del Valle M. A. Aguilar J. Phys. Chem. B 2002 106 4813
60. J. Gauss J. Chem. Phys. 1993 99 3629
61. K. Wolinski J. F. Hinton P. Pulay J. Am. Chem. Soc. 1990 112 8251
62. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, GAUSSIAN 03 (Revision D.01), Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004
63. C. M. Breneman K. B. Wiberg J. Comput. Chem. 1990 11 361
64. D. R. Lide, Handbook of Chemistry and Physics, CRC-Press, Boca Raton, 73rd edn, 1992-1993, 1992
65. J. Gao K. Byun Theor. Chem. Acc. 1997 96 151
66. T. Ohba S. Ikawa Mol. Phys. 1991 73 985
67. J. Kongsted B. Mennucci J. Phys. Chem. A 2007 111 9890
68. J. Zeng J. S. Craw N. S. Hush J. R. Reimers J. Chem. Phys. 1993 99 1482
69. J. Zeng N. S. Hush J. R. Reimers J. Chem. Phys. 1993 99 1496
70. J. Zeng N. S. Hush J. R. Reimers J. Chem. Phys. 1993 99 1508
71. S. Sharif I. G. Shenderovich L. González G. S. Denisov D. N. Silverman H.-H. Limbach J. Phys. Chem. A 2007 111 6084
72. F. H. Stillinger A. Rahman J. Chem. Phys. 1972 57 1281
73. M. Mezei D. L. Beveridge J. Chem. Phys. 1981 74 622
74. D. C. Rapaport Mol. Phys. 1983 50 1151
75. S. Canuto K. Coutinho Int. J. Quantum Chem. 2000 77 192
76. H. Baba L. Goodman P. C. Valenti J. Am. Chem. Soc. 1966 88 5410
77. B. J. Cohen H. Baba L. Goodman J. Chem. Phys. 1965 43 2902
78. A. Bolovinos P. Tsekeris J. Philis E. Pantos G. Andritsopoulus J. Mol. Spectrosc. 1984 103 240
79. B. Mennucci J. Am. Chem. Soc. 2002 124 1506
80. K. J. de Almeida K. Coutinho W. B. de Almeida W. R. Rocha S. Canuto Phys. Chem. Chem. Phys. 2001 3 1583
81. L. Serrano-Andrés M. P. Fülscher G. Karlström Int. J. Quantum Chem. 1997 65 167
82. K. Coutinho, T. L. Fonseca and S. Canuto, in Approximate Molecular Orbital Methods, ed., E. A. Boudreaux,, Transworld, 2010, pp. 63-84
83. M. Witanowski W. Sicinska S. Biernat G. A. Webb J. Magn. Reson. 1991 91 289
84. C. Reichardt Chem. Rev. 1994 94 2319
85. J. Kongsted K. Ruud Chem. Phys. Lett. 2007 451 226
86. T. W. Keal T. Helgaker P. Salek D. J. Tozer Chem. Phys. Lett. 2006 425 163
87. R. M. Gester H. C. Georg S. Canuto M. C. Caputo P. F. Provasi J. Phys. Chem. A 2009 113 14936
88. A. Møgelhøj K. Aidas K. V. Mikkelsen S. P. A. Sauer J. Kongsted J. Chem. Phys. 2009 130 134508