Free energies of solvation in chloroform and water from a linear response approach

Journal of Physical Organic Chemistry

Volumn 10, Issue 7, 1997, Pages 563-576

  McDonald, Nora A ^a   Carlson, Heather A ^a   Jorgensen, William L ^a  

^a YALE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

Chloroform; Free energies of solvation; Linear response; Water

Indexed keywords

EID: 0001127721     PISSN: 08943230     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1099-1395(199707)10:7<563::AID-POC912>3.0.CO;2-0     Document Type: Article

References (44)

1. W. L. Jorgensen and C. Ravimohan, J. Chem. Phys. 83, 3050 (1985).
2. For a review, see P. A. Kollman, Chem. Rev. 93, 2395 (1993).
3. T. P. Lybrand, J. A. McCammon and G. Wipff, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83, 833 (1986).
4. For a review, see W. L. Jorgensen and J. Tirado-Rives, Perspect. Drug Discovery Des. 3, 123 (1995).
5. H. A. Carlson, T. B. Nguyen M. Orozco and W. L. Jorgensen, J. Comput. Chem. 14, 1240 (1993).
6. (a) G. Kaminski, E. M. Duffy, T. Matsui and W. L. Jorgensen, J. Phys. Chem. 98, 13077 (1994);
7. (b) W. D. Cornell, P. Cieplak, C. I. Bayly, I. R. Gould, K. M. Merz, Jr, D. M. Ferguson, D. C. Spellmeyer, T. Fox, J. W. Caldwell and P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc. 117, 5179 (1995).
8. Y. K. Kang, G. Némethy and H. A. Scheraga, J. Phys. Chem. 91, 4109 (1987).
9. A. A. Rashin and K. Namboodiri, J. Phys. Chem. 91, 6003 (1987).
10. W. C. Still, A. Tempczyk, R. C. Hawley and T. Hendrickson, J. Am. Chem. Soc. 112, 6127 (1990).
11. A. Warshel and Z.-T. Chu, ACS Symp. Ser. 568, 71 (1994).
12. D. Eisenberg and A. D. McLachlan, Nature (London) 319, 199 (1986).
13. (a) J. Åqvist, C. Medina and J.-E. Sammuelsson, Protein Eng. 7, 385 (1994);
14. (b) J. Åqvist and S. M. Mowbray, J. Biol. Chem. 270, 9978 (1995);
15. (c) T. Hansson and J. Åqvist, Protein Eng. 8, 1137 (1995).
16. M. D. Paulsen and R. L. Ornstein, Protein Eng. 9, 567 (1996).
17. H. A. Carlson and W. L. Jorgensen, J. Phys. Chem. 99, 10667 (1995).
18. M. J. Frisch, G. W. Trucks, M. Head-Gordon, P. M. W. Gill, M. W. Wong, J. B. Foresman, B. G. Johnson, H. B. Schlegel, M. A. Robb, E. S. Replogle, R. Gomperts, J. L. Andres, K. Raghavachari, J. S. Binkley, C. Gonzalez, R. L. Martin, D. J. Fox, D. J. Defrees, J. Baker, J. J. P. Stewart and J. A. Pople, Gaussian 92, Revision A. Gaussian, Pittsburgh, PA (1992).
19. W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, R. W. Impey and M. L. Klein, J. Chem. Phys. 79, 926 (1983).
20. C. Hansch and A. Leo, Substituent Constants for Correlation Analysis in Chemistry and Biology. Wiley, New York (1979).
21. (a) W. L. Jorgensen, Acc. Chem. Res. 22, 184 (1989);
22. (b) W. L. Jorgensen, J. M. Briggs and M. L. Contreras, J. Phys. Chem. 94, 1683 (1990).
23. J. W. Essex, C. A. Reynolds and W. G. Richards, J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1152 (1989).
24. W. J. Dunn, III, P. I. Nagy and E. R. Collantes, J. Am. Chem. Soc. 113, 7898 (1991).
25. C. H. Reynolds, J. Chem. Inf. Comput. Sci. 35, 738 (1995).
26. F. J. Luque, Y. Zhang, C. Alemán, M. Bachs, J. Gao and M. Orozco, J. Phys. Chem. 100, 4269 (1996); M. Orozco, C. Colomines and F. J. Luque, Chem. Phys. 209, 19 (1996).
27. F. J. Luque, Y. Zhang, C. Alemán, M. Bachs, J. Gao and M. Orozco, J. Phys. Chem. 100, 4269 (1996); M. Orozco, C. Colomines and F. J. Luque, Chem. Phys. 209, 19 (1996).
28. D. J. Giesen, C. C. Chambers, C. J. Cramer and D. G. Truhlar, J. Phys. Chem. 101, 2061 (1997).
29. M. D. Harmony, V. W. Laurie, R. L. Kuczkowski, R. H. Schwendeman and D. A. Ramsay, J. Phys. Chem. Ref. Data 8, 619 (1979).
30. R. D. Nelson, D. R. Lide and A. A. Maryott, Natl. Stand. Ref. Data Ser., Natl. Bur. Stand. 10, 1 (1967).
31. (a) W. L. Jorgensen and T. B. Nguyen, J. Comput. Chem. 14, 195 (1993);
32. (b) W. L. Jorgensen, E. R. Laird, T. B. Nguyen and J. Tirado-Rives, J. Comput. Chem. 14, 206 (1993);
33. (c) W. L. Jorgensen, D. S. Maxwell and J. Tirado-Rives, J. Am. Chem. Soc. 118, 11225 (1996).
34. W. L. Jorgensen, BOSS, v. 3.6. Yale University, New Haven, CT (1995).
35. J. M. Skell and R. S. Pearlman, SAVOL2. University of Texas, Austin, TX (1988).
36. (a) A. A. Rashin, Biopolymers 23, 1605 (1984);
37. (b) A. A. Rashin, M. Iofin and B. Honig, Biochemistry 25, 3619 (1986).
38. C. J. Cramer and D. G. Truhlar, J. Comput.-Aided Mol. Des. 6, 629 (1993); A. Leo, Pomona College Medicinal Chemistry Data Base. Pomona College, Claremont, CA (1988).
39. C. J. Cramer and D. G. Truhlar, J. Comput.-Aided Mol. Des. 6, 629 (1993); A. Leo, Pomona College Medicinal Chemistry Data Base. Pomona College, Claremont, CA (1988).
40. W. J. Dunn, III, unpublished data.
41. Y. Ding, D. N. Bernardo, K. Krogh-Jespersen and R. M. Levy, J. Phys. Chem. 99, 11575 (1995); E. C. Meng, J. W. Caldwell and P. A. Kollman, J. Phys. Chem. 100, 2367 (1996); B. Marten, K. Kim, C. Cortis, R. A. Friesner, R. B. Murphy, M. N. Rignalda, D. Sitkoff and B. Honig, J. Phys. Chem. 100, 11775 (1996).
42. Y. Ding, D. N. Bernardo, K. Krogh-Jespersen and R. M. Levy, J. Phys. Chem. 99, 11575 (1995); E. C. Meng, J. W. Caldwell and P. A. Kollman, J. Phys. Chem. 100, 2367 (1996); B. Marten, K. Kim, C. Cortis, R. A. Friesner, R. B. Murphy, M. N. Rignalda, D. Sitkoff and B. Honig, J. Phys. Chem. 100, 11775 (1996).
43. Y. Ding, D. N. Bernardo, K. Krogh-Jespersen and R. M. Levy, J. Phys. Chem. 99, 11575 (1995); E. C. Meng, J. W. Caldwell and P. A. Kollman, J. Phys. Chem. 100, 2367 (1996); B. Marten, K. Kim, C. Cortis, R. A. Friesner, R. B. Murphy, M. N. Rignalda, D. Sitkoff and B. Honig, J. Phys. Chem. 100, 11775 (1996).
44. G. Klopman, J.-Y. Li, S. Wang and M. Dimayuga, J. Chem. Inf. Comput. Sci. 34, 752 (1994).