-
5
-
-
67349123194
-
-
Fedor, M. J. Annu. Rev. Biophys. 2009, 38, 271-299 10.1146/annurev.biophys.050708.133710
-
(2009)
Annu. Rev. Biophys.
, vol.38
, pp. 271-299
-
-
Fedor, M.J.1
-
6
-
-
84899550322
-
-
Ward, W. L.; Plakos, K.; DeRose, V. J. Chem. Rev. 2014, 114, 4318-4342 10.1021/cr400476k
-
(2014)
Chem. Rev.
, vol.114
, pp. 4318-4342
-
-
Ward, W.L.1
Plakos, K.2
DeRose, V.J.3
-
9
-
-
72949116573
-
-
Fastrez, J. ChemBioChem 2009, 10, 2824-2835 10.1002/cbic.200900590
-
(2009)
ChemBioChem
, vol.10
, pp. 2824-2835
-
-
Fastrez, J.1
-
12
-
-
84904735313
-
-
Penchovsky, R. Biotechnol. Adv. 2014, 32, 1015-1027 10.1016/j.biotechadv.2014.05.005
-
(2014)
Biotechnol. Adv.
, vol.32
, pp. 1015-1027
-
-
Penchovsky, R.1
-
14
-
-
34249672905
-
-
Chen, X.; Li, N.; Ellington, A. D. Chem. Biodiversity 2007, 4, 633-655 10.1002/cbdv.200790055
-
(2007)
Chem. Biodiversity
, vol.4
, pp. 633-655
-
-
Chen, X.1
Li, N.2
Ellington, A.D.3
-
15
-
-
84906317571
-
-
Liu, Y.; Wilson, T. J.; McPhee, S. A.; Lilley, D. M. J. Nat. Chem. Biol. 2014, 10, 739-744 10.1038/nchembio.1587
-
(2014)
Nat. Chem. Biol.
, vol.10
, pp. 739-744
-
-
Liu, Y.1
Wilson, T.J.2
McPhee, S.A.3
Lilley, D.M.J.4
-
16
-
-
84922555795
-
-
Ren, A.; Košutić, M.; Rajashankar, K. R.; Frener, M.; Santner, T.; Westhof, E.; Micura, R.; Patel, D. J. Nat. Commun. 2014, 5, 5534-5544 10.1038/ncomms6534
-
(2014)
Nat. Commun.
, vol.5
, pp. 5534-5544
-
-
Ren, A.1
Košutić, M.2
Rajashankar, K.R.3
Frener, M.4
Santner, T.5
Westhof, E.6
Micura, R.7
Patel, D.J.8
-
17
-
-
84906972053
-
-
Eiler, D.; Wang, J.; Steitz, T. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014, 111, 13028-13033 10.1073/pnas.1414571111
-
(2014)
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.
, vol.111
, pp. 13028-13033
-
-
Eiler, D.1
Wang, J.2
Steitz, T.A.3
-
18
-
-
84891008536
-
-
Roth, A.; Weinberg, Z.; Chen, A. G.; Kim, P. B.; Ames, T. D.; Breaker, R. R. Nat. Chem. Biol. 2014, 10, 56-60 10.1038/nchembio.1386
-
(2014)
Nat. Chem. Biol.
, vol.10
, pp. 56-60
-
-
Roth, A.1
Weinberg, Z.2
Chen, A.G.3
Kim, P.B.4
Ames, T.D.5
Breaker, R.R.6
-
20
-
-
84923597091
-
Multiscale Methods for Computational RNA Enzymology
-
In; Chen, S.-J. Burke-Aguero, D. H. Elsevier: New York, Chapter 14.
-
Panteva, M. T.; Dissanayake, T.; Chen, H.; Radak, B. K.; Kuechler, E. R.; Giambaşu, G. M.; Lee, T.-S.; York, D. M.. Multiscale Methods for Computational RNA Enzymology. In Methods in Enzymology; Chen, S.-J.; Burke-Aguero, D. H., Eds.; Elsevier: New York, 2015; Chapter 14.
-
(2015)
Methods in Enzymology
-
-
Panteva, M.T.1
Dissanayake, T.2
Chen, H.3
Radak, B.K.4
Kuechler, E.R.5
Giambaşu, G.M.6
Lee, T.-S.7
York, D.M.8
-
21
-
-
0032831634
-
-
Soukup, G. A.; Breaker, R. R. RNA 1999, 5, 1308-1325 10.1017/S1355838299990891
-
(1999)
RNA
, vol.5
, pp. 1308-1325
-
-
Soukup, G.A.1
Breaker, R.R.2
-
22
-
-
79959963981
-
-
Kapinos, L. E.; Operschall, B. P.; Larsen, E.; Sigel, H. Chem.-Eur. J. 2011, 17, 8156-8164 10.1002/chem.201003544
-
(2011)
Chem. - Eur. J.
, vol.17
, pp. 8156-8164
-
-
Kapinos, L.E.1
Operschall, B.P.2
Larsen, E.3
Sigel, H.4
-
24
-
-
80755123378
-
-
Viladoms, J.; Scott, L. G.; Fedor, M. J. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 18388-18396 10.1021/ja207426j
-
(2011)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.133
, pp. 18388-18396
-
-
Viladoms, J.1
Scott, L.G.2
Fedor, M.J.3
-
25
-
-
84873645505
-
-
Goh, G. B.; Knight, J. L.; Brooks, C. L., III. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 935-943 10.1021/ct300942z
-
(2013)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.9
, pp. 935-943
-
-
Goh, G.B.1
Knight, J.L.2
Iii., L.B.C.3
-
26
-
-
84923184909
-
-
Dissanayake, T.; Swails, J. M.; Harris, M. E.; Roitberg, A. E.; York, D. M. Biochemistry 2015, 54, 1307-1313 10.1021/bi5012833
-
(2015)
Biochemistry
, vol.54
, pp. 1307-1313
-
-
Dissanayake, T.1
Swails, J.M.2
Harris, M.E.3
Roitberg, A.E.4
York, D.M.5
-
28
-
-
0029110156
-
-
York, D. M.; Yang, W.; Lee, H.; Darden, T.; Pedersen, L. G. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5001-5002 10.1021/ja00122a034
-
(1995)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.117
, pp. 5001-5002
-
-
York, D.M.1
Yang, W.2
Lee, H.3
Darden, T.4
Pedersen, L.G.5
-
29
-
-
41949138497
-
-
Martick, M.; Lee, T.-S.; York, D. M.; Scott, W. G. Chem. Biol. 2008, 15, 332-342 10.1016/j.chembiol.2008.03.010
-
(2008)
Chem. Biol.
, vol.15
, pp. 332-342
-
-
Martick, M.1
Lee, T.-S.2
York, D.M.3
Scott, W.G.4
-
30
-
-
84878418590
-
-
Janowski, P. A.; Cerutti, D. S.; Holton, J.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 7938-7948 10.1021/ja401382y
-
(2013)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.135
, pp. 7938-7948
-
-
Janowski, P.A.1
Cerutti, D.S.2
Holton, J.3
Case, D.A.4
-
31
-
-
84901921779
-
-
Heldenbrand, H.; Janowski, P. A.; Giambaşu, G.; Giese, T. J.; Wedekind, J. E.; York, D. M. J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 7789-7792 10.1021/ja500180q
-
(2014)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.136
, pp. 7789-7792
-
-
Heldenbrand, H.1
Janowski, P.A.2
Giambaşu, G.3
Giese, T.J.4
Wedekind, J.E.5
York, D.M.6
-
32
-
-
2942622288
-
-
Horn, H. W.; Swope, W. C.; Pitera, J. W.; Madura, J. D.; Dick, T. J.; Hura, G. L.; Head-Gordon, T. J. Chem. Phys. 2004, 120, 9665-9678 10.1063/1.1683075
-
(2004)
J. Chem. Phys.
, vol.120
, pp. 9665-9678
-
-
Horn, H.W.1
Swope, W.C.2
Pitera, J.W.3
Madura, J.D.4
Dick, T.J.5
Hura, G.L.6
Head-Gordon, T.7
-
33
-
-
84884192184
-
-
Salomon-Ferrer, R.; Götz, A. W.; Poole, D.; Le Grand, S.; Walker, R. C. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 3878-3888 10.1021/ct400314y
-
(2013)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.9
, pp. 3878-3888
-
-
Salomon-Ferrer, R.1
Götz, A.W.2
Poole, D.3
Le Grand, S.4
Walker, R.C.5
-
34
-
-
84904760980
-
-
University of California: San Francisco, CA.
-
Case, D. A.; Babin, V.; Berryman, J. T.; Betz, R. M.; Cai, Q.; Cerutti, D.; Cheatham, T. E., III; Darden, T. A.; Duke, R. E.; Gohlke, H.; Götz, A. W.; Gusarov, S.; Homeyer, N.; Janowski, P.; Kaus, J.; Kolossváry, I.; Kovalenko, A.; Lee, T.; Le Grand, S.; Luchko, T.; Luo, R.; Madej, B.; Merz, K. M.; Paesani, F.; Roe, D. R.; Roitberg, A.; Sagui, C.; Salomon-Ferrer, R.; Seabra, G.; Simmerling, C. L.; Smith, W.; Swails, J.; Walker, R. C.; Wang, J.; Wolf, R. M.; Wu, X.; Kollman, P. A. AMBER 14; University of California: San Francisco, CA, 2014.
-
(2014)
AMBER 14
-
-
Case, D.A.1
Babin, V.2
Berryman, J.T.3
Betz, R.M.4
Cai, Q.5
Cerutti, D.6
Cheatham, T.E.7
Darden, T.A.8
Duke, R.E.9
Gohlke, H.10
Götz, A.W.11
Gusarov, S.12
Homeyer, N.13
Janowski, P.14
Kaus, J.15
Kolossváry, I.16
Kovalenko, A.17
Lee, T.18
Le Grand, S.19
Luchko, T.20
Luo, R.21
Madej, B.22
Merz, K.M.23
Paesani, F.24
Roe, D.R.25
Roitberg, A.26
Sagui, C.27
Salomon-Ferrer, R.28
Seabra, G.29
Simmerling, C.L.30
Smith, W.31
Swails, J.32
Walker, R.C.33
Wang, J.34
Wolf, R.M.35
Wu, X.36
Kollman, P.A.37
more..
-
35
-
-
84938930908
-
-
Maier, J. A.; Martinez, C.; Kasavajhala, K.; Wickstrom, L.; Hauser, K. E.; Simmerling, C. J. Chem. Theory Comput. 2015, 11, 3696-3713 10.1021/acs.jctc.5b00255
-
(2015)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.11
, pp. 3696-3713
-
-
Maier, J.A.1
Martinez, C.2
Kasavajhala, K.3
Wickstrom, L.4
Hauser, K.E.5
Simmerling, C.6
-
37
-
-
63649098099
-
-
Lee, T.-S.; Giambaşu, G. M.; Sosa, C. P.; Martick, M.; Scott, W. G.; York, D. M. J. Mol. Biol. 2009, 388, 195-206 10.1016/j.jmb.2009.02.054
-
(2009)
J. Mol. Biol.
, vol.388
, pp. 195-206
-
-
Lee, T.-S.1
Giambaşu, G.M.2
Sosa, C.P.3
Martick, M.4
Scott, W.G.5
York, D.M.6
-
38
-
-
84872130482
-
-
Lee, T.-S.; Radak, B. K.; Pabis, A.; York, D. M. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 153-164 10.1021/ct300703z
-
(2013)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.9
, pp. 153-164
-
-
Lee, T.-S.1
Radak, B.K.2
Pabis, A.3
York, D.M.4
-
39
-
-
58149151049
-
-
Verdolino, V.; Cammi, R.; Munk, B. H.; Schlegel, H. B. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 16860-16873 10.1021/jp8068877
-
(2008)
J. Phys. Chem. B
, vol.112
, pp. 16860-16873
-
-
Verdolino, V.1
Cammi, R.2
Munk, B.H.3
Schlegel, H.B.4
|