Online Hydrophobic Interaction Chromatography-Mass Spectrometry for Top-Down Proteomics

Analytical Chemistry

Volumn 88, Issue 3, 2016, Pages 1885-1891

  Chen, Bifan ^a   Peng, Ying ^b   Valeja, Santosh G ^b   Xiu, Lichen ^a   Alpert, Andrew J ^b,c   Ge, Ying ^a,b,d  

^a UNIVERSITY OF WISCONSIN MADISON   (United States)

^b UNIVERSITY OF WISCONSIN SCHOOL OF MEDICINE AND PUBLIC HEALTH   (United States)

^c PolyLC Inc   (United States)

^d NONE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HYBRID MATERIALS; HYDROPHOBIC CHROMATOGRAPHY; HYDROPHOBICITY; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR BIOLOGY; PROTEINS; SEPARATION; SPECTROMETRY;

CHARGE STATE DISTRIBUTION; HIGH-RESOLUTION SEPARATIONS; HYDROPHOBIC INTERACTION CHROMATOGRAPHY; PROTEIN STRUCTURES; QUALITATIVE AND QUANTITATIVE ANALYSIS; REVERSE PHASE CHROMATOGRAPHY; STANDARD PROTEINS; TOP DOWN PROTEOMICS;

CHROMATOGRAPHY;

APROTININ; CHYMOTRYPSINOGEN; LACTOGLOBULIN; LYSOZYME; PANCREATIC RIBONUCLEASE; TRYPSINOGEN;

ANIMAL; BOVINE; CHEMICAL PHENOMENA; CHICKEN; CHROMATOGRAPHY; HORSE; INTERNET; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; PROCEDURES; PROTEOMICS;

ANIMALS; APROTININ; CATTLE; CHICKENS; CHROMATOGRAPHY; CHYMOTRYPSINOGEN; HORSES; HYDROPHOBIC AND HYDROPHILIC INTERACTIONS; INTERNET; LACTOGLOBULINS; MASS SPECTROMETRY; MURAMIDASE; PROTEOMICS; RIBONUCLEASE, PANCREATIC; TRYPSINOGEN;

EID: 84957567336     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b04285     Document Type: Article

References (49)

1. Krueger, K. E.; Srivastava, S. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 1799-1810 10.1074/mcp.R600009-MCP200
2. Karve, T. M.; Cheema, A. K. J. Amino Acids 2011, 2011, 207691 10.4061/2011/207691
3. Chamot-Rooke, J.; Mikaty, G.; Malosse, C.; Soyer, M.; Dumont, A.; Gault, J.; Imhaus, A. F.; Martin, P.; Trellet, M.; Clary, G.; Chafey, P.; Camoin, L.; Nilges, M.; Nassif, X.; Dumenil, G. Science 2011, 331, 778-782 10.1126/science.1200729
4. Ansong, C.; Wu, S.; Meng, D.; Liu, X. W.; Brewer, H. M.; Deatherage Kaiser, B. L.; Nakayasu, E. S.; Cort, J. R.; Pevzner, P.; Smith, R. D.; Heffron, F.; Adkins, J. N.; Paša-Tolić, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013, 110, 10153-10158 10.1073/pnas.1221210110
5. Burnaevskiy, N.; Fox, T. G.; Plymire, D. A.; Ertelt, J. M.; Weigele, B. A.; Selyunin, A. S.; Way, S. S.; Patrie, S. M.; Alto, N. M. Nature 2013, 496, 106-109 10.1038/nature12004
6. Zhang, J.; Guy, M. J.; Norman, H. S.; Chen, Y. C.; Xu, Q.; Dong, X.; Guner, H.; Wang, S.; Kohmoto, T.; Young, K. H.; Moss, R. L.; Ge, Y. J. Proteome Res. 2011, 10, 4054-4065 10.1021/pr200258m
7. Dong, X.; Sumandea, C. A.; Chen, Y. C.; Garcia-Cazarin, M. L.; Zhang, J.; Balke, C. W.; Sumandea, M. P.; Ge, Y. J. Biol. Chem. 2012, 287, 848-857 10.1074/jbc.M111.293258
8. Peng, Y.; Gregorich, Z. R.; Valeja, S. G.; Zhang, H.; Cai, W. X.; Chen, Y. C.; Guner, H.; Chen, A. J.; Schwahn, D. J.; Hacker, T. A.; Liu, X. W.; Ge, Y. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 2752-2764 10.1074/mcp.M114.040675
9. Ge, Y.; Rybakova, I. N.; Xu, Q.; Moss, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 12658-12663 10.1073/pnas.0813369106
10. Gregorich, Z. R.; Ge, Y. Proteomics 2014, 14, 1195-1210 10.1002/pmic.201300432
11. Chait, B. T. Science 2006, 314, 65-66 10.1126/science.1133987
12. Smith, L. M.; Kelleher, N. L. et al. Nat. Methods 2013, 10, 186-187 10.1038/nmeth.2369
13. Siuti, N.; Kelleher, N. L. Nat. Methods 2007, 4, 817-821 10.1038/nmeth1097
14. Savaryn, J. P.; Catherman, A. D.; Thomas, P. M.; Abecassis, M. M.; Kelleher, N. L. Genome Med. 2013, 5, 53 10.1186/gm457
15. Garcia, B. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 193-202 10.1016/j.jasms.2009.10.014
16. Kelleher, N. L.; Thomas, P. M.; Ntai, I.; Compton, P. D.; LeDuc, R. D. Expert Rev. Proteomics 2014, 11, 649-651 10.1586/14789450.2014.976559
17. Zhou, H.; Ning, Z.; Starr, A. E.; Abu-Farha, M.; Figeys, D. Anal. Chem. 2012, 84, 720-734 10.1021/ac202882y
18. Armirotti, A.; Damonte, G. Proteomics 2010, 10, 3566-3576 10.1002/pmic.201000245
19. Cui, W.; Rohrs, H. W.; Gross, M. L. Analyst 2011, 136, 3854-3864 10.1039/c1an15286f
20. Doucette, A. A.; Tran, J. C.; Wall, M. J.; Fitzsimmons, S. Expert Rev. Proteomics 2011, 8, 787-800 10.1586/epr.11.67
21. Zhang, Z. R.; Wu, S.; Stenoien, D. L.; Paša-Tolić, L. Annu. Rev. Anal. Chem. 2014, 7, 427-454 10.1146/annurev-anchem-071213-020216
22. Roth, M. J.; Plymire, D. A.; Chang, A. N.; Kim, J.; Maresh, E. M.; Larson, S. E.; Patrie, S. M. Anal. Chem. 2011, 83, 9586-9592 10.1021/ac202339x
23. Tran, J. C.; Zamdborg, L.; Ahlf, D. R.; Lee, J. E.; Catherman, A. D.; Durbin, K. R.; Tipton, J. D.; Vellaichamy, A.; Kellie, J. F.; Li, M.; Wu, C.; Sweet, S. M.; Early, B. P.; Siuti, N.; LeDuc, R. D.; Compton, P. D.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. Nature 2011, 480, 254-258 10.1038/nature10575
24. Tian, Z.; Tolić, N.; Zhao, R.; Moore, R. J.; Hengel, S. M.; Robinson, E. W.; Stenoien, D. L.; Wu, S.; Smith, R. D.; Paša-Tolić, L. Genome Biol. 2012, 13, R86 10.1186/gb-2012-13-10-r86
25. Stobaugh, J. T.; Fague, K. M.; Jorgenson, J. W. J. Proteome Res. 2013, 12, 626-636 10.1021/pr300701x
26. Vellaichamy, A.; Tran, J. C.; Catherman, A. D.; Lee, J. E.; Kellie, J. F.; Sweet, S. M. M.; Zamdborg, L.; Thomas, P. M.; Ahlf, D. R.; Durbin, K. R.; Valaskovic, G. A.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2010, 82, 1234-1244 10.1021/ac9021083
27. Strader, M. B.; VerBerkmoes, N. C.; Tabb, D. L.; Connelly, H. M.; Barton, J. W.; Bruce, B. D.; Pelletier, D. A.; Davison, B. H.; Hettich, R. L.; Larimer, F. W.; Hurst, G. B. J. Proteome Res. 2004, 3, 965-978 10.1021/pr049940z
28. Eschelbach, J. W.; Jorgenson, J. W. Anal. Chem. 2006, 78, 1697-1706 10.1021/ac0518304
29. Young, N. L.; DiMaggio, P. A.; Plazas-Mayorca, M. D.; Baliban, R. C.; Floudas, C. A.; Garcia, B. A. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 2266-2284 10.1074/mcp.M900238-MCP200
30. Carroll, J.; Fearnley, I. M.; Walker, J. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 16170-16175 10.1073/pnas.0607719103
31. Tetaz, T.; Detzner, S.; Friedlein, A.; Molitor, B.; Mary, J. L. J. Chromatogr A 2011, 1218, 5892-5896 10.1016/j.chroma.2010.09.027
32. Muneeruddin, K.; Nazzaro, M.; Kaltashov, I. A. Anal. Chem. 2015, 87, 10138-10145 10.1021/acs.analchem.5b02982
33. Muneeruddin, K.; Thomas, J. J.; Salinas, P. A.; Kaltashov, I. A. Anal. Chem. 2014, 86, 10692-10699 10.1021/ac502590h
34. Chen, X.; Ge, Y. Proteomics 2013, 13, 2563-2566 10.1002/pmic.201200594
35. Valeja, S. G.; Xiu, L.; Gregorich, Z. R.; Guner, H.; Jin, S.; Ge, Y. Anal. Chem. 2015, 87, 5363-5371 10.1021/acs.analchem.5b00657
36. Queiroz, J. A.; Tomaz, C. T.; Cabral, J. M. S. J. Biotechnol. 2001, 87, 143-159 10.1016/S0168-1656(01)00237-1
37. Alpert, A. J. J. Chromatogr. 1986, 359, 85-97 10.1016/0021-9673(86)80064-4
38. Xiu, L.; Valeja, S. G.; Alpert, A. J.; Song, J.; Ying, G. Anal. Chem. 2014, 86, 7899-7906 10.1021/ac501836k
39. Flick, T. G.; Cassou, C. A.; Chang, T. M.; Williams, E. R. Anal. Chem. 2012, 84, 7511-7517 10.1021/ac301629s
40. Gooding, D. L.; Schmuck, M. N.; Nowlan, M. P.; Gooding, K. M. J. Chromatogr. 1986, 359, 331-337 10.1016/0021-9673(86)80087-5
41. Heck, A. J. R. Nat. Methods 2008, 5, 927-933 10.1038/nmeth.1265
42. McNay, J. L.; O'Connell, J. P.; Fernandez, E. J. Biotechnol. Bioeng. 2001, 76, 233-240 10.1002/bit.10016
43. Jungbauer, A.; Machold, C.; Hahn, R. J. Chromatogr. A 2005, 1079, 221-228 10.1016/j.chroma.2005.04.002
44. Loo, J. A.; Benchaar, S. A.; Zhang, J. Mass Spectrom. 2013, 2, S0013 10.5702/massspectrometry.S0013
45. Haverick, M.; Mengisen, S.; Shameem, M.; Ambrogelly, A. MAbs 2014, 6, 852-858 10.4161/mabs.28693
46. Di Donato, A.; Ciardiello, M. A.; de Nigris, M.; Piccoli, R.; Mazzarella, L.; D'Alessio, G. J. Biol. Chem. 1993, 268, 4745-4751
47. Haimer, E.; Tscheliessnig, A.; Hahn, R.; Jungbauer, A. J. Chromatogr. A 2007, 1139, 84-94 10.1016/j.chroma.2006.11.003
48. Lin, F. Y.; Chen, W. Y.; Ruaan, R. C.; Huang, H. M. J. Chromatogr. A 2000, 872, 37-47 10.1016/S0021-9673(99)01231-5
49. Lin, F. Y.; Chen, W. Y.; Hearn, M. T. W. Anal. Chem. 2001, 73, 3875-3883 10.1021/ac0102056