Generation of Multiple Reporter Ions from a Single Isobaric Reagent Increases Multiplexing Capacity for Quantitative Proteomics

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 19, 2015, Pages 9855-9863

  Braun, Craig R ^a   Bird, Gregory H ^b   Wühr, Martin ^a   Erickson, Brian K ^a   Rad, Ramin ^a   Walensky, Loren D ^b   Gygi, Steven P ^a   Haas, Wilhelm ^a  

^a HARVARD MEDICAL SCHOOL   (United States)

^b DANA FARBER CANCER INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DRUG PRODUCTS; IONS; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR BIOLOGY;

COMPLEX MIXTURE; CURRENT LIMITS; HIGH THROUGHPUT SCREENING; LABELING REAGENT; LABELING STRATEGY; MULTIPLEXING CAPACITIES; QUANTITATIVE ACCURACY; QUANTITATIVE PROTEOMICS;

MULTIPLEXING;

DYES, REAGENTS, INDICATORS, MARKERS AND BUFFERS; ION; PEPTIDE;

CHEMISTRY; HIGH THROUGHPUT SCREENING; MASS SPECTROMETRY; PROCEDURES; PROTEOMICS;

HIGH-THROUGHPUT SCREENING ASSAYS; INDICATORS AND REAGENTS; IONS; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDES; PROTEOMICS;

EID: 84943153270     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b02307     Document Type: Article

References (32)

1. Richards, A. L.; Merrill, A. E.; Coon, J. J. Curr. Opin. Chem. Biol. 2015, 24, 11-17 10.1016/j.cbpa.2014.10.017
2. Huttlin, E. L.; Jedrychowski, M. P.; Elias, J. E.; Goswami, T.; Rad, R.; Beausoleil, S. A.; Villén, J.; Haas, W.; Sowa, M. E.; Gygi, S. P. Cell 2010, 143 (7) 1174-1189 10.1016/j.cell.2010.12.001
3. Hebert, A. S.; Richards, A. L.; Bailey, D. J.; Ulbrich, A.; Coughlin, E. E.; Westphall, M. S.; Coon, J. J. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13 (1) 339-347 10.1074/mcp.M113.034769
4. Ong, S.-E.; Mann, M. Nat. Protoc. 2007, 1 (6) 2650-2660 10.1038/nprot.2006.427
5. Thompson, A.; Schäfer, J.; Kuhn, K.; Kienle, S.; Schwarz, J.; Schmidt, G.; Neumann, T.; Hamon, C. Anal. Chem. 2003, 75 (8) 1895-1904 10.1021/ac0262560
6. Boersema, P. J.; Raijmakers, R.; Lemeer, S.; Mohammed, S.; Heck, A. J. R. Nat. Protoc. 2009, 4 (4) 484-494 10.1038/nprot.2009.21
7. Savitski, M. M.; Reinhard, F. B. M.; Franken, H.; Werner, T.; Savitski, M. F.; Eberhard, D.; Molina, D. M.; Jafari, R.; Dovega, R. B.; Klaeger, S.; Kuster, B.; Nordlund, P.; Bantscheff, M.; Drewes, G. Science (Washington, DC, U. S.) 2014, 346 (6205) 1255784-1255784 10.1126/science.1255784
8. Keshishian, H.; Burgess, M. W.; Gillette, M. A.; Mertins, P.; Clauser, K. R.; Mani, D. R.; Kuhn, E. W.; Farrell, L. A.; Gerszten, R. E.; Carr, S. A. Mol. Cell. Proteomics 2015, M114, 046813 10.1074/mcp.M114.046813
9. Murphy, J. P.; Stepanova, E.; Everley, R. A.; Paulo, J. A.; Gygi, S. P. Mol. Cell. Proteomics 2015, M114, 045849 10.1074/mcp.M114.045849
10. Paulo, J. A.; Gygi, S. P. Proteomics 2015, 15 (2-3) 474-486 10.1002/pmic.201400155
11. McAlister, G. C.; Nusinow, D. P.; Jedrychowski, M. P.; Wühr, M.; Huttlin, E. L.; Erickson, B. K.; Rad, R.; Haas, W.; Gygi, S. P. Anal. Chem. 2014, 86 (14) 7150-7158 10.1021/ac502040v
12. Sohn, C. H.; Lee, J. E.; Sweredoski, M. J.; Graham, R. L. J.; Smith, G. T.; Hess, S.; Czerwieniec, G.; Loo, J. A.; Deshaies, R. J.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134 (5) 2672-2680 10.1021/ja2099003
13. Zimnicka, M.; Moss, C. L.; Chung, T. W.; Hui, R.; Tureček, F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 23 (4) 608-620 10.1007/s13361-011-0184-y
14. Chen, Z.; Wang, Q.; Lin, L.; Tang, Q.; Edwards, J. L.; Li, S.; Liu, S. Anal. Chem. 2012, 84 (6) 2908-2915 10.1021/ac203467q
15. Zhang, J.; Wang, Y.; Li, S. Anal. Chem. 2010, 82 (18) 7588-7595 10.1021/ac101306x
16. Frost, D. C.; Greer, T.; Li, L. Anal. Chem. 2015, 87, 1646 10.1021/ac503276z
17. Xiang, F.; Ye, H.; Chen, R.; Fu, Q.; Li, L. Anal. Chem. 2010, 82 (7) 2817-2825 10.1021/ac902778d
18. Dephoure, N.; Gygi, S. P. Sci. Signaling 2012, 5 (217) rs2 10.1126/scisignal.2002548
19. Everley, R. A.; Kunz, R. C.; McAllister, F. E.; Gygi, S. P. Anal. Chem. 2013, 85 (11) 5340-5346 10.1021/ac400845e
20. Choe, L.; DAscenzo, M.; Relkin, N. R.; Pappin, D.; Ross, P.; Williamson, B.; Guertin, S.; Pribil, P.; Lee, K. H. Proteomics 2007, 7 (20) 3651-3660 10.1002/pmic.200700316
21. Pichler, P.; Köcher, T.; Holzmann, J.; Mazanek, M.; Taus, T.; Ammerer, G.; Mechtler, K. Anal. Chem. 2010, 82 (15) 6549-6558 10.1021/ac100890k
22. Werner, T.; Becher, I.; Sweetman, G.; Doce, C.; Savitski, M. M.; Bantscheff, M. Anal. Chem. 2012, 84 (16) 7188-7194 10.1021/ac301553x
23. McAlister, G. C.; Huttlin, E. L.; Haas, W.; Ting, L.; Jedrychowski, M. P.; Rogers, J. C.; Kuhn, K.; Pike, I.; Grothe, R. A.; Blethrow, J. D.; Gygi, S. P. Anal. Chem. 2012, 84 (17) 7469-7478 10.1021/ac301572t
24. Cruz, L. J.; Beteta, N. G.; Ewenson, A.; Albericio, F. Org. Process Res. Dev. 2004, 8 (6) 920-924 10.1021/op049917z
25. Ting, L.; Rad, R.; Gygi, S. P.; Haas, W. Nat. Methods 2011, 8 (11) 937-940 10.1038/nmeth.1714
26. Elias, J. E.; Gygi, S. P. Nat. Methods 2007, 4 (3) 207-214 10.1038/nmeth1019
27. Pease, B. N.; Huttlin, E. L.; Jedrychowski, M. P.; Talevich, E.; Harmon, J.; Dillman, T.; Kannan, N.; Doerig, C.; Chakrabarti, R.; Gygi, S. P.; Chakrabarti, D. J. Proteome Res. 2013, 12 (9) 4028-4045 10.1021/pr400394g
28. Miller, S. C.; Scanlan, T. S. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119 (9) 2301-2302 10.1021/ja9635443
29. Biron, E.; Chatterjee, J.; Kessler, H. J. Pept. Sci. 2006, 12 (3) 213-219 10.1002/psc.711
30. Wysocki, V. H.; Tsaprailis, G.; Smith, L. L.; Breci, L. A. J. Mass Spectrom. 2000, 35 (12) 1399-1406 10.1002/1096-9888(200012)35:12<1399::AID-JMS86>3.0.CO;2-R
31. Lemeer, S.; Hahne, H.; Pachl, F.; Kuster, B. Methods Mol. Biol. 2012, 893, 489-499 10.1007/978-1-61779-885-6-29
32. Erickson, B. K.; Jedrychowski, M. P.; McAlister, G. C.; Everley, R. A.; Kunz, R.; Gygi, S. P. Anal. Chem. 2015, 87 (2) 1241-1249 10.1021/ac503934f