Routine phasing of coiled-coil protein crystal structures with AMPLE

IUCrJ

Volumn 2, Issue , 2015, Pages 198-206

  Thomas, Jens M H ^a   Keegan, Ronan M ^b   Bibby, Jaclyn ^a   Winn, Martyn D ^c   Mayans, Olga ^a   Rigden, Daniel J ^a  

^a UNIVERSITY OF LIVERPOOL   (United Kingdom)

^b RUTHERFORD APPLETON LABORATORY   (United Kingdom)

^c DARESBURY LABORATORY   (United Kingdom)

Author keywords

ab initio modelling; coiled coil proteins; macromolecular complexes; molecular replacement; search model ensembles

Indexed keywords

EID: 84941363434     PISSN: None     EISSN: 20522525     Source Type: Journal    
DOI: 10.1107/S2052252515002080     Document Type: Article

References (57)

1. Abergel, C. (2013). Acta Cryst. D69, 2167-2173.
2. Adams, P. D. et al. (2010). Acta Cryst. D66, 213-221.
3. Andreeva, A., Howorth, D., Chandonia, J. M., Brenner, S. E., Hubbard, T. J., Chothia, C. & Murzin, A. G. (2008). Nucleic Acids Res. 36, D419-D425.
4. Apostolovic, B., Danial, M. & Klok, H. A. (2010). Chem. Soc. Rev. 39, 3541-3575.
5. Baxevanis, A. D. & Vinson, C. R. (1993). Curr. Opin. Genet. Dev. 3, 278-285.
6. Bibby, J., Keegan, R. M., Mayans, O., Winn, M. D. & Rigden, D. J. (2012). Acta Cryst. D68, 1622-1631.
7. Bibby, J., Keegan, R. M., Mayans, O., Winn, M. D. & Rigden, D. J. (2013). Acta Cryst. D69, 2194-2201.
8. Blocquel, D., Habchi, J., Durand, E., Sevajol, M., Ferron, F., Erales, J., Papageorgiou, N. & Longhi, S. (2014). Acta Cryst. D70, 1589-1603.
9. Broers, J. L., Ramaekers, F. C., Bonne, G., Yaou, R. B. & Hutchison, C. J. (2006). Physiol. Rev. 86, 967-1008.
10. Bruhn, J. F., Barnett, K. C., Bibby, J., Thomas, J. M., Keegan, R. M., Rigden, D. J., Bornholdt, Z. A. & Saphire, E. O. (2014). J. Virol. 88, 758-762.
11. Burkhard, P., Stetefeld, J. & Strelkov, S. V. (2001). Trends Cell Biol. 11, 82-88.
12. Cohen, S. X., Ben Jelloul, M., Long, F., Vagin, A., Knipscheer, P., Lebbink, J., Sixma, T. K., Lamzin, V. S., Murshudov, G. N. & Perrakis, A. (2008). Acta Cryst. D64, 49-60.
13. Communie, G., Crépin, T., Maurin, D., Jensen, M. R., Blackledge, M. & Ruigrok, R. W. H. (2013). J. Virol. 87, 7166-7169.
14. Cowtan, K. (2006). Acta Cryst. D62, 1002-1011.
15. Cowtan, K. (2012). CCP4 Newsl. Protein Crystallogr. 48, contribution 6.
16. Das, R. & Baker, D. (2009). Acta Cryst. D65, 169-175.
17. Evans, P. & McCoy, A. (2008). Acta Cryst. D64, 1-10.
18. Franke, B., Gasch, A., Rodriguez, D., Chami, M., Khan, M. M., Rudolf, R., Bibby, J., Hanashima, A., Bogomolovas, J., von Castelmur, E., Rigden, D. J., Uson, I., Labeit, S. & Mayans, O. (2014). Open Biol. 4, 130172.
19. Franke, B., Rodriguez, D., Uson, I. & Mayans, O. (2011). Acta Cryst. A67, C65.
20. Garcia, P., Marino, M. & Mayans, O. (2004). Acta Cryst. D60, 2336-2339.
21. Howard, R. J., Clark, K. A., Holton, J. M. & Minor, D. L. Jr (2007). Neuron, 53, 663-675.
22. Kapinos, L. E., Burkhard, P., Herrmann, H., Aebi, U. & Strelkov, S. V. (2011). J. Mol. Biol. 408, 135-146.
23. Keegan, R. M., Bibby, J., Thomas, J., Xu, D., Zhang, Y., Mayans, O., Winn, M. D. & Rigden, D. J. (2015). Acta Cryst. D71, 338-343.
24. Keegan, R. M. & Winn, M. D. (2008). Acta Cryst. D64, 119-124.
25. Kuhn, M., Hyman, A. A. & Beyer, A. (2014). PLoS Comput. Biol. 10, e1003657.
26. Langer, G., Cohen, S. X., Lamzin, V. S. & Perrakis, A. (2008). Nat. Protoc. 3, 1171-1179.
27. Li, Y., Mui, S., Brown, J. H., Strand, J., Reshetnikova, L., Tobacman, L. S. & Cohen, C. (2002). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 99, 7378-7383.
28. Lupas, A. N. & Gruber, M. (2005). Adv. Protein Chem. 70, 37-78.
29. McClatchey, A. I. (2003). Nat. Rev. Cancer, 3, 877-883.
30. McCoy, A. J., Grosse-Kunstleve, R. W., Adams, P. D., Winn, M. D., Storoni, L. C. & Read, R. J. (2007). J. Appl. Cryst. 40, 658-674.
31. McCoy, A. J., Grosse-Kunstleve, R. W., Storoni, L. C. & Read, R. J. (2005). Acta Cryst. D61, 458-464.
32. Murshudov, G. N., Skubák, P., Lebedev, A. A., Pannu, N. S., Steiner, R. A., Nicholls, R. A., Winn, M. D., Long, F. & Vagin, A. A. (2011). Acta Cryst. D67, 355-367.
33. Oldfors, A., Tajsharghi, H., Darin, N. & Lindberg, C. (2004). Acta Myol. 23, 90-96.
34. Pechar, M. & Pola, R. (2013). Biotechnol. Adv. 31, 90-96.
35. Puls, I., Jonnakuty, C., LaMonte, B. H., Holzbaur, E. L., Tokito, M., Mann, E., Floeter, M. K., Bidus, K., Drayna, D., Oh, S. J., Brown, R. H. Jr, Ludlow, C. L. & Fischbeck, K. H. (2003). Nat. Genet. 33, 455-456.
36. Qian, B., Raman, S., Das, R., Bradley, P., McCoy, A. J., Read, R. J. & Baker, D. (2007). Nature (London), 450, 259-264.
37. Rao, J. N., Rivera-Santiago, R., Li, X. E., Lehman, W. & Dominguez, R. (2012). J. Biol. Chem. 287, 3165-3174.
38. Rodríguez, D. D., Grosse, C., Himmel, S., González, C., de Ilarduya, I. M., Becker, S., Sheldrick, G. M. & Usón, I. (2009). Nat. Methods, 6, 651-653.
39. Rodríguez, D., Sammito, M., Meindl, K., de Ilarduya, I. M., Potratz, M., Sheldrick, G. M. & Usón, I. (2012). Acta Cryst. D68, 336-343.
40. Rose, P. W. et al. (2013). Nucleic Acids Res. 41, D475-D482.
41. Rose, A., Schraegle, S. J., Stahlberg, E. A. & Meier, I. (2005). BMC Evol. Biol. 5, 66.
42. Shapovalov, M. V. & Dunbrack, R. L. Jr (2007). Proteins, 66, 279-303.
43. Sheldrick, G. M. (2008). Acta Cryst. A64, 112-122.
44. Simons, K. T., Kooperberg, C., Huang, E. & Baker, D. (1997). J. Mol. Biol. 268, 209-225.
45. Simons, K. T., Ruczinski, I., Kooperberg, C., Fox, B. A., Bystroff, C. & Baker, D. (1999). Proteins, 34, 82-95.
46. Simons, K. T., Strauss, C. & Baker, D. (2001). J. Mol. Biol. 306, 1191-1199.
47. Storoni, L. C., McCoy, A. J. & Read, R. J. (2004). Acta Cryst. D60, 432-438.
48. Strelkov, S. V. & Burkhard, P. (2002). J. Struct. Biol. 137, 54-64.
49. Theobald, D. L. & Wuttke, D. S. (2006). Bioinformatics, 22, 2171-2172.
50. Thorn, A. & Sheldrick, G. M. (2013). Acta Cryst. D69, 2251-2256.
51. Urzhumtsev, A., von Castelmur, E. & Mayans, O. (2008). Acta Cryst. D64, 478-486.
52. Usón, I., Stevenson, C. E. M., Lawson, D. M. & Sheldrick, G. M. (2007). Acta Cryst. D63, 1069-1074.
53. Winn, M. D. et al. (2011). Acta Cryst. D67, 235-242.
54. Woolfson, D. N. (2010). Biopolymers, 94, 118-127.
55. Xu, D. & Zhang, Y. (2012). Proteins, 80, 1715-1735.
56. Xu, D. & Zhang, Y. (2013). Proteins, 81, 229-239.
57. Zhang, Y. & Skolnick, J. (2004). J. Comput. Chem. 25, 865-871.