Proteomics reveals a role for attachment in monocyte differentiation into efficient proinflammatory macrophages

Journal of Proteome Research

Volumn 14, Issue 9, 2015, Pages 3940-3947

  Tarasova, Nataliya K ^a   Ytterberg, A Jimmy ^a   Lundberg, Karin ^a,c   Zhang, Xing Mei ^b,c   Harris, Robert A ^b,c   Zubarev, Roman A ^a  

^a Department of Medical Biochemistry and Biophysics ^*  (Sweden)

^b KAROLINSKA INSTITUTE   (Sweden)

^c KAROLINSKA UNIVERSITY HOSPITAL   (Sweden)

Author keywords

Label free proteomics; THP 1 cell line; tumor immunotherapy

Indexed keywords

LIPOPOLYSACCHARIDE; PROTEOME; CYTOKINE;

ADHERENT CELL; ARTICLE; CELL ACTIVATION; CELL ADHESION; CELL DIFFERENTIATION; CONTROLLED STUDY; HUMAN; HUMAN CELL; INNATE IMMUNITY; MACROPHAGE; MONOCYTE; PRIORITY JOURNAL; PROTEOMICS; CELL LINE; IMMUNOLOGY; METABOLISM;

CELL ADHESION; CELL DIFFERENTIATION; CELL LINE; CYTOKINES; HUMANS; LIPOPOLYSACCHARIDES; MACROPHAGES; MONOCYTES; PROTEOME; PROTEOMICS;

EID: 84941078404     PISSN: 15353893     EISSN: 15353907     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.jproteome.5b00659     Document Type: Article

References (59)

1. van Furth, R.; Cohn, Z. A. J. Exp. Med. 1968, 128, 415-435 10.1084/jem.128.3.415
2. Issekutz, T. B.; Issekutz, A. C.; Movat, H. Z. Am. J. Pathol. 1981, 103, 47-55
3. Xue, J.; Schmidt, S. V.; Sander, J.; Draffehn, A.; Krebs, W.; Quester, I.; DeNardo, D.; Gohel, T. D.; Emde, M.; Schmidleithner, L.; Ganesan, H.; Nino-Castro, A.; Mallmann, M. R.; Labzin, L.; Theis, H.; Kraut, M.; Beyer, M.; Latz, E.; Freeman, T. C.; Ulas, T.; Schultze, J. L. Immunity 2014, 40, 274-288 10.1016/j.immuni.2014.01.006
4. Kohchi, C.; Inagawa, H.; Hino, M.; Oda, M.; Nakata, K.; Yoshida, A.; Hori, H.; Terada, H.; Makino, K.; Takiguchi, K.; Soma, G. I. Anticancer Res. 2004, 24, 3311-3320
5. Gattinoni, L.; Powell, D. J.; Rosenberg, S. A.; Restifo, N. P. Nat. Rev. Immunol. 2006, 6, 383-393 10.1038/nri1842
6. Poltorak, A.; Smirnova, I.; He, X.; Liu, M. Y.; Van Huffel, C.; McNally, O.; Birdwell, D.; Alejos, E.; Silva, M.; Du, X.; Thompson, P.; Chan, E. K.; Ledesma, J.; Roe, B.; Clifton, S.; Vogel, S. N.; Beutler, B. Blood Cells, Mol., Dis. 1998, 24, 340-355 10.1006/bcmd.1998.0201
7. Akashi, S.; Shimazu, R.; Ogata, H.; Nagai, Y.; Takeda, K.; Kimoto, M.; Miyake, K. J. Immunol. 2000, 164, 3471-3475 10.4049/jimmunol.164.7.3471
8. Wright, S. D.; Ramos, R. A.; Tobias, P. S.; Ulevitch, R. J.; Mathison, J. C. Science 1990, 249, 1431-1433 10.1126/science.1698311
9. Guha, M.; Mackman, N. Cell. Signalling 2001, 13, 85-94 10.1016/S0898-6568(00)00149-2
10. Rossol, M.; Heine, H.; Meusch, U.; Quandt, D.; Klein, C.; Sweet, M. J.; Hauschildt, S. Crit. Rev. Immunol. 2011, 31, 379-446 10.1615/CritRevImmunol.v31.i5.20
11. Bradfield, P. F.; Johnson-Léger, C. A.; Zimmerli, C.; Imhof, B. A. Int. Immunol. 2008, 20, 247-257 10.1093/intimm/dxm136
12. Castagna, A.; Polati, R.; Bossi, A. M.; Girelli, D. Expert Rev. Proteomics 2012, 9, 201-215 10.1586/epr.12.11
13. Pabst, M. J.; Pabst, K. M.; Handsman, D. B.; Beranova-Giorgianni, S.; Giorgianni, F. Proteome Sci. 2008, 6, 13 10.1186/1477-5956-6-13
14. Eisenhardt, S. U.; Habersberger, J.; Oliva, K.; Lancaster, G. I.; Ayhan, M.; Woollard, K. J.; Bannasch, H.; Rice, G. E.; Peter, K. Proteome Sci. 2011, 9, 1 10.1186/1477-5956-9-1
15. Wang, X.; Zhao, H.; Andersson, R. J. Proteome Res. 2004, 3, 921-929 10.1021/pr0499601
16. Zhao, C.; Zhang, H.; Wong, W. C.; Sem, X.; Han, H.; Ong, S. M.; Tan, Y. C.; Yeap, W. H.; Gan, C. S.; Ng, K. Q.; Koh, M. B. C.; Kourilsky, P.; Sze, S. K.; Wong, S. C. J. Proteome Res. 2009, 8, 4028-4038 10.1021/pr900364p
17. Beekhuizen, H.; van Furth, R. J. Leukoc. Biol. 1993, 54, 363-378
18. Coccia, E. M.; Del Russo, N. D.; Stellacci, E.; Testa, U.; Marziali, G.; Battistini, A. Int. Immunol. 1999, 11, 1075-1083 10.1093/intimm/11.7.1075
19. Liu, H.; Shi, B.; Huang, C. C.; Eksarko, P.; Pope, R. M. Immunol. Lett. 2008, 117, 70-80 10.1016/j.imlet.2007.12.012
20. Xie, B.; Laouar, A.; Huberman, E. J. Biol. Chem. 1998, 273, 11576-11582 10.1074/jbc.273.19.11576
21. Auwerx, J. Experientia 1991, 47, 22-31 10.1007/BF02041244
22. Kang, J. H.; Kim, H. T.; Choi, M.-S.; Lee, W. H.; Huh, T.-L.; Park, Y. B.; Moon, B. J.; Kwon, O.-S. Proteomics 2006, 6, 1261-1273 10.1002/pmic.200500290
23. Schwende, H.; Fitzke, E.; Ambs, P.; Dieter, P. J. Leukoc. Biol. 1996, 59, 555-561
24. Michalski, A.; Damoc, E.; Hauschild, J.-P.; Lange, O.; Wieghaus, A.; Makarov, A.; Nagaraj, N.; Cox, J.; Mann, M.; Horning, S. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M111.011015 10.1074/mcp.M111.011015
25. Lyutvinskiy, Y.; Yang, H.; Rutishauser, D.; Zubarev, R. a. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 2324-2331 10.1074/mcp.O112.023804
26. Benjamini, Y.; Hochberg, Y. J. R. Stat. Soc. Ser. B 1995, 57, 289-300
27. Varma, T. K.; Lin, C. Y.; Toliver-kinsky, T. E.; Sherwood, E. R. Clin. Diagn. Lab. Immunol. 2002, 9, 530-543 10.1128/CDLI.9.3.530-543.2002
28. Takashiba, S.; Dyke, T. E. V. A. N.; Amar, S.; Murayama, Y.; Soskolne, A. W.; Shapira, L. Infect. Immun. 1999, 67, 5573-5578
29. Pagliari, L. J.; Perlman, H.; Liu, H.; Pope, R. M. Mol. Cell. Biol. 2000, 20, 8855-8865 10.1128/MCB.20.23.8855-8865.2000
30. Trapani, J. A.; Dawson, M.; Apostolidis, V. A.; Browne, K. A. Immunogenetics 1994, 40, 415-424 10.1007/BF00177824
31. Welgus, H. G.; Campbell, E. J.; Cury, J. D.; Eisen, A. Z.; Senior, R. M.; Wilhelm, S. M.; Goldberg, G. J. Clin. Invest. 1990, 86, 1496-1502 10.1172/JCI114867
32. Tsuchiya, S.; Yamabe, M.; Yamaguchi, Y.; Kobayashi, Y.; Konno, T.; Tada, K. Int. J. Cancer 1980, 26, 171-176 10.1002/ijc.2910260208
33. Chanput, W.; Mes, J. J.; Wichers, H. J. Int. Immunopharmacol. 2014, 23, 37-45 10.1016/j.intimp.2014.08.002
34. Singh, A. K.; Pandey, R. K.; Siqueira-Neto, J. L.; Kwon, Y.-J.; Freitas-Junior, L. H.; Shaha, C.; Madhubala, R. Infect. Immun. 2015, 83, 1853-1868 10.1128/IAI.02833-14
35. Kaakoush, N. O.; Deshpande, N. P.; Man, S. M.; Burgos-Portugal, J. A.; Khattak, F. A.; Raftery, M. J.; Wilkins, M. R.; Mitchell, H. M. Infect. Immun. 2015, 83, 832-845 10.1128/IAI.03012-14
36. Saba, J. A.; McComb, M. E.; Potts, D. L.; Costello, C. E.; Amar, S. J. Proteome Res. 2007, 6, 2211-2221 10.1021/pr070031u
37. Kuo, C. C.; Kuo, C. W.; Liang, C. M.; Liang, S. M. Proteomics 2005, 5, 894-906 10.1002/pmic.200401144
38. Kang, J. H.; Kim, H. T.; Choi, M.-S.; Lee, W. H.; Huh, T.-L.; Park, Y. B.; Moon, B. J.; Kwon, O.-S. Proteomics 2006, 6, 1261-1273 10.1002/pmic.200500290
39. Kang, J. H.; Ryu, H. S.; Kim, H. T.; Lee, S. J.; Choi, U.-K.; Park, Y. B.; Huh, T.-L.; Choi, M.-S.; Kang, T.-C.; Choi, S. Y.; Kwon, O.-S. Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2009, 1794, 446-458 10.1016/j.bbapap.2008.11.015
40. Kraft-Terry, S. D.; Gendelman, H. E. Cell. Immunol. 2011, 271, 239-255 10.1016/j.cellimm.2011.07.002
41. Nicholas, D.; Tang, H.; Zhang, Q.; Rudra, J.; Xu, F.; Langridge, W.; Zhang, K. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 15-29 10.1074/mcp.M113.035089
42. Suzuki, H.; Forrest, A. R. R.; van Nimwegen, E.; Daub, C. O.; Balwierz, P. J.; Irvine, K. M.; Lassmann, T.; Ravasi, T.; Hasegawa, Y.; de Hoon, M. J. L.; Katayama, S.; Schroder, K.; Carninci, P.; Tomaru, Y.; Kanamori-Katayama, M.; Kubosaki, A.; Akalin, A.; Ando, Y.; Arner, E.; Asada, M.; Asahara, H.; Bailey, T.; Bajic, V. B.; Bauer, D.; Beckhouse, A. G.; Bertin, N.; Björkegren, J.; Brombacher, F.; Bulger, E.; Chalk, A. M.; Chiba, J.; Cloonan, N.; Dawe, A.; Dostie, J.; Engström, P. G.; Essack, M.; Faulkner, G. J.; Fink, J. L.; Fredman, D.; Fujimori, K.; Furuno, M.; Gojobori, T.; Gough, J.; Grimmond, S. M.; Gustafsson, M.; Hashimoto, M.; Hashimoto, T.; Hatakeyama, M.; Heinzel, S.; Hide, W.; Hofmann, O.; Hörnquist, M.; Huminiecki, L.; Ikeo, K.; Imamoto, N.; Inoue, S.; Inoue, Y.; Ishihara, R.; Iwayanagi, T.; Jacobsen, A.; Kaur, M.; Kawaji, H.; Kerr, M. C.; Kimura, R.; Kimura, S.; Kimura, Y.; Kitano, H.; Koga, H.; Kojima, T.; Kondo, S.; Konno, T.; Krogh, A.; Kruger, A.; Kumar, A.; Lenhard, B.; Lennartsson, A.; Lindow, M.; Lizio, M.; Macpherson, C.; Maeda, N.; Maher, C. A.; Maqungo, M.; Mar, J.; Matigian, N. A.; Matsuda, H.; Mattick, J. S.; Meier, S.; Miyamoto, S.; Miyamoto-Sato, E.; Nakabayashi, K.; Nakachi, Y.; Nakano, M.; Nygaard, S.; Okayama, T.; Okazaki, Y.; Okuda-Yabukami, H.; Orlando, V.; Otomo, J.; Pachkov, M.; Petrovsky, N.; Plessy, C.; Quackenbush, J.; Radovanovic, A.; Rehli, M.; Saito, R.; Sandelin, A.; Schmeier, S.; Schönbach, C.; Schwartz, A. S.; Semple, C. A.; Sera, M.; Severin, J.; Shirahige, K.; Simons, C.; Laurent, G., St; Suzuki, M.; Suzuki, T.; Sweet, M. J.; Taft, R. J.; Takeda, S.; Takenaka, Y.; Tan, K.; Taylor, M. S.; Teasdale, R. D.; Tegnér, J.; Teichmann, S.; Valen, E.; Wahlestedt, C.; Waki, K.; Waterhouse, A.; Wells, C. A.; Winther, O.; Wu, L.; Yamaguchi, K.; Yanagawa, H.; Yasuda, J.; Zavolan, M.; Hume, D. A.; Arakawa, T.; Fukuda, S.; Imamura, K.; Kai, C.; Kaiho, A.; Kawashima, T.; Kawazu, C.; Kitazume, Y.; Kojima, M.; Miura, H.; Murakami, K.; Murata, M.; Ninomiya, N.; Nishiyori, H.; Noma, S.; Ogawa, C.; Sano, T.; Simon, C.; Tagami, M.; Takahashi, Y.; Kawai, J.; Hayashizaki, Y. Nat. Genet. 2009, 41, 553-562 10.1038/ng.375
43. Kristensen, A. R.; Gsponer, J.; Foster, L. J. Mol. Syst. Biol. 2014, 9, 689 10.1038/msb.2013.47
44. Ronald, J. A.; Ionescu, C. V.; Rogers, K. A.; Sandig, M. J. Leukoc. Biol. 2001, 70, 601-609
45. Bernimoulin, M.; Waters, E. K.; Foy, M.; Steele, B. M.; Sullivan, M.; Falet, H.; Walsh, M. T.; Barteneva, N.; Geng, J. G.; Hartwig, J. H.; Maguire, P. B.; Wagner, D. D. J. Thromb. Haemostasis 2009, 7, 1019-1028 10.1111/j.1538-7836.2009.03434.x
46. Worley, J. R.; Baugh, M. D.; Hughes, D. A.; Edwards, D. R.; Hogan, A.; Sampson, M. J.; Gavrilovic, J. J. Biol. Chem. 2003, 278, 51340-51346 10.1074/jbc.M310865200
47. Vadiveloo, P. K.; Vairo, G.; Hertzog, P.; Kola, I.; Hamilton, J. a. Cytokine 2000, 12, 1639-1646 10.1006/cyto.2000.0766
48. Caglič, D.; Repnik, U.; Jedeszko, C.; Kosec, G.; Miniejew, C.; Kindermann, M.; Vasiljeva, O.; Turk, V.; Wendt, K. U.; Sloane, B. F.; Goldring, M. B.; Turk, B. Biol. Chem. 2013, 394, 307-316 10.1515/hsz-2012-0283
49. Marqués, L.; Brucet, M.; Lloberas, J.; Celada, A. J. Immunol. 2004, 173, 1103-1110 10.4049/jimmunol.173.2.1103
50. Franchi, L.; Eigenbrod, T.; Muñoz-Planillo, R.; Nuñez, G. Nat. Immunol. 2009, 10, 241-247 10.1038/ni.1703
51. Netea, M. G.; Nord-Petry, C. A.; Nord, M. F.; Joosten, L. A. B.; Optitz, B.; van der Meer, J. H. M.; van der Veerdonk, F. L.; Ferwerda, G.; Heinhuis, B.; Devesa, I.; Funk, C. J.; Mason, R. J.; Kullberg, B. J.; Rubertelli, A.; van der Meer, J. W. M.; Dinarello, C. A. Blood 2009, 113, 2324-2335 10.1182/blood-2008-03-146720
52. Portillo, G.; Turner, M.; Chantry, D.; Feldmann, M. Immunology 1989, 66, 170-175
53. Laskin, D. L.; Sunil, V. R.; Gardner, C. R.; Laskin, J. D. Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 2011, 51, 267-288 10.1146/annurev.pharmtox.010909.105812
54. Thornton, J.; McDaniel, L. S. Infect. Immun. 2005, 73, 6493-6498 10.1128/IAI.73.10.6493-6498.2005
55. Zanoni, I.; Ostuni, R.; Marek, L. R.; Barresi, S.; Barbalat, R.; Barton, G. M.; Granucci, F.; Kagan, J. C. Cell 2011, 147, 868-880 10.1016/j.cell.2011.09.051
56. Zhu, Z.; Bao, Z.; Li, J. J. Biol. Chem. 1995, 270, 17652-17655 10.1074/jbc.270.30.17652
57. Turk, V.; Stoka, V.; Vasiljeva, O.; Renko, M.; Sun, T.; Turk, B.; Turk, D. Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2012, 1824, 68-88 10.1016/j.bbapap.2011.10.002
58. El-Benna, J.; Dang, P. M.-C.; Gougerot-Pocidalo, M. A.; Marie, J. C.; Braut-Boucher, F. Exp. Mol. Med. 2009, 41, 217-225 10.3858/emm.2009.41.4.058
59. Shih, J.; Yuan, A.; Chen, J. J.; Yang, P. J. Cancer Mol. 2006, 2, 101-106