Highly sensitive DNA methylation analysis at CpG resolution by surface-enhanced Raman scattering via ligase chain reaction

Chemical Communications

Volumn 51, Issue 54, 2015, Pages 10953-10956

  Wang, Yuling ^a   Wee, Eugene J H ^a   Trau, Matt ^a,b  

^a Centre for Personalized Nanomedicine Australian Institute for Bioengineering and Nanotechnology (AIBN) Corner College   (Australia)

^b UNIVERSITY OF QUEENSLAND   (Australia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA BASE; DNA; GOLD; METAL NANOPARTICLE;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CPG ISLAND; DNA METHYLATION; EPIGENETICS; LIGASE CHAIN REACTION; METHYLATION; NEXT GENERATION SEQUENCING; POINT MUTATION; RAMAN SPECTROMETRY; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; SIGNAL NOISE RATIO; BASE MISPAIRING; BLOOD; CHEMISTRY; METABOLISM; NUCLEOTIDE SEQUENCE;

BASE PAIR MISMATCH; BASE SEQUENCE; CPG ISLANDS; DNA; DNA METHYLATION; GOLD; LIGASE CHAIN REACTION; METAL NANOPARTICLES; SPECTRUM ANALYSIS, RAMAN;

EID: 84934935122     PISSN: 13597345     EISSN: 1364548X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5cc03921e     Document Type: Article

References (38)

1. A. P. Feinberg B. Tycko Nat. Rev. Cancer 2004 4 143 153
2. E. D. Pleasance R. K. Cheetham et al. Nature 2010 463 191
3. C. Whibley P. D. Pharoah et al. Nat. Rev. Cancer 2009 9 95
4. A. A. Komar Science 2007 315 466
5. C. Greenman P. Stephens et al. Nature 2007 446 153
6. A. C. Syvanen Nat. Rev. Genet. 2001 2 930
7. P. Y. Kwk Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2001 2 235
8. J. Ragoussis Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2009 10 117
9. Y. Song Y. Zhang T. H. Wang Small 2013 9 1096
10. S. Schlücker ChemPhysChem 2009 10 1344
11. B. H. Jun G. Kim M. S. Noh H. Kang Y. K. Kim M. H. Cho D. H. Jeong Y. S. Lee Nanomedicine 2012 6 1463
12. Y. Wang S. Schlücker Analyst 2013 138 2224
13. E. Papadopoulou S. E. Bell Angew. Chem., Int. Ed. 2011 50 9058
14. L. Guerrini Z. Krpetic D. Lierop R. A. Alvarez-Puebla D. Graham Angew. Chem., Int. Ed. 2015 54 1144
15. Y. S. Huh A. J. Lowe A. D. Strickland C. A. Batt D. Erickson J. Am. Chem. Soc. 2009 131 2208 2213
16. Y. S. Huh A. J. Lowe A. D. Strickland C. A. Batt D. Erickson Anal. Chem. 2010 82 5810 5814
17. F. Barany PCR Methods Appl. 1991 1 5
18. E. J. H. Wee S. Rauf K. M. Koo M. J. A. Shiddiky M. Trau Lab Chip 2013 13 4385
19. K. M. Koo E. J. H. Wee S. Rauf M. J. A. Shiddiky Biosens. Bioelectron. 2014 56 278
20. E. J. H. Wee M. J. A. Shiddiky M. Trau Chem. Commun. 2012 48 12014
21. E. J. H. Wee S. Rauf M. J. Shiddiky A. Dobrovic M. Trau Clin. Chem. 2015 61 163 171
22. M. Frommer L. E. Mcdonald D. S. Millar Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1992 89 1827
23. S. J. Clark J. Harrison C. L. Paul M. Frommer Nucleic Acids Res. 1994 22 2990
24. E. J. H. Wee, PhD thesis, The University of Queensland, 2012
25. C. Lei Y. Huang Z. Nie J. Hu L. Li G. Lu Y. Han S. Zuo Angew. Chem., Int. Ed. 2014 53 8358
26. K. Saha S. S. Agasti C. Kim X. Li V. M. Rotello Chem. Rev. 2012 112 2739
27. L. Sun C. Yu J. Irudayaraj Anal. Chem. 2007 79 3981
28. L. Sun C. Yu J. Irudayaraj Anal. Chem. 2008 80 3342
29. J. T. Krug G. D. Wang S. R. Emory S. M. Nie J. Am. Chem. Soc. 1999 121 9208
30. X. M. Qian X. H. Peng D. O. Ansari Q. Yin-Goen G. Z. Chen D. M. Shin L. Yang A. N. Yong M. D. Wang S. M. Nie Nat. Biotechnol. 2008 26 83
31. M. Salehi L. Schneider P. Ströbel A. Marx J. Packeisen S. Schlücker Nanoscale 2014 6 2361
32. L. M. Demers C. A. Mirkin R. C. Mucic R. A. Reynolds R. L. Letsinger R. Elghanian G. Viswanadham Anal. Chem. 2000 72 5535
33. Y. W. C. Cao R. C. Jin C. A. Mirkin Science 2002 297 1536
34. Y. Wang M. Salehi M. Schütz S. Schlücker Chem. Commun. 2014 50 2711
35. Y. Wang S. Rauf Y. S. Grewal L. J. Spadafora M. J. Shiddiky G. A. Cangelosi S. Schlücker M. Trau Anal. Chem. 2014 86 9930
36. M. Korpal E. S. Lee G. H. Hu Y. B. Kang J. Biol. Chem. 2008 283 14910
37. M. S. Nicoloso R. Spizzo M. Shimizu S. Rossi G. A. Calin Nat. Rev. Cancer 2009 9 293
38. E. J. H. Wee K. Peters S. S. Nair T. Hulf S. Stein S. Wagner P. Bailey S. Y. Lee W. J. Qu B. Brewster J. D. French A. Dobrovic G. D. Francis S. J. Clark M. A. Brown Oncogene 2012 31 4182