Repair efficiency of clustered abasic sites by APE1 in nucleosome core particles is sequence and position dependent

RSC Advances

Volumn 5, Issue 30, 2015, Pages 23691-23698

  Singh, Vandana ^a   Kumari, Bhavini ^a   Das, Prolay ^a  

^a INDIAN INSTITUTE OF TECHNOLOGY PATNA   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; EFFICIENCY; ENZYMES; REPAIR; THERMODYNAMICS;

BINDING AFFINITIES; CPG ISLANDS; DOUBLE STRAND BREAKS; ISOTHERMAL TITRATION CALORIMETRY; LINEAR MODELING; NUCLEOSOME CORE PARTICLES; POSITION DEPENDENTS; REPAIR EFFICIENCIES;

BINDING SITES;

EID: 84926226411     PISSN: None     EISSN: 20462069     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4ra17101b     Document Type: Article

References (39)

1. R. P. Cunningham H. Ahern D. Xing M. M. Thayer J. A. Tainer Ann. N. Y. Acad. Sci. 1994 726 215 222
2. M. M. Greenberg Org. Biomol. Chem. 2007 5 18 30
3. T. Lindahl Nature 1993 362 709 715
4. B. Demple J. S. Sung DNA Repair 2005 4 1442 1449
5. C. D. Mol T. Izumi S. Mitra J. A. Tainer Nature 2000 403 451 456
6. Y. Masuda R. A. Bennett B. Demple J. Biol. Chem. 1998 273 30360 30365
7. J. A. Mckenzie P. R. Strauss Biochemistry 2001 40 13254 13261
8. A. G. Georgakilas Mol. BioSyst. 2008 4 30 35
9. B. M. Sutherland P. V. Bennett O. Sidorkina J. Laval Biochemistry 2000 39 8026 8031
10. J. Nakamura V. E. Walker P. B. Upton S. Y. Chiang Y. W. Kow J. A. Swenberg Cancer Res. 1998 58 222 225
11. P. Das P. V. Bennet B. M. Sutherland J. Biosci. 2011 36 105 116
12. B. Paap D. M. Wilson III B. M. Sutherland Nucleic Acids Res. 2008 36 2717 2727
13. S. Cunniffe A. Walker R. Stabler P. O'Neill M. E. Lomax Int. J. Radiat. Biol. 2014 90 468 479
14. M. A. Chaudhry M. Weinfeld J. Biol. Chem. 1997 272 15650 15655
15. S. Bellon N. Shikazono S. Cunniffe M. Lomax P. O'Neill Nucleic Acids Res. 2009 37 4430 4440
16. V. Singh P. Das DNA Repair 2013 12 450 457
17. B. M. Sutherland P. V. Bennett O. Sidorkina J. Laval Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 103 108
18. W. J. Cannon B. P. Tsang S. S. Wallace D. S. Pederson J. Biol. Chem. 2014 289 19881 19893
19. J. T. Sczepanski R. S. Wonga J. N. McKnight G. D. Bowman M. M. Greenberg Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 52 22475 22480
20. S. Chakravarthy Y. Park J. Chodaparambil R. S. Edayathumangalam K. Luger FEBS Lett. 2005 579 895 898
21. R. L. Maher A. Prasad O. Rizvanova S. S. Wallace D. S. Pederson DNA Repair 2013 12 964 971
22. K. Luger A. W. Mäder R. K. Richmond D. F. Sargent T. J. Richmond Nature 1997 389 251 260
23. H. Menoni M. S. Shukla V. S. Dimitrov D. Angelov Nucleic Acids Res. 2012 40 692 700
24. H. Nilsen T. Lindahl A. Verreault EMBO J. 2002 21 5943 5952
25. J. M. Hinz Y. Rodriguez M. J. Smerdon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 4646 4651
26. A. Prasad S. S. Wallace D. S. Pederson Mol. Cell. Biol. 2007 27 8442 8453
27. V. Singh B. Kumari B. Maity D. Seth P. Das Mutat. Res., Fundam. Mol. Mech. Mutagen. 2014 766 56 65
28. B. Wu K. Mohideen D. Vasudevan C. A. Davey Structure 2010 18 528 536
29. F. Di Felice F. Chiani G. Camilloni Biochem. J. 2008 409 651 656
30. J. Widom Q. Rev. Biophys. 2001 34 269 324
31. E. Segal Y. Fondufe- Mittendorf L. Chen A. Thastrom Y. Field I. K. Moore J. P. Wang J. Widom Nature 2006 442 772 778
32. H. E. Peckham R. E. Thurman Y. Fu J. A. Stamatoyannopoulos W. S. Noble K. Struhl Z. Weng Genome Res. 2007 17 1170 1177
33. M. J. Packer M. P. Dauncey C. A. Hunter J. Mol. Biol. 2000 295 71 83
34. V. Iyer K. Struhl EMBO J. 1995 14 2570 2579
35. S. Adhikari A. Uren R. Roy J. Biol. Chem. 2008 2831 334 339
36. J. M. Hinz Y. Rodriguez M. J. Smerdon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 4646 4651
37. A. Bacolla R. Gellibolian M. Shimizu S. Amirhaeri S. Kang K. Ohshima J. E. Larson S. C. Harvey B. D. Stollar R. D. Wells J. Biol. Chem. 1997 272 16783 16792
38. M. A. Young G. Ravishanker D. L. Beveridge H. M. Berman Biophys. J. 1995 68 2454 2468
39. M. M. Greenberg J. T. Sczepanski C. Zhou J. Am. Chem. Soc. 2012 134 16734 16741