An integrated analysis of differential miRNA and mRNA expressions in human gallstones

Molecular BioSystems

Volumn 11, Issue 4, 2015, Pages 1004-1011

  Yang, Bin ^a   Liu, Bin ^a   Bi, Pinduan ^a   Wu, Tao ^a   Wang, Qiang ^a   Zhang, Jie ^a  

^a KUNMING MEDICAL UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ABC TRANSPORTER; ATP11A PROTEIN, HUMAN; MESSENGER RNA; MICRORNA; MIRN210 MICRORNA, HUMAN;

CELL CULTURE; CYTOLOGY; GALLBLADDER; GALLSTONE; GENE EXPRESSION PROFILING; GENE REGULATORY NETWORK; GENETICS; HUMAN; METABOLISM; PROCEDURES; PROTEIN DATABASE; REAL TIME POLYMERASE CHAIN REACTION; REPRODUCIBILITY;

ATP-BINDING CASSETTE TRANSPORTERS; CELLS, CULTURED; DATABASES, PROTEIN; GALLBLADDER; GALLSTONES; GENE EXPRESSION PROFILING; GENE REGULATORY NETWORKS; HUMANS; MICRORNAS; REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; RNA, MESSENGER;

EID: 84924972072     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4mb00741g     Document Type: Article

References (71)

1. T. A. Bouchier Proc. R. Soc. Med. 1977 70 597 599
2. E. A. Shaffer Best Pract. Res., Clin. Gastroenterol. 2006 20 981 996
3. S. Hadidy J. Turki H. T. Misri Am. J. Surg. 1987 153 392 393
4. R. E. Sampliner P. H. Bennett L. J. Comess F. A. Rose T. A. Burch N. Engl. J. Med. 1970 283 1358 1364
5. M. Acalovschi Postgrad. Med. J. 2001 77 221 229
6. I. Halldestam E. L. Enell E. Kullman K. Borch Br. J. Surg. 2004 91 734 738
7. I. J. Beckingham BMJ 2001 322 91 94
8. J. T. LaMont B. F. Smith J. R. Moore Hepatology 1984 4 51S 56S
9. N. A. Channa F. D. Khand T. U. Khand M. H. Leghari A. N. Memon Pak. J. Med. Sci. 2007 23 546
10. D. E. Johnston M. M. Kaplan N. Engl. J. Med. 1993 328 412 421
11. S. Sassen E. A. Miska C. Caldas Virchows Arch. 2008 452 1 10
12. D. P. Bartel Cell 2004 116 281 297
13. J. J. Marin L. Bujanda J. M. Banales Curr. Opin. Gastroenterol. 2014 30 303 309
14. J. Lee J. K. Kemper Aging 2010 2 527 534
15. K.-H. Song T. Li E. Owsley J. Y. Chiang J. Lipid Res. 2010 51 2223 2233
16. R. M. Allen T. J. Marquart C. J. Albert F. J. Suchy D. Q. H. Wang M. Ananthanarayanan D. A. Ford Á. Baldán EMBO Mol. Med. 2012 4 882 895
17. T. Q. de Aguiar Vallim E. J. Tarling T. Kim M. Civelek A. Baldan C. Esau P. A. Edwards Circ. Res. 2013 112 1602 1612
18. Y. Han H. L. Francis S. Glaser J. McCarra G. Alpini J. Sharma G. Dusio C.-G. Liu C. Johnson F. Meng Gastroenterology 142 S-926 S-927
19. A. M. Zahm N. J. Hand L. A. Boateng J. R. Friedman J. Pediatr. Gastroenterol. Nutr. 2012 55 366 369
20. B. F. Smith J. T. LaMont J. Biol. Chem. 1984 259 12170 12177
21. C. W. Ko C. Murakami J. H. Sekijima M. H. Kim G. B. McDonald S. P. Lee Am. J. Gastroenterol. 1996 91 1207 1210
22. A. Dikkers U. Tietge World J. Gastroenterol. 2010 16 5936 5945
23. T. Inagaki M. Choi A. Moschetta L. Peng C. L. Cummins J. G. McDonald G. Luo S. A. Jones B. Goodwin J. A. Richardson R. D. Gerard J. J. Repa D. J. Mangelsdorf S. A. Kliewer Cell Metab. 2005 2 217 225
24. M. Choi A. Moschetta A. L. Bookout L. Peng M. Umetani S. R. Holmstrom K. Suino-Powell H. E. Xu J. A. Richardson R. D. Gerard D. J. Mangelsdorf S. A. Kliewer Nat. Med. 2006 12 1253 1255
25. W. Huang R. R. Bansode Y. Xie L. Rowland M. Mehta N. O. Davidson K. D. Mehta J. Biol. Chem. 2011 286 22795 22805
26. T. Claudel G. Zollner M. Wagner M. Trauner Biochim. Biophys. Acta 2011 1812 867 878
27. A. H. Smelt Clin. Chim. Acta 2010 411 1625 1631
28. M. J. Amaya M. H. Nathanson Cell Calcium 2014 55 317 324
29. B. Lavoie B. Nausch E. A. Zane M. R. Leonard O. B. Balemba A. C. Bartoo R. Wilcox M. T. Nelson M. C. Carey G. M. Mawe Neurogastroenterol. Motil. 2012 24 e313 e324
30. S. H. Dong J. Lee D. H. Koh M. H. Choi H. J. Jang S. H. Kae Hepatobiliary Pancreatic Dis. Int. 2011 10 185 190
31. J. H. Miyake S.-L. Wang R. A. Davis J. Biol. Chem. 2000 275 21805 21808
32. M. Bertolotti C. Gabbi C. Anzivino N. Mitro C. Godio E. Fabiani M. Crestani M. Puppo M. Ricchi L. Carulli Eur. J. Clin. Invest. 2006 36 170 175
33. B. D. Schirmer K. L. Winters R. F. Edlich J. Long-Term Eff. Med. Implants 2005 15 329 338
34. A. Abou-Saif F. H. Al-Kawas Am. J. Gastroenterol. 2002 97 249 254
35. B. Zhang J. Groffen N. Heisterkamp Blood 2005 106 1355 1361
36. G. L. Semenza Curr. Opin. Cell Biol. 2001 13 167 171
37. G. L. Semenza J. Appl. Physiol. 2000 88 1474 1480
38. H. Wang S. Bian C. S. Yang Carcinogenesis 2011 32 1881 1889
39. P. G. Corn Cancer Biol. Ther. 2008 7 265 267
40. C. Nakada Y. Tsukamoto K. Matsuura T. L. Nguyen N. Hijiya T. Uchida F. Sato H. Mimata M. Seto M. Moriyama J. Pathol. 2011 224 280 288
41. H. Yang T. W. Li J. Peng X. Tang K. S. Ko M. Xia M. A. Aller Gastroenterology 2011 141 378 388
42. T. R. Graham Trends Cell Biol. 2004 14 670 677
43. T. Pomorski J. C. Holthuis A. Herrmann G. van Meer J. Cell Sci. 2004 117 805 813
44. B. Stieger Curr. Opin. Lipidol. 2009 20 176 181
45. M. Trauner J. L. Boyer Physiol. Rev. 2003 83 633 671
46. H. H. Wang F. Lammert A. Schmitz D. Q. Wang Eur. J. Clin. Invest. 2010 40 541 551
47. R. Wang P. Lam L. Liu D. Forrest I. M. Yousef D. Mignault M. J. Phillips V. Ling Hepatology 2003 38 1489 1499
48. R. Wang H. L. Chen L. Liu J. A. Sheps M. J. Phillips V. Ling Hepatology 2009 50 948 956
49. R. P. Elferink and C. C. Paulusma, The Liver: Biology and Pathobiology, 5th edn, 2009, pp. 339-348
50. J. J. Smit A. H. Schinkel R. P. Oude Elferink A. K. Groen E. Wagenaar L. van Deemter C. A. Mol R. Ottenhoff N. M. van der Lugt M. A. van Roon et al. Cell 1993 75 451 462
51. R. P. Oude Elferink R. Ottenhoff M. van Wijland J. J. Smit A. H. Schinkel A. K. Groen J. Clin. Invest. 1995 95 31 38
52. P. Fickert A. Fuchsbichler M. Wagner G. Zollner A. Kaser H. Tilg R. Krause F. Lammert C. Langner K. Zatloukal H. U. Marschall H. Denk M. Trauner Gastroenterology 2004 127 261 274
53. T. H. Mauad C. M. van Nieuwkerk K. P. Dingemans J. J. Smit A. H. Schinkel R. G. Notenboom M. A. van den Bergh Weerman R. P. Verkruisen A. K. Groen R. P. Oude Elferink et al. Am. J. Pathol. 1994 145 1237 1245
54. L. Yu J. Li-Hawkins R. E. Hammer K. E. Berge J. D. Horton J. C. Cohen H. H. Hobbs J. Clin. Invest. 2002 110 671 680
55. L. Yu R. E. Hammer J. Li-Hawkins K. von Bergmann D. Lutjohann J. C. Cohen H. H. Hobbs Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 16237 16242
56. E. L. Klett K. Lu A. Kosters E. Vink M.-H. Lee M. Altenburg S. Shefer A. K. Batta H. Yu J. Chen BMC Med. 2004 2 5
57. T. Plösch V. W. Bloks Y. Terasawa S. Berdy K. Siegler F. van der Sluijs I. P. Kema A. K. Groen B. Shan F. Kuipers Gastroenterology 2004 126 290 300
58. L. Yu S. Gupta F. Xu A. D. Liverman A. Moschetta D. J. Mangelsdorf J. J. Repa H. H. Hobbs J. C. Cohen J. Biol. Chem. 2005 280 8742 8747
59. M. S. Halleck J. J. Lawler S. Blackshaw L. Gao P. Nagarajan C. Hacker S. Pyle J. T. Newman Y. Nakanishi H. Ando D. Weinstock P. Williamson R. A. Schlegel Physiol. Genomics 1999 1 139 150
60. R. Edgar M. Domrachev A. E. Lash Nucleic Acids Res. 2002 30 207 210
61. R. A. Irizarry B. Hobbs F. Collin Y. D. Beazer-Barclay K. J. Antonellis U. Scherf T. P. Speed Biostatistics 2003 4 249 264
62. M. R. Willmann R. S. Poethig Curr. Opin. Plant Biol. 2007 10 503 511
63. M. D. Robinson D. J. McCarthy G. K. Smyth Bioinformatics 2010 26 139 140
64. A. Grimson K. K. Farh W. K. Johnston P. Garrett-Engele L. P. Lim D. P. Bartel Mol. Cell 2007 27 91 105
65. M. Kertesz N. Iovino U. Unnerstall U. Gaul E. Segal Nat. Genet. 2007 39 1278 1284
66. D. Betel M. Wilson A. Gabow D. S. Marks C. Sander Nucleic Acids Res. 2008 36 D149 D153
67. W. Huang da B. T. Sherman R. A. Lempicki Nat. Protoc. 2009 4 44 57
68. D. Huang T. R. Chang A. Aggarwal R. C. Lee H. P. Ehrlich Ann. Biomed. Eng. 1993 21 289 305
69. F. Al-Shahrour R. Diaz-Uriarte J. Dopazo Bioinformatics 2004 20 578 580
70. G. Bindea B. Mlecnik H. Hackl P. Charoentong M. Tosolini A. Kirilovsky W. H. Fridman F. Pages Z. Trajanoski J. Galon Bioinformatics 2009 25 1091 1093
71. T. D. Schmittgen K. J. Livak Nat. Protoc. 2008 3 1101 1108