FiberApp: An open-source software for tracking and analyzing polymers, filaments, biomacromolecules, and fibrous objects

Macromolecules

Volumn 48, Issue 5, 2015, Pages 1269-1280

  Usov, Ivan ^a   Mezzenga, Raffaele ^a  

^a ETH ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

APPLICATION PROGRAMS; ASPECT RATIO; CONFORMATIONS; DISCRETE FOURIER TRANSFORMS; FIBERS; GLYCOPROTEINS; LIGHT TRANSMISSION; MOBILE SECURITY; MOBILE TELECOMMUNICATION SYSTEMS; NEURODEGENERATIVE DISEASES; OPEN SYSTEMS; POLYMERS; PROTEINS; SOFTWARE ENGINEERING; TOPOLOGY; TRANSMISSION ELECTRON MICROSCOPY; VIRUSES; YARN;

MIDPOINT DISPLACEMENT; MOLECULAR CONFORMATION; PAIR CORRELATION FUNCTIONS; PATH-FINDING ALGORITHMS; SEMI-FLEXIBLE POLYMERS; SINGLE MOLECULE LEVEL; STRUCTURAL DESCRIPTIONS; SYNTHETIC MACROMOLECULES;

OPEN SOURCE SOFTWARE;

EID: 84924370659     PISSN: 00249297     EISSN: 15205835     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ma502264c     Document Type: Article

References (89)

1. Meijering, E. Cytometry, Part A 2010, 77, 693-704
2. Fan, J.; Zhou, X.; Dy, J. G.; Zhang, Y.; Wong, S. T. C. Neuroinformatics 2009, 7, 113-130
3. Yu, W.; Lee, H. K.; Hariharan, S.; Bu, W.; Ahmed, S. Cytometry, Part A 2009, 75, 289-297
4. Leandro, J. J.; Cesar, R. M., Jr.; Costa Lda, F. J. Neurosci. Methods 2009, 177, 497-509
5. Machens, C. K. Science 2012, 338, 1156-1157
6. Fujiwara, I.; Vavylonis, D.; Pollard, T. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 8827-8832
7. Kuhn, J. R.; Pollard, T. D. Biophys. J. 2005, 88, 1387-1402
8. Fujiwara, I.; Takahashi, S.; Tadakuma, H.; Funatsu, T.; Ishiwata, S. Nat. Cell Biol. 2002, 4, 666-673
9. Rivetti, C.; Guthold, M.; Bustamante, C. J. Mol. Biol. 1996, 264, 919-932
10. Valle, F.; Favre, M.; De Los Rios, P.; Rosa, A.; Dietler, G. Phys. Rev. Lett. 2005, 95, 158105
11. Faas, F. G. A.; Rieger, B.; van Vliet, L. J.; Cherny, D. I. Biophys. J. 2009, 97, 1148-1157
12. Witz, G.; Rechendorff, K.; Adamcik, J.; Dietler, G. Phys. Rev. Lett. 2008, 101, 148103
13. Schleeger, M.; VandenAkker, C. C.; Deckert-Gaudig, T.; Deckert, V.; Velikov, K. P.; Koenderink, G.; Bonn, M. Polymer 2013, 54, 2473-2488
14. Knowles, T. P.; Fitzpatrick, A. W.; Meehan, S.; Mott, H. R.; Vendruscolo, M.; Dobson, C. M.; Welland, M. E. Science 2007, 318, 1900-1903
15. Volpatti, L. R.; Knowles, T. P. J. J. Polym. Sci., Part B: Polym. Phys. 2014, 52, 281-292
16. Adamcik, J.; Lara, C.; Usov, I.; Jeong, J. S.; Ruggeri, F. S.; Dietler, G.; Lashuel, H. A.; Hamley, I. W.; Mezzenga, R. Nanoscale 2012, 4, 4426-4429
17. Cherny, I.; Gazit, E. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 4062-4069
18. Knowles, T. P. J.; Buehler, M. J. Nat. Nanotechnol. 2011, 6, 469-479
19. Dobson, C. M. Nature 2003, 426, 884-890
20. Selkoe, D. J. Nature 2003, 426, 900-904
21. Wang, J. C.; Turner, M. S.; Agarwal, G.; Kwong, S.; Josephs, R.; Ferrone, F. A.; Briehl, R. W. J. Mol. Biol. 2002, 315, 601-612
22. Yoon, G.; Kab Kim, Y.; Eom, K.; Na, S. Appl. Phys. Lett. 2013, 102, 011914
23. Rust, M. J.; Bates, M.; Zhuang, X. Nat. Methods 2006, 3, 793-795
24. Albertazzi, L.; van der Zwaag, D.; Leenders, C. M. A.; Fitzner, R.; van der Hofstad, R. W.; Meijer, E. W. Science 2014, 344, 491-495
25. Smith, M. B.; Li, H.; Shen, T.; Huang, X.; Yusuf, E.; Vavylonis, D. Cytoskeleton 2010, 67, 693-705
26. Vasilkoski, Z.; Stepanyants, A. J. Neurosci. Methods 2009, 178, 197-204
27. Hall, D. Anal. Biochem. 2012, 421, 262-277
28. Haralick, R. M.; Watson, L. T.; Laffey, T. J. Int. J. Rob. Res. 1983, 2, 50-72
29. Kass, M.; Witkin, A.; Terzopoulos, D. Int. J. Comput. Vis. 1988, 1, 321-331
30. Steger, C. IEEE Trans. Pattern Anal. Mach. Intell. 1998, 20, 113-125
31. Jacob, M.; Unser, M. Pattern Anal. Mach. Intell. 2004, 26, 1007-1019
32. Sun, C.; Vallotton, P. J. Microsc. 2009, 234, 147-157
33. Frangi, A. F.; Niessen, W. J.; Hoogeveen, R. M.; van Walsum, T.; Viergever, M. A. IEEE Trans. Med. Imaging 1999, 18, 946-956
34. Lorigo, L. M.; Faugeras, O. D.; Grimson, W. E.; Keriven, R.; Kikinis, R.; Nabavi, A.; Westin, C. F. Med. Image Anal. 2001, 5, 195-206
35. Sato, Y.; Nakajima, S.; Shiraga, N.; Atsumi, H.; Yoshida, S.; Koller, T.; Gerig, G.; Kikinis, R. Med. Image Anal. 1998, 2, 143-168
36. Yuan, X.; Trachtenberg, J. T.; Potter, S. M.; Roysam, B. Neuroinformatics 2009, 7, 213-232
37. Broser, P. J.; Erdogan, S.; Grinevich, V.; Osten, P.; Sakmann, B.; Wallace, D. J. J. Neurosci. Methods 2008, 169, 43-54
38. Narro, M. L.; Yang, F.; Kraft, R.; Wenk, C.; Efrat, A.; Restifo, L. L. Brain Res. 2007, 1138, 57-75
39. Pool, M.; Thiemann, J.; Bar-Or, A.; Fournier, A. E. J. Neurosci. Methods 2008, 168, 134-139
40. Janoos, F.; Mosaliganti, K.; Xu, X.; Machiraju, R.; Huang, K.; Wong, S. T. C. Med. Image Anal. 2009, 13, 167-179
41. Hart, P.; Nilsson, N.; Raphael, B. IEEE Trans. Syst. Sci. Cybern. 1968, 4, 100-107
42. Longair, M. H.; Baker, D. A.; Armstrong, J. D. Bioinformatics 2011, 27, 2453-2454
43. Meijering, E.; Jacob, M.; Sarria, J.-C. F.; Steiner, P.; Hirling, H.; Unser, M. Cytometry, Part A 2004, 58, 167-176
44. Schmitt, S.; Evers, J. F.; Duch, C.; Scholz, M.; Obermayer, K. Neuroimage 2004, 23, 1283-1298
45. Rodriguez, A.; Ehlenberger, D. B.; Hof, P. R.; Wearne, S. L. J. Neurosci. Methods 2009, 184, 169-175
46. Nisslert, R.; Kvarnström, M.; Lorén, N.; Nydén, M.; Rudemo, M. J. Microsc. 2007, 225, 10-21
47. Altendorf, H.; Decencière, E.; Jeulin, D.; De sa Peixoto, P.; Deniset-Besseau, A.; Angelini, E.; Mosser, G.; Schanne-Klein, M.-C. J. Microsc. 2012, 247, 161-175
48. Wu, J.; Rajwa, B.; Filmer, D. L.; Hoffmann, C. M.; Yuan, B.; Chiang, C.; Sturgis, J.; Robinson, J. P. J. Microsc. 2003, 210, 158-165
49. Stein, A. M.; Vader, D. A.; Jawerth, L. M.; Weitz, D. A.; Sander, L. M. J. Microsc. 2008, 232, 463-475
50. Brangwynne, C. P.; Koenderink, G. H.; Barry, E.; Dogic, Z.; MacKintosh, F. C.; Weitz, D. A. Biophys. J. 2007, 93, 346-359
51. Hadjidemetriou, S.; Toomre, D.; Duncan, J. Med. Image Anal. 2008, 12, 689-702
52. Wiggins, P. A.; van der Heijden, T.; Moreno-Herrero, F.; Spakowitz, A.; Phillips, R.; Widom, J.; Dekker, C.; Nelson, P. C. Nat. Nanotechnol. 2006, 1, 137-141
53. Moukhtar, J.; Faivre-Moskalenko, C.; Milani, P.; Audit, B.; Vaillant, C.; Fontaine, E.; Mongelard, F.; Lavorel, G.; St-Jean, P.; Bouvet, P.; Argoul, F.; Arneodo, A. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 5125-5143
54. Adamcik, J.; Jung, J.-M.; Flakowski, J.; De Los Rios, P.; Dietler, G.; Mezzenga, R. Nat. Nanotechnol. 2010, 5, 423-428
55. Smith, J. F.; Knowles, T. P. J.; Dobson, C. M.; Macphee, C. E.; Welland, M. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 15806-15811
56. Witz, G.; Rechendorff, K.; Adamcik, J.; Dietler, G. Phys. Rev. Lett. 2011, 106, 248301
57. Schefer, L.; Adamcik, J.; Mezzenga, R. Angew. Chem., Int. Ed. 2014, 53, 5376-5379
58. Drube, F.; Alim, K.; Witz, G.; Dietler, G.; Frey, E. Nano Lett. 2010, 10, 1445-1449
59. Sakaue, T.; Witz, G.; Dietler, G.; Wada, H. EPL 2010, 91, 68002
60. Timoshenko, E. G.; Kuznetsov, Y. A.; Connolly, R. J. Chem. Phys. 2002, 116, 3905
61. Peng, H.; Ruan, Z.; Long, F.; Simpson, J. H.; Myers, E. W. Nat. Biotechnol. 2010, 28, 348-353
62. Mikhaylov, A.; Sekatskii, S. K.; Dietler, G. J. Adv. Microsc. Res. 2013, 8, 241-245
63. Usov, I.; Adamcik, J.; Mezzenga, R. ACS Nano 2013, 7, 10465-10474
64. Usov, I.; Adamcik, J.; Mezzenga, R. Faraday Discuss. 2013, 166, 151-162
65. Jordens, S.; Isa, L.; Usov, I.; Mezzenga, R. Nat. Commun. 2013, 4, 1917
66. Jordens, S.; Riley, E. E.; Usov, I.; Isa, L.; Olmsted, P. D.; Mezzenga, R. ACS Nano 2014, 8, 11071-11079
67. Li, C.; Mezzenga, R. Langmuir 2012, 28, 10142-10146
68. Rivetti, C.; Walker, C.; Bustamante, C. J. Mol. Biol. 1998, 280, 41-59
69. Lara, C.; Usov, I.; Adamcik, J.; Mezzenga, R. Phys. Rev. Lett. 2011, 107, 238101
70. Bolisetty, S.; Vallooran, J. J.; Adamcik, J.; Mezzenga, R. ACS Nano 2013, 7, 6146-6155
71. Usov, I.; Nyström, G.; Adamcik, J.; Handschin, S.; Bergström, L.; Mezzenga, R., submitted.
72. Lu, Y.; Weers, B. D.; Stellwagen, N. C. Biophys. J. 2003, 85, 409-415
73. Dame, R. T.; van Mameren, J.; Luijsterburg, M. S.; Mysiak, M. E.; Janićijević, A.; Pazdzior, G.; van der Vliet, P. C.; Wyman, C.; Wuite, G. J. L. Nucleic Acids Res. 2005, 33, e68
74. Saha, A.; Adamcik, J.; Bolisetty, S.; Handschin, S.; Mezzenga, R., submitted.
75. Lara, C.; Reynolds, N. P.; Berryman, J. T.; Xu, A.; Zhang, A.; Mezzenga, R. J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 4732-4739
76. McGeoch, C. C. A Guide to Experimental Algorithmics; Cambridge University Press: Cambridge, UK, 2012; p 171.
77. Usov, I.; Mezzenga, R. ACS Nano 2014, 8, 11035-11041
78. Rubinstein, M.; Colby, R. H. Polymer Physics; Oxford University Press: New York, 2003; pp 54-60.
79. Wiggins, P. A.; Nelson, P. C. Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2006, 73, 031906
80. Hsu, H.-P.; Paul, W.; Binder, K. Macromolecules 2010, 43, 3094-3102
81. Doi, M.; Edwards, S. F. The Theory of Polymer Dynamics; Oxford University Press: New York, 1986; p 317.
82. Manning, G. S. Phys. Rev. A 1986, 34, 668-670
83. De Gennes, P. G. Scaling Concepts in Polymer Physics; Cornell University Press: Ithaca, NY, 1979.
84. Mücke, N.; Klenin, K.; Kirmse, R.; Bussiek, M.; Herrmann, H.; Hafner, M.; Langowski, J. PLoS One 2009, 4, e7756
85. Rappaport, S. M.; Medalion, S.; Rabin, Y. arXiv:0801.3183, 2008.
86. Villarrubia, J. S. Surf. Sci. 1994, 321, 287-300
87. Villarrubia, J. S. J. Res. Natl. Inst. Stand. Technol. 1997, 102, 425-454
88. Lamour, G.; Yip, C. K.; Li, H.; Gsponer, J. ACS Nano 2014, 8, 3851-3861
89. Mandelbrot, B. B. The Fractal Geometry of Nature; W.H. Freeman and Company: San Francisco, 1982.