Detection of human urinary 5-hydroxymethylcytosine by stable isotope dilution HPLC-MS/MS analysis

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 3, 2015, Pages 1846-1852

  Yin, Ruichuan ^a   Mo, Jiezhen ^a   Lu, Meiling ^b   Wang, Hailin ^a  

^a RESEARCH CENTER FOR ECO ENVIRONMENTAL SCIENCES   (China)

^b AGILENT TECHNOLOGIES   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMMONIUM BICARBONATE; BODY FLUIDS; CHEMICAL REACTIONS; DNA; GENES; ISOTOPES; MAMMALS; PHASE SEPARATION;

5-HYDROXYMETHYLCYTOSINE; EPIGENETIC MODIFICATION; HPLC-MS/MS ANALYSIS; NEUROLOGICAL DISEASE; OFF-LINE SOLID PHASE EXTRACTION; ORDERS OF MAGNITUDE; RELATIVE STANDARD DEVIATIONS; STABLE ISOTOPE DILUTION;

DIAGNOSIS;

5 METHYLCYTOSINE; 5-FORMYLCYTOSINE; 5-HYDROXYMETHYLCYTOSINE; AMMONIUM BICARBONATE; BICARBONATE; CYTOSINE; ISOTOPE;

ADULT; ANALOGS AND DERIVATIVES; CHEMISTRY; DNA METHYLATION; EVALUATION STUDY; FEMALE; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; HUMAN; INDICATOR DILUTION CURVE; MALE; SOLID PHASE EXTRACTION; TANDEM MASS SPECTROMETRY; URINE; YOUNG ADULT;

5-METHYLCYTOSINE; ADULT; BICARBONATES; CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; CYTOSINE; DNA METHYLATION; FEMALE; HUMANS; INDICATOR DILUTION TECHNIQUES; ISOTOPES; MALE; SOLID PHASE EXTRACTION; TANDEM MASS SPECTROMETRY; YOUNG ADULT;

EID: 84922245192     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac5038895     Document Type: Article

References (52)

1. Bird, A. Genes Dev. 2002, 16, 6-21
2. Bird, A. P.; Wolffe, A. P. Cell 1999, 99, 451-454
3. Jaenisch, R.; Bird, A. Nat. Genet. 2003, 33, 245-254
4. Li, E.; Beard, C.; Jaenisch, R. Nature 1993, 366, 362-365
5. Panning, B.; Jaenisch, R. Genes Dev. 1996, 10, 1991-2002
6. Stancheva, I.; Hensey, C.; Meehan, R. R. EMBO J. 2001, 20, 1963-1973
7. Tahiliani, M.; Koh, K. P.; Shen, Y.; Pastor, W. A.; Bandukwala, H.; Brudno, Y.; Agarwal, S.; Iyer, L. M.; Liu, D. R.; Aravind, L.; Rao, A. Science 2009, 324, 930-935
8. Ito, S.; D'Alessio, A. C.; Taranova, O. V.; Hong, K.; Sowers, L. C.; Zhang, Y. Nature 2010, 466, 1129-1133
9. Nabel, C. S.; Kohli, R. M. Science 2011, 333, 1229-1230
10. Nawy, T. Nat. Methods 2013, 10, 466-466
11. Gao, Y.; Chen, J.; Li, K.; Wu, T.; Huang, B.; Liu, W.; Kou, X.; Zhang, Y.; Huang, H.; Jiang, Y.; Yao, C.; Liu, X.; Lu, Z.; Xu, Z.; Kang, L.; Chen, J.; Wang, H.; Cai, T.; Gao, S. Cell Stem Cell 2013, 12, 453-469
12. Ficz, G.; Branco, M. R.; Seisenberger, S.; Santos, F.; Krueger, F.; Hore, T. A.; Marques, C. J.; Andrews, S.; Reik, W. Nature 2011, 473, 398-U589
13. Koh, K. P.; Yabuuchi, A.; Rao, S.; Huang, Y.; Cunniff, K.; Nardone, J.; Laiho, A.; Tahiliani, M.; Sommer, C. A.; Mostoslavsky, G.; Lahesmaa, R.; Orkin, S. H.; Rodig, S. J.; Daley, G. Q.; Rao, A. Cell Stem Cell 2011, 8, 200-213
14. Tan, L.; Shi, Y. G. Development 2012, 139, 1895-1902
15. Yin, R.; Mao, S.-Q.; Zhao, B.; Chong, Z.; Yang, Y.; Zhao, C.; Zhang, D.; Huang, H.; Gao, J.; Li, Z.; Jiao, Y.; Li, C.; Liu, S.; Wu, D.; Gu, W.; Yang, Y.-G.; Xu, G.-L.; Wang, H. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 10396-10403
16. Zhao, B.; Yang, Y.; Wang, X.; Chong, Z.; Yin, R.; Song, S.-H.; Zhao, C.; Li, C.; Huang, H.; Sun, B.-F.; Wu, D.; Jin, K.-X.; Song, M.; Zhu, B.-Z.; Jiang, G.; Danielsen, J. M. R.; Xu, G.-L.; Yang, Y.-G.; Wang, H. Nucleic Acid Res. 2014, 42, 1593-1605
17. Tellez-Plaza, M.; Tang, W.; Shang, Y.; Umans, J. G.; Francesconi, K. A.; Goessler, W.; Ledesma, M.; Leon, M.; Laclaustra, M.; Pollak, J. Environ. Health Perspect. 2014, 122, 946-954
18. Jin, S.-G.; Jiang, Y.; Qiu, R.; Rauch, T. A.; Wang, Y.; Schackert, G.; Krex, D.; Lu, Q.; Pfeifer, G. P. Cancer Res. 2011, 71, 7360-7365
19. Kraus, T. F. J.; Globisch, D.; Wagner, M.; Eigenbrod, S.; Widmann, D.; Muenzel, M.; Mueller, M.; Pfaffeneder, T.; Hackner, B.; Feiden, W.; Schueller, U.; Carell, T.; Kretzschmar, H. A. Int. J. Cancer 2012, 131, 1577-1590
20. Haffner, M. C.; Chaux, A.; Meeker, A. K.; Esopi, D. M.; Gerber, J.; Pellakuru, L. G.; Toubaji, A.; Argani, P.; Iacobuzio-Donahue, C.; Nelson, W. G.; Netto, G. J.; De Marzo, A. M.; Yegnasubramanian, S. Oncotarget 2011, 2, 627-637
21. Uchiyama, R.; Uhara, H.; Uchiyama, A.; Ogawa, E.; Takazawa, Y.; Ashida, A.; Koga, H.; Hayashi, K.; Kiniwa, Y.; Okuyama, R. J. Dermatol. Sci. 2014, 73, 161-163
22. Lian, C. G.; Xu, Y.; Ceol, C.; Wu, F.; Larson, A.; Dresser, K.; Xu, W.; Tan, L.; Hu, Y.; Zhan, Q.; Lee, C.-w.; Hu, D.; Lian, B. Q.; Kleffel, S.; Yang, Y.; Neiswender, J.; Khorasani, A. J.; Fang, R.; Lezcano, C.; Duncan, L. M.; Scolyer, R. A.; Thompson, J. F.; Kakavand, H.; Houvras, Y.; Zon, L. I.; Mihm, M. C., Jr.; Kaiser, U. B.; Schatton, T.; Woda, B. A.; Murphy, G. F.; Shi, Y. G. Cell 2012, 150, 1135-1146
23. Liu, C.; Liu, L.; Chen, X.; Shen, J.; Shan, J.; Xu, Y.; Yang, Z.; Wu, L.; Xia, F.; Bie, P.; Cui, Y.; Bian, X.-w.; Qian, C. PLoS One 2013, 8, e62828
24. Ko, M.; Huang, Y.; Jankowska, A. M.; Pape, U. J.; Tahiliani, M.; Bandukwala, H. S.; An, J.; Lamperti, E. D.; Koh, K. P.; Ganetzky, R.; Liu, X. S.; Aravind, L.; Agarwal, S.; Maciejewski, J. P.; Rao, A. Nature 2010, 468, 839-843
25. Yang, H.; Liu, Y.; Bai, F.; Zhang, J. Y.; Ma, S. H.; Liu, J.; Xu, Z. D.; Zhu, H. G.; Ling, Z. Q.; Ye, D.; Guan, K. L.; Xiong, Y. Oncogene 2013, 32, 663-669
26. Liu, X.; Zhang, G.; Yi, Y.; Xiao, L.; Pei, M.; Liu, S.; Luo, Y.; Zhong, H.; Xu, Y.; Zheng, W.; Shen, J. Leukemia Lymphoma 2013, 54, 2466-2473
27. Wang, F.; Yang, Y.; Lin, X.; Wang, J.-Q.; Wu, Y.-S.; Xie, W.; Wang, D.; Zhu, S.; Liao, Y.-Q.; Sun, Q.; Yang, Y.-G.; Luo, H.-R.; Guo, C.; Han, C.; Tang, T.-S. Hum. Mol. Genet. 2013, 22, 3641-3653
28. Sierksma, A. S. R.; Prickaerts, J.; Chouliaras, L.; Rostamian, S.; Delbroek, L.; Rutten, B. P. F.; Steinbusch, H. W. M.; van den Hove, D. L. A. Neurobiol. Aging 2013, 34, 319-337
29. Dong, E.; Gavin, D. P.; Chen, Y.; Davis, J. Transl. Psychiatry 2012, 2, e159.
30. Kinney, S. M.; Chin, H. G.; Vaisvila, R.; Bitinaite, J.; Zheng, Y.; Esteve, P.-O.; Feng, S.; Stroud, H.; Jacobsen, S. E.; Pradhan, S. J. Biol. Chem. 2011, 286, 24685-24693
31. Nestor, C. E.; Ottaviano, R.; Reddington, J.; Sproul, D.; Reinhardt, D.; Dunican, D.; Katz, E.; Dixon, J. M.; Harrison, D. J.; Meehan, R. R. Genome Res. 2012, 22, 467-477
32. Muenzel, M.; Globisch, D.; Brueckl, T.; Wagner, M.; Welzmiller, V.; Michalakis, S.; Mueller, M.; Biel, M.; Carell, T. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 5375-5377
33. Globisch, D.; Münzel, M.; Müller, M.; Michalakis, S.; Wagner, M.; Koch, S.; Brückl, T.; Biel, M.; Carell, T. PLoS One 2010, 5, e15367
34. Wu, H.; Zhang, Y. Genes Dev. 2011, 25, 2436-2452
35. Nagata, S. Annu. Rev. Immunol. 2005, 23, 853-875.
36. Nagata, S.; Nagase, H.; Kawane, K.; Mukae, N.; Fukuyama, H. Cell Death Differ. 2003, 10, 108-116
37. Kawane, K.; Motani, K.; Nagata, S. Cold Spring Harbor Perspect. Biol. 2014, 6, doi: 10.1101/cshperspect.a016394.
38. Itoh, K.; Aida, S.; Ishiwata, S.; Yamaguchi, T.; Ishida, N.; Mizugaki, M. Clin. Chim. Acta 1995, 234, 37-45
39. Zambonin, C. G.; Aresta, A.; Palmisano, F.; Specchia, G.; Liso, V. J. Pharm. Biomed. 1999, 21, 1045-1051
40. Lee, S. H.; Jung, B. H.; Kim, S. Y.; Chung, B. C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 973-977
41. Lee, S. H.; Kim, I.; Chung, B. C. Clin. Biochem. 2007, 40, 936-938
42. Hu, C.-W.; Liu, H.-H.; Li, Y.-J.; Chao, M.-R. Chem. Res. Toxicol. 2012, 25, 462-470
43. Kriaucionis, S.; Heintz, N. Science 2009, 324, 929-930
44. Li, W.; Liu, M. J. Nucleic Acids 2011, 870726-870726
45. Ito, S.; Shen, L.; Dai, Q.; Wu, S. C.; Collins, L. B.; Swenberg, J. A.; He, C.; Zhang, Y. Science 2011, 333, 1300-1303
46. Le, T.; Kim, K.-P.; Fan, G.; Faull, K. F. Anal. Biochem. 2011, 412, 203-209
47. Zhang, L.; Zhang, L.; Zhou, K.; Ye, X.; Zhang, J.; Xie, A.; Chen, L.; Kang, J. X.; Cai, C. J. Biomol. Screen. 2012, 17, 877-884
48. Chen, M. L.; Shen, F.; Huang, W.; Qi, J.-H.; Wang, Y.; Feng, Y. Q.; Liu, S.-M.; Yuan, B. F. Clin. Chem. 2013, 59, 824-832
49. Tang, Y.; Chu, J.-M.; Huang, W.; Xiong, J.; Xing, X. W.; Zhou, X.; Feng, Y. Q.; Yuan, B. F. Anal. Chem. 2013, 85, 6129-6135
50. Zhao, C.; Wang, H. Acta Chim. Sin. 2013, 71, 26-35
51. Yin, R.; Liu, S.; Zhao, C.; Lu, M.; Tang, M.-s.; Wang, H. Anal. Chem. 2013, 85, 3190-3197
52. Bouatra, S.; Aziat, F.; Mandal, R.; Guo, A. C.; Wilson, M. R.; Knox, C.; Bjorndahl, T. C.; Krishnamurthy, R.; Saleem, F.; Liu, P.; Dame, Z. T.; Poelzer, J.; Huynh, J.; Yallou, F. S.; Psychogios, N.; Dong, E.; Bogumil, R.; Roehring, C.; Wishart, D. S. PLoS One 2013, 8, e73076