Reconstruction of acetogenesis pathway using short-read sequencing of clostridium aceticum genome

Journal of Nanoscience and Nanotechnology

Volumn 15, Issue 5, 2015, Pages 3852-3861

  Sooin, Lee ^a   Yoseb, Song ^a   Donghui, Choe ^a   Suhyung, Cho ^a   Seok, Jong Yu ^c   Yongseong, Cho ^c   Sun, Chang Kim ^a,b   Byung Kwan, Cho ^a,b  

^a Korea Advanced Institute of Science and Technology (KAIST)   (South Korea)

^b Intelligent Synthetic Biology Center   (South Korea)

^c Korea Institute of Science and Technology Information (KISTI)   (South Korea)

Author keywords

Acetogen; Genome assembly; Keywords: Clostridium aceticum; Next Generation sequencing; Wood Ljungdahl pathway.

Indexed keywords

CLOSTRIDIUM; GENES; METABOLISM;

ACETOGEN; FUNCTIONAL ANNOTATION; GENOME ASSEMBLY; KEYWORDS: CLOSTRIDIUM ACETICUM; LARGE SCALE PRODUCTIONS; METABOLIC INFORMATION; METABOLIC RECONSTRUCTION; NEXT-GENERATION SEQUENCING;

CARBON DIOXIDE;

BACTERIAL DNA; BACTERIAL PROTEIN;

AMINO ACID SEQUENCE; BACTERIAL GENOME; CLOSTRIDIUM; DNA SEQUENCE; GENETICS; HIGH THROUGHPUT SEQUENCING; METABOLISM; MOLECULAR GENETICS; PROCEDURES; SEQUENCE ALIGNMENT;

AMINO ACID SEQUENCE; BACTERIAL PROTEINS; CLOSTRIDIUM; DNA, BACTERIAL; GENOME, BACTERIAL; HIGH-THROUGHPUT NUCLEOTIDE SEQUENCING; METABOLIC NETWORKS AND PATHWAYS; MOLECULAR SEQUENCE DATA; SEQUENCE ALIGNMENT; SEQUENCE ANALYSIS, DNA;

EID: 84920749625     PISSN: 15334880     EISSN: 15334899     Source Type: Journal    
DOI: 10.1166/jnn.2015.9537     Document Type: Article

References (51)

1. F. Sanger, S. Nicklen, and A. R. Coulson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74, 5463 (1977).
2. M. L. Metzker, Nat. Rev. Genet. 11, 31 (2010).
3. W. W. Soon, M. Hariharan, and M. P. Snyder, Mol. Syst. Biol. 9, 640 (2013).
4. S. Elingaramil, X. Li, and N. He, J. Nanosci. Nanotechnol. 13, 4539 (2013).
5. Y. Wang, R. Shi, Z. Wang, X. Zhang, and G. Cui, J. Bionanosci. 7, 265 (2013).
6. M. Margulies, M. Egholm, W. E. Altman, S. Attiya, J. S. Bader, L. A. Bemben, J. Berka, M. S. Braverman, Y. J. Chen, Z. Chen, S. B. Dewell, L. Du, J. M. Fierro, X. V. Gomes, B. C. Godwin, W. He, S. Helgesen, C. H. Ho, G. P. Irzyk, S. C. Jando, M. L. Alenquer, T. P. Jarvie, K. B. Jirage, J. B. Kim, J. R. Knight, J. R. Lanza, J. H. Leamon, S. M. Lefkowitz, M. Lei, J. Li, K. L. Lohman, H. Lu, V. B. Makhijani, K. E. McDade, M. P. McKenna, E. W. Myers, E. Nickerson, J. R. Nobile, R. Plant, B. P. Puc, M. T. Ronan, G. T. Roth, G. J. Sarkis, J. F. Simons, J. W. Simpson, M. Srinivasan, K. R. Tartaro, A. Tomasz, K. A. Vogt, G. A. Volkmer, S. H. Wang, Y. Wang, M. P. Weiner, P. Yu, R. F. Begley, and J. M. Rothberg, Nature 437, 376 (2005).
7. H. Jia, X. Cao, C. Fu, J. Wang, Z. Chen, B. Zou, L. Jin, Z. Yan, and G. Zhou, J. Nanosci. Nanotechnol. 13, 3805 (2013).
8. E. R. Mardis, Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 9, 387 (2008).
9. N. Iimura, M. Yamamoto, F. Tanaka, A. Kameda, and A. Ohuchi, Sequence Design for Stable DNA Tiles, DNA Computing, edited by C. Mao and T. Yokomori, Springer, Berlin, Heidelberg (2006), Vol. 4287, p. 172.
10. Y. Yang, R. Liu, H. Xie, Y. Hui, R. Jiao, Y. Gong, and Y. Zhang, J. Nanosci. Nanotechnol. 13, 4521 (2013).
11. E. E. Schadt, S. Turner, and A. Kasarskis, Hum. Mol. Genet. 19, R227 (2010).
12. S. Han and G. Chang, J. Bionanosci. 7, 453 (2013).
13. D. MacLean, J. D. Jones, and D. J. Studholme, Nat. Rev. Microbiol. 7, 287 (2009).
14. X. Xiao, J. Min, and P. Wang, J. Bionanosci. 7, 49 (2013).
15. A. M. Feist, M. J. Herrgard, I. Thiele, J. L. Reed, and B. O. Palsson, Nat. Rev. Microbiol. 7, 129 (2009).
16. A. M. Feist, C. S. Henry, J. L. Reed, M. Krummenacker, A. R. Joyce, P. D. Karp, L. J. Broadbelt, V. Hatzimanikatis, and B. O. Palsson, Mol. Syst. Biol. 3, 121 (2007).
17. M. A. Oberhardt, B. O. Palsson, and J. A. Papin, Mol. Syst. Biol. 5, 320 (2009).
18. A. M. Feist and B. O. Palsson, Nat. Biotechnol. 26, 659 (2008).
19. H. Alper, K. Miyaoku, and G. Stephanopoulos, Nat. Biotechnol. 23, 612 (2005).
20. M. W. Covert, E. M. Knight, J. L. Reed, M. J. Herrgard, and B. O. Palsson, Nature 429, 92 (2004).
21. R. U. Ibarra, J. S. Edwards, and B. O. Palsson, Nature 420, 186 (2002).
22. C. Pal, B. Papp, and M. J. Lercher, Nat. Genet. 37, 1372 (2005).
23. C. Pal, B. Papp, M. J. Lercher, P. Csermely, S. G. Oliver, and L. D. Hurst, Nature 440, 667 (2006).
24. H. L. Drake, A. S. Gossner, and S. L. Daniel, Ann. N. Y. Acad. Sci. 1125, 100 (2008).
25. S. W. Ragsdale and E. Pierce, Biochimica et biophysica acta 1784, 1873 (2008).
26. S. W. Ragsdale, Ann. N. Y. Acad. Sci. 1125, 129 (2008).
27. C. Leang, T. Ueki, K. P. Nevin, and D. R. Lovley, Appl. Environ. Microbiol. 79, 1102 (2013).
28. P. Hu, H. Rismani-Yazdi, and G. Stephanopoulos, Aiche Journal 59, 3176 (2013).
29. K. P. Nevin, S. A. Hensley, A. E. Franks, Z. M. Summers, J. Ou, T. L. Woodard, O. L. Snoeyenbos-West, and D. R. Lovley, Appl. Environ. Microbiol. 77, 2882 (2011).
30. Y. Gong, A. Ebrahim, A. M. Feist, M. Embree, T. Zhang, D. Lovley, and K. Zengler, Environ. Sci. Technol. 47, 568 (2013).
31. D. R. Zerbino and E. Birney, Genome Res. 18, 821 (2008).
32. P. Rice, I. Longden, and A. Bleasby, Trends Genet. 16, 276 (2000).
33. R. A. Farrer, E. Kemen, J. D. Jones, and D. J. Studholme, FEMS Microbiol. Lett. 291, 103 (2009).
34. G. Robertson, J. Schein, R. Chiu, R. Corbett, M. Field, S. D. Jackman, K. Mungall, S. Lee, H. M. Okada, J. Q. Qian, M. Griffith, A. Raymond, N. Thiessen, T. Cezard, Y. S. Butterfield, R. Newsome, S. K. Chan, R. She, R. Varhol, B. Kamoh, A. L. Prabhu, A. Tam, Y. Zhao, R. A. Moore, M. Hirst, M. A. Marra, S. J. Jones, P. A. Hoodless, and I. Birol, Nat. Methods 7, 909 (2010).
35. J. D. Tang, A. D. Perkins, T. S. Sonstegard, S. G. Schroeder, S. C. Burgess, and S. V. Diehl, Appl. Environ. Microbiol. 78, 2272 (2012).
36. G. Parra, K. Bradnam, and I. Korf, Bioinformatics 23, 1061 (2007).
37. S. Okuda, T. Yamada, M. Hamajima, M. Itoh, T. Katayama, P. Bork, S. Goto, and M. Kanehisa, Nucleic Acids Res. 36, W423 (2008).
38. B. Boeckmann, M. C. Blatter, L. Famiglietti, U. Hinz, L. Lane, B. Roechert, and A. Bairoch, C. R. Biol. 328, 882 (2005).
39. S. F. Altschul, W. Gish, W. Miller, E. W. Myers, and D. J. Lipman, J. Mol. Biol. 215, 403 (1990).
40. M. Kopke, C. Held, S. Hujer, H. Liesegang, A. Wiezer, A. Wollherr, A. Ehrenreich, W. Liebl, G. Gottschalk, and P. Durre, Proc. Natl. Acad. Sci. U S A 107, 13087 (2010).
41. Y. Gao, Y.-M. Wang, and Z. Pei, J. Bionanosci. 7, 92 (2013).
42. Z. L. Boynton, G. N. Bennett, and F. B. Rudolph, Appl. Environ. Microbiol. 62, 2758 (1996).
43. G. Bruant, M. J. Levesque, C. Peter, S. R. Guiot, and L. Masson, PLoS One 5, e13033 (2010).
44. M. Braun, F. Mayer, and G. Gottschalk, Arch. Microbiol. 128, 288 (1981).
45. E. Pierce, G. Xie, R. D. Barabote, E. Saunders, C. S. Han, J. C. Detter, P. Richardson, T. S. Brettin, A. Das, L. G. Ljungdahl, and S. W. Ragsdale, Environ. Microbiol. 10, 2550 (2008).
46. A. Poehlein, S. Schmidt, A. K. Kaster, M. Goenrich, J. Vollmers, A. Thurmer, J. Bertsch, K. Schuchmann, B. Voigt, M. Hecker, R. Daniel, R. K. Thauer, G. Gottschalk, and V. Muller, PLoS One 7, e33439 (2012).
47. J. R. Andreesen, A. Schaupp, C. Neurauter, A. Brown, and L. G. Ljungdahl, J. Bacteriol. 114, 743 (1973).
48. E. Biegel and V. Muller, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 107, 18138 (2010).
49. J. Hugenholtz and L. G. Ljungdahl, FEMS Microbiol. Rev. 7, 383 (1990).
50. A. Das and L. G. Ljungdahl, J. Bacteriol. 179, 3746 (1997).
51. D. L. Roberts, J. E. James-Hagstrom, D. K. Garvin, C. M. Gorst, J. A. Runquist, J. R. Baur, F. C. Haase, and S. W. Ragsdale, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86, 32 (1989).