Atomic model of a cell-wall cross-linking enzyme in complex with an intact bacterial peptidoglycan

Journal of the American Chemical Society

Volumn 136, Issue 51, 2014, Pages 17852-17860

  Schanda, Paul ^a,b   Triboulet, Sébastien ^c,d   Laguri, Cédric ^a,b   Bougault, Catherine M ^a,b   Ayala, Isabel ^a,b   Callon, Morgane ^a,b   Arthur, Michel ^c,d   Simorre, Jean Pierre ^a,b  

^a INSTITUT DE BIOLOGIE STRUCTURALE   (France)

^b CEA GRENOBLE   (France)

^c CENTRE DE RECHERCHE DES CORDELIERS   (France)

^d UNIVERSITÉ PARIS DESCARTES   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTIBIOTIC AGENT; ENZYME; GAMMA GLUTAMYLTRANSFERASE; PEPTIDOGLYCAN; PEPTIDYLTRANSFERASE; PROTEIN BINDING;

ARTICLE; ATOM; BACILLUS SUBTILIS; BINDING SITE; CELL WALL; CHEMICAL BOND; COMPLEX FORMATION; CROSS LINKING; DRUG TARGETING; ENZYME ACTIVE SITE; MORPHOGENESIS; NONHUMAN; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTEIN BINDING; PROTEIN DOMAIN; PROTON NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; SOLID STATE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; ENZYMOLOGY; GENETICS; METABOLISM; MUTATION;

BACILLUS SUBTILIS; CATALYTIC DOMAIN; CELL WALL; MODELS, MOLECULAR; MUTATION; PEPTIDOGLYCAN; PEPTIDYL TRANSFERASES; PROTEIN BINDING;

EID: 84919934540     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja5105987     Document Type: Article

References (51)

1. Silver, L. L. Ann. N.Y. Acad. Sci. 2013, 1277, 29
2. Matteï, P.-J.; Neves, D.; Dessen, A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2010, 20, 749-755
3. Mainardi, J.-L.; Hugonnet, J.-E.; Rusconi, F.; Fourgeaud, M.; Dubost, L.; Moumi, A. N.; Delfosse, V.; Mayer, C.; Gutmann, L.; Rice, L. B.; Arthur, M. J. Biol. Chem. 2007, 282, 30414
4. Lavollay, M.; Arthur, M.; Fourgeaud, M.; Dubost, L.; Marie, A.; Veziris, N.; Blanot, D.; Gutmann, L.; Mainardi, J.-L. J. Bacteriol. 2008, 190, 4360
5. Magnet, S.; Arbeloa, A.; Mainardi, J.-L.; Hugonnet, J.-E.; Fourgeaud, M.; Dubost, L.; Marie, A.; Delfosse, V.; Mayer, C.; Rice, L. B.; Arthur, M. J. Biol. Chem. 2007, 282, 13151
6. Lecoq, L.; Bougault, C.; Hugonnet, J.-E.; Veckerlé, C.; Pessey, O.; Arthur, M.; Simorre, J.-P. Structure 2012, 20, 850
7. Bielnicki, J.; Devedjiev, Y.; Derewenda, U.; Dauter, Z.; Joachimiak, A.; Derewenda, Z. S. Proteins 2006, 62, 144
8. Biarrotte-Sorin, S.; Hugonnet, J.-E.; Delfosse, V.; Mainardi, J.-L.; Gutmann, L.; Arthur, M.; Mayer, C. J. Mol. Biol. 2006, 359, 533
9. Kim, H. S.; Kim, J.; Im, H. N.; Yoon, J. Y.; An, D. R.; Yoon, H. J.; Kim, J. Y.; Min, H. K.; Kim, S.-J.; Lee, J. Y.; Han, B. W.; Suh, S. W. Acta Crystallogr., Sect. D 2013, 69, 420
10. Correale, S.; Ruggiero, A.; Capparelli, R.; Pedone, E.; Berisio, R. Acta Crystallogr., Sect. D 2013, 69, 1697
11. Böth, D.; Steiner, E. M.; Stadler, D.; Lindqvist, Y.; Schnell, R.; Schneider, G. Acta Crystallogr., Sect. D 2013, 69, 432
12. Buist, G.; Steen, A.; Kok, J.; Kuipers, O. P. Mol. Microbiol. 2008, 68, 838
13. Garvey, K. J.; Saedi, M. S.; Ito, J. Nucleic Acids Res. 1986, 14, 10001
14. Bateman, A.; Bycroft, M. J. Mol. Biol. 2000, 299, 1113
15. Siewering, K.; Jain, S.; Friedrich, C.; Webber-Birungi, M. T.; Semchonok, D. A.; Binzen, I.; Wagner, A.; Huntley, S.; Kahnt, J.; Klingl, A.; Boekema, E. J.; Søgaard-Andersen, L.; van der Does, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014, 111, E953
16. Li, Z.; Jensen, G. J. Curr. Opin. Microbiol. 2009, 12, 333-340
17. Dupres, V.; Alsteens, D.; Andre, G.; Dufrêne, Y. F. Trends Microbiol. 2010, 18, 397-405
18. Turner, R. D.; Vollmer, W.; Foster, S. J. Mol. Microbiol. 2014, 91, 862-874
19. Kern, T.; Giffard, M.; Hediger, S.; Amoroso, A.; Giustini, C.; Bui, N. K.; Joris, B.; Bougault, C.; Vollmer, W.; Simorre, J.-P. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 10911
20. Lehotzky, R. E.; Partch, C. L.; Mukherjee, S.; Cash, H. L.; Goldman, W. E.; Gardner, K. H.; Hooper, L. V. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 7722
21. Kulminskaya, N. V.; Pedersen, M. Ø.; Bjerring, M.; Underhaug, J.; Miller, M.; Frigaard, N.-U.; Nielsen, J. T.; Nielsen, N. C. Angew. Chem., Int. Ed. 2012, 51, 6891
22. Renault, M.; Cukkemane, A.; Baldus, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 8346
23. Takahashi, H.; Ayala, I.; Bardet, M.; De Paëpe, G.; Simorre, J.-P.; Hediger, S. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 5105-5112
24. Kern, T.; Hediger, S.; Müller, P.; Giustini, C.; Joris, B.; Bougault, C.; Vollmer, W.; Simorre, J.-P. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 5618
25. Patti, G. J.; Sung, J. K.; Schaefer, J. Biochemistry 2008, 47, 8378
26. Sharif, S.; Singh, M.; Kim, S. J.; Schaefer, J. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 7023
27. Thurber, K. R.; Tycko, R. J. Magn. Reson. 2009, 196, 84
28. Delaglio, F.; Grzesiek, S.; Vuister, G.; Zhu, G.; Pfeifer, J.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1995, 6, 277
29. Vranken, W. F.; Boucher, W.; Stevens, T. J.; Fogh, R. H.; Pajon, A.; Llinas, M.; Ulrich, E. L.; Markley, J. L.; Ionides, J.; Laue, E. D. Proteins 2005, 59, 687
30. Helmus, J. J.; Jaroniec, C. P. J. Biomol. NMR 2013, 55, 355
31. Bak, M.; Rasmussen, J. T.; Nielsen, N. C. J. Magn. Reson. 2000, 147, 296
32. Smith, S.; Levante, T.; Meier, B.; Ernst, R. J. Magn. Reson. 1994, 106, 75
33. Barbet-Massin, E.; Pell, A. J.; Retel, J. S.; Andreas, L. B.; Jaudzems, K.; Franks, W. T.; Nieuwkoop, A. J.; Hiller, M.; Higman, V.; Guerry, P.; Bertarello, A.; Knight, M. J.; Felletti, M.; Le Marchand, T.; Kotelovica, S.; Akopjana, I.; Tars, K.; Stoppini, M.; Bellotti, V.; Bolognesi, M.; Ricagno, S.; Chou, J. J.; Griffin, R. G.; Oschkinat, H.; Lesage, A.; Emsley, L.; Herrmann, T.; Pintacuda, G. J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 12489-12497
34. Dominguez, C.; Boelens, R.; Bonvin, A. M. J. J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 1731
35. Brunger, A. T. Nat. Protoc. 2007, 2, 2728
36. Andronesi, O. C.; Becker, S.; Seidel, K.; Heise, H.; Young, H. S.; Baldus, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12965
37. Haller, J. D.; Schanda, P. J. Biomol NMR 2013, 57, 263
38. Lewandowski, J. R.; Sass, H. J.; Grzesiek, S.; Blackledge, M.; Emsley, L. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 16762
39. Krushelnitsky, A.; Zinkevich, T.; Reichert, D.; Chevelkov, V.; Reif, B. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 11850
40. Gansmüller, A.; Simorre, J.-P.; Hediger, S. J. Magn. Reson. 2013, 234, 154
41. Zhao, X.; Eden, M.; Levitt, M. H. Chem. Phys. Lett. 2001, 342, 353
42. Franks, W.; Zhou, D.; Wylie, B.; Money, B.; Graesser, D.; Frericks, H.; Sahota, G.; Rienstra, C. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12291
43. Chevelkov, V.; Fink, U.; Reif, B. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 14018
44. Yang, J.; Tasayco, M.; Polenova, T. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 13690
45. Canales, A.; Angulo, J.; Ojeda, R.; Bruix, M.; Fayos, R.; Lozano, R.; Giménez-Gallego, G.; Martín-Lomas, M.; Nieto, P. M.; Jiménez-Barbero, J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 5778
46. Laguri, C.; Sapay, N.; Simorre, J. P.; Brutscher, B.; Imberty, A.; Gans, P.; Lortat-Jacob, H. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 9642
47. Mesnage, S.; Dellarole, M.; Baxter, N. J.; Rouget, J.-B.; Dimitrov, J. D.; Wang, N.; Fujimoto, Y.; Hounslow, A. M.; Lacroix-Desmazes, S.; Fukase, K.; Foster, S. J.; Williamson, M. P. Nat. Commun. 2014, 5, 4269
48. Sánchez-Vallet, A.; Saleem-Batcha, R.; Kombrink, A.; Hansen, G.; Valkenburg, D.-J.; Thomma, B. P.; Mesters, J. R. Elife 2013, 2, e00790
49. Lecoq, L.; Dubée, V.; Triboulet, S.; Bougault, C.; Hugonnet, J. E.; Arthur, M.; Simorre, J. P. ACS Chem. Biol. 2013, 8, 1140
50. Linser, R.; Dasari, M.; Hiller, M.; Higman, V.; Fink, U.; Lopez del Amo, J.-M.; Markovic, S.; Handel, L.; Kessler, B.; Schmieder, P.; Oesterhelt, D.; Oschkinat, H.; Reif, B. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2011, 50, 4508
51. Ward, M. E.; Shi, L.; Lake, E.; Krishnamurthy, S.; Hutchins, H.; Brown, L. S.; Ladizhansky, V. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 17434