Rapid screening of peptide probes through in situ single-bead sequencing microarray

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 23, 2014, Pages 11854-11859

  Wang, Weizhi ^a   Wei, Zewen ^a   Zhang, Di ^a   Ma, Huailei ^a   Wang, Zihua ^a   Bu, Xiangli ^a   Li, Menglin ^a   Geng, Lingling ^a   Lausted, Christopher ^c   Hood, Leroy ^c   Fang, Qiaojun ^a   Wang, Hao ^a   Hu, Zhiyuan ^a,b,c  

^a NATIONAL CENTER FOR NANOSCIENCE AND TECHNOLOGY   (China)

^b BEIJING INSTITUTE OF RADIATION MEDICINE   (China)

^c INSTITUTE FOR SYSTEMS BIOLOGY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DIAGNOSIS; DRUG DELIVERY; MICROFLUIDICS; PROBES; TUMORS;

BIOMEDICAL COMMUNITY; COMBINATORIAL PEPTIDE LIBRARIES; CONTINUOUS-FLOW; DISEASE DIAGNOSTICS; HIGH SPECIFICITY; MICROFLUIDIC METHOD; NANOMOLAR AFFINITY; PEPTIDE SCREENING;

PEPTIDES;

FLUORESCENT DYE; PEPTIDE; PEPTIDE LIBRARY;

ANIMAL; BAGG ALBINO MOUSE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; FEMALE; HEPG2 CELL LINE; HUMAN; MICROFLUIDIC ANALYSIS; MOUSE; NUDE MOUSE; PEPTIDE LIBRARY; PROTEIN MICROARRAY; TUMOR CELL LINE;

ANIMALS; CELL LINE, TUMOR; FEMALE; FLUORESCENT DYES; HEP G2 CELLS; HUMANS; MICE; MICE, INBRED BALB C; MICE, NUDE; MICROFLUIDIC ANALYTICAL TECHNIQUES; MOLECULAR STRUCTURE; PEPTIDE LIBRARY; PEPTIDES; PROTEIN ARRAY ANALYSIS;

EID: 84915748441     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac503454z     Document Type: Article

References (46)

1. Brown, S. D.; Nativo, P.; Smith, J.-A.; Stirling, D.; Edwards, P. R.; Venugopal, B.; Flint, D. J.; Plumb, J. A.; Graham, D.; Wheate, N. J. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 4678-4684
2. Fang, X.; Tan, W. Acc. Chem. Res. 2010, 43, 48-57
3. Olson, E. S.; Jiang, T.; Aguilera, T. A.; Nguyen, Q. T.; Ellies, L. G.; Scadeng, M.; Tsien, R. Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 4311-4316
4. Xiong, L.; Yang, T.; Yang, Y.; Xu, C.; Li, F. Biomaterials 2010, 31, 7078-7085
5. Delehanty, J. B.; Bradburne, C. E.; Susumu, K.; Boeneman, K.; Mei, B. C.; Farrell, D.; Blanco-Canosa, J. B.; Dawson, P. E.; Mattoussi, H.; Medintz, I. L. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 10482-10489
6. Kim, Y.-W.; Grossmann, T. N.; Verdine, G. L. Nat. Protoc. 2011, 6, 761-771
7. Lazarus, M. B.; Nam, Y.; Jiang, J.; Sliz, P.; Walker, S. Nature 2011, 469, 564-U168
8. Wang, H.; Zhang, Q.; Chu, X.; Chen, T.; Ge, J.; Yu, R. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 7065-7069
9. Gerber, E. E.; Gallo, E. M.; Fontana, S. C.; Davis, E. C.; Wigley, F. M.; Huso, D. L.; Dietz, H. C. Nature 2013, 503, 126-130
10. Englund, E. A.; Wang, D.; Fujigaki, H.; Sakai, H.; Micklitsch, C. M.; Ghirlando, R.; Martin-Manso, G.; Pendrak, M. L.; Roberts, D. D.; Durell, S. R.; Appella, D. H. Nat. Commun. 2012, 3, 614
11. Pandey, A. K.; Naduthambi, D.; Thomas, K. M.; Zondlo, N. J. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 4333-4363
12. Pasqualini, R.; Koivunen, E.; Kain, R.; Lahdenranta, J.; Sakamoto, M.; Stryhn, A.; Ashmun, R. A.; Shapiro, L. H.; Arap, W.; Ruoslahti, E. Cancer Res. 2000, 60, 722-727
13. Alberici, L.; Roth, L.; Sugahara, K. N.; Agemy, L.; Kotamraju, V. R.; Teesalu, T.; Bordignon, C.; Traversari, C.; Rizzardi, G.-P.; Ruoslahti, E. Cancer Res. 2013, 73, 804-812
14. Luo, L.-M.; Huang, Y.; Zhao, B.-X.; Zhao, X.; Duan, Y.; Du, R.; Yu, K.-F.; Song, P.; Zhao, Y.; Zhang, X.; Zhang, Q. Biomaterials 2013, 34, 1102-1114
15. Agemy, L.; Friedmann-Morvinski, D.; Kotamraju, V. R.; Roth, L.; Sugahara, K. N.; Girard, O. M.; Mattrey, R. F.; Verma, I. M.; Ruoslahti, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 17450-17455
16. Han, L.; Huang, R.; Li, J.; Liu, S.; Huang, S.; Jiang, C. Biomaterials 2011, 32, 1242-1252
17. Pan, L.; He, Q.; Liu, J.; Chen, Y.; Ma, M.; Zhang, L.; Shi, J. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 5722-5725
18. Cuttitta, F.; Carney, D. N.; Mulshine, J.; Moody, T. W.; Fedorko, J.; Fischler, A.; Minna, J. D. Nature 1985, 316, 823-826
19. Chanda, N.; Kattumuri, V.; Shukla, R.; Zambre, A.; Katti, K.; Upendran, A.; Kulkarni, R. R.; Kan, P.; Fent, G. M.; Casteel, S. W.; Smith, C. J.; Boote, E.; Robertson, J. D.; Cutler, C.; Lever, J. R.; Katti, K. V.; Kannan, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 8760-8765
20. Furuta, R. A.; Wild, C. T.; Weng, Y. K.; Weiss, C. D. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 276-279
21. Harbut, M. B.; Velmourougane, G.; Dalal, S.; Reiss, G.; Whisstock, J. C.; Onder, O.; Brisson, D.; McGowan, S.; Klemba, M.; Greenbaum, D. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, E526-E534
22. Itoh, Y.; Ishikawa, M.; Naito, M.; Hashimoto, Y. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 5820-5826
23. Kilby, J. M.; Hopkins, S.; Venetta, T. M.; DiMassimo, B.; Cloud, G. A.; Lee, J. Y.; Alldredge, L.; Hunter, E.; Lambert, D.; Bolognesi, D.; Mathews, T.; Johnson, M. R.; Nowak, M. A.; Shaw, G. M.; Saag, M. S. Nat. Med. 1998, 4, 1302-1307
24. Lalezari, J. P.; Henry, K.; O'Hearn, M.; Montaner, J. S. G.; Piliero, P. J.; Trottier, B.; Walmsley, S.; Cohen, C.; Kuritzkes, D. R.; Eron, J. J.; Chung, J.; DeMasi, R.; Donatacci, L.; Drobnes, C.; Delehanty, J.; Salgo, M.; Farthing, C.; Graham, E.; Packard, M.; Ngo, L.; Lederman, M.; Buam, J.; Pollard, R.; Rauf, S.; Silkowski, W.; Thompson, M.; Rucker, A.; Harris, M.; Larsen, G.; Preseon, S.; Cunningham, D.; Guimaraes, D.; Bertasso, A.; Kinchelow, T.; Myers, R.; Phoenix, B.; Skolnik, P. R.; Adams, B.; Leite, O. H. M.; Oliveira, M.; Lefebvre, E.; Gomez, B.; Foy, K. B.; Lampiris, H.; Charles, S.; Dobkin, J.; Crawford, M.; Slom, T.; Murphy, R.; Mikaitis, T.; Witek, J.; Anthony, R.; Richmond, G.; Appleby, V. F.; Smaill, F.; Kelleher, L.; Nieto, L.; Trevino, S.; Schechter, M.; Fonseca, B.; DeJesus, E.; Ortiz, R.; Wheat, J.; Goldman, M.; O'Connor, D. K.; Sierra-Madero, J. G.; Nino-Oberto, S.; Gallant, J. E.; Apuzzo, L.; Basgoz, N.; Habeeb, K.; Alpert, P.; Thomas, S.; Miller, T.; Kempner, T.; Wolfe, P. R.; Bautista, J.; Martin, H. L.; Morton, M. E.; Henry, D.; Kilcoyne, S.; Glutzer, E.; Rivera-Vazquez, C.; Pomales, Z.; Bellos, N.; Hoffman, L. A.; Olmscheid, B.; Klein, O.; Miller, M.; Steinhart, C. R.; Liebmann, A.; Williams, S.; Springate, L.; Logue, K.; Smiley, L.; Miralles, G. D.; Haubrich, R.; Nuffer, K.; Beatty, G.; O'Leary, S.; Rouleau, D.; Dufresne, S.; Kilby, J. M.; Saag, M.; Upton, K.; Feinberg, J.; Kohler, P.; Campbell, T. B.; Putnam, B. A.; Riddler, S. A.; Rosener, R. R.; Barnett, B. J.; Hansen, I.; Collier, A. C.; Royer, B. A.; Haas, D. W.; Morgan, M.; Sathasivam, K.; Hersch, J.; Grp, T. S. New Engl. J. Med. 2003, 348, 2175-2185
25. Lazzarin, A.; Clotet, B.; Cooper, D.; Reynes, J.; Arasteh, K.; Nelson, M.; Katlama, C.; Stellbrink, H.; Delfraissy, J.; Lange, J.; Huson, L.; DeMasi, R.; Wat, C.; Delehanty, J.; Drobnes, C.; Salgo, M.; Grp, T. S. New Engl. J. Med. 2003, 348, 2186-2195
26. Lee, S.; Xie, J.; Chen, X. Chem. Rev. 2010, 110, 3087-3111
27. Oi, N.; Jeong, C.-H.; Nadas, J.; Cho, Y.-Y.; Pugliese, A.; Bode, A. M.; Dong, Z. Cancer Res. 2010, 70, 9755-9764
28. Drews, J. Science 2000, 287, 1960-1964
29. Fodor, S. P. A.; Read, J. L.; Pirrung, M. C.; Stryer, L.; Lu, A. T.; Solas, D. Science 1991, 251, 767-773
30. Moulin, E.; Cormos, G.; Giuseppone, N. Chem. Soc. Rev. 2012, 41, 1031-1049
31. Zheng, H.; Wang, W.; Li, X.; Wang, Z.; Hood, L.; Lausted, C.; Hu, Z. Lab Chip 2013, 13, 3347-3350
32. Wang, W.; Huang, Y.; Liu, J.; Xie, Y.; Zhao, R.; Xiong, S.; Liu, G.; Chen, Y.; Ma, H. Lab Chip 2011, 11, 929-935
33. Wang, W.; Li, M.; Wei, Z.; Wang, Z.; Bu, X.; Lai, W.; Yang, S.; Gong, H.; Zheng, H.; Wang, Y.; Liu, Y.; Li, Q.; Fang, Q.; Hu, Z. Anal. Chem. 2014, 86, 3703-3707
34. Fellet, M. S.; Bartels, J. L.; Bi, B.; Moeller, K. D. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 16891-16898
35. Maerkle, F.; Loeffler, F. F.; Schillo, S.; Foertsch, T.; Muenster, B.; Striffler, J.; Schirwitz, C.; Bischoff, F. R.; Breitling, F.; Nesterov-Mueller, A. Adv. Mater. 2014, 26, 3730-3734
36. Schirwitz, C.; Loeffler, F. F.; Felgenhauer, T.; Stadler, V.; Nesterov-Mueller, A.; Dahint, R.; Breitling, F.; Bischoff, F. R. Adv. Mater. 2013, 25, 1598-1602
37. Zhang, C.-J.; Tan, C. Y. J.; Ge, J.; Na, Z.; Chen, G. Y. J.; Uttamchandani, M.; Sun, H.; Yao, S. Q. Angew. Chem., Int. Ed. 2013, 52, 14060-14064
38. Wong, A. H. M.; Zhou, D.; Rini, J. M. J. Biol. Chem. 2012, 287, 36804-36813
39. Zini, S.; Fournie-Zaluski, M. C.; Chauvel, E.; Roques, B. P.; Corvol, P.; Llorens-Cortes, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 11968-11973
40. Isidro-Llobet, A.; Alvarez, M.; Albericio, F. Chem. Rev. 2009, 109, 2455-2504
41. Prasuhn, D. E.; Feltz, A.; Blanco-Canosa, J. B.; Susumu, K.; Stewart, M. H.; Mei, B. C.; Yakovlev, A. V.; Loukou, C.; Mallet, J.-M.; Oheim, M.; Dawson, P. E.; Medintz, I. L. ACS Nano 2010, 4, 7726-7726
42. Su, L.; Fang, H.; Yang, K.; Xu, Y.; Xu, W. Bioorgan. Med. Chem. 2011, 19, 900-906
43. Zhang, X.; Fang, H.; Zhang, J.; Yuan, Y.; Xu, W. Curr. Med. Chem. 2011, 18, 5011-5021
44. Chenna, R.; Sugawara, H.; Koike, T.; Lopez, R.; Gibson, T. J.; Higgins, D. G.; Thompson, J. D. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 3497-3500
45. Liu, C.; Yu, W.; Chen, Z.; Zhang, J.; Zhang, N. J. Controlled Release 2011, 151, 162-175
46. Geng, L.; Gao, J.; Cui, W.; Tang, Y.; Ji, M.; Chen, B. J. Comput. Aid. Mol. Des 2012, 26, 1327-1342