Rapid decomposition and visualisation of protein-ligand binding free energies by residue and by water

Faraday Discussions

Volumn 169, Issue , 2014, Pages 477-499

  Woods, Christopher J ^a   Malaisree, Maturos ^a   Michel, Julien ^b   Long, Ben ^a   McIntosh Smith, Simon ^a   Mulholland, Adrian J ^a  

^a UNIVERSITY OF BRISTOL   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF EDINBURGH   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

LIGAND; PROTEIN; PROTEIN BINDING; THROMBIN; WATER;

ALGORITHM; CHEMISTRY; MOLECULAR DYNAMICS; THERMODYNAMICS;

ALGORITHMS; LIGANDS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PROTEIN BINDING; PROTEINS; THERMODYNAMICS; THROMBIN; WATER;

EID: 84908110328     PISSN: 13596640     EISSN: 13645498     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3fd00125c     Document Type: Article

References (50)

1. C. J. Woods M. Malaisree S. Hannongbua A. J. Mulholland J. Chem. Phys. 2011 134 054114
2. A. W. Goetz M. J. Williamson D. Xu D. Poole S. L. Grand R. C. Walker J. Chem. Theory Comput. 2012 8 1542 1555
3. R. O. Dror R. M. Dirks J. P. Grossman H. Xu D. E. Shaw Annu. Rev. Biophys. 2012 41 429 452
4. D. E. Shaw, R. O. Dror, J. K. Salmon, J. P. Grossman, K. M. Mackenzie, J. A. Bank, C. Young, M. M. Deneroff, B. Batson, K. J. Bowers, E. Chow, M. P. Eastwood, D. J. Ierardi, J. L. Klepeis, J. S. Kuskin, R. H. Larson, K. L. Larsen, P. Maragakis, M. A. Moraes, S. Piana, Y. Shan and B. Towles, Proceedings of the Conference on High Performance Computing Networking, Storage and Analysis, New York, NY, USA, 2009, pp. 1-11
5. Y. Wang E. Tajkhorshid Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 9598 9603
6. C. J. Woods M. Malaisree B. Long S. McIntosh-Smith A. J. Mulholland Biochemistry 2013 52 8150 8164
7. J.-D. Charrier A. Miller D. P. Kay G. Brenchley H. C. Twin P. N. Collier S. Ramaya S. B. Keily S. J. Durrant R. M. Knegtel A. J. Tanner K. Brown A. P. Curnock J.-M. Jimenez J. Med. Chem. 2011 54 2341 2350
8. K. R. M. A. D. Robinson Mol. Inf. 2011 30 950 959
9. B. L. Tembe J. A. McCammon Comput. Chem. 1984 8 281 283
10. J. Michel N. Foloppe J. W. Essex Mol. Inf. 2010 29 570 578
11. J. Michel J. W. Essex J. Comput.-Aided Mol. Des. 2010 24 639 658
12. D. Hamelburg J. A. McCammon J. Am. Chem. Soc. 2004 126 7683 7689
13. J. Hermans L. Wang J. Am. Chem. Soc. 1997 119 2707 2714
14. C. Barillari J. Taylor R. Viner J. W. Essex J. Am. Chem. Soc. 2007 129 2577 2587
15. W. L. Jorgensen J. K. Buckner S. Boudon J. Tirado-Rives J. Chem. Phys. 1988 89 3742 3764
16. S. B. Singh P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1999 121 3267 3271
17. M. A. L. Eriksson J. Pitera P. A. Kollman J. Med. Chem. 1999 42 868 881
18. B. Honig A. Nicholls Science 1995 268 1144 1149
19. F. Godschalk S. Genheden P. Soderhjelma U. Ryde Phys. Chem. Chem. Phys. 2013 15 7731 7739
20. J. Michel M. L. Verdonk J. W. Essex J. Med. Chem. 2006 49 7427 7439
21. I. Massova P. A. Kollman Perspect. Drug Discovery Des. 2000 18 113 135
22. I. Massova P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1999 121 8133 8143
23. L. T. Chong Y. Duan L. Wang I. Massova P. A. Kollman Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 14330 14335
24. S. Genheden O. Kuhn P. Mikulskis D. Hoffmann U. Ryde J. Chem. Inf. Model. 2012 52 2079 2088
25. Z. Li T. Lazaridis Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 573 581
26. C. J. Woods M. Malaisree B. Long S. McIntosh-Smith A. J. Mulholland Sci. Reports 2013 3 3561
27. M. D. Tyka R. B. Sessions A. R. Clarke J. Phys. Chem. B 2007 111 9571 9580
28. D. A. Pearlman P. S. Charifson J. Med. Chem. 2001 44 3417 3423
29. B. C. Oostenbrink J. W. Pitera M. M. H. Lipzig J. H. N. Meerman W. F. van Gunsteren J. Med. Chem. 2000 43 4594 4605
30. X. Barril M. Orozco F. J. Luque J. Med. Chem. 1999 42 5110 5119
31. N. Metropolis A. W. Rosenbluth M. N. Rosenbluth A. H. Teller E. Teller J. Chem. Phys. 1953 21 1087 1092
32. F. M. Y. C. Shyu J. Comp. Chem. 2009 30 2297 2304
33. B. Baum L. Muley A. Heine S. M. D. Hangauer G. Klebe J. Mol. Biol. 2009 391 552 564
34. L. Muley B. Baum M. Smolinski M. Freindorf A. Heine G. Klebe D. G. Hangauer J. Med. Chem. 2010 53 2126 2135
35. V. Hornak R. Abel A. Okur B. Strockbine A. Roitberg C. Simmerling Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006 65 712 725
36. J. Wang R. M. Wolf J. W. Caldwell P. A. Kollman D. A. Case J. Comput. Chem. 2004 25 1157 1174
37. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
38. R. Salomon-Ferrer A. W. Goetz D. Poole S. L. Grand R. C. Walker J. Chem. Theory Comput. 2013 9 3878 3888
39. D. Case, T. Darden, T. Cheatham, C. S. III, J. Wang, R. Duke, R. Luo, R. Walker, W. Zhang, K. Merz, B. Roberts, S. Hayik, A. Roitberg, G. Seabra, J. Swails, A. Goetz, I. Kolossvry, K. Wong, F. Paesani, J. Vanicek, R. Wolf, J. Liu, X. Wu, S. Brozell, T. Steinbrecher, H. Gohlke, Q. Cai, X. Ye, J. Wang, M. J. Hsieh, G. Cui, D. Roe, D. Mathews, M. Seetin, R. Salomon-Ferrer, C. Sagui, V. Babin, T. Luchko, S. Gusarov, A. Kovalenko and P. Kollman, AMBER 12, University of California, San Francisco, 2012
40. R. Abel T. Young R. Farid B. J. Berne R. A. Friesner J. Am. Chem. Soc. 2008 130 2817 2831
41. C. J. Woods and J. Michel, Sire 2014.1, a complete molecular simulation framework, 2014, http://siremol.org
42. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 33 38
43. Suite 2011: Maestro, version 9.2, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2011
44. J. Ko D. Lee H. Park E. A. Coutsias J. Lee C. Seok Nucleic Acids Res. 2011 39 W210 W214
45. J. Wang W. Wang P. A. Kollman D. A. Case J. Mol. Graphics Modell. 2006 25 247 260
46. C. J. Woods and J. Michel, Sire, Public Source Code Repository, 2013, http://sire.googlecode.com
47. C. J. Fennell J. D. Gezelter J. Chem. Phys. 2006 124 234104
48. M. Mezei J. Chem. Phys. 1987 86 7084 7088
49. C. R. W. Guimaraes R. B. Alencastro Int. J. Quantum Chem. 2001 85 713 726
50. R. W. Zwanzig J. Chem. Phys. 1954 22 1420 1426