Gas-phase helical peptides mimic solution-phase behavior

Journal of the American Chemical Society

Volumn 136, Issue 40, 2014, Pages 14173-14183

  Morrison, Lindsay J ^a   Wysocki, Vicki H ^a  

^a OHIO STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACTIVATION ENERGY; AMINO ACIDS; CONFORMATIONS; GASES; PEPTIDES;

COLLISION ENERGIES; CONFORMATIONAL DYNAMICS; GLOBULAR CONFORMATIONS; GLOBULAR STRUCTURE; HELICAL CONFORMATION; INTRINSIC PROPERTY; PROTON TRANSFER KINETICS; RELATIVE ABUNDANCE;

IONS;

AMINO ACID; PEPTIDE; GAS; SOLUTION AND SOLUBILITY;

AMINO ACID ANALYSIS; AMINO TERMINAL SEQUENCE; ARTICLE; CONFORMATION; GAS; KINETICS; PRECURSOR; PROTEIN STABILITY; PROTON TRANSPORT; SIMULATION; CHEMISTRY; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; SOLUTION AND SOLUBILITY;

GASES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PEPTIDES; PROTEIN STABILITY; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; SOLUTIONS;

EID: 84907930222     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja507298e     Document Type: Article

References (63)

1. Dreveny, I.; Deeves, S. E.; Fulton, J.; Yue, B.; Messmer, M.; Bhattacharya, A.; Collins, H. M.; Heery, D. M. Nucleic Acids Res. 2014, 42, 822
2. Sun, M.; Liu, J.; Qi, J.; Tefsen, B.; Shi, Y.; Yan, J.; Gao, G. F. J. Immunol. 2014, 192, 5509
3. Padmanabhan, S.; Marqusee, S.; Ridgeway, T.; Laue, T. M.; Baldwin, R. L. Nature 1990, 344, 268
4. Marqusee, S.; Robbins, V. H.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1989, 86, 5286
5. Merutka, G.; Shalongo, W.; Stellwagen, E. Biochemistry 1991, 30, 4245
6. DeGrado, W. F.; Lear, J. D. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 7684
7. Kohtani, M.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 8454
8. Kohtani, M.; Jones, T. C.; Schneider, J. E.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7420
9. Kohtani, M.; Jones, T. C.; Sudha, R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 7193
10. Kohtani, M.; Schneider, J. E.; Jones, T. C.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 16981
11. Zilch, L.; Kaleta, D.; Kohtani, M.; Krishnan, R.; Jarrold, M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 1239
12. Ponomarev, S. Y.; Sa, Q.; Kaminski, G. A. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4691
13. Kohtani, M.; Jones, T. C.; Sudha, R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 7193
14. Kohtani, M.; Schneider, J. E.; Jones, T. C.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 16981
15. Mesleh, M. F.; Hunter, J. M.; Shvartsburg, A. A.; Schatz, G. C.; Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16082
16. Bush, M. F.; Campuzano, I. D. G.; Robinson, C. V. Anal. Chem. (Washington, DC, U. S.) 2012, 84, 7124
17. Bush, M. F.; Hall, Z.; Giles, K.; Hoyes, J.; Robinson, C. V.; Ruotolo, B. T. Anal. Chem. (Washington, DC, U. S.) 2010, 82, 9557
18. Salbo, R.; Bush, M. F.; Naver, H.; Campuzano, I.; Robinson, C. V.; Pettersson, I.; Jorgensen, T. J. D.; Haselmann, K. F. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2012, 26, 1181
19. Campuzano, I.; Bush, M. F.; Robinson, C. V.; Beaumont, C.; Richardson, K.; Kim, H.; Kim, H. I. Anal. Chem. (Washington, DC, U. S.) 2012, 84, 1026
20. Hopper, J. T. S.; Yu, Y. T.-C.; Li, D.; Raymond, A.; Bostock, M.; Liko, I.; Mikhailov, V.; Laganowsky, A.; Benesch, J. L. P.; Caffrey, M.; Nietlispach, D.; Robinson, C. V. Nat. Methods 2013, 10, 1206
21. Florance, H. V.; Stopford, A. P.; Kalapothakis, J. M.; McCullough, B. J.; Bretherick, A.; Barran, P. E. Analyst 2011, 136, 3446
22. O'Neil, K.; DeGrado, W. Science 1990, 250, 646
23. Levitt, M. Biochemistry 1978, 17, 4277
24. Aurora, R.; Rose, G. D. Protein Sci. 1998, 7, 21
25. Doig, A. J.; Baldwin, R. L. Protein Sci. 1995, 4, 1325
26. Doig, A. J.; Macarthur, M. W.; Stapley, B. J.; Thornton, J. M. Protein Sci. 1997, 6, 147
27. Chakrabartty, A.; Doig, A. J.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 1993, 90, 11332
28. Penel, S.; Hughes, E.; Doig, A. J. J. Mol. Biol. 1999, 287, 127
29. Seale, J. W.; Srinivasan, R.; Rose, G. D. Protein Sci. 1994, 3, 1741
30. Kumar, S.; Bansal, M. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1998, 31, 460
31. Lyu, P. C.; Wemmer, D. E.; Zhou, H. X.; Pinker, R. J.; Kallenbach, N. R. Biochem. 1993, 32, 421
32. Forood, B.; Feliciano, E. J.; Nambiar, K. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993, 90, 838
33. Richardson, J.; Richardson, D. Science 1988, 240, 1648
34. Morrison, L.; Somogyi, á.; Wysocki, V. H. Int. J. Mass Spectrom. 2012, 325-327, 139
35. Gucinski, A. C.; Chamot-Rooke, J.; Nicol, E.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H. J. Phys. Chem. A 2012, 116, 4296
36. Bush, M. F.; Campuzano, I. D.; Robinson, C. V. Anal. Chem. 2012, 84, 7124
37. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781
38. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J. A., Jr.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, N. J.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, Ö.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2009.
39. Shvartsburg, A. A.; Jarrold, M. F. Chem. Phys. Lett. 1996, 261, 86
40. Hudgins, R. R.; Ratner, M. A.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 12974
41. Kohtani, M.; Jones, T. C.; Schneider, J. E.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7420
42. Harrison, A. G.; Young, A. B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 1810
43. Nold, M. J.; Wesdemiotis, C.; Yalcin, T.; Harrison, A. G. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1997, 164, 137
44. Paizs, B.; Suhai, S. Mass Spectrom. Rev. 2005, 508
45. Polfer, N. C.; Oomens, J.; Suhai, S.; Paizs, B. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 17154
46. Zou, S.; Oomens, J.; Polfer, N. C. Int. J. Mass Spectrom. 2012, 316-318, 12
47. Chen, X.; Yu, L.; Steill, J. D.; Oomens, J.; Polfer, N. C. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 18272
48. Wang, D.; Gulyuz, K.; Stedwell, C. N.; Yu, L.; Polfer, N. C. Int. J. Mass Spectrom. 2012, 330-332, 144
49. Polfer, N.; Oomens, J.; Suhai, S.; Paizs, B. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 5887
50. Chen, X.; Steill, J. D.; Oomens, J.; Polfer, N. C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 1313
51. Perkins, B. R.; Chamot-Rooke, J.; Yoon, S. H.; Gucinski, A. C.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H. J. Am. Chem. Soc. 2009, 17528
52. Arnott, D.; Kottmeier, D.; Yates, N.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proceedings of the 42nd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics; American Society for Mass Spectrometry: Santa Fe, NM, 1994, p 470; May 29-June 3, 1994, Chicago, IL.
53. Zinnel, N. F.; Russell, D. H. Anal. Chem. 2014, 86, 4791
54. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781
55. Salbo, R.; Bush, M. F.; Naver, H.; Campuzano, I.; Robinson, C. V.; Pettersson, I.; Jorgensen, T. J.; Haselmann, K. F. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2012, 26, 1181
56. Wyttenbach, T.; Helden, G. v.; Batka, J. J., Jr.; Carlat, D.; Bowers, M. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 275
57. Siu, C.-K.; Guo, Y.; Saminathan, I. S.; Hopkinson, A. C.; Siu, K. W. M. J. Phys. Chem. B 2009, 114, 1204
58. Zakharova, N. L.; Crawford, C. L.; Hauck, B. C.; Quinton, J. K.; Seims, W. F.; Hill, H. H., Jr.; Clark, A. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 23, 792
59. Badman, E. R.; Hoaglund-Hyzer, C. S.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 719
60. Pierson, N. A.; Valentine, S. J.; Clemmer, D. E. The Journal of Physical Chemistry B 2010, 114, 7777
61. Hunter, E. P. L.; Lias, S. G. J. Phys. Chem. Ref. Data 1998, 27, 413
62. Nold, M. J.; Cerda, B. A.; Wesdemiotis, C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1999, 10, 1
63. Rodriquez, C. F.; Cunje, A.; Shoeib, T.; Chu, I. K.; Hopkinson, A. C.; Siu, K. W. M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3006