Optimization of parameters used in algorithms of ion-mobility calculation for conformational analyses

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 2, 2010, Pages 1204-1212

  Siu, Chi Kit ^a   Guo, Yuzhu ^b   Saminathan, Irine S ^b   Hopkinson, Alan C ^b   Siu, K W Michael ^b  

^a CITY UNIVERSITY OF HONG KONG   (Hong Kong)

^b YORK UNIVERSITY   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONS; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; HYDRAULIC SERVOMECHANISMS; MOLECULAR DYNAMICS; OPTIMIZATION;

ABSOLUTE DEVIATIONS; BUFFER GAS; CALIBRANTS; COLLISION CROSS SECTIONS; CONFORMATIONAL ANALYSIS; CROSS SECTION; EMPIRICAL PARAMETERS; EXPERIMENTAL VALUES; HARD-SPHERE; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; NEW PARAMETERS; OPTIMIZATION OF PARAMETERS; OPTIMIZED PARAMETER; PROJECTION APPROXIMATIONS; PROTONATED; ROOT-MEAN SQUARE DEVIATION; STRUCTURAL INFORMATION; THEORETICAL MODELING; THEORETICAL MODELS; TRIALANINE; TRIGLYCINE;

IONS;

EID: 75649089320     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp910858z     Document Type: Article

References (47)

1. Mason, E. A.; McDaniel, E. W. In Transport Properties of Ions in Gases; John Wiley & Sons: New York, 1988.
2. Kanu, A. B.; Dwivedi, P.; Tam, M.; Matz, L.; Hill, H. H., Jr. J. Mass Spectrom. 2008, 43, 1-22.
3. von Helden, G.; Hsu, M. T.; Gotts, N.; Bowers, M. T. J. Phys. Chem. 1993, 97, 8182-8192.
4. Mesleh, M. F.; Hunter, J. M.; Shvartsburg, A. A.; Schatz, G. C.; Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16082-16086.
5. Shvartsburg, A. A.; Jarrold, M. F. Chem. Phys. Lett. 1996, 261, 86-91.
6. Beitz, T.; Laudien, R.; Lohmannsroben, H. G.; Kallies, B. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 3514-3520.
7. Wyttenbach, T.; Witt, M.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. 1999, 182, 243-252.
8. Wyttenbach, T.; Witt, M.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3458-3464.
9. Wong, R. L.; Williams, E. R.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1009-1019.
10. Baker, E. S.; Bushnell, J. E.; Wecksler, S. R.; Lim, M. D.; Manard, M. J.; Dupuis, N. F.; Ford, P. C.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 18222-18228.
11. Siu, C. K.; Guo, Y. Z.; Hopkinson, A. C.; Siu, K. W. M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 24207-24211.
12. Gidden, J.; Wyttenbach, T.; Jackson, A. T.; Scrivens, J. H.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4692-4699.
13. Gidden, J.; Bowers, M. T.; Jackson, A. T.; Scrivens, J. H. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 499-505.
14. Gidden, J.; Bowers, M. T. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 12829.
15. Jackson, A. T.; Scrivens, J. H.; Williams, J. P.; Baker, E. S.; Gidden, J.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. 2004, 238, 287-297.
16. Baker, E. S.; Gidden, J.; Simonsick, W. J.; Grady, M. C.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. 2004, 238, 279-286.
17. Gidden, J.; Ferzoco, A.; Baker, E. S.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15132-15140.
18. Baker, E. S.; Gidden, J.; Ferzoco, A.; Bowers, M. T. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2786-2795.
19. Gidden, J.; Baker, E. S.; Ferzoco, A.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. 2005, 240, 183-193.
20. Baker, E. S.; Manard, M. J.; Gidden, J.; Bowers, M. T. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 4808-4810.
21. Wyttenbach, T.; Bushnell, J. E.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 5098-5103.
22. Rodriquez, C. F.; Orlova, G.; Guo, Y. Z.; Li, X. M.; Siu, C. K.; Hopkinson, A. C.; Siu, K. W. M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 7528-7537.
23. Polfer, N. C.; Bohrer, B. C.; Plasencia, M. D.; Paizs, B.; Clemmer, D. E. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 1286-1293.
24. Shelimov, K. B.; Clemmer, D. E.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2240-2248.
25. Wu, C.; Murray, M. M.; Bernstein, S. L.; Condron, M. M.; Bitan, G.; Shea, J.; Bowers, M. T. J. Mol. Biol. 2009, 387, 492-501.
26. Kresse, G.; Hafner, J. Phys. Rev.B 1993, 47, 558-561.
27. Kresse, G.; Hafner, J. Phys. Rev.B 1994, 49, 14251-14269.
28. Kresse, G.; Furthmuller, J. Comput. Mater. Sci. 1996, 6, 15-50.
29. Kresse, G.; Furthmuller, J. Phys. Rev.B 1996, 54, 11169-11186.
30. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865-3868.
31. Blöchl, P. E. Phys. Rev.B 1994, 50, 17953-17979.
32. Nosé, S. J. Chem. Phys. 1984, 81, 511-519.
33. Jarrold, M. F. Mobcal, website at http://nano.chem.indiana.edu/Software. html.
34. Shvartsburg, A. A.; Mashkevich, S. V.; Baker, E. S.; Smith, R. D. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 2002-2010.
35. Guo, Y. Z.; Wang, J. X.; Javahery, G.; Thomson, B. A.; Siu, K. W. M. Anal. Chem. 2005, 77, 266-275.
36. Guo, Y. Z.; Ling, Y.; Thomson, B. A.; Siu, K. W. M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1787-1794.
37. Viidanoja, J.; Sysoev, A.; Adamov, A.; Kotiaho, T. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005, 19, 3051-3055.
38. Shvartsburg, A. A.; Hudgins, R. R.; Dugourd, P.; Jarrold, M. F. Chem. Soc. Rev. 2001, 30, 26-35.
39. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03 Revision D.01; Gaussian Inc.: Wallingford, CT, 2004.
40. Wu, R.; McMahon, T. B. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 11312-11313.
41. Price, W. D.; Schnier, P. D.; Williams, E. R. Anal. Chem. 1996, 68, 859-866.
42. Wyttenbach, T.; Bushnell, J. E.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 5098-5103.
43. Hudgins, R. R.; Mao, Y.; Ratner, M. A.; Jarrold, M. F. Biophys. J. 1999, 76, 1591-1597.
44. Wyttenbach, T.; vonHelden, G.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8355-8364.
45. Counterman, A. E.; Valentine, S. J.; Srebalus, C. A.; Henderson, S. C.; Hoaglund, C. S.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 743-759.
46. Gill, A. C.; Jennings, K. R.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. 2000, 195/196, 685-697.
47. Book, L. D.; Xu, C.; Scuseria, G. E. Chem. Phys. Lett. 1994, 222, 281-286.