Top-down strategies for the structural elucidation of intact gram-negative bacterial endotoxins

Chemical Science

Volumn 5, Issue 11, 2014, Pages 4291-4301

  O'Brien, John P ^a   Needham, Brittany D ^b   Brown, Dusty B ^b   Trent, M Stephen ^b   Brodbelt, Jennifer S ^a  

^a Section of Molecular Genetics and Microbiology   (United States)

^b UNIVERSITY OF TEXAS AT AUSTIN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIAL ENDOTOXINS; STRUCTURAL ELUCIDATION; TOPDOWN;

EID: 84907483102     PISSN: 20416520     EISSN: 20416539     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4sc01034e     Document Type: Article

References (84)

1. M. S. Trent C. M. Stead A. X. Tran J. V. Hankins J. Endotoxin Res. 2006 12 205 223
2. C. R. H. Raetz C. M. Reynolds M. S. Trent R. E. Bishop Annu. Rev. Biochem. 2007 76 295 329
3. B. D. Needham M. S. Trent Nat. Rev. Microbiol. 2013 11 467 481
4. C. R. H. Raetz C. Whitfield Annu. Rev. Biochem. 2002 71 635 700
5. T. W. Cullen J. P. O'Brien D. R. Hendrixson D. K. Giles R. I. Hobb S. A. Thompson J. S. Brodbelt M. S. Trent Infect. Immun. 2013 81 430 440
6. H. Ulm M. Wilmes Y. Shai H.-G. Sahl Front Immunol. 2012 3 1 4
7. J. V. Hankins J. A. Madsen D. K. Giles J. S. Brodbelt M. S. Trent Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 8722 8727
8. B. D. Needham S. M. Carroll D. K. Giles G. Georgiou M. Whiteley M. S. Trent Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 1464 1469
9. L. M. Bogomolnaya C. A. Santiviago H.-J. Yang A. J. Baumler H. L. Andrews-Polymenis Mol. Microbiol. 2008 70 1105 1119
10. M. L. Kim J. M. Slauch FEMS Immunol. Med. Microbiol. 1999 26 83 92
11. T. C. Meredith U. Mamat Z. Kaczynski B. Lindner O. Holst R. W. Woodard J. Biol. Chem. 2007 282 7790 7798
12. S. Gulati A. Cox L. A. Lewis F. S. Michael J. Li R. Boden S. Ram P. A. Rice Infect. Immun. 2005 73 7390 7397
13. M. Muse C. Grandjean T. K. Wade W. F. Wade FEMS Immunol. Med. Microbiol. 2012 66 98 115
14. H. Kojima M. Inagaki T. Tomita T. Watanabe Rapid Commun. Mass Spectrom. 2010 24 43 48
15. A. Silipo S. Leone A. Molinaro L. Sturiale D. Garozzo E. L. Nazarenko R. P. Gorshkova E. P. Ivanova R. Lanzetta M. Parrilli Eur. J. Org. Chem. 2005 2005 2281 2291
16. L. Sturiale D. Garozzo A. Silipo R. Lanzetta M. Parrilli A. Molinaro Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005 19 1829 1834
17. A. Kilár Á. Dörnyei A. Bui Z. Szabó B. Kocsis F. Kilár J. Mass Spectrom. 2011 46 61 70
18. H. Therisod V. Labas M. Caroff Anal. Chem. 2001 73 3804 3807
19. M. M. Corsaro G. Pieretti B. Lindner R. Lanzetta E. Parrilli M. L. Tutino M. Parrilli Chem.-Eur. J. 2008 14 9368 9376
20. A. Hanuszkiewicz G. Hübner E. Vinogradov B. Lindner L. Brade H. Brade J. Debarry H. Heine O. Holst Chem.-Eur. J. 2008 14 10251 10258
21. U. Zähringer B. Lindner Y. A. Knirel W. M. R. van den Akker R. Hiestand H. Heine C. Dehio J. Biol. Chem. 2004 279 21046 21054
22. J. Li R. W. Purves J. C. Richards Anal. Chem. 2004 76 4676 4683
23. A. C. Casabuono C. A. van der Ploeg A. D. Rogé S. B. Bruno A. S. Couto Rapid Commun. Mass Spectrom. 2012 26 2011 2020
24. S. Ummarino M. M. Corsaro R. Lanzetta M. Parrilli J. Peter-Katalinic Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003 17 2226 2232
25. J. Lukasiewicz W. Jachymek T. Niedziela L. Kenne C. Lugowski J. Lipid Res. 2010 51 564 574
26. A. Silipo C. De Castro R. Lanzetta A. Molinaro M. Parrilli G. Vago L. Sturiale A. Messina D. Garozzo J. Mass Spectrom. 2008 43 478 484
27. B. Schilling M. K. McLendon N. J. Phillips M. A. Apicella B. W. Gibson Anal. Chem. 2007 79 1034 1042
28. J. W. Jones I. E. Cohen F. Tureɥek D. R. Goodlett R. K. Ernst J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010 21 785 799
29. J. W. Jones S. A. Shaffer R. K. Ernst D. R. Goodlett F. Tureček Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 12742 12747
30. Y. S. Ting S. A. Shaffer J. W. Jones W. V. Ng R. K. Ernst D. R. Goodlett J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011 22 856 866
31. I. Mikhail H. H. Yildirim E. C. H. Lindahl E. K. H. Schweda Anal. Biochem. 2005 340 303 316
32. S. H. Yoon Y. Huang J. S. Edgar Y. S. Ting S. R. Heron Y. Kao Y. Li C. D. Masselon R. K. Ernst D. R. Goodlett Anal. Chem. 2012 84 6530 6537
33. S. A. Shaffer M. D. Harvey D. R. Goodlett R. K. Ernst J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007 18 1080 1092
34. A. El-Aneed J. Banoub Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005 19 1683 1695
35. G. Madalinski F. Fournier F.-L. Wind C. Afonso J.-C. Tabet Int. J. Mass Spectrom. 2006 249-250 77 92
36. S. M. Boué R. B. Cole J. Mass Spectrom. 2000 35 361 368
37. A. Kussak A. Weintraub Anal. Biochem. 2002 307 131 137
38. S. Chan V. N. Reinhold Anal. Biochem. 1994 218 63 73
39. M. R. Pelletier L. G. Casella J. W. Jones M. D. Adams D. V. Zurawski K. R. O. Hazlett Y. Doi R. K. Ernst Antimicrob. Agents Chemother. 2013 57 4831 4840
40. D. M. B. Post L. Yu B. C. Krasity B. Choudhury M. J. Mandel C. A. Brennan E. G. Ruby M. J. McFall-Ngai B. W. Gibson M. A. Apicella J. Biol. Chem. 2012 287 8515 8530
41. J. A. Madsen T. W. Cullen M. S. Trent J. S. Brodbelt Anal. Chem. 2011 83 5107 5113
42. A. Kilár Á. Dörnyei B. Kocsis Mass Spectrom. Rev. 2013 32 90 117
43. J. S. Brodbelt J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011 22 197 206
44. J. A. Madsen R. R. Cheng T. S. Kaoud K. N. Dalby D. E. Makarov J. S. Brodbelt Chem.-Eur. J. 2012 18 5374 5383
45. J. P. Reilly Mass Spectrom. Rev. 2009 28 425 447
46. S. I. Smith J. S. Brodbelt Anal. Chem. 2010 83 303 310
47. S. I. Smith J. S. Brodbelt Anal. Chem. 2010 82 7218 7226
48. V. Gabelica F. Rosu E. Pauw R. Antoine T. Tabarin M. Broyer P. Dugourd J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007 18 1990 2000
49. F. Rosu V. Gabelica E. De Pauw R. Antoine M. Broyer P. Dugourd J. Phys. Chem. A 2012 116 5383 5391
50. T. Ly R. R. Julian Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 7130 7137
51. S. H. Yoon J. H. Moon M. S. Kim J. Mass Spectrom. 2010 45 806 814
52. J. W. Morgan D. H. Russell J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006 17 721 729
53. Z. Guan N. L. Kelleher P. B. O'Connor D. J. Aaserud D. P. Little F. W. McLafferty Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1996 157-158 357 364
54. Q. Enjalbert M. Girod R. Simon J. Jeudy F. Chirot A. Salvador R. Antoine P. Dugourd J. Lemoine Anal. Bioanal. Chem. 2013 405 2321 2331
55. J. K. Diedrich R. R. Julian Anal. Chem. 2010 82 4006 4014
56. B. J. Ko J. S. Brodbelt Anal. Chem. 2011 83 8192 8200
57. A. Racaud R. Antoine P. Dugourd J. Lemoine J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010 21 2077 2084
58. H. T. Pham T. Ly A. J. Trevitt T. W. Mitchell S. J. Blanksby Anal. Chem. 2012 84 7525 7532
59. H. T. Pham A. J. Trevitt T. W. Mitchell S. J. Blanksby Rapid Commun. Mass Spectrom. 2013 27 805 815
60. A. Devakumar D. K. O'Dell J. M. Walker J. P. Reilly J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008 19 14 26
61. J. P. O'Brien J. S. Brodbelt Anal. Chem. 2013 85 10399 10407
62. J. V. Hankins J. A. Madsen D. K. Giles J. S. Brodbelt M. S. Trent Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 8722 8727
63. J. V. Hankins, J. A. Madsen, B. D. Needham, J. S. Brodbelt and M. S. Trent, in Bacterial Cell Surfaces, ed., A. H. Delcour, Humana Press, Totowa, NJ, 2013, vol. 966, pp. 239-258
64. J. C. Henderson J. P. O'Brien J. S. Brodbelt M. S. Trent J. Visualized Exp. 2013 e50623
65. J. V. Hankins J. A. Madsen D. K. Giles B. M. Childers K. E. Klose J. S. Brodbelt M. S. Trent Mol. Microbiol. 2011 81 1313 1329
66. J. P. O'Brien B. D. Needham J. C. Henderson E. M. Nowicki M. S. Trent J. S. Brodbelt Anal. Chem. 2014 86 2138 2145
67. H. Kojima M. Inagaki T. Tomita T. Watanabe S. Uchida J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2009 877 1537 1542
68. S. L. Lundstrom J. Li M. Månsson M. Figueira M. Leroy R. Goldstein D. W. Hood E. R. Moxon J. C. Richards E. K. H. Schweda Infect. Immun. 2008 76 3255 3267
69. H. Kojima M. Inagaki T. Tomita T. Watanabe S. Uchida J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2010 878 442 448
70. J. Smit I. A. Kaltashov R. J. Cotter E. Vinogradov M. B. Perry H. Haider N. Qureshi Innate Immun. 2008 14 25 36
71. T. F. Kalhorn A. Kiavand I. E. Cohen A. K. Nelson R. K. Ernst Rapid Commun. Mass Spectrom. 2009 23 433 442
72. J. B. Shaw W. Li D. D. Holden Y. Zhang J. Griep-Raming R. T. Fellers B. P. Early P. M. Thomas N. L. Kelleher J. S. Brodbelt J. Am. Chem. Soc. 2013 135 12646 12651
73. C. R. H. Raetz T. A. Garrett C. M. Reynolds W. A. Shaw J. D. Moore D. C. Smith A. A. Ribeiro R. C. Murphy R. J. Ulevitch C. Fearns D. Reichart C. K. Glass C. Benner S. Subramaniam R. Harkewicz R. C. Bowers-Gentry M. W. Buczynski J. A. Cooper R. A. Deems E. A. Dennis J. Lipid Res. 2006 47 1097 1111
74. C. K. Frese A. F. M. Altelaar H. van den Toorn D. Nolting J. Griep-Raming A. J. R. Heck S. Mohammed Anal. Chem. 2012 84 9668 9673
75. J. A. Yethon E. Vinogradov M. B. Perry C. Whitfield J. Bacteriol. 2000 182 5620 5623
76. E. Frirdich C. Whitfield J. Endotoxin Res. 2005 11 133 144
77. E. Frirdich B. Lindner O. Holst C. Whitfield J. Bacteriol. 2003 185 1659 1671
78. C. Viau V. Le Sage D. K. Ting J. Gross H. Le Moual J. Bacteriol. 2011 193 2168 2176
79. J. Szafranek J. Kumirska M. Czerwicka D. Kunikowska H. Dziadziuszko R. Głos̈nicka FEMS Immunol. Med. Microbiol. 2006 48 223 236
80. B. Szponar E. Norin T. Midtvedt L. Larsson J. Microbiol. Methods 2002 50 283 289
81. M. Månsson D. W. Hood J. Li J. C. Richards E. R. Moxon E. K. H. Schweda Eur. J. Biochem. 2002 269 808 818
82. G. Hübner B. Lindner Electrophoresis 2009 30 1808 1816
83. J. Li J. C. Richards Mass Spectrom. Rev. 2007 26 35 50
84. S. L. Lundstrom J. Li M. Månsson M. Figueira M. Leroy R. Goldstein D. W. Hood E. R. Moxon J. C. Richards E. K. H. Schweda Infect. Immun. 2008 76 3255 3267