Conformational changes and free energies in a proline isomerase

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 9, 2014, Pages 4169-4174

  Papaleo, Elena ^a   Sutto, Ludovico ^b   Gervasio, Francesco Luigi ^b   Lindorff Larsen, Kresten ^a  

^a UNIVERSITY OF COPENHAGEN   (Denmark)

^b UNIVERSITY COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84907199037     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct500536r     Document Type: Article

References (41)

1. Boehr, D. D.; Nussinov, R.; Wright, P. E. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 789-96
2. Ramanathan, A.; Savol, A.; Burger, V.; Chennubhotla, C. S.; Agarwal, P. K. Acc. Chem. Res. 2014, 47, 149-56
3. Onuchic, J. N.; Wolynes, P. G. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 70-5
4. Baldwin, A. J.; Kay, L. E. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 808-14
5. Boehr, D. D.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Chem. Rev. 2006, 106, 3055-79
6. Neudecker, P.; Robustelli, P.; Cavalli, A.; Walsh, P.; Lundström, P.; Zarrine-Afsar, A.; Sharpe, S.; Vendruscolo, M.; Kay, L. E. Science 2012, 336, 362-6
7. Fraser, J. S.; Jackson, C. J. Cell. Mol. Life Sci. 2011, 68, 1829-41
8. Piana, S.; Klepeis, J. L.; Shaw, D. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2014, 24C, 98-105
9. Lindorff-Larsen, K.; Maragakis, P.; Piana, S.; Eastwood, M. P.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. PLoS One 2012, 7, e32131
10. Best, R. B. Curr. Opin. Struct. Biol. 2012, 22, 52-61
11. Shaw, D. E.; Maragakis, P.; Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Dror, R. O.; Eastwood, M. P.; Bank, J. A.; Jumper, J. M.; Salmon, J. K.; Shan, Y.; Wriggers, W. Science 2010, 330, 341-6
12. Bussi, G.; Gervasio, F. L.; Laio, A.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13435-41
13. Sutto, L.; Marsili, S.; Gervasio, F. L. Wiley Interdiscip. Rev. Comput. Mol. Sci. 2012, 2, 771-779
14. Kohlhoff, K. J.; Shukla, D.; Lawrenz, M.; Bowman, G. R.; Konerding, D. E.; Belov, D.; Altman, R. B.; Pande, V. S. Nat. Chem. 2014, 6, 15-21
15. Harvey, M. J.; De Fabritiis, G. Drug Discovery Today 2012, 17, 1059-62
16. Dror, R. O.; Dirks, R. M.; Grossman, J. P.; Xu, H.; Shaw, D. E. Annu. Rev. Biophys. 2012, 41, 429-52
17. Eisenmesser, E. Z.; Bosco, D. A.; Akke, M.; Kern, D. Science 2002, 295, 1520-3
18. Eisenmesser, E. Z.; Millet, O.; Labeikovsky, W.; Korzhnev, D. M.; Wolf-Watz, M.; Bosco, D. A.; Skalicky, J. J.; Kay, L. E.; Kern, D. Nature 2005, 438, 117-21
19. Li, G.; Cui, Q. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15028-38
20. Ramanathan, A.; Agarwal, P. K. PLoS Biol. 2011, 9, e1001193
21. McGowan, L. C.; Hamelberg, D. Biophys. J. 2013, 104, 216-26
22. Doshi, U.; McGowan, L. C.; Ladani, S. T.; Hamelberg, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 5699-704
23. Camilloni, C.; Sahakyan, A. B.; Holliday, M. J.; Isern, N. G.; Zhang, F.; Eisenmesser, E. Z.; Vendruscolo, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014, 111, 10203-8
24. Leone, V.; Lattanzi, G.; Molteni, C.; Carloni, P. PLoS Comput. Biol. 2009, 5, e1000309
25. Fraser, J. S.; Clarkson, M. W.; Degnan, S. C.; Erion, R.; Kern, D.; Alber, T. Nature 2009, 462, 669-73
26. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
27. Bonomi, M.; Branduardi, D.; Bussi, G.; Camilloni, C.; Provasi, D.; Raiteri, P.; Donadio, D.; Marinelli, F.; Pietrucci, F.; Broglia, R. A.; Parrinello, M. Comput. Phys. Commun. 2009, 180, 1961-1972
28. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
29. Piana, S.; Lindorff-Larsen, K.; Shaw, D. E. Biophys. J. 2011, 100, L47-9
30. Best, R. B.; Zhu, X.; Shim, J.; Lopes, P. E. M.; Mittal, J.; Feig, M.; Mackerell, A. D. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 3257-3273
31. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577
32. Bussi, G.; Donadio, D.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 014101
33. Bonomi, M.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2010, 104, 190601
34. Deighan, M.; Bonomi, M.; Pfaendtner, J. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2189-2192
35. Sutto, L.; Gervasio, F. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013, 110, 10616-21
36. Papaleo, E.; Lindorff-Larsen, K.; De Gioia, L. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 12515-25
37. Ghosh, A.; Vishveshwara, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 15711-6
38. Seeber, M.; Felline, A.; Raimondi, F.; Muff, S.; Friedman, R.; Rao, F.; Caflisch, A.; Fanelli, F. J. Comput. Chem. 2011, 32, 1183-94
39. Lovell, S. C.; Word, J. M.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. Proteins 2000, 40, 389-408
40. Van den Bedem, H.; Bhabha, G.; Yang, K.; Wright, P. E.; Fraser, J. S. Nat. Methods 2013, 10, 896-902
41. Palazzesi, F.; Barducci, A.; Tollinger, M.; Parrinello, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013, 110, 14237-42