Peptide conformation analysis using an integrated bayesian approach

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 9, 2014, Pages 4152-4159

  Xiao, Xia ^a   Kallenbach, Neville ^a   Zhang, Yingkai ^a,b  

^a NEW YORK UNIVERSITY   (United States)

^b NEW YORK UNIVERSITY SHANGHAI   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84907185247     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct500433d     Document Type: Article

References (51)

1. Dunker, A. K.; Lawson, J. D.; Brown, C. J.; Williams, R. M.; Romero, P.; Oh, J. S.; Oldfield, C. J.; Campen, A. M.; Ratliff, C. R.; Hipps, K. W.; Ausio, J.; Nissen, M. S.; Reeves, R.; Kang, C. H.; Kissinger, C. R.; Bailey, R. W.; Griswold, M. D.; Chiu, M.; Garner, E. C.; Obradovic, Z. J. Mol. Graphics Modell. 2001, 19, 26-59
2. Dunker, A. K.; Silman, I.; Uversky, V. N.; Sussman, J. L. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 756-764
3. Dyson, H. J.; Wright, P. E. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2005, 6, 197-208
4. Wright, P. E.; Dyson, H. J. J. Mol. Biol. 1999, 293, 321-331
5. Dunker, A. K.; Brown, C. J.; Lawson, J. D.; Iakoucheva, L. M.; Obradovic, Z. Biochemistry 2002, 41, 6573-6582
6. Iakoucheva, L. M.; Brown, C. J.; Lawson, J. D.; Obradovic, Z.; Dunker, A. K. J. Mol. Biol. 2002, 323, 573-584
7. Iakoucheva, L. M.; Radivojac, P.; Brown, C. J.; O'Connor, T. R.; Sikes, J. G.; Obradovic, Z.; Dunker, A. K. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 1037-1049
8. Tanford, C. Adv. Protein Chem. 1968, 23, 121-282
9. Poon, C. D.; Samulski, E. T.; Weise, C. F.; Weisshaar, J. C. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 5642-5643
10. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11316-11320
11. Schweitzer-Stenner, R.; Eker, F.; Huang, Q.; Griebenow, K. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9628-9633
12. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2727-2737
13. Grdadolnik, J.; Grdadolnik, S. G.; Avbelj, F. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 2712-2718
14. Hagarman, A.; Measey, T. J.; Mathieu, D.; Schwalbe, H.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 540-551
15. Makowska, J.; Baginska, K.; Skwierawska, A.; Liwo, A.; Chmurzynski, L.; Scheraga, H. A. Biopolymers 2008, 90, 772-782
16. Toal, S.; Meral, D.; Verbaro, D.; Urbanc, B.; Schweitzer-Stenner, R. J. Phys. Chem. B 2013, 117, 3689-3706
17. He, L.; Navarro, A. E.; Shi, Z. S.; Kallenbach, N. R. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 1571-1576
18. Grdadolnik, J.; Mohacek-Grosev, V.; Baldwin, R. L.; Avbelj, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 1794-1798
19. Shi, Z. S.; Chen, K.; Liu, Z. G.; Kallenbach, N. R. Chem. Rev. 2006, 106, 1877-1897
20. Chen, K.; Liu, Z.; Zhou, C.; Shi, Z.; Kallenbach, N. R. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 10146-10147
21. Shi, Z. S.; Olson, C. A.; Rose, G. D.; Baldwin, R. L.; Kallenbach, N. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 9190-9195
22. Schweitzer-Stenner, R.; Measey, T.; Kakalis, L.; Jordan, F.; Pizzanelli, S.; Forte, C.; Griebenow, K. Biochemistry 2007, 46, 1587-1596
23. Schweitzer-Stenner, R. Mol. BioSyst. 2012, 8, 122-133
24. Shi, Z.; Chen, K.; Liu, Z.; Ng, A.; Bracken, W. C.; Kallenbach, N. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 17964-17968
25. Gnanakaran, S.; Garcia, A. E. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 12555-12557
26. Best, R. B.; Buchete, N. V.; Hummer, G. Biophys. J. 2008, 95, L7-L9
27. Nerenberg, P. S.; Head-Gordon, T. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1220-1230
28. Graf, J.; Nguyen, P. H.; Stock, G.; Schwalbe, H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 1179-1189
29. Beauchamp, K. A.; Bowman, G. R.; Lane, T. J.; Maibaum, L.; Haque, I. S.; Pande, V. S. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 3412-3419
30. Deuflhard, P.; Weber, M. Linear Algebra Appl. 2005, 398, 161-184
31. Schultheis, V.; Hirschberger, T.; Carstens, H.; Tavan, P. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 515-526
32. Fisher, C. K.; Huang, A.; Stultz, C. M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 14919-14927
33. Fisher, C. K.; Stultz, C. M. Curr. Opin. Struct. Biol. 2011, 21, 426-431
34. Bolstad, W. M. Introduction to Bayesian Statistics, 2 nd ed.; John Wiley: Hoboken, NJ, 2007; p 464.
35. Chib, S.; Greenberg, E. Am. Stat. 1995, 49, 327-335
36. Hastings, W. K. Biometrika 1970, 57, 97-109
37. Metropolis, N.; Ulam, S. J. Am. Stat. Assoc. 1949, 44, 335-341
38. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Roberts, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Swails, J.; Goetz, A. W.; Kolossváry, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Wolf, R. M.; Liu, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Cai, Q.; Ye, X.; Wang, J.; Hsieh, M.-J.; Cui, G.; Roe, D. R.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Salomon-Ferrer, R.; Sagui, C.; Babin, V.; Luchko, T.; Gusarov, S.; Kovalenko, A.; Kollman, P. A. Amber12; AmberTools 13; University of California: San Francisco, CA, 2012.
39. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006, 65, 712-725
40. Junmei, W.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049-1074
41. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197
42. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
43. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
44. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593
45. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341
46. Karplus, M. J. Chem. Phys. 1959, 30, 11-15
47. Hu, J. S.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 6360-6368
48. Ding, K. Y.; Gronenborn, A. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 6232-6233
49. Wirmer, J.; Schwalbe, H. J. Biomol. NMR 2002, 23, 47-55
50. Horn, H. W.; Swope, W. C.; Pitera, J. W.; Madura, J. D.; Dick, T. J.; Hura, G. L.; Head-Gordon, T. J. Chem. Phys. 2004, 120, 9665-9678
51. Adzhubei, A. A.; Sternberg, M. J.; Makarov, A. A. J. Mol. Biol. 2013, 425, 2100-2132