Conformational propensities and residual structures in unfolded peptides and proteins

Molecular BioSystems

Volumn 8, Issue 1, 2012, Pages 122-133

  Schweitzer Stenner, Reinhard ^a  

^a DREXEL UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACID; PEPTIDE; PROTEIN;

CHEMISTRY; HUMAN; METABOLISM; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; REVIEW;

AMINO ACIDS; HUMANS; PEPTIDES; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; PROTEINS;

EID: 82655179918     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1mb05225j     Document Type: Review

References (92)

1. V. N. Uversky, in Unfolded Proteins. From Denatured to Intrinsically Disordered, ed., T. P. Creamer, Nova, Hauppauge, NY, 2008
2. V. N. Uversky Eur. J. Biochem. 2002 269 2 12
3. V. N. Uversky C. J. Oldfield K. A. Dunker J. Mol. Recognit. 2005 18 343 384
4. A. K. Dunker J. D. Lawson C. J. Brown R. M. Williams P. Romero J. S. Oh C. J. Oldfield A. M. Campen C. M. Ratliff K. W. Hipps J. Ausio M. S. Nissen R. Reeves C. Kang C. R. Kissinger R. W. Bailey M. D. Griswold W. Chiu E. C. Garner Z. Obradovic J. Mol. Graphics Modell. 2001 19 26 59
5. A. K. Dunker M. S. Cortese P. Romero I. M. Iakoucheva V. N. Uversky FEBS J. 2005 272 5129 5148
6. K. A. Dunker Z. Obradovic Nat. Biotechnol. 2001 19 805 806
7. X. Li P. Romero M. Rani A. K. Dunker Z. Obradovic Genome Inf. 1999 10 30
8. P. Romero Z. Obradovic X. Li E. C. Garner C. J. Brown A. K. Dunker Proteins: Struct., Funct., Genet. 2001 42 38 48
9. A. Mohan C. J. Oldfield P. Radivojac V. Vacic M. S. Cortese A. K. Dunker V. N. Uversky J. Mol. Biol. 2006 362 1043 1059
10. J. Liu B. Rost Protein Sci. 2001 10 1970 1979
11. C. M. Dobson Trends Biochem. Sci. 1999 24 329 332
12. P. Bernado C. W. Bertoncini C. Griesinger M. Zweckstetter M. Blackledge J. Am. Chem. Soc. 2005 127 17968 17969
13. K. Toriumi Y. Oma Y. Kino E. Futai N. Sasagawa S. Ishiura J. Neurosci. Res. 2008 86 1529 1537
14. M. D. Mukrasch P. Markwick J. Biernat M. von Bergen P. Bernado C. Greisinger E. Mandelkow M. Zweckstetter M. Blackledge J. Am. Chem. Soc. 2007 129 5235 5243
15. G. N. Ramachandran C. Ramachandran V. Sasisekharan J. Mol. Biol. 1963 7 95 99
16. D. A. Brant P. J. J. Flory J. Am. Chem. Soc. 1965 87 2791 2800
17. P. J. Flory, Statistical Mechanics of Chain Molecules, Wiley & Sons, New York, 1969
18. B. K. Ho A. Thomas R. Brasseur Protein Sci. 2003 12 2508 2522
19. S. Tanaka H. A. Scheraga Macromolecules 1976 9 150 167
20. S. Tanaka H. A. Scheraga Macromolecules 1976 9 142 157
21. S. S. Zimmerman H. A. Scheraga Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1977 74 4126 4129
22. F. Eker K. Griebenow X. Cao L. Nafie R. Schweitzer-Stenner Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 10054 10059
23. Z. Shi R. W. Woody N. R. Kallenbach Adv. Protein Chem. 2002 62 163 240
24. Z. Shi C. A. Olson G. D. Rose R. L. Baldwin N. R. Kallenbach Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 9190 9195
25. Z. Shi K. Shen Z. Liu N. R. Kallenbach Chem. Rev. 2006 106 1877 1897
26. A. E. Garcia Polymer 2004 120 885 890
27. S. Gnanakaran A. E. Garcia J. Phys. Chem. B 2003 107 12555 12557
28. S. Woutersen P. Hamm J. Phys. Chem. B 2000 104 11316 11320
29. S. Woutersen P. Hamm J. Chem. Phys. 2001 114 2727 2737
30. S. Woutersen R. Pfister P. Hamm Y. Mu D. S. Kosov G. Stock J. Chem. Phys. 2002 117 6833 6840
31. H. T. Tran X. Wang R. V. Pappu Biochemistry 2005 44 11369
32. A. Hagarman T. J. Measey D. Mathieu H. Schwalbe R. Schweitzer-Stenner J. Am. Chem. Soc. 2010 132 542
33. A. Hagarman D. Mathieu S. Toal T. J. Measey H. Schwalbe R. Schweitzer-Stenner Chem.-Eur. J. 2011 17 6789 6797
34. H. J. Dyson P. E. Wright Curr. Opin. Struct. Biol. 1993 3 60 65
35. H. J. Dyson P. E. Wright Adv. Protein Chem. 2002 62 311 340
36. P. E. Wright H. J. Dyson R. A. Lerner Biochemistry 1988 27 7167 7175
37. R. W. Kriwacki L. Hengst L. Tennant S. I. Reed P. E. Wright Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 123 6142
38. K. A. Dill D. Shortle Annu. Rev. Biochem. 1991 60 795 825
39. S. Ohnishi A. L. Lee M. H. Egdell D. Shortle Biochemistry 2004 43 4064 4070
40. D. Shortle Adv. Protein Chem. 2002 62 1 23
41. R. Brüschweiler M. Blackledge R. R. Ernst J. Biomol. NMR 1991 1 3
42. S. Meier S. Grzesiek M. Blackledge J. Am. Chem. Soc. 2007 129 9799 9807
43. Y. Mu D. S. Kosov G. Stock J. Phys. Chem. B 2003 107 5064
44. Y. Mu G. Stock J. Phys. Chem. B 2002 106 5294 5301
45. R. B. Best N. V. Buchete G. Hummer Biophys. J. 2008 95 L07
46. R. B. Best G. Hummer J. Phys. Chem. B 2009 113 9004 9015
47. P. M. Cowan S. Mc Gavin Nature 1955 176 501 503
48. M. L. Tiffany S. Krimm Biopolymers 1968 6 1767 1770
49. R. Dukor T. A. Keiderling Biopolymers 1991 31 1747 1761
50. R. W. Woody Adv. Biophys. Chem. 1992 2 37 79
51. R. W. Woody Protein Sci. 2003 12 384 388
52. N. Sreerama R. W. Woody Protein Sci. 2003 12 384 388
53. W.-G. Han K. J. Jakanen M. Elstner S. Suhai J. Phys. Chem. B 1998 102 2587 2602
54. F. Eker K. Griebenow R. Schweitzer-Stenner J. Am. Chem. Soc. 2003 125 8178 8185
55. K.-I. Oh K.-K. Lee E. K. Park D.-G. Yoo G.-S. Hwang M. Cho Chirality 2010
56. S. Toal A. Omidi R. Schweitzer-Stenner J. Am. Chem. Soc. 2011 133 12728 12739
57. C. D. Poon E. T. Samulsi C. F. Weise J. C. Weisshaar J. Am. Chem. Soc. 2000 122 5612 5613
58. C. F. Weise J. C. Weisshaar J. Phys. Chem. B 2003 107 3265 3277
59. J. A. Vila H. A. Baldoni D. R. Ripoli A. Gosh H. A. Scheraga Biophys. J. 2004 86 731 724
60. J. Makowska S. Rodziewicz K. Baginska M. Makowski J. A. Vila A. Liwo L. Chmurzyski H. A. Scheraga Biophys. J. 2007 92 2904 2917
61. J. Makowska S. Rodziewicz-Motowidlo K. Baginska J. A. Vila A. Liwo L. Chmurzynski H. A. Scheraga Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 1744 1749
62. B. Zagrovic J. Lipfert E. J. Sorin I. S. Millett W. F. van Gunsteren S. Doniach V. S. Pande Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 11698 11703
63. R. Schweitzer-Stenner T. Measey Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 6649 6654
64. K. Chen Z. Liu C. Zhou W. C. Bracken N. R. Kallenbach Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 9036 9039
65. J. Graf P. H. Nguyen G. Stock H. Schwalbe J. Am. Chem. Soc. 2007 129 1179 1189
66. R. Schweitzer-Stenner J. Phys. Chem. B 2009 113 2922 2932
67. F. Eker X. Cao L. Nafie R. Schweitzer-Stenner J. Am. Chem. Soc. 2002 124 14330 14341
68. R. Schweitzer-Stenner J. Phys. Chem. B 2009 113 2922 2932
69. J. Grdadolnik V. Mohacek-Grosev R. L. Baldwin F. Avbelj Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 1794 1798
70. P. Nerenberg T. Head-Gordon J. Chem. Theor. Comput. 2011
71. Y. Duan C. Wu S. Chowdury M. C. Lee G. Xiong W. Zhang R. Yang P. Cieplak R. Luo T. Lee J. Caldwell J. Wang P. Kollman J. Comput. Chem. 2003 24 1999 2012
72. M. C. Lee Y. Duan Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2004 55 620
73. D. A. C. Beck D. O. V. Alonso D. Inoyama V. Dagget Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 12259 12264
74. D. Verbaro I. Ghosh W. M. Nau R. Schweitzer-Stenner J. Phys. Chem. B 2010 114 17201 17208
75. R. Ishizuka G. A. Huber J. A. McCammon J. Phys. Chem. Lett. 2011 1 2279 2283
76. Z. Shi K. Chen Z. Liu A. Ng W. C. Bracken N. R. Kallenbach Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 17964 17968
77. S. Pizzanelli C. Forte S. Monti R. Schweitzer-Stenner J. Phys. Chem. B 2008 112 1251
78. W. A. Elam, T. P. Schrank and V. J. Hilser, in Proteins and Peptides. Folding, Misfolding and Unfolding, ed., R. Schweitzer-Stenner, Wiley & Sons, Chichester, 2011, in press
79. A. Chakrabartty T. Kortemme R. L. Baldwin Protein Sci. 1994 3 843 852
80. P. Y. Chou G. D. Fasman Biochemistry 1974 13 211
81. K. M. Fiebig H. Schwalbe M. Buck L. J. Smith C. M. Dobson J. Phys. Chem. 1996 100 2661 2666
82. L. Serrano J. Mol. Biol. 1995 254 322 333
83. A. K. Jha A. Colubri M. H. Zaman S. Koide T. R. Sosnick K. F. Freed Biochemistry 2005 44 9691 9702
84. A. K. Jha A. Kolubri K. F. Freed T. R. Sosnick Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 13099 13104
85. Z. S. Shi K. Chen Z. G. Liu T. R. Sosnick N. R. Kallenbach Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006 63 312 321
86. T. R. Sosnick, sampling library
87. M. H. Zaman M.-Y. Shen R. S. Berry K. F. Freed T. R. Sosnick J. Mol. Biol. 2003 331 693 711
88. J. DeBartolo, A. Jha, K. F. Freed and T. R. Sosnick, in Proteins and Peptides. Folding, Misfolding and Unfolding, ed., R. Schweitzer-Stenner, Wiley & Sons, Chichester, 2012, in press
89. J. DeBartolo A. Colubri A. K. Jha J. E. Fitzgerald K. F. Freed T. R. Sosnick Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 3734 3739
90. H. Lee K. H. Mok R. Muhandiram K.-H. Park J.-E. Suk D.-H. Kim J. Chang K. Y. Choi K.-H. Han J. Biol. Chem. 2000 38 29426 29432
91. T. S. Jardetzky J. H. Brown J. C. Gorga L. J. Stern R. G. Urban J. L. Strominger D. C. Wiley Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 734 738
92. T. Mittag J. Forman-Kay Curr. Opin. Struct. Biol. 2007 17 3 14