Proteome-wide analysis of human disease mutations in short linear motifs: Neglected players in cancer?

Molecular BioSystems

Volumn 10, Issue 10, 2014, Pages 2626-2642

  Uyar, Bora ^a   Weatheritt, Robert J ^b,c   Dinkel, Holger ^a   Davey, Norman E ^a,d   Gibson, Toby J ^a  

^a EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY   (Germany)

^b MRC LABORATORY OF MOLECULAR BIOLOGY   (United Kingdom)

^c UNIVERSITY OF TORONTO   (Canada)

^d UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEOME;

AMINO ACID SEQUENCE; BIOLOGY; CHEMICAL STRUCTURE; GENETIC ASSOCIATION STUDY; GENETIC PREDISPOSITION; GENETICS; HUMAN; INFORMATION PROCESSING; METABOLISM; MOLECULAR EVOLUTION; MOLECULAR GENETICS; MUTATION; NEOPLASM; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN MOTIF; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; PROTEOMICS; SEQUENCE ALIGNMENT; SIGNAL TRANSDUCTION;

AMINO ACID MOTIFS; AMINO ACID SEQUENCE; COMPUTATIONAL BIOLOGY; DATASETS AS TOPIC; EVOLUTION, MOLECULAR; GENETIC ASSOCIATION STUDIES; GENETIC PREDISPOSITION TO DISEASE; HUMANS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR SEQUENCE DATA; MUTATION; NEOPLASMS; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN INTERACTION MAPS; PROTEOME; PROTEOMICS; SEQUENCE ALIGNMENT; SIGNAL TRANSDUCTION;

EID: 84907033567     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4mb00290c     Document Type: Article

References (113)

1. L. Feuk A. R. Carson S. W. Scherer Nat. Rev. Genet. 2006 7 85 97
2. V. Vacic P. R. Markwick C. J. Oldfield X. Zhao C. Haynes V. N. Uversky L. M. Iakoucheva PLoS Comput. Biol. 2012 8 e1002709
3. S. Sunyaev V. Ramensky P. Bork Trends Genet. 2000 16 198 200
4. S. S. Safadi G. S. Shaw Biochemistry 2007 46 14162 14169
5. Y. Yamada Y. Banno H. Yoshida R. Kikuchi Y. Akao T. Murate Y. Nozawa Arch. Med. Res. 2006 37 696 699
6. R. Jones M. Ruas F. Gregory S. Moulin D. Delia S. Manoukian J. Rowe S. Brookes G. Peters Cancer Res. 2007 67 9134 9141
7. A. K. Dunker J. D. Lawson C. J. Brown R. M. Williams P. Romero J. S. Oh C. J. Oldfield A. M. Campen C. M. Ratliff K. W. Hipps J. Ausio M. S. Nissen R. Reeves C. Kang C. R. Kissinger R. W. Bailey M. D. Griswold W. Chiu E. C. Garner Z. Obradovic J. Mol. Graphics Modell. 2001 19 26 59
8. V. N. Uversky J. R. Gillespie A. L. Fink Proteins 2000 41 415 427
9. P. E. Wright H. J. Dyson J. Mol. Biol. 1999 293 321 331
10. K. W. Plaxco M. Gross Nature 1997 386 657 659
11. A. K. Dunker C. J. Brown J. D. Lawson L. M. Iakoucheva Z. Obradovic Biochemistry 2002 41 6573 6582
12. C. A. Galea Y. Wang S. G. Sivakolundu R. W. Kriwacki Biochemistry 2008 47 7598 7609
13. M. Pajkos B. Meszaros I. Simon Z. Dosztanyi Mol. BioSyst. 2012 8 296 307
14. V. Vacic L. M. Iakoucheva Mol. BioSyst. 2012 8 27 32
15. P. Radivojac P. H. Baenziger M. G. Kann M. E. Mort M. W. Hahn S. D. Mooney Bioinformatics 2008 24 i241 i247
16. S. Li, L. M. Iakoucheva, S. D. Mooney and P. Radivojac, Pacific Symposium on Biocomputing, 2010, 337-347
17. J. Reimand G. D. Bader Mol. Syst. Biol. 2013 9 637
18. U. Midic C. J. Oldfield A. K. Dunker Z. Obradovic V. N. Uversky BMC Genomics 2009 10 suppl 1 S12
19. L. M. Iakoucheva C. J. Brown J. D. Lawson Z. Obradovic A. K. Dunker J. Mol. Biol. 2002 323 573 584
20. J. J. Ward J. S. Sodhi L. J. McGuffin B. F. Buxton D. T. Jones J. Mol. Biol. 2004 337 635 645
21. P. Tompa Trends Biochem. Sci. 2002 27 527 533
22. H. J. Dyson P. E. Wright Curr. Opin. Struct. Biol. 2002 12 54 60
23. V. N. Uversky C. J. Oldfield A. K. Dunker Annu. Rev. Biophys. 2008 37 215 246
24. M. M. Babu R. W. Kriwacki R. V. Pappu Science 2012 337 1460 1461
25. C. Haynes C. J. Oldfield F. Ji N. Klitgord M. E. Cusick P. Radivojac V. N. Uversky M. Vidal L. M. Iakoucheva PLoS Comput. Biol. 2006 2 e100
26. M. Fuxreiter P. Tompa I. Simon Bioinformatics 2007 23 950 956
27. N. E. Davey K. Van Roey R. J. Weatheritt G. Toedt B. Uyar B. Altenberg A. Budd F. Diella H. Dinkel T. J. Gibson Mol. BioSyst. 2012 8 268 281
28. H. Dinkel K. Van Roey S. Michael N. E. Davey R. J. Weatheritt D. Born T. Speck D. Kruger G. Grebnev M. Kuban M. Strumillo B. Uyar A. Budd B. Altenberg M. Seiler L. B. Chemes J. Glavina I. E. Sanchez F. Diella T. J. Gibson Nucleic Acids Res. 2014 42 D259 D266
29. K. Van Roey T. J. Gibson N. E. Davey Curr. Opin. Struct. Biol. 2012 22 378 385
30. K. Van Roey H. Dinkel R. J. Weatheritt T. J. Gibson N. E. Davey Sci. Signaling 2013 6 rs7
31. K. Kadaveru J. Vyas M. R. Schiller Front. Biosci. 2008 13 6455 6471
32. S. A. Forbes N. Bindal S. Bamford C. Cole C. Y. Kok D. Beare M. Jia R. Shepherd K. Leung A. Menzies J. W. Teague P. J. Campbell M. R. Stratton P. A. Futreal Nucleic Acids Res. 2011 39 D945 D950
33. C. Genomes Project G. R. Abecasis D. Altshuler A. Auton L. D. Brooks R. M. Durbin R. A. Gibbs M. E. Hurles G. A. McVean Nature 2010 467 1061 1073
34. C. UniProt Nucleic Acids Res. 2012 40 D71 D75
35. V. A. McKusick, Mendelian inheritance in man: a catalog of human genes and genetic disorders, Johns Hopkins University Press, Baltimore, 11th edn, 1994
36. Y. Inagaki S. Mitsutake Y. Igarashi Biochem. Biophys. Res. Commun. 2006 343 982 987
37. M. Ali V. L. Ramprasad N. Soumittra M. D. Mohamed H. Jafri Y. Rashid M. Danciger M. McKibbin G. Kumaramanickavel C. F. Inglehearn Mol. Vision 2008 14 1960 1964
38. S. H. Liang M. F. Clarke J. Biol. Chem. 1999 274 32699 32703
39. A. J. Muslin J. W. Tanner P. M. Allen A. S. Shaw Cell 1996 84 889 897
40. K. Kondo W. Y. Kim M. Lechpammer W. G. Kaelin, Jr. PLoS Biol. 2003 1 E83
41. T. J. Gibson Trends Biochem. Sci. 2009 34 471 482
42. N. E. Davey N. J. Haslam D. C. Shields R. J. Edwards Nucleic Acids Res. 2011 39 W56 W60
43. N. E. Davey J. L. Cowan D. C. Shields T. J. Gibson M. J. Coldwell R. J. Edwards Nucleic Acids Res. 2012 40 10628 10641
44. G. Wu G. Xu B. A. Schulman P. D. Jeffrey J. W. Harper N. P. Pavletich Mol. Cell 2003 11 1445 1456
45. E. F. Pettersen T. D. Goddard C. C. Huang G. S. Couch D. M. Greenblatt E. C. Meng T. E. Ferrin J. Comput. Chem. 2004 25 1605 1612
46. R. Albert H. Jeong A. L. Barabasi Nature 2000 406 378 382
47. H. Jeong S. P. Mason A. L. Barabasi Z. N. Oltvai Nature 2001 411 41 42
48. B. Pandit A. Sarkozy L. A. Pennacchio C. Carta K. Oishi S. Martinelli E. A. Pogna W. Schackwitz A. Ustaszewska A. Landstrom J. M. Bos S. R. Ommen G. Esposito F. Lepri C. Faul P. Mundel J. P. Lopez Siguero R. Tenconi A. Selicorni C. Rossi L. Mazzanti I. Torrente B. Marino M. C. Digilio G. Zampino M. J. Ackerman B. Dallapiccola M. Tartaglia B. D. Gelb Nat. Genet. 2007 39 1007 1012
49. N. Kanarek N. London O. Schueler-Furman Y. Ben-Neriah Cold Spring Harbor Perspect. Biol. 2010 2 a000166
50. G. Courtois A. Smahi J. Reichenbach R. Doffinger C. Cancrini M. Bonnet A. Puel C. Chable-Bessia S. Yamaoka J. Feinberg S. Dupuis-Girod C. Bodemer S. Livadiotti F. Novelli P. Rossi A. Fischer A. Israel A. Munnich F. Le Deist J. L. Casanova J. Clin. Invest. 2003 112 1108 1115
51. B. J. Merrill U. Gat R. DasGupta E. Fuchs Genes Dev. 2001 15 1688 1705
52. M. Brannon J. D. Brown R. Bates D. Kimelman R. T. Moon Development 1999 126 3159 3170
53. H. Ogata S. Goto K. Sato W. Fujibuchi H. Bono M. Kanehisa Nucleic Acids Res. 1999 27 29 34
54. H. Dinkel C. Chica A. Via C. M. Gould L. J. Jensen T. J. Gibson F. Diella Nucleic Acids Res. 2011 39 D261 D267
55. I. Letunic T. Doerks P. Bork Nucleic Acids Res. 2012 40 D302 D305
56. M. Punta P. C. Coggill R. Y. Eberhardt J. Mistry J. Tate C. Boursnell N. Pang K. Forslund G. Ceric J. Clements A. Heger L. Holm E. L. Sonnhammer S. R. Eddy A. Bateman R. D. Finn Nucleic Acids Res. 2012 40 D290 D301
57. R. Linding R. B. Russell V. Neduva T. J. Gibson Nucleic Acids Res. 2003 31 3701 3708
58. Z. Dosztanyi V. Csizmok P. Tompa I. Simon Bioinformatics 2005 21 3433 3434
59. J. D. Thompson, T. J. Gibson and D. G. Higgins, in Current protocols in bioinformatics/editoral board, ed., A. D. Baxevanis, et al., 2002, ch. 2, Unit 2 3
60. A. M. Waterhouse J. B. Procter D. M. Martin M. Clamp G. J. Barton Bioinformatics 2009 25 1189 1191
61. N. Dephoure C. Zhou J. Villen S. A. Beausoleil C. E. Bakalarski S. J. Elledge S. P. Gygi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 10762 10767
62. E. L. Huttlin M. P. Jedrychowski J. E. Elias T. Goswami R. Rad S. A. Beausoleil J. Villen W. Haas M. E. Sowa S. P. Gygi Cell 2010 143 1174 1189
63. P. J. Welch J. Y. Wang Cell 1993 75 779 790
64. T. Miyamura J. Nishimura Y. Yufu H. Nawata Int. J. Hematol. 1997 65 115 121
65. R. J. Craven W. G. Cance E. T. Liu Cancer Res. 1995 55 3969 3972
66. B. Barre A. Vigneron O. Coqueret J. Biol. Chem. 2005 280 15673 15681
67. H. Ali S. Urolagin O. Gurarslan M. Vihinen Hum. Mutat. 2014 35 794 804
68. C. A. Galea V. R. Pagala J. C. Obenauer C. G. Park C. A. Slaughter R. W. Kriwacki J. Proteome Res. 2006 5 2839 2848
69. G. S. Martin Cancer Cell 2003 4 167 174
70. P. Tompa Curr. Opin. Struct. Biol. 2011 21 419 425
71. P. Tompa, Structure and Function of Intrinsically Disordered Proteins, Chapman and Hall/CRC, 2009
72. B. Lustig J. Behrens J. Cancer Res. Clin. Oncol. 2003 129 199 221
73. P. Legoix O. Bluteau J. Bayer C. Perret C. Balabaud J. Belghiti D. Franco G. Thomas P. Laurent-Puig J. Zucman-Rossi Oncogene 1999 18 4044 4046
74. E. F. Chan U. Gat J. M. McNiff E. Fuchs Nat. Genet. 1999 21 410 413
75. E. P. Rakoczy C. Kiel R. McKeone F. Stricher L. Serrano J. Mol. Biol. 2011 405 584 606
76. D. Deretic S. Schmerl P. A. Hargrave A. Arendt J. H. McDowell Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 10620 10625
77. J. P. Macke J. C. Hennessey J. Nathans Hum. Mol. Genet. 1995 4 775 776
78. Y. Yoshimasa S. Seino J. Whittaker T. Kakehi A. Kosaki H. Kuzuya H. Imura G. I. Bell D. F. Steiner Science 1988 240 784 787
79. S. Yokoyama S. L. Woods G. M. Boyle L. G. Aoude S. MacGregor V. Zismann M. Gartside A. E. Cust R. Haq M. Harland J. C. Taylor D. L. Duffy K. Holohan K. Dutton-Regester J. M. Palmer V. Bonazzi M. S. Stark J. Symmons M. H. Law C. Schmidt C. Lanagan L. O'Connor E. A. Holland H. Schmid J. A. Maskiell J. Jetann M. Ferguson M. A. Jenkins R. F. Kefford G. G. Giles B. K. Armstrong J. F. Aitken J. L. Hopper D. C. Whiteman P. D. Pharoah D. F. Easton A. M. Dunning J. A. Newton-Bishop G. W. Montgomery N. G. Martin G. J. Mann D. T. Bishop H. Tsao J. M. Trent D. E. Fisher N. K. Hayward K. M. Brown Nature 2011 480 99 103
80. C. Bertolotto F. Lesueur S. Giuliano T. Strub M. de Lichy K. Bille P. Dessen B. d'Hayer H. Mohamdi A. Remenieras E. Maubec A. de la Fouchardiere V. Molinie P. Vabres S. Dalle N. Poulalhon T. Martin-Denavit L. Thomas P. Andry-Benzaquen N. Dupin F. Boitier A. Rossi J. L. Perrot B. Labeille C. Robert B. Escudier O. Caron L. Brugieres S. Saule B. Gardie S. Gad S. Richard J. Couturier B. T. Teh P. Ghiorzo L. Pastorino S. Puig C. Badenas H. Olsson C. Ingvar E. Rouleau R. Lidereau P. Bahadoran P. Vielh E. Corda H. Blanche D. Zelenika P. Galan G. French Familial Melanoma Study F. Aubin B. Bachollet C. Becuwe P. Berthet Y. J. Bignon V. Bonadona J. L. Bonafe M. N. Bonnet-Dupeyron F. Cambazard J. Chevrant-Breton I. Coupier S. Dalac L. Demange M. d'Incan C. Dugast L. Faivre L. Vincent-Fetita M. Gauthier-Villars B. Gilbert F. Grange J. J. Grob P. Humbert N. Janin P. Joly D. Kerob C. Lasset D. Leroux J. Levang J. M. Limacher C. Livideanu M. Longy A. Lortholary D. Stoppa-Lyonnet S. Mansard L. Mansuy K. Marrou C. Mateus C. Maugard N. Meyer C. Nogues P. Souteyrand L. Venat-Bouvet H. Zattara V. Chaudru G. M. Lenoir M. Lathrop I. Davidson M. F. Avril F. Demenais R. Ballotti B. Bressac-de Paillerets Nature 2011 480 94 98
81. A. Via C. M. Gould C. Gemund T. J. Gibson M. Helmer-Citterich BMC Bioinf. 2009 10 351
82. R. J. Weatheritt K. Luck E. Petsalaki N. E. Davey T. J. Gibson Bioinformatics 2012 28 976 982
83. F. Diella S. Chabanis K. Luck C. Chica C. Ramu C. Nerlov T. J. Gibson Bioinformatics 2009 25 1 5
84. M. M. Babu R. van der Lee N. S. de Groot J. Gsponer Curr. Opin. Struct. Biol. 2011 21 432 440
85. N. E. Davey G. Trave T. J. Gibson Trends Biochem. Sci. 2011 36 159 169
86. R. C. Brennan S. Federico C. Bradley J. Zhang J. Flores-Otero M. Wilson C. Stewart F. Zhu K. Guy M. A. Dyer Cancer Res. 2011 71 4205 4213
87. I. Ray-Coquard J. Y. Blay A. Italiano A. Le Cesne N. Penel J. Zhi F. Heil R. Rueger B. Graves M. Ding D. Geho S. A. Middleton L. T. Vassilev G. L. Nichols B. N. Bui Lancet Oncol. 2012 13 1133 1140
88. A. Carter J. Natl. Cancer Inst. 2010 102 675 677
89. K. Van Roey B. Uyar R. J. Weatheritt H. Dinkel M. Seiler A. Budd T. J. Gibson N. E. Davey Chem. Rev. 2014 114 6733 6778
90. T. Vavouri J. I. Semple R. Garcia-Verdugo B. Lehner Cell 2009 138 198 208
91. J. D. Oliner K. W. Kinzler P. S. Meltzer D. L. George B. Vogelstein Nature 1992 358 80 83
92. Y. Haupt R. Maya A. Kazaz M. Oren Nature 1997 387 296 299
93. D. Fera D. C. Schultz S. Hodawadekar M. Reichman P. S. Donover J. Melvin S. Troutman J. L. Kissil D. M. Huryn R. Marmorstein Chem. Biol. 2012 19 518 528
94. C. Greenman P. Stephens R. Smith G. L. Dalgliesh C. Hunter G. Bignell H. Davies J. Teague A. Butler C. Stevens S. Edkins S. O'Meara I. Vastrik E. E. Schmidt T. Avis S. Barthorpe G. Bhamra G. Buck B. Choudhury J. Clements J. Cole E. Dicks S. Forbes K. Gray K. Halliday R. Harrison K. Hills J. Hinton A. Jenkinson D. Jones A. Menzies T. Mironenko J. Perry K. Raine D. Richardson R. Shepherd A. Small C. Tofts J. Varian T. Webb S. West S. Widaa A. Yates D. P. Cahill D. N. Louis P. Goldstraw A. G. Nicholson F. Brasseur L. Looijenga B. L. Weber Y. E. Chiew A. DeFazio M. F. Greaves A. R. Green P. Campbell E. Birney D. F. Easton G. Chenevix-Trench M. H. Tan S. K. Khoo B. T. Teh S. T. Yuen S. Y. Leung R. Wooster P. A. Futreal M. R. Stratton Nature 2007 446 153 158
95. D. Welter J. Macarthur J. Morales T. Burdett P. Hall H. Junkins A. Klemm P. Flicek T. Manolio L. Hindorff H. Parkinson Nucleic Acids Res. 2014 42 D1001 D1006
96. C. Schaefer A. Meier B. Rost Y. Bromberg Bioinformatics 2012 28 601 602
97. B. Turner S. Razick A. L. Turinsky J. Vlasblom E. K. Crowdy E. Cho K. Morrison I. M. Donaldson S. J. Wodak Database 2010 2010 baq023
98. G. D. Bader I. Donaldson C. Wolting B. F. Ouellette T. Pawson C. W. Hogue Nucleic Acids Res. 2001 29 242 245
99. C. Stark B. J. Breitkreutz T. Reguly L. Boucher A. Breitkreutz M. Tyers Nucleic Acids Res. 2006 34 D535 D539
100. A. Ruepp B. Brauner I. Dunger-Kaltenbach G. Frishman C. Montrone M. Stransky B. Waegele T. Schmidt O. N. Doudieu V. Stumpflen H. W. Mewes Nucleic Acids Res. 2008 36 D646 D650
101. L. Salwinski C. S. Miller A. J. Smith F. K. Pettit J. U. Bowie D. Eisenberg Nucleic Acids Res. 2004 32 D449 D451
102. H. Hermjakob L. Montecchi-Palazzi C. Lewington S. Mudali S. Kerrien S. Orchard M. Vingron B. Roechert P. Roepstorff A. Valencia H. Margalit J. Armstrong A. Bairoch G. Cesareni D. Sherman R. Apweiler Nucleic Acids Res. 2004 32 D452 D455
103. S. Peri J. D. Navarro R. Amanchy T. Z. Kristiansen C. K. Jonnalagadda V. Surendranath V. Niranjan B. Muthusamy T. K. Gandhi M. Gronborg N. Ibarrola N. Deshpande K. Shanker H. N. Shivashankar B. P. Rashmi M. A. Ramya Z. Zhao K. N. Chandrika N. Padma H. C. Harsha A. J. Yatish M. P. Kavitha M. Menezes D. R. Choudhury S. Suresh N. Ghosh R. Saravana S. Chandran S. Krishna M. Joy S. K. Anand V. Madavan A. Joseph G. W. Wong W. P. Schiemann S. N. Constantinescu L. Huang R. Khosravi-Far H. Steen M. Tewari S. Ghaffari G. C. Blobe C. V. Dang J. G. Garcia J. Pevsner O. N. Jensen P. Roepstorff K. S. Deshpande A. M. Chinnaiyan A. Hamosh A. Chakravarti A. Pandey Genome Res. 2003 13 2363 2371
104. A. Chatr-aryamontri A. Ceol L. M. Palazzi G. Nardelli M. V. Schneider L. Castagnoli G. Cesareni Nucleic Acids Res. 2007 35 D572 D574
105. U. Guldener M. Munsterkotter M. Oesterheld P. Pagel A. Ruepp H. W. Mewes V. Stumpflen Nucleic Acids Res. 2006 34 D436 D441
106. P. Pagel S. Kovac M. Oesterheld B. Brauner I. Dunger-Kaltenbach G. Frishman C. Montrone P. Mark V. Stumpflen H. W. Mewes A. Ruepp D. Frishman Bioinformatics 2005 21 832 834
107. K. R. Brown I. Jurisica Bioinformatics 2005 21 2076 2082
108. Z. Dosztanyi V. Csizmok P. Tompa I. Simon J. Mol. Biol. 2005 347 827 839
109. S. R. Eddy PLoS Comput. Biol. 2011 7 e1002195
110. R Core Team, R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria, 2014
111. H. Wickham, ggplot2: elegant graphics for data analysis, Springer, New York, 2009
112. C. Pommie S. Levadoux R. Sabatier G. Lefranc M. P. Lefranc J. Mol. Recognit. 2004 17 17 32
113. W. Huang da B. T. Sherman R. A. Lempicki Nat. Protoc. 2009 4 44 57