Development of semiempirical models for proton transfer reactions in water

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 8, 2014, Pages 2881-2890

  Wang, Shihao ^a   Mackay, Laurent ^a   Lamoureux, Guillaume ^a  

^a Civil and Environmental Engineering   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84906217744     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct500164h     Document Type: Article

References (79)

1. Marx, D. ChemPhysChem 2006, 7, 1848-1870
2. Jeffrey, G. A.; Saenger, W. In Hydrogen Bonding in Biological Structures; Springer-Verlag: Berlin, 1994.
3. Fersht, A. Structure and Mechanism in Protein Science: A Guide to Enzyme Catalysis and Protein Folding; W.H. Freeman & Company: New York, 1998.
4. Maffeo, C.; Bhattacharya, S.; Yoo, J.; Wells, D.; Aksimentiev, A. Chem. Rev. 2012, 112, 6250-6284
5. Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227-249
6. Ribeiro, A. J. M.; Ramos, M. J.; Fernandes, P. A. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 13436-13447
7. Phoon, L.; Burton, N. A. J. Mol. Graph. Model. 2005, 24, 94-101
8. Szeto, M. W. Y.; Mujika, J. I.; Zurek, J.; Mulholland, A. J.; Harvey, J. N. J. Mol. Struct. THEOCHEM 2009, 898, 106-114
9. Xu, D.; Guo, H. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 9780-9788
10. Blumberger, J.; Lamoureux, G.; Klein, M. L. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1837-1850
11. Riccardi, D.; Yang, S.; Cui, Q. Biochim. Biophys. Acta 2010, 1804, 342-351
12. Nachimuthu, S.; Gao, J.; Truhlar, D. G. Chem. Phys. 2012, 400, 8-12
13. McNamara, J. P.; Hillier, I. H. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 2362-2370
14. Korth, M. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 3808-3816
15. S. Rzepa, H.; Yi, M. J. Chem. Soc. Perkin Trans. 2 1990, 943-951
16. Arillo-Flores, O. I.; Ruiz-López, M. F.; Bernal-Uruchurtu, M. I. Theor. Chem. Acc. 2007, 118, 425-435
17. Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E. G.; Healy, E. F.; Stewart, J. J. P. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3902-3909
18. Stewart, J. J. P. J. Comput. Chem. 1989, 10, 209-220
19. Thiel, W.; Voityuk, A. A. Theor. Chim. Acta 1992, 81, 391-404
20. Bräuer, M.; Kunert, M.; Dinjus, E.; Klußmann, M.; Döring, M.; Görls, H.; Anders, E. J. Mol. Struct. THEOCHEM 2000, 505, 289-301
21. Harb, W.; Bernal-Uruchurtu, M. I.; Ruiz-López, M. F. Theor. Chem. Acc. 2004, 112, 204-216
22. Bernal-Uruchurtu, M. I.; Martins-Costa, M. T. C.; Millot, C.; Ruiz-López, M. F. J. Comput. Chem. 2000, 21, 572-581
23. Bernal-Uruchurtu, M.; Ruiz-López, M. Chem. Phys. Lett. 2000, 330, 118-124
24. Korth, M.; Pitoňák, M.; Řezáč, J.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 344-352
25. Csonka, G. I.; ángyán, J. G. J. Mol. Struct. THEOCHEM 1997, 393, 31-38
26. Buesnel, R.; Hillier, I. H.; Masters, A. J. Chem. Phys. Lett. 1995, 247, 391-394
27. González-Lafont, A.; Truong, T. N.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. 1991, 95, 4618-4627
28. Layfield, J. P.; Owens, M. D.; Troya, D. J. Chem. Phys. 2008, 128, 194302
29. Nam, K.; Cui, Q.; Gao, J.; York, D. M. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 486-504
30. Troya, D.; García-Molina, E. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 3015-3023
31. Wu, X.; Thiel, W.; Pezeshki, S.; Lin, H. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2672-2686
32. Liang, S.; Roitberg, A. E. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 4470-4480
33. Korth, M.; Thiel, W. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2929-2936
34. Choi, T. H.; Liang, R.; Maupin, C. M.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2013, 117, 5165-5179
35. Chang, D. T.; Schenter, G. K.; Garrett, B. C. J. Chem. Phys. 2008, 128, 164111
36. Lin, Y.; Wynveen, A.; Halley, J. W.; Curtiss, L. A.; Redfern, P. C. J. Chem. Phys. 2012, 136, 174507
37. Řezáč, J.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 141-151
38. Burshtein, K. Y.; Isaev, A. N. J. Struct. Chem. 1986, 27, 347-351
39. Goyal, P.; Elstner, M.; Cui, Q. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 6790-6805
40. Maupin, C. M.; Aradi, B.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 6922-6931
41. Rodríguez, J. J. Comput. Chem. 1994, 15, 183-189
42. Zhang, P.; Fiedler, L.; Leverentz, H. R.; Truhlar, D. G.; Gao, J. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 857-867
43. Maupin, C. M.; Voth, G. A. Biochim. Biophys. Acta 2010, 1804, 332-341
44. Freier, E.; Wolf, S.; Gerwert, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 11435-11439
45. Garczarek, F.; Gerwert, K. Nature 2006, 439, 109-112
46. Vardi-Kilshtain, A.; Major, D. T.; Kohen, A.; Engel, H.; Doron, D. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4786-4796
47. Wang, S.; Orabi, E. A.; Baday, S.; Bernèche, S.; Lamoureux, G. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 10419-10427
48. Lohr, L. L.; Schlegel, H. B.; Morokuma, K. J. Phys. Chem. 1984, 88, 1981-1987
49. Stull, D. R.; Prophet, H. Janaf Thermochemical Tables; 2 nd ed.; National Bureau of Standards: Washington, DC, 1971.
50. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, Jr., J. A.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, N. J.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, Ö.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09, Revision B.01, 2009.
51. Bryantsev, V. S.; Diallo, M. S.; van Duin, A. C. T.; Goddard, W. A. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1016-1026
52. Stewart, J. J. P. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1990, 4, 1-103
53. Shanno, D. F. Math. Comput. 1970, 24, 647-656
54. Goldfarb, D. Math. Comput. 1970, 24, 23-26
55. Fletcher, R. Comput. J. 1970, 13, 317-322
56. Broyden, C. G. J. Inst. Math. Appl. 1970, 6, 222-231
57. Henkelman, G.; Jònsson, H.; Jonsson, H. J. Chem. Phys. 1999, 111, 7010-7022
58. Laino, T.; Mohamed, F.; Laio, A.; Parrinello, M. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 1176-1184
59. Repasky, M. P.; Chandrasekhar, J.; Jorgensen, W. L. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1601-1622
60. Giese, T. J.; Sherer, E. C.; Cramer, C. J.; York, D. M. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 1275-1285
61. McNamara, J. P.; Sundararajan, M.; Hillier, I. H. J. Mol. Graph. Model. 2005, 24, 128-137
62. Tafipolsky, M.; Schmid, R. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 1341-1352
63. Isegawa, M.; Fiedler, L.; Leverentz, H. R.; Wang, Y.; Nachimuthu, S.; Gao, J.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 33-45
64. Hutter, M. C.; Reimers, J. R.; Hush, N. S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 8080-8090
65. Brothers, E. N.; Merz, K. M., Jr.; Merz, K. M. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 2779-2785
66. Giese, T. J.; York, D. M. J. Chem. Phys. 2005, 123, 164108
67. Williams, D. E.; Peters, M. B.; Wang, B.; Merz, K. M. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 8829-8838
68. Mane, J. Y.; Klobukowski, M. Chem. Phys. Lett. 2010, 500, 140-143
69. Tejero, I.; González-Lafont, À.; Lluch, J. M. J. Comput. Chem. 2007, 28, 997-1005
70. Rossi, I.; Truhlar, D. G. Chem. Phys. Lett. 1995, 233, 231-236
71. Cundari, Thomas R.; Jun Deng, W. F. Int. J. Quantum Chem. 2000, 77, 421-432
72. Wang, J.; Cieplak, P.; Li, J.; Hou, T.; Luo, R.; Duan, Y. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 3091-3099
73. Charbonneau, P. Astrophys. J. Suppl. Ser. 1995, 101, 309-334
74. Rocha, G. B.; Freire, R. O.; Simas, A. M.; Stewart, J. J. P. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1101-1111
75. Herndon, W.; Radhakrishnan, T. Chem. Phys. Lett. 1988, 148, 492-496
76. Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. 1988, 92, 6869-6871
77. Rzepa, H. S.; Yi, M. Y. J. Chem. Soc. Perkin Trans. 2 1990, 943-951
78. Zhechkov, L.; Heine, T.; Patchkovskii, S.; Seifert, G.; Duarte, H. A. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 841-847
79. Elstner, M.; Porezag, D.; Jungnickel, G.; Elsner, J.; Haugk, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Seifert, G. Phys. Rev. B 1998, 58, 7260