Identification of virulence determinants in influenza viruses

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 14, 2014, Pages 6911-6917

  Negri, Pierre ^a   Choi, Joo Young ^a   Jones, Cheryl ^a   Tompkins, S Mark ^a   Tripp, Ralph A ^a   Dluhy, Richard A ^a  

^a UNIVERSITY OF GEORGIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CLASSIFICATION (OF INFORMATION); OLIGONUCLEOTIDES; PROTEINS; RNA;

DELETION MUTANTS; DIAGNOSTIC INDICATORS; DIAGNOSTIC METHODS; HIGHLY PATHOGENIC AVIAN INFLUENZAS; INFLUENZA VIRUS; MULTI VARIATE ANALYSIS; PANDEMIC INFLUENZA; SURFACED-ENHANCED RAMAN;

VIRUSES;

DNA PROBE; NANOTUBE; OLIGONUCLEOTIDE; PB1-F2 PROTEIN, INFLUENZA A VIRUS; SINGLE STRANDED DNA; VIRULENCE FACTOR; VIRUS PROTEIN; VIRUS RNA;

ANIMAL; BIOLOGICAL MODEL; CHEMISTRY; DEVICES; DNA PROBE; DOG; GENETICS; IN SITU HYBRIDIZATION; INFLUENZA A VIRUS; INFLUENZA A VIRUS (H5N1); INFLUENZA A VIRUS (H5N2); MDCK CELL LINE; MUTATION; PATHOGENICITY; PROCEDURES; RAMAN SPECTROMETRY; REGRESSION ANALYSIS; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; VIROLOGY;

ANIMALS; DNA PROBES; DNA, SINGLE-STRANDED; DOGS; IN SITU HYBRIDIZATION; INFLUENZA A VIRUS; INFLUENZA A VIRUS, H5N1 SUBTYPE; INFLUENZA A VIRUS, H5N2 SUBTYPE; LEAST-SQUARES ANALYSIS; MADIN DARBY CANINE KIDNEY CELLS; MODELS, BIOLOGICAL; MUTATION; NANOTUBES; OLIGONUCLEOTIDES; RNA, VIRAL; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; SPECTRUM ANALYSIS, RAMAN; VIRAL PROTEINS; VIROLOGY; VIRULENCE FACTORS;

EID: 84904291708     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac500659f     Document Type: Article

References (50)

1. WHO. (2013; http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs211/en/index. html.
2. WHO. (2013; http://www.who.int/influenza/human-animal-interface/H5N1- cumulative-table-archives/en/.
3. de Jong, M. D.; Simmons, C. P.; Thanh, T. T.; Hien, V. M.; Smith, G. J. D.; Chau, T. N. B.; Hoang, D. M.; Chau, N. V. V; Khanh, T. H.; Dong, V. C.; Qui, P. T.; Van Cam, B.; Ha, D. Q.; Guan, Y.; Peiris, J. S. M.; Chinh, N. T.; Hien, T. T.; Farrar J. Nat. Med. 2006, 12, 1203-1207
4. Stevens, J.; Blixt, O.; Tumpey, T. M.; Taubenberger, J. K.; Paulson, J. C.; Wilson, I. A. Science 2006, 312, 404-410
5. Muramoto, Y.; Le, T. Q. M.; Phuong, L. S.; Nguyen, T.; Nguyen, T. H.; Sakai-Tagawa, Y.; Horimoto, T.; Kida, H.; Kawaoka, Y. J. Vet. Med. Sci. 2006, 68, 735-737
6. Muramoto, Y.; Le, T. Q. M.; Phuong, L. S.; Nguyen, T.; Nguyen, T. H.; Sakai-Tagawa, Y.; Iwatsuki-Horimoto, K.; Horimoto, T.; Kida, H.; Kawaoka, Y. J. Vet. Med. Sci. 2006, 68, 527-531
7. McAuley, J. L.; Chipuk, J. E.; Boyd, K. L.; Van De Velde, N.; Green, D. R.; McCullers, J. A. PLoS Pathog. 2010, 6, 1-12
8. Solbak, S. M. O.; Sharma, A.; Bruns, K.; Roder, R.; Mitzner, D.; Hahn, F.; Niebert, R.; Vedeler, A.; Henklein, P.; Henklein, P.; Schubert, U.; Wray, V.; Fossen, T. Biochim. Biophys. Acta 2012, 1834, 568-582
9. Smith, A. M.; McCullers, J. A. Virus Res. 2013, 178, 146-150
10. Takahashi, T.; Takaguchi, M.; Kawakami, T.; Suzuki, T. PLoS One 2013, 8, 1-8
11. Conenello, G. M.; Zamarin, D.; Perrone, L. A.; Tumpey, T.; Palese, P. PLoS Pathog. 2007, 3, 1414-1421
12. Krumbholz, A.; Philipps, A.; Oehring, H.; Schwarzer, K.; Eitner, A.; Wutzler, P.; Zell, R. Med. Microbiol. Immunol. 2011, 200, 69-75
13. Pasricha, G.; Mishra, A. C.; Chakrabarti, A. K. Influenza Other Respir. Viruses 2013, 7, 497-505
14. Kash, J. C.; Tumpey, T. M.; Proll, S. C.; Carter, V.; Perwitasari, O.; Thomas, M. J.; Basler, C. F.; Palese, P.; Taubenberger, J. K.; Garcia-Sastre, A.; Swayne, D. E.; Katze, M. G. Nature 2006, 443, 578-581
15. Salomon, R.; Franks, J.; Govorkova, E. A.; Ilyushina, N. A.; Yen, H. L.; Hulse-Post, D. J.; Humberd, J.; Trichet, M.; Rehg, J. E.; Webby, R. J.; Webster, R. G.; Mann, E. H. J. Exp. Med. 2006, 203, 689-697
16. Li, M.; Brenwald, N.; Bonigal, S.; Chana, K.; Osman, H.; Oppenheim, B. J. Infect. 2012, 65, 60-63
17. Driskell, J. D.; Seto, A. G.; Jones, L. P.; Jokela, S.; Dluhy, R. A.; Zhao, Y.-P.; Tripp, R. A. Biosens. Bioelectron. 2008, 24, 923-928
18. Driskell, J.; Primera-Pedorozo, O.; Dluhy, R. A.; Zhao, Y.-P.; Tripp, R. A. Appl. Spectrosc. 2009, 63, 1107-1114
19. Driskell, J. D.; Tripp, R. A. Chem. Commun. 2010, 46, 3298-3300
20. Negri, P.; Kage, A.; Nitsche, A.; Naumann, D.; Dluhy, R. A. Chem. Commun. 2011, 47, 8635-8637
21. Abell, J. L.; Garren, J. M.; Driskell, J. D.; Tripp, R. A.; Zhao, Y. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 12889-12892
22. Negri, P.; Chen, G.; Kage, A.; Nitsche, A.; Naumann, D.; Xu, B.; Dluhy, R. A. Anal. Chem. 2012, 84, 5501-5508
23. Barhoumi, A.; Zhang, D.; Halas, N. J. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 14040-14041
24. Barhoumi, A.; Zhang, D.; Tam, F.; Halas, N. J. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 5523-5529
25. Harpster, M. H.; Zhang, H.; Sankara-Warrier, A. K.; Ray, B. H.; Ward, T. R.; Kollmar, J. P.; Carron, K. T.; Mecham, J. O.; Corcoran, R. C.; Wilson, W. C. Biosens. Bioelectron. 2009, 25, 674-681
26. Sun, L.; Irudayaraj, J. Biophys. J. 2009, 96, 4709-4716
27. Miljanic, S.; Dijanosic, A.; Piantanida, I.; Meic, Z.; Albelda, M. T.; Sornosa-Ten, A.; Garcia-Espana, E. Analyst 2011, 136, 3185-3193
28. Miljanic, S.; Dijanosic, A.; Landeka, K.; Stojkovic, M. R.; Piantanida, I. Appl. Spectrosc. 2012, 66, 82-89
29. Xie, W.; Schlucker, S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2013, 15, 5329-5344
30. Negri, P.; Dluhy, R. A. Analyst 2013, 138, 4877-4884
31. Chaney, S. B.; Shanmukh, S.; Zhao, Y.-P.; Dluhy, R. A. Appl. Phys. Lett. 2005, 87, 31908-31910
32. Driskell, J. D.; Shanmukh, S.; Liu, Y.; Chaney, S. B.; Tang, X. J.; Zhao, Y. P.; Dluhy, R. A. J. Phys. Chem. C 2008, 112, 895-901
33. Abell, J. L.; Driskell, J. D.; Dluhy, R. A.; Tripp, R. A.; Zhao, Y. P. Biosens. Bioelectron. 2009, 24, 3663-3670
34. Mundt, E.; Gay, L.; Jones, L.; Saavedra, G.; Tompkins, S. M.; Tripp, R. A. Arch. Virol. 2009, 154, 1241-1248
35. Chen, W.; Calvo, P. A.; Malide, D.; Gibbs, J.; Schubert, U.; Bacik, I.; Basta, S.; O'Neill, R.; Schickli, J.; Palese, P.; Henklein, P.; Bennink, J. R.; Yewdell, J. W. Nat. Med. 2001, 7, 1306-1312
36. Mooney, A. J.; Li, Z.; Gabbard, J. D.; He, B.; Tompkins, S. M. J. Virol 2013, 87, 363-371
37. Brereton, R. G. Chemometrics for Pattern Recognition; J. Wiley & Sons, Ltd.: Chichester, U.K., 2009.
38. Barker, M.; Rayens, W. J. Chemom. 2003, 17, 166-173
39. Xu, Y.; Zomer, S.; Brereton, R. G. Crit. Rev. Anal. Chem. 2006, 36, 177-188
40. Brereton, R. G.; Lloyd, G. R. Analyst 2010, 135, 230-267
41. Maquelin, K.; Kirschner, C.; Choo-Smith, L. P.; Ngo-Thi, N. A.; van Vreeswijk, T.; Stammler, M.; Endtz, H. P.; Bruining, H. A.; Naumann, D.; Puppels, G. J. J. Clin. Microbiol. 2003, 41, 324-329
42. Jarvis, R. M.; Goodacre, R. Anal. Chem. 2004, 76, 40-47
43. Negri, P.; Dluhy, R. A. J. Biophoton. 2013, 6, 20-35
44. Bylesjö, M.; Rantalainen, M.; Cloarec, O.; Nicholson, J. K.; Holmes, E.; Trygg, J. J. Chemom. 2006, 20, 341-351
45. Despagne, F.; Massart, D. L.; Chabot, P. Anal. Chem. 2000, 72, 1657-1665
46. Centner, V.; Verdu-Andres, J.; Walczak, B.; Jouan-Rimbaud, D.; Despagne, F.; Pasti, L.; Massart, D.-L.; Noord, O. E. D. Appl. Spectrosc. 2000, 54, 608-623
47. Thissen, U.; Pepers, M.; Üstün, B.; Melssen, W. J.; Buydens, L. M. C. Chemom. Intell. Lab. Syst. 2004, 73, 169-179
48. Thissen, U.; Üstün, B.; Melssen, W. J.; Buydens, L. M. C. Anal. Chem. 2004, 76, 3099-3105
49. Driskell, J. D.; Zhu, Y.; Kirkwood, C.; Zhao, Y.-P.; Dluhy, R. A.; Tripp, R. A. PLoS One 2010, 5, e10222
50. Hennigan, S. L.; Driskell, J. D.; Ferguson-Noel, N.; Dluhy, R. A.; Zhao, Y.; Tripp, R. A.; Krause, D. C. Appl. Environ. Microbiol. 2012, 78, 1930-1935