Quantitative surface-enhanced Raman spectroscopy based analysis of microRNA mixtures

Applied Spectroscopy

Volumn 63, Issue 10, 2009, Pages 1107-1114

  Driskell, Jeremy ^a   Primera Pedrozo, Oliva M ^b   Dluhy, Richard A ^a   Zhao, Yiping ^a   Tripp, Ralph A ^a  

^a UNIVERSITY OF GEORGIA   (United States)

^b UNIVERSITY OF PUERTO RICO   (Puerto Rico)

Author keywords

Micro rna; Partial least squares; PLS; SERS; Surface enhanced Raman spectroscopy

Indexed keywords

AG NANORODS; COMPONENT MODEL; CONCENTRATION RANGES; DISEASE BIOMARKER; LABEL FREE; MICRORNA (MIRNA); MICRORNAS; MULTICOMPONENT MIXTURE; OBLIQUE ANGLES; PARTIAL LEAST SQUARES; PARTIAL LEAST-SQUARES REGRESSION; PLS; PLS MODELS; QUANTITATIVE ANALYSIS; QUANTITATIVE DETECTION; QUANTITATIVE METHOD; REPRODUCIBILITIES; ROOT MEAN SQUARE ERRORS; SERS SPECTRUM; SURFACE ENHANCED RAMAN SPECTROSCOPY; TEST SAMPLES;

MIXTURES; NANORODS; NUCLEIC ACIDS; RAMAN SCATTERING; RAMAN SPECTROSCOPY; REGRESSION ANALYSIS; RNA; SILVER; SPECTRUM ANALYSIS; STATISTICAL TESTS; SURFACES;

SUBSTRATES;

MICRORNA; NANOTUBE; SILVER;

ARTICLE; CHEMISTRY; HUMAN; METHODOLOGY; RAMAN SPECTROMETRY; REGRESSION ANALYSIS; SURFACE PROPERTY;

HUMANS; LEAST-SQUARES ANALYSIS; MICRORNAS; NANOTUBES; SILVER; SPECTRUM ANALYSIS, RAMAN; SURFACE PROPERTIES;

EID: 70450206919     PISSN: 00037028     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1366/000370209789553183     Document Type: Article

References (47)

1. D. P. Bartel, Cell 116, 281 (2004).
2. M. Scherr and M. Eder, Curr. Opin. Mol. Ther. 6, 129 (2004).
3. B. Zhang, Q. Wang, and X. Pan, J. Cell Physiol. 210, 279 (2007).
4. G. A. Calin and C. M. Croce, Semin. Oncol. 33, 167 (2006).
5. G. A. Calin and C. M. Croce, Cancer Res. 66, 7390 (2006).
6. A. Cimmino, G. A. Calin, M. Fabbri, M. V. Iorio, M. Ferracin, M. Shimizu, S. E. Wojcik, R. I. Aqeilan, S. Zupo, M. Dono, L. Rassenti, H. Alder, S. Volinia, C. G. Liu, T. J. Kipps, M. Negrini, and C. M. Croce, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 102, 13944 (2005).
7. S. M. Hammond, Cancer Chemother. Pharmacol. (Suppl.) 58, s63 (2006).
8. L. He, J. M. Thomson, M. T. Hemann, E. Hemando-Monge, D. Mu, S. Goodson, S. Powers, C. Cordon-Cardo, S. W. Lowe, G. J. Hannon, and S. M. Hammond, Nature (London) 435, 828 (2005).
9. M. Z. Michael, S. M. O'Connor, N. G. van Hoist Pellekaan, G. P. Young, and R. J. James, Mol. Cancer Res. 1, 882 (2003).
10. H. Tagawa and M. Seto, Leukemia 19, 2013 (2005).
11. Y. Bennasser, S. Y. Le, M. L. Yeung, and K. T. Jeang, Retrovirology 1, 43 (2004).
12. B. R. Cullen, Nat. Genet. (Suppl.) 38, S25 (2006).
13. C. L. Jopling, M. Yi, A. M. Lancaster, S. M. Lemon, and P. Sarnow, Science (Washington, D. C.) 309, 1577 (2005).
14. C.-H. Lecellier, P. Dunoyer, K. Arar, J. Lehmann-Che, S. Eyquem, C. Himber, A. Saib, and O. Voinnet, Science (Washington, D. C.) 308, 557 (2005).
15. S. Pfeffer, A. Sewer, M. Lagos-Quintana, R. Sheridan, C. Sander, F. A. Grasser, L. F. van Dyk, C. K. Ho, S. Shuman, M. Chien, J. J. Russo, J. Ju, G. Randall, B. D. Lindenbach, C. M. Rice, V. Simon, D. D. Ho, M. Zavolan, and T. Tuschl, Nat. Methods 2, 269 (2005).
16. S. Pfeffer and O. Voinnet, Oncogene 25, 6211 (2006).
17. J. Lu, G. Getz, E. A. Miska, E. Alvarez-Saavedra, J. Lamb, D. Peck, A. Sweet-Cordero, B. L. Ebert, R. H. Mak, A. A. Fernando, J. R. Downing, T. Jacks, H. R. Horvitz, and T. R. Golub, Nature (London) 435, 834 (2005).
18. K. A. Cissell, S. Shrestha, and S. K. Deo, Anal. Chem. 79, 4754 (2007).
19. C. F. Chen, D. A. Ridzon, A. J. Broomer, Z. H. Zhou, D. H. Lee, J. T. Nguyen, M. Barbisin, N. L. Xu, V. R. Mahuvakar, M. R. Andersen, K. Q. Lao, K. J. Livak, and K. J. Guegler, Nucleic Acids Res. 33, 20 (2005).
20. R. Shi and V. L. Chiang, Biotechniques 39, 519 (2005).
21. O. Barad, E. Meiri, A. Avniel, R. Aharonov, A. Barzilai, I. Bentwich, U. Einav, S. Glad, P. Hurban, Y. Karov, E. K. Lobenhofer, E. Sharon, Y. M. Shiboleth, M. Shtutman, Z. Bentwich, and P. Einat, Genome Res. 14, 2486 (2004).
22. C.-G. Liu, G. A. Calin, B. Meloon, N. Gamliel, C. Sevignani, M. Ferracin, C. D. Dumitru, M. Shimizu, S. Zupo, M. Dono, H. Alder, F. Bullrich, M. Negrini, and C. M. Croce, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 101, 9740 (2004).
23. P. T. Nelson, D. A. Baldwin, L. M. Scearce, J. C. Oberholtzer, J. W. Tobias, and Z. Mourelatos, Nat. Methods 1, 155 (2004).
24. J. M. Thomson, J. S. Parker, and S. M. Hammond, "Microarray Analysis of miRNA Gene Expression", in Methods in Enzymology, J. J. Rossi and G. J. Hannon, Eds. (Academic Press, San Diego, CA, 2007), p. 107.
25. N. H. Yan, Y. L. Lu, H. Q. Sun, D. C. Tao, S. Z. Zhang, W. Y. Liu, and Y. X. Ma, Reproduction 134, 73 (2007).
26. J. Q. Yin and R. C. Zhao, Methods 43, 123 (2007).
27. R. Q. Liang, W. Li, Y. Li, C. Y. Tan, J. X. Li, Y. X. Jin, and K. C. Ruan, Nucleic Acids Res. 33, 2 (2005).
28. J. S. Hartig, I. Grune, S. H. Najafi-Shoushtari, and M. Famulok, J. Am. Chem. Soc. 126, 722 (2004).
29. J. D. Driskell, A. G. Seto, L. P. Jones, S. Jokela, R. A. Dluhy, Y. P. Zhao, and R. A. Tripp, Biosens. Bioelectron. 24, 923 (2008).
30. P. L. Stiles, J. A. Dieringer, N. C. Shah, and R. P. Van Duyne, Ann. Rev. Anal. Chem. 1, 601 (2008).
31. K. Willets and R. P. V. Duyne, Ann. Rev. Phys. Chem. 58, 267 (2007).
32. S. B. Chaney, S. Shanmukh, Y.-P. Zhao, and R. A. Dluhy, Appl. Phys. Lett. 87, 31908 (2005).
33. J. D. Driskeli, S. Shanmukh, S. B. Chaney, X.-J. Tang, Y.-P. Zhao, and R. A. Dluhy, J. Phys. Chem. C 112, 895 (2008).
34. M. Green, F. M. Liu, L. Cohen, P. Kollensperger, and T. Cass, Faraday Discuss. 132, 269 (2006).
35. V. Kattumuri, M. Chandrasekhar, S. Guha, K. Raghuraman, K. V. Katti, K. Ghosh, and R. J. Patel, Appl. Phys. Lett. 88, 15 (2006).
36. K. Kneipp and J. Flemming, J. Mol. Struct. 145, 173 (1986).
37. E. Koglin, J. M. Sequaris, and P. Valenta, J. Mol. Struct. 79, 185 (1982).
38. I. R. Nabiev, K. V. Sokolov, and O. N. Voloshin, J. Raman Spectrosc. 21, 333 (1990).
39. C. Otto, T. J. J. v. Tweel F. F. M. deMul, and J. Greve, J. Raman Spectrosc. 17, 289 (1986).
40. J. S. Suh and M. Moskovits, J. Am. Chem. Soc. 108, 4711 (1986).
41. J. Thornton and R. K. Force, Appl. Spectrosc. 45, 1522 (1991).
42. S. Shanmukh, L. Jones, J. Driskeli, Y. Zhao, R. Dluhy, and R. Tripp, Nano Lett. 6, 2630 (2006).
43. Y.-P. Zhao, S. B. Chaney, S. Shanmukh, and R. A. Dluhy, J. Phys. Chem. B 110, 3153 (2006).
44. S. Shanmukh, L. Jones, Y.-P. Zhao, J. Driskeli, R. A. Tripp, and R. A. Dluhy, Anal. Bioanal. Chem. 390, 1551 (2008).
45. T. M. Heme and M. J. Tarlov, J. Am. Chem. Soc. 119, 8916 (1997).
46. H. Kimura-Suda, D. Y. Petrovykh, M. J. Tarlov, and L. J. Whitman, J. Am. Chem. Soc. 125, 9014 (2003).
47. R. Levicky, T. M. Heme, M. J. Tarlov, and S. K. Satija, J. Am. Chem. Soc. 120, 9787 (1998).