Simple assay for proteases based on aggregation of stimulus-responsive polypeptides

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 12, 2014, Pages 6103-6110

  Ghoorchian, Ali ^a,b   Chilkoti, Ashutosh ^a,b   López, Gabriel P ^a,b  

^a DUKE UNIVERSITY   (United States)

^b Duke University   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ASSAYS; BODY FLUIDS; PEPTIDES; POLYPEPTIDES;

DETECTION AND QUANTIFICATIONS; EARLY DIAGNOSIS; ENZYME CONCENTRATIONS; MATRIX METALLOPROTEINASE-1; MODULAR DESIGNS; PEPTIDE AGGREGATION; PEPTIDE SUBSTRATES; PROTEASE ACTIVITIES;

DIAGNOSIS;

INTERSTITIAL COLLAGENASE; PEPTIDE;

AMINO ACID SEQUENCE; CHEMISTRY; HUMAN; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR GENETICS;

AMINO ACID SEQUENCE; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; MATRIX METALLOPROTEINASE 1; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PEPTIDES;

EID: 84902776185     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac5012574     Document Type: Article

References (53)

1. Turk, B. Nat. Rev. Drug Discovery 2006, 5, 785-799
2. Drag, M.; Salvesen, G. S. Nat. Rev. Drug Discovery 2010, 9, 690-701
3. Zheng, C. J.; Han, L. Y.; Yap, C. W.; Ji, Z. L.; Cao, Z. W.; Chen, Y. Z. Pharmacol. Rev. 2006, 58, 259-279
4. Coussens, L. M.; Fingleton, B.; Matrisian, L. M. Science 2002, 295, 2387-2392
5. Zitka, O.; Kukacka, J.; Krizkova, S.; Huska, D.; Adam, V.; Masarik, M.; Prusa, R.; Kizek, R. Curr. Med. Chem. 2010, 17, 3751-3768
6. McCawley, L. J.; Matrisian, L. M. Curr. Opin. Cell Biol. 2001, 13, 534-540
7. Sato, H.; Takino, T.; Okada, Y.; Cao, J.; Shinagawa, A.; Yamamoto, E.; Seiki, M. Nature 1994, 370, 61-65
8. Decock, J.; Hendrickx, W.; Vanleeuw, U.; Van Belle, V.; Van Huffel, S.; Christiaens, M.-R.; Ye, S.; Paridaens, R. BMC Cancer 2008, 8, 77
9. Nikkola, J.; Vihinen, P.; Vuoristo, M. S.; Kellokumpu-Lehtinen, P.; Kahari, V. M.; Pyrhonen, S. Clin. Cancer Res. 2005, 11, 5158-5166
10. Hart, K.; Landvik, N. E.; Lind, H.; Skaug, V.; Haugen, A.; Zienolddiny, S. Lung Cancer 2011, 71, 123-129
11. Sunami, E.; Tsuno, N.; Osada, T.; Saito, S.; Kitayama, J.; Tomozawa, S.; Tsuruo, T.; Shibata, Y.; Muto, T.; Nagawa, H. Oncologist 2000, 5, 108-114
12. Schwartzkopff, B.; Fassbach, M.; Pelzer, B.; Brehm, M.; Strauer, B. E. Eur. J. Heart Failure 2002, 4, 439-444
13. Krizkova, S.; Zitka, O.; Masarik, M.; Adam, V.; Stiborova, M.; Eckschlager, T.; Chavis, G. J.; Kizek, R. TrAC, Trends Anal. Chem. 2011, 30, 1819-1832
14. Lombard, C.; Saulnier, J.; Wallach, J. Biochimie 2005, 87, 265-272
15. Reymond, J. L.; Fluxa, V. S.; Maillard, N. Chem. Commun. 2009, 34-46
16. Paganetti, P.; Weiss, A.; Trapp, M.; Hammerl, I.; Bleckmann, D.; Bodner, R. A.; Coven-Easter, S.; Housman, D. E.; Parker, C. N. ChemBioChem 2009, 10, 1678-1688
17. Roda, A.; Pasini, P.; Mirasoli, M.; Michelini, E.; Guardigli, M. Trends Biotechnol. 2004, 22, 295-303
18. Blackburn, G. F.; Shah, H. P.; Kenten, J. H.; Leland, J.; Kamin, R. A.; Link, J.; Peterman, J.; Powell, M. J.; Shah, A.; Talley, D. B.; Tyagi, S. K.; Wilkins, E.; Wu, T. G.; Massey, R. J. Clin. Chem. 1991, 37, 1534-1539
19. Chin, C. D.; Laksanasopin, T.; Cheung, Y. K.; Steinmiller, D.; Linder, V.; Parsa, H.; Wang, J.; Moore, H.; Rouse, R.; Umviligihozo, G.; Karita, E.; Mwambarangwe, L.; Braunstein, S. L.; van de Wijgert, J.; Sahabo, R.; Justman, J. E.; El-Sadr, W.; Sia, S. K. Nat. Med. 2011, 17, 1015-1019
20. Rusling, J. F. Anal. Chem. 2013, 85, 5304-5310
21. Biagini, R. E.; Sammons, D. L.; Smith, J. P.; MacKenzie, B. A.; Striley, C. A. F.; Semenova, V.; Steward-Clark, E.; Stamey, K.; Freeman, A. E.; Quinn, C. P.; Snawder, J. E. Clin. Diagn. Lab. Immunol. 2004, 11, 50-55
22. Tian, H.; Ip, L.; Luo, H.; Chang, D. C.; Luo, K. Q. Br. J. Pharmacol. 2007, 150, 321-334
23. Wang, M.; Gu, X. G.; Zhang, G. X.; Zhang, D. Q.; Zhu, D. B. Anal. Chem. 2009, 81, 4444-4449
24. Manafi, M.; Kneifel, W.; Bascomb, S. Microbiol. Rev. 1991, 55, 335-348
25. Tsai, T. T.; Shen, S. W.; Cheng, C. M.; Chen, C. F. Sci. Technol. Adv. Mater. 2013, 14, 044404
26. Manicourt, D. H.; Lefebvre, V. Anal. Biochem. 1993, 215, 171-179
27. Bolduc, O. R.; Pelletier, J. N.; Masson, J.-F. Anal. Chem. 2010, 82, 3699-3706
28. Lauer-Fields, J. L.; Tuzinski, K. A.; Shimokawa, K.; Nagase, H.; Fields, G. B. J. Biol. Chem. 2000, 275, 13282-13290
29. Harmsma, M.; Schutte, B.; Ramaekers, F. C. S. Biochim. Biophys. Acta, Rev. Cancer 2013, 1836, 255-272
30. Chappell, K. J.; Stoermer, M. J.; Fairlie, D. P.; Young, P. R. J. Biol. Chem. 2006, 281, 38448-38458
31. Kilby, J. M.; Hopkins, S.; Venetta, T. M.; DiMassimo, B.; Cloud, G. A.; Lee, J. Y.; Alldredge, L.; Hunter, E.; Lambert, D.; Bolognesi, D.; Mathews, T.; Johnson, M. R.; Nowak, M. A.; Shaw, G. M.; Saag, M. S. Nat. Med. 1998, 4, 1302-1307
32. Ekonomiuk, D.; Su, X. C.; Ozawa, K.; Bodenreider, C.; Lim, S. P.; Yin, Z.; Keller, T. H.; Beer, D.; Patel, V.; Otting, G.; Caflisch, A.; Huang, D. H. PLoS Neglected Trop. Dis. 2009, 3; DOI: 10.1371/journal.pntd.0000356.
33. Blume-Jensen, P.; Hunter, T. Nature 2001, 411, 355-365
34. Francis, S. E.; Sullivan, D. J.; Goldberg, D. E. Annu. Rev. Microbiol. 1997, 51, 97-123
35. Goddard, J. P.; Reymond, J. L. Trends Biotechnol. 2004, 22, 363-370
36. McDaniel, J. R.; MacKay, J. A.; Quiroz, F. G.; Chilkoti, A. Biomacromolecules 2010, 11, 944-952
37. Patterson, J.; Hubbell, J. A. Biomaterials 2010, 31, 7836-7845
38. Turk, B. E.; Huang, L. L.; Piro, E. T.; Cantley, L. C. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 661-667
39. Meyer, D. E.; Chilkoti, A. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 1112-1115
40. Gill, S. C.; Vonhippel, P. H. Anal. Biochem. 1989, 182, 319-326
41. Lowe, S. B.; Dick, J. A. G.; Cohen, B. E.; Stevens, M. M. ACS Nano 2012, 6, 851-857
42. Elkington, P. T. G.; O'Kane, C. M.; Friedland, J. S. Clin. Exp. Immunol. 2005, 142, 12-20
43. Karapanagiotidis, G. T.; Antonitsis, P.; Charokopos, N.; Foroulis, C. N.; Anastasiadis, K.; Rouska, E.; Argiriadou, H.; Rammos, K.; Papakonstantinou, C. J. Cardiothorac. Surg. 2009, 4, 59
44. Sperling, L. H. Introduction to Physical Polymer Science, 4 th ed.; Wiley-Interscience: Hoboken, NJ, 2006.
45. Dreher, M. R.; Simnick, A. J.; Fischer, K.; Smith, R. J.; Patel, A.; Schmidt, M.; Chilkoti, A. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 687-694
46. McDaniel, J. R.; Bhattacharyya, J.; Vargo, K. B.; Hassouneh, W.; Hammer, D. A.; Chilkoti, A. Angew. Chem., Int. Ed. 2013, 52, 1683-1687
47. Simnick, A. J.; Valencia, C. A.; Liu, R. H.; Chilkoti, A. ACS Nano 2010, 4, 2217-2227
48. Chow, D. C.; Dreher, M. R.; Trabbic-Carlson, K.; Chilkoti, A. Biotechnol. Prog. 2006, 22, 638-646
49. Ghoorchian, A.; Vandemark, K.; Freeman, K.; Kambow, S.; Holland, N. B.; Streletzky, K. A. J. Phys. Chem. B 2013, 117, 8865-8874
50. Hassouneh, W. Ph.D. Thesis, Duke University, 2013.
51. Meyer, D. E.; Chilkoti, A. Biomacromolecules 2004, 5, 846-851
52. Young-Min, S. A.; Beeton, C.; Laughton, R.; Plumpton, T.; Bartram, S.; Murphy, G.; Black, C.; Cawston, T. E. Ann. Rheum. Dis. 2001, 60, 846-851
53. Li, M.; Xiao, T.; Zhang, Y.; Feng, L.; Lin, D. M.; Liu, Y.; Mao, Y. S.; Guo, S. P.; Han, N. J.; Di, X. B.; Zhang, K. T.; Cheng, S. J.; Gao, Y. N. Lung Cancer 2010, 69, 341-347