B-DNA structure and stability: The role of hydrogen bonding, π-π Stacking interactions, twist-angle, and solvation

Organic and Biomolecular Chemistry

Volumn 12, Issue 26, 2014, Pages 4691-4700

  Poater, Jordi ^a   Swart, Marcel ^b,c   Bickelhaupt, F Matthias ^a,d   Fonseca Guerra, Célia ^a  

^a VU UNIVERSITY AMSTERDAM   (Netherlands)

^b UNIVERSITY OF GIRONA   (Spain)

^c INSTITUCIÓ CATALANA DE RECERCA I ESTUDIS AVANÇATS ICREA   (Spain)

^d RADBOUD UNIVERSITY NIJMEGEN   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; HYDROGEN BONDS; STABILITY;

BASE PAIRS; CROSS-TERMS; DNA BASE PAIRS; ELECTRONIC MECHANISMS; GC-RICH SEQUENCES; STACKING CONFIGURATIONS; STACKING INTERACTION; WATSON-CRICK PAIRS;

DNA SEQUENCES;

DNA B; SOLVENT;

BASE PAIRING; CHEMISTRY; CONFORMATION; ELECTRON; HYDROGEN BOND; THERMODYNAMICS;

BASE PAIRING; DNA, B-FORM; ELECTRONS; HYDROGEN BONDING; NUCLEIC ACID CONFORMATION; SOLVENTS; THERMODYNAMICS;

EID: 84902263271     PISSN: 14770520     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4ob00427b     Document Type: Article

References (46)

1. J. Cerny M. Kabelac P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 2008 130 16055 16059
2. C. D. M. Churchill L. Navarro-Whyte L. R. Rutledge S. D. Wetmore Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 10657 10670
3. C. D. Sherrill Acc. Chem. Res. 2013 46 1020 1028
4. M. Swart T. van der Wijst C. Fonseca Guerra F. M. Bickelhaupt J. Mol. Model 2007 13 1245 1257
5. J. Poater M. Swart C. Fonseca Guerra F. M. Bickelhaupt Chem. Commun. 2011 47 7326 7328
6. J. D. Watson F. H. C. Crick Nature 1953 171 737 738
7. C. Fonseca Guerra T. van der Wijst F. M. Bickelhaupt Chem.-Eur. J. 2006 12 3032 3042
8. C. Fonseca Guerra F. M. Bickelhaupt E. J. Baerends Cryst. Growth Des. 2002 2 239 245
9. C. Fonseca Guerra T. van der Wijst F. M. Bickelhaupt Struct. Chem. 2005 16 211 221
10. C. Greve N. K. Preketes H. Fidder R. Costard B. Koeppe I. A. Heisler S. Mukamel F. Temps E. T. J. Nibbering T. Elsaesser J. Phys. Chem. A 2013 117 594 606
11. B. Koeppe E. T. J. Nibbering P. M. Tolstoy Z. Phys. Chem. 2013 227 723 749
12. H. Fidder M. Yang E. T. J. Nibbering T. Elsaesser K. Röttger F. Temps J. Phys. Chem. A 2013 117 845 854
13. J. Poater M. Swart C. Fonseca Guerra F. M. Bickelhaupt Comput. Theor. Chem. 2012 998 57 63
14. C. Fonseca Guerra H. Zijlstra G. Paragi F. M. Bickelhaupt Chem.-Eur. J. 2011 17 12612 12622
15. V. I. Danilov V. M. Anisimov N. Kurita D. Hovorun Chem. Phys. Lett. 2005 412 285 293
16. K. M. Guckian T. R. Krugh E. T. Kool J. Am. Chem. Soc. 2000 122 6841 6847
17. E. T. Kool J. C. Morales K. M. Guckian Angew. Chem., Int. Ed. 2000 39 990 1009
18. J. C. Morales E. T. Kool J. Am. Chem. Soc. 2000 122 1001 1007
19. C. Fonseca Guerra F. M. Bickelhaupt Angew. Chem., Int. Ed. 2002 41 2092 2095
20. C. Fonseca Guerra F. M. Bickelhaupt E. J. Baerends ChemPhysChem 2004 5 481 487
21. P. Marlière J. Patrouix V. Döring P. Herdewijn S. Tricot S. Cruveiller M. Bouzon R. Mutzel Angew. Chem., Int. Ed. 2011 50 7109 7114
22. C. G. Acevedo Rocha N. Budisa Angew. Chem., Int. Ed. 2011 50 6960 6962
23. G. te Velde F. M. Bickelhaupt E. J. Baerends C. Fonseca Guerra S. J. A. van Gisbergen J. G. Snijders T. Ziegler J. Comput. Chem. 2001 22 931 967
24. C. Fonseca Guerra J. G. Snijders G. te Velde E. J. Baerends Theor. Chem. Acc. 1998 99 391 403
25. S. Grimme J. Comput. Chem. 2006 27 1787 1799
26. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1986 84 4524 4529
27. A. D. Becke Phys. Rev. A 1988 38 3098 3100
28. J. P. Perdew Phys. Rev. B: Condens. Matter 1986 33 8822 8824
29. S. H. Vosko L. Wilk M. Nusair Can. J. Phys. 1980 58 1200 1211
30. A. Klamt G. Schüürmann J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1993 799 805
31. C. C. Pye T. Ziegler Theor. Chem. Acc. 1999 101 396 408
32. M. Swart E. Rösler F. M. Bickelhaupt Eur. J. Inorg. Chem. 2007 3646 3654
33. C. Fonseca Guerra T. van der Wijst J. Poater M. Swart F. M. Bickelhaupt Theor. Chem. Acc. 2010 125 245 252
34. T. van der Wijst C. Fonseca Guerra M. Swart F. M. Bickelhaupt B. Lippert Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 3285 3287
35. J. Sponer P. Jurecka P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 2004 126 10142 10151
36. J. Sponer J. Leszczynski P. Hobza J. Phys. Chem. 1996 100 1965 1974
37. C. Fonseca Guerra F. M. Bickelhaupt J. G. Snijders E. J. Baerends J. Am. Chem. Soc. 2000 122 4117 4128
38. F. M. Bickelhaupt and E. J. Baerends, ed., K. B. Lipkowitz, and, D. B. Boyd, Wiley-VCH, New York, 2000, vol. 15, pp. 1-86
39. K. Kitaura K. Morokuma Int. J. Quantum Chem. 1976 10 325 340
40. K. Morokuma J. Chem. Phys. 1971 55 1236 1244
41. J. Poater M. Solà F. M. Bickelhaupt Chem.-Eur. J. 2006 12 2889 2895
42. T. Ziegler A. Rauk Theor. Chim. Acta 1977 46 1 10
43. T. Ziegler A. Rauk Inorg. Chem. 1979 18 1558 1565
44. S. Grimme J. Comput. Chem. 2004 25 1463 1473
45. G. Barone C. Fonseca Guerra F. M. Bickelhaupt ChemistryOpen 2013 2 186 193
46. K. Senthilkumar F. C. Grozema C. Fonseca Guerra F. M. Bickelhaupt F. D. Lewis Y. A. Berlin M. A. Ratner L. D. A. Siebbeles J. Am. Chem. Soc. 2005 127 14894 14903