Studying chemical reactivity in a virtual environment

Faraday Discussions

Volumn 169, Issue , 2014, Pages 89-118

  Haag, Moritz P ^a   Reiher, Markus ^a  

^a ETH ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84901013521     PISSN: 13596640     EISSN: 13645498     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4fd00021h     Document Type: Article

References (103)

1. J. F. Prins J. Hermans G. Mann L. S. Nyland M. Simons Future Gener. Comput. Syst. 1999 15 485 495
2. A. Bolopion, B. Cagneau, S. Redon and S. Régnier, Intelligent Robots and Systems, 2009. IROS 2009. IEEE/RSJ International Conference on, 2009, pp. 237-242
3. N. Férey J. Nelson C. Martin L. Picinali G. Bouyer A. Tek P. Bourdot J. Burkhardt B. Katz M. Ammi C. Etchebest L. Autin Virtual Reality 2009 13 273 293
4. J. Heyd S. Birmanns Virtual Reality 2009 13 245 255
5. M. Bosson S. Grudinin X. Bouju S. Redon J. Comput. Phys. 2012 231 2581 2598
6. M. D. Hanwell D. E. Curtis D. C. Lonie T. Vandermeersch E. Zurek G. R. Hutchison J. Cheminf. 2012 4 1 17
7. K. H. Marti M. Reiher J. Comput. Chem. 2009 30 2010 2020
8. M. P. Haag K. H. Marti M. Reiher ChemPhysChem 2011 12 3204 3213
9. M. P. Haag M. Reiher Int. J. Quantum Chem. 2013 113 8 20
10. M. P. Haag A. C. Vaucher M. Bosson S. Redon M. Reiher ChemPhysChem
11. M. Bosson C. Richard A. Plet S. Grudinin S. Redon J. Comput. Chem. 2012 33 779 790
12. M. Bosson S. Grudinin S. Redon J. Comput. Chem. 2013 34 492 504
13. T. Weymuth M. Reiher Int. J. Quantum Chem. 2014 114 838 850
14. T. Weymuth M. Reiher Int. J. Quantum Chem. 2014 114 823 837
15. R. Dawes D. L. Thompson Y. Guo A. F. Wagner M. Minkoff J. Chem. Phys. 2007 126 184108
16. Y. Guo L. B. Harding A. F. Wagner M. Minkoff D. L. Thompson J. Chem. Phys. 2007 126 104105
17. G. G. Maisuradze D. L. Thompson J. Phys. Chem. A 2003 107 7118 7124
18. G. G. Maisuradze D. L. Thompson A. F. Wagner M. Minkoff J. Chem. Phys. 2003 119 10002 10014
19. J. M. Bowman J. S. Bittman L. B. Harding J. Chem. Phys. 1986 85 911 921
20. M. A. Collins Theor. Chem. Acc. 2002 108 313 324
21. L. M. Raff M. Malshe M. Hagan D. I. Doughan M. G. Rockley R. Komanduri J. Chem. Phys. 2005 122 084104
22. R. Dawes D. L. Thompson A. F. Wagner M. Minkoff J. Chem. Phys. 2008 128 084107
23. J. Tersoff Phys. Rev. B 1988 37 6991 7000
24. D. W. Brenner Phys. Rev. B: Condens. Matter 1990 42 9458 9471
25. M. W. Finnis J. E. Sinclair Philos. Mag. A 1984 50 45 55
26. A. Warshel R. M. Weiss J. Am. Chem. Soc. 1980 102 6218 6226
27. A. C. T. van Duin S. Dasgupta F. Lorant W. A. Goddard J. Phys. Chem. A 2001 105 9396 9409
28. K. D. Nielson A. C. T. van Duin J. Oxgaard W.-Q. Deng W. A. Goddard J. Phys. Chem. A 2005 109 493 499
29. S. Mishra and M. Meuwly, Kinetics and Dynamics, Springer Netherlands, 2010, vol. 12, pp. 137-155
30. A. B. Anderson Int. J. Quantum Chem. 1994 49 581 589
31. R. Hoffmann J. Chem. Phys. 1963 39 1397 1412
32. A. B. Anderson J. Chem. Phys. 1975 62 1187 1188
33. J. A. Pople D. P. Santry G. A. Segal J. Chem. Phys. 1965 43 S129 S135
34. J. A. Pople D. L. Beveridge P. A. Dobosh J. Chem. Phys. 1967 47 2026 2033
35. M. J. S. Dewar W. Thiel J. Am. Chem. Soc. 1977 99 4907 4917
36. M. J. S. Dewar W. Thiel J. Am. Chem. Soc. 1977 99 4899 4907
37. J. J. P. Stewart J. Mol. Model. 2007 13 1173 1213
38. W. Weber W. Thiel Theor. Chem. Acc. 2000 103 495 506
39. M. Elstner D. Porezag G. Jungnickel J. Elsner M. Haugk T. Frauenheim S. Suhai G. Seifert Phys. Rev. B: Condens. Matter 1998 58 7260 7268
40. Yang H. Yu D. York Q. Cui M. Elstner J. Phys. Chem. A 2007 111 10861 10873
41. M. Gaus Q. Cui M. Elstner J. Chem. Theory Comput. 2011 7 931 948
42. N. Otte M. Scholten W. Thiel J. Phys. Chem. A 2007 111 5751 5755
43. R. Sure S. Grimme J. Comput. Chem. 2013 34 1672 1685
44. M. J. Dewar E. G. Zoebisch E. F. Healy J. J. Stewart J. Am. Chem. Soc. 1985 107 3902 3909
45. G. B. Rocha R. O. Freire A. M. Simas J. J. P. Stewart J. Comput. Chem. 2006 27 1101 1111
46. J. J. P. Stewart J. Comput. Chem. 1989 10 209 220
47. S. Grimme J. Antony S. Ehrlich H. Krieg J. Chem. Phys. 2010 132 154104
48. J. J. P. Stewart J. Mol. Model. 2013 19 1 32
49. G. Zheng H. A. Witek P. Bobadova-Parvanova S. Irle D. G. Musaev R. Prabhakar K. Morokuma M. Lundberg M. Elstner C. Köhler T. Frauenheim J. Chem. Theory Comput. 2007 3 1349 1367
50. G. Zheng M. Lundberg J. Jakowski T. Vreven M. J. Frisch K. Morokuma Int. J. Quantum Chem. 2009 109 1841 1854
51. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski and D. J. Foxls, Gaussian 09, Gaussian Inc. Wallingford CT 2009
52. A. R. Finkelmann M. T. Stiebritz M. Reiher J. Phys. Chem. B 2013 117 4806 4817
53. M. J. Kory M. Bergeler M. Reiher A. D. Schlüter Chem.-Eur. J. 2014 10.1002/chem.201400364
54. D. V. Yandulov R. R. Schrock Science 2003 301 76 78
55. R. Schrock Angew. Chem., Int. Ed. 2008 47 5512 5522
56. M. Reiher B. Le Guennic B. Kirchner Inorg. Chem. 2005 44 9640 9642
57. B. Le Guennic B. Kirchner M. Reiher Chem.-Eur. J. 2005 11 7448 7460
58. S. Schenk B. Le Guennic B. Kirchner M. Reiher Inorg. Chem. 2008 47 3634 3650
59. S. Schenk M. Reiher Inorg. Chem. 2009 48 1638 1648
60. S. Luber J. Neugebauer M. Reiher J. Chem. Phys. 2009 130 064105
61. J. J. P. Stewart, MOPAC2012, http://openmopac.net, Stewart Computational Chemistry
62. B. Aradi B. Hourahine T. Frauenheim J. Phys. Chem. A 2007 111 5678 5684
63. M. Gaus A. Goez M. Elstner J. Chem. Theory Comput. 2013 9 338 354
64. J. D. C. Maia G. A. Urquiza Carvalho C. P. Mangueira S. R. Santana L. A. F. Cabral G. B. Rocha J. Chem. Theory Comput. 2012 8 3072 3081
65. W. H. Miller N. C. Handy J. E. Adams J. Chem. Phys. 1980 72 99 112
66. B. A. Ruf W. H. Miller J. Chem. Soc., Faraday Trans. 2 1988 84 1523 1534
67. E. Kraka Wiley Interdiscip. Rev.: Comput. Mol. Sci. 2011 1 531 556
68. Z. Konkoli E. Kraka D. Cremer J. Phys. Chem. A 1997 101 1742 1757
69. A. Toro-Labbé S. Gutiérrez-Oliva J. S. Murray P. Politzer Mol. Phys. 2007 105 2619 2625
70. A. Laio M. Parrinello Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 12562 12566
71. C. Dellago P. G. Bolhuis F. S. Csajka D. Chandler J. Chem. Phys. 1998 108 1964 1977
72. R. Alves F. Antunes A. Salvador Nat. Biotechnol. 2006 24 667 672
73. M. K. Beyer H. Clausen-Schaumann Chem. Rev. 2005 105 2921 2948
74. M. Grandbois M. Beyer M. Rief H. Clausen-Schaumann H. E. Gaub Science 1999 283 1727 1730
75. S. W. Schmidt A. Kersch M. K. Beyer H. Clausen-Schaumann Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 5994 5999
76. M. T. Ong J. Leiding H. Tao A. M. Virshup T. J. Martinez J. Am. Chem. Soc. 2009 131 6377 6379
77. J. Ribas-Arino M. Shiga D. Marx Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 4190 4193
78. J. Ribas-Arino D. Marx Chem. Rev. 2012 112 5412 5487
79. M. Schirski, C. Bischof and T. Kuhlen, Proceedings of the 13th Eurographics conference on Virtual Environments, Aire-la-Ville, Switzerland, Switzerland, 2007, pp. 69-76
80. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 33 38
81. Schrödinger, LLC, The PyMOL Molecular Graphics System, http://www.pymol.org
82. E. F. Pettersen T. D. Goddard C. C. Huang G. S. Couch D. M. Greenblatt E. C. Meng T. E. Ferrin J. Comput. Chem. 2004 25 1605 1612
83. R. Dennington, T. Keith and J. Millam, GaussView Version 5, Semichem Inc., Shawnee Mission, KS, 2009
84. G. te Velde F. M. Bickelhaupt E. J. Baerends C. Fonseca Guerra S. J. A. van Gisbergen J. G. Snijders T. Ziegler J. Comput. Chem. 2001 22 931 967
85. J. C. Chung M. R. Harris F. P. Brooks H. Fuchs M. T. Kelley J. Hughes M. Ouh-young C. Cheung R. L. Holloway M. Pique Proc. SPIE-Int. Soc. Opt. Eng. 1989 1083 42 52
86. E. Patrick, D. Cosgrove, A. Slavkovic, J. A. Rode, T. Verratti and G. Chiselko, Proceedings of the SIGCHI conference on Human Factors in Computing Systems, New York, NY, USA, 2000, pp. 478-485
87. T. Shibata Displays 2002 23 57 64
88. J. E. Stone, J. Saam, D. J. Hardy, K. L. Vandivort, W.-m. W. Hwu and K. Schulten, Proceedings of 2nd Workshop on General Purpose Processing on Graphics Processing Units, New York, NY, USA, 2009, pp. 9-18
89. J. E. Stone D. J. Hardy I. S. Ufimtsev K. Schulten J. Mol. Graphics Modell. 2010 29 116 125
90. SensAble Technologies, Inc., http://www.sensable.com
91. Force Dimension, http://www.forcedimension.com
92. F. Weichert D. Bachmann B. Rudak D. Fisseler Sensors 2013 13 6380 6393
93. Y.-G. Lee K. W. Lyons Computer-Aided Design 2004 36 75 90
94. A. Bolopion, B. Cagneau, S. Redon and S. Régnier, World Haptics Conference (WHC), 2011 IEEE, 2011, pp. 469-474
95. A. Bolopion B. Cagneau S. Redon S. Régnier J. Mol. Graphics Modell. 2010 29 280 289
96. A. Bolopion, B. Cagneau, S. Redon and S. Régnier, Advanced Intelligent Mechatronics (AIM), 2010 IEEE/ASME International Conference on, 2010, pp. 329-334
97. M. Born R. Oppenheimer Ann. Phys. 1927 389 457 484
98. E. Mátyus J. Hutter U. Müller-Herold M. Reiher Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 2011 83 052512
99. E. Mátyus J. Hutter U. Müller-Herold M. Reiher J. Chem. Phys. 2011 135 204302
100. D. Marx and J. Hutter, Ab Initio Molecular Dynamics: Basic Theory and Advanced Methods, Cambridge University Press, 2009
101. B. Kirchner, P. J. Dio and J. Hutter, Multiscale Molecular Methods in Applied Chemistry, Springer Berlin Heidelberg, 2012, vol. 307, pp. 109-153
102. J. E. Stone, J. Gullingsrud and K. Schulten, Proceedings of the 2001 Symposium on Interactive 3D Graphics, New York, NY, USA, 2001, pp. 191-194
103. C. Jarzynski Phys. Rev. Lett. 1997 78 2690 2693