Conformational and mechanical changes of DNA upon transcription factor binding detected by a QCM and transmission line model

Analyst

Volumn 139, Issue 8, 2014, Pages 1847-1855

  De Carvalho, Jorge ^a   Rodrigues, Rogério M M ^a   Tomé, Brigitte ^a   Henriques, Sílvia F ^b   Mira, Nuno P ^b   Sá Correia, Isabel ^b   Ferreira, Guilherme N M ^a  

^a UNIVERSITY OF ALGARVE   (Portugal)

^b INSTITUTO SUPERIOR TÉCNICO   (Portugal)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; HAA1 PROTEIN, S CEREVISIAE; PROTEIN BINDING; SACCHAROMYCES CEREVISIAE PROTEIN; SILICON DIOXIDE; TRANSCRIPTION FACTOR;

CHEMISTRY; CONFORMATION; METABOLISM; NUCLEOTIDE SEQUENCE; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; THEORETICAL MODEL;

BASE SEQUENCE; DNA; MODELS, THEORETICAL; NUCLEIC ACID CONFORMATION; PROTEIN BINDING; QUARTZ; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; SACCHAROMYCES CEREVISIAE PROTEINS; TRANSCRIPTION FACTORS;

EID: 84898991499     PISSN: 00032654     EISSN: 13645528     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3an01682j     Document Type: Article

References (47)

1. G. D. Amoutzias, D. L. Robertson, Y. Van de Peer, S. G. Oliver, Trends Biochem. Sci., 2008, 33, 220-229.
2. N. Mira, M. Teixeira and I. Sá-Correia, in Transcriptional Regulation SE 2, ed. A. Vancura, Springer, New York, 2012, vol. 809, pp. 27-48.
3. N. H. Colburn, T. W. Kensler, Cancer Prev. Res., 2008, 1, 153-155.
4. M. C. Teixeira, N. P. Mira, I. Sá-Correia, Curr. Opin. Biotechnol., 2011, 22, 150-156.
5. Z. Lin, Y. Zhang, J. Wang, Biotechnol. Adv., 2013, 31, 986-991.
6. B. Bouvier, K. Zakrzewska, R. Lavery, Angew. Chem., Int. Ed. Engl., 2011, 50, 6516-6518.
7. W. Y. X. Peh, E. Reimhult, H. F. Teh, J. S. Thomsen, X. Su, Biophys. J., 2007, 92, 4415-4423.
8. C. G. Kalodimos, N. Biris, A. M. J. J. Bonvin, M. M. Levandoski, M. Guennuegues, R. Boelens, R. Kaptein, Science, 2004, 305, 386-389.
9. S. Tan, T. J. Richmond, Curr. Opin. Struct. Biol., 1998, 8, 41-48.
10. C. W. Müller, Curr. Opin. Struct. Biol., 2001, 11, 26-32.
11. A. M. Florescu, M. Joyeux, J. Chem. Phys., 2009, 130, 015103.
12. G. N. M. Ferreira, A.-C. Da-Silva, B. Tomé, Trends Biotechnol., 2009, 27, 689-697.
13. M. A. Cooper, V. T. Singleton, J. Mol. Recognit., 2007, 20, 154-184.
14. B. Becker, M. A. Cooper, J. Mol. Recognit., 2011, 24, 754-787.
15. G. Sauerbrey, Zeitschrift fur Physik, 1959, 155, 206-222.
16. G. N. M. Ferreira, J. M. Encarnação, L. Rosa, R. Rodrigues, R. Breyner, S. Barrento, L. Pedro, F. Aires da Silva, J. Gonçalves, Biosens. Bioelectron., 2007, 23, 384-392.
17. J. M. Encarnação, L. Rosa, R. Rodrigues, L. Pedro, F. A. da Silva, J. Gonçalves, G. N. M. Ferreira, J. Biotechnol., 2007, 132, 142-148.
18. J. M. Encarnação, R. Baltazar, P. Stallinga, G. N. M. Ferreira, J. Mol. Recognit., 2009, 22, 129-137.
19. A. Y. Ryazanova, E. A. Kubareva, I. Grman, N. V. Lavrova, E. M. Ryazanova, T. S. Oretskaya, T. Hianik, Analyst, 2011, 136, 1227-1233.
20. J. M. Encarnação, P. Stallinga, G. N. M. Ferreira, Biosens. Bioelectron., 2007, 22, 1351-1358.
21. R. Lucklum, P. Hauptmann, Sens. Actuators, B, 2000, 70, 30-36.
22. R. Etchenique, A. D. Weisz, J. Appl. Phys., 1999, 86, 1994-2000.
23. F. Höök, B. Kasemo, T. Nylander, C. Fant, K. Sott, H. Elwing, Anal. Chem., 2001, 73, 5796-5804.
24. S. J. Martin, V. E. Granstaff, G. C. Frye, Anal. Chem., 1991, 63, 2272-2281.
25. I. Reviakine, D. Johannsmann, R. P. Richter, Anal. Chem., 2011, 83, 8838-8848.
26. R. W. Cernosek, S. J. Martin, A. R. Hillman, H. L. Bandey, IEEE Trans. Ultrason. Eng., 1998, 45, 1399-1407.
27. M. V. Voinova, M. Rodahl, M. Jonson, B. Kasemo, Phys. Scr., 1999, 59, 391-396.
28. R. Lucklum, P. Hauptmann, Faraday Discuss., 1997, 107, 123-140.
29. Y. Jiménez, R. Fernández, R. Torres, A. Arnau, IEEE Trans. Ultrason. Eng., 2006, 53, 1057-1072.
30. R. C. Holt, G. J. Gouws, J. Z. Zhen, Curr. Appl. Phys., 2006, 6, 334-339.
31. N. Cho, K. K. Kanazawa, J. S. Glenn, C. W. Frank, Anal. Chem., 2007, 79, 7027-7035.
32. S. X. Liu, J.-T. Kim, JALA (1998-2010), 2009, 14, 213-220.
33. G. Stengel, F. Höök, W. Knoll, Anal. Chem., 2005, 77, 3709-3714.
34. F. Li, J. H.-C. Wang, Q.-M. Wang, Sens. Actuators, B, 2008, 128, 399-406.
35. C. Larsson, M. Rodahl, F. Höök, Anal. Chem., 2003, 75, 5080-5087.
36. N. P. Mira, S. F. Henriques, G. Keller, M. C. Teixeira, R. G. Matos, C. M. Arraiano, D. R. Winge, I. Sá-Correia, Nucleic Acids Res., 2011, 39, 6896-6907.
37. A. R. Fernandes, N. P. Mira, R. C. Vargas, I. Canelhas, I. Sá-Correia, Biochem. Biophys. Res. Commun., 2005, 337, 95-103.
38. K. Tanaka, Y. Ishii, J. Ogawa, J. Shima, Appl. Environ. Microbiol., 2012, 78, 8161-8163.
39. N. P. Mira, J. D. Becker, I. Sá-Correia, OMICS: J. Integr. Biol., 2010, 14, 587-601.
40. A. R. Hillman, A. Jackson, S. J. Martin, Anal. Chem., 2001, 73, 540-549.
41. K. M. M. Aung, X. Ho, X. Su, Sens. Actuators, B, 2008, 131, 371-378.
42. J. van Noort, F. Orsini, A. Eker, C. Wyman, B. de Grooth, J. Greve, Nucleic Acids Res., 1999, 27, 3875-3880.
43. R. Levicky, T. M. Herne, M. J. Tarlov, S. K. Satija, J. Am. Chem. Soc., 1998, 120, 9787-9792.
44. H. Ma, J. He, Z. Zhu, B. Lv, D. Li, C. Fan, J. Fang, Chem. Commun., 2010, 46, 949-951.
45. G. Patikoglou, S. K. Burley, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct., 1997, 26, 289-325.
46. D. S. Lautchman, Eukariyotic Transcription Factors, Elsevier, 4th edn, 2004.
47. Y. Zhang, Z. Xi, R. S. Hegde, Z. Shakked, D. M. Crothers, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2004, 101, 8337-8341.