Generalized Michaelis-Menten equation for conformation-modulated monomeric enzymes

Advances in Chemical Physics

Volumn 146, Issue , 2011, Pages 329-365

  Wu, Jianlan ^a   Cao, Jianshu ^a  

^a MASSACHUSETTS INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84897584846     PISSN: 00652385     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: None     Document Type: Article

References (60)

1. L. Michaelis, M. L. Menten, Biochem. Z. 49, 333 (1913).
2. A. Fersht, Enzyme Structure, Mechanism, Academic Press, New York, 1982.
3. I. H. Segel, Enzyme Kinetics: Behavior, Analysis of Rapid Equilibrium, Steady-State Enzyme Systems, John Wiley & Sons Inc., New York, 1993.
4. A. Cornish-Bowden, Fundamentals of Enzyme Kinetics, Portland Press, London, 1995.
5. B. Derrida, J. Stat. Phys. 31, 433 (1983).
6. D. Keller, C. Bustamante, Biophys. J. 78, 541 (2000).
7. Y. R. Chemla, J. R. Moffitt,, C. Bustamante, J. Phys. Chem. B 112, 6025 (2008).
8. T. M. Nieuwehuizen, S. Klumpp,, R. Lipowsky, Europhys. Lett. 58, 468 (2002).
9. R. Lipowsky, N. Jaster, J. Stat. Phys. 110, 1141 (2003).
10. E. B. Stukalin, A. B. Kolomeisky, J. Chem. Phys. 124, 204901 (2006).
11. A. B. Kolomeisky, M. E. Fisher, Ann. Rev. Phys. Chem. 58, 675 (2007).
12. J. C. Liao, J. A. Spudich, D. Parker,, S. L. Delp, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 104, 3171 (2007).
13. B. I. Kurganov, Allosteric Enzymes: Kinetic Behaviour, JohnWiley & Sons Inc., New York, 1982.
14. J. Monod, J. P. Changeux,, F. Jacob, J. Mol. Biol. 6, 306 (1963).
15. J. Monod, J. Wyman,, J. P. Changeux, J. Mol. Biol. 12, 88 (1965).
16. D. E. Koshland, G. Némethy,, D. Filmer, Biochemistry 5, 365 (1966).
17. L. W. Nichol, W. J. H. Jackson,, D. J. Winzor, Biochemistry 6, 2449 (1967).
18. C. Frieden, J. Biol. Chem. 239, 3522 (1967).
19. W. Ferdinand, Biochem. J. 98, 278 (1966).
20. B. R. Rabin, Biochem. J. 102, 22C (1967).
21. T. Keleti, Acta Biochim. Biophys. Acad. Sci. Hung. 3, 247 (1968).
22. J. R. Sweeny, J. R. Fisher, Biochemistry 7, 561 (1968).
23. A. Cornish-Bowden, M. L. Cárdenas, J. Theor. Biol. 124, 1 (1987).
24. C. Frieden, Annu. Rev. Biochem. 48, 471 (1979).
25. R. D. Astumian, Phys. Chem. Chem. Phys. 11, 9592 (2009).
26. L. Edman, U. Mets, R. Rigler, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 6710 (1996).
27. Y. Chen, D. H. Hu, E. R. Vorpagel,, H. P. Lu, J. Phys. Chem. B 107, 7947 (2003).
28. H. Yang, G. Luo, P. Karnchanaphanurach, T. M. Louie, I. Rech, S. Cova, L. Xun,, X. S. Xie, Science 302, 262 (2003).
29. O. Flomenbom, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 2368 (2005).
30. C. Bustamante, Z. Bryant,, S. B. Smith, Nature (London) 421, 423 (2003).
31. R. D. Smiley, G. G. Hammes, Chem. Rev. 106, 3080 (2006).
32. E. Z. Eisenmesser, O. Millet, W. Labeikovsky, D. M. Korzhnev, M. Wolf-Watz, D. A. Bosco, J. J. Skalicky, L. E. Kay,, D. Kern, Nature (London) 438, 117 (2005).
33. A. G. Palmer, Chem. Rev. 104, 3623 (2004).
34. H. Frauenfelder, S. G. Sligar,, P. G. Wolynes, Science 254, 1598 (1991).
35. J. Ninio, Biochemistry 84, 663 (1987).
36. J. S. Cao, Chem. Phys. Lett. 327, 38 (2000).
37. S. L. Yang, J. S. Cao, J. Phys. Chem. B 105, 6536 (2001).
38. S. L. Yang, J. S. Cao, J. Chem. Phys. 117, 10996 (2002).
39. J. S. Cao, R. J. Silbey, J. Phys. Chem. B 112, 12867 (2008).
40. I. V. Gopich, A. Szabo, J. Chem. Phys. 124, 154712 (2006).
41. S. C. Kou, B. J. Cherayil, W. Min, B. P. English,, X. S. Xie, J. Phys. Chem. B 109, 19068 (2005).
42. W. Min, I. V. Gopich, B. P. English, S. C. Kou, X. S. Xie,, A. Szabo, J. Phys. Chem. B 110, 20093 (2006).
43. J. H. Xing, Phys. Rev. Lett. 99, 168103 (2007).
44. W. Min, X. S. Xie,, B. Bagchi, J. Phys. Chem. B 112, 454 (2008).
45. S. Chaudhury, O. Igoshin, J. Phys. Chem. B 113, 13421 (2009).
46. J. S. Cao, J. Phys. Chem. B 115, 5493 (2011).
47. J. L. Wu, J. S. Cao, to be submitted.
48. X. C. Xue, F. Liu,, Z. C. Ou-Yang, Phys. Rev. E 74, 030902(R) (2006).
49. J. Tang, Y. C. Yeh,, P. T. Tai, Chem. Phys. Lett. 463, 134 (2008).
50. J. Wang, L. Xue, K. Xue,, E. K. Wang, Chem. Phys. Lett. 463, 405 (2008).
51. N. Dan, Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 12, 314 (2007).
52. J. B. Witkoskie, J. S. Cao, J. Chem. Phys. 121, 6361 (2004).
53. J. B. Witkoskie, J. S. Cao, J. Phys. Chem. B 112, 5988 (2008).
54. C. B. Li, H. Yang,, T. Komatsuzaki, J. Phys. Chem. B 113, 14732 (2009).
55. N. A. Sinitsyn, I. Nemenman, Europhys. Lett. 77, 58001 (2007).
56. W. L. Xu, J. S. Kong,, P. Chen, J. Phys. Chem. C 113, 2393 (2009).
57. A. Bar-Haim, J. Klafter, J. Chem. Phys. 109, 5187 (1998).
58. N. G. van Kampen, Stochastic Processes in Physics, Chemistry, North-Holland, New York, 1981.
59. T. L. Hill, Free Energy Transduction, Biochemical Cycle Kinetics, Springer-Verlag, New York, 1989.
60. J. S. Cao, R. J. Silbey, J. Phys. Chem. A 113, 13825 (2009).