Extension of the universal force field to metal-organic frameworks

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 2, 2014, Pages 880-891

  Addicoat, Matthew A ^a   Vankova, Nina ^a   Akter, Ismot Farjana ^a   Heine, Thomas ^a  

^a JACOBS UNIVERSITY BREMEN   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84894196277     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct400952t     Document Type: Article

References (104)

1. O'Keeffe, M.; Peskov, M. a.; Ramsden, S. J.; Yaghi, O. M. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 1782-9
2. Yaghi, O. M.; O'Keeffe, M.; Ockwig, N. W.; Chae, H. K.; Eddaoudi, M.; Kim, J. Nature 2003, 423 (6941) 705-714
3. Suh, M. P.; Park, H. J.; Prasad, T. K.; Lim, D.-W. Chem. Rev. 2012, 112, 782-835
4. Sumida, K.; Rogow, D. L.; Mason, J. A.; McDonald, T. M.; Bloch, E. D.; Herm, Z. R.; Bae, T.-H.; Long, J. R. Chem. Rev. 2011, 112 (2) 724-781
5. Li, J.-R.; Sculley, J.; Zhou, H.-C. Chem. Rev. 2011, 112 (2) 869-932
6. Czaja, A. U.; Trukhan, N.; Muller, U. Chem. Soc. Rev. 2009, 38 (5) 1284-1293
7. Almeida Paz, F. A.; Klinowski, J.; Vilela, S. M. F.; Tome, J. P. C.; Cavaleiro, J. A. S.; Rocha, J. Chem. Soc. Rev. 2012, 41 (3) 1088-1110
8. Jiang, H.-L.; Xu, Q. Chem. Commun. 2011, 47 (12) 3351-3370
9. Yoon, M.; Srirambalaji, R.; Kim, K. Chem. Rev. 2012, 112, 1196-231
10. Zhang, W.; Xiong, R.-G. Chem. Rev. 2012, 112, 1163-95
11. Kurmoo, M. Chem. Soc. Rev. 2009, 38 (5) 1353-1379
12. Kreno, L. E.; Leong, K.; Farha, O. K.; Allendorf, M.; Van Duyne, R. P.; Hupp, J. T. Chem. Rev. 2012, 112, 1105-25
13. Cui, Y.; Yue, Y.; Qian, G.; Chen, B. Chem. Rev. 2012, 112, 1126-62
14. Bétard, A.; Fischer, R. A. Chem. Rev. 2012, 112, 1055-83
15. Shekhah, O.; Liu, J.; Fischer, R. A.; Woll, C. Chem. Soc. Rev. 2011, 40 (2) 1081-1106
16. Yamada, T.; Otsubo, K.; Makiura, R.; Kitagawa, H. Chem. Soc. Rev. 2013, 42 (16) 6655-6669
17. Horcajada, P.; Gref, R.; Baati, T.; Allan, P. K.; Maurin, G.; Couvreur, P.; Férey, G.; Morris, R. E.; Serre, C. Chem. Rev. 2012, 112, 1232-68
18. Wilmer, C. E.; Leaf, M.; Lee, C. Y.; Farha, O. K.; Hauser, B. G.; Hupp, J. T.; Snurr, R. Q. Nat. Chem. 2012, 4, 83-9
19. Wilmer, C. E.; Snurr, R. Q. Chem. Eng. J. 2011, 171, 775-781
20. Oliveira, A. F.; Seifert, G.; Heine, T.; Duarte, H. a. J. Braz. Chem. Soc. 2009, 20, 1193-1205
21. Lukose, B.; Supronowicz, B.; St Petkov, P.; Frenzel, J.; Kuc, A. B.; Seifert, G.; Vayssilov, G. N.; Heine, T. Phys. Status Solidi B 2012, 249 (2) 335-342
22. Seifert, G.; Porezag, D.; Frauenheim, T. Int. J. Quantum Chem. 1996, 58 (2) 185-192
23. Allinger, N. L. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 8127-8134
24. Allinger, N. L.; Yuh, Y. H.; Lii, J. H. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8551-8566
25. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197
26. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217
27. Bueno-Pérez, R.; Calero, S.; Dubbeldam, D.; Ania, C. O.; Parra, J. B.; Zaderenko, A. P.; Merkling, P. J. J. Phys. Chem. C 2012, 116, 25797-25805
28. Zheng, J.; Balasundaram, R.; Gehrke, S. H.; Heffelfinger, G. S.; Goddard, W. A.; Jiang, S. J. Chem. Phys. 2003, 118, 5347
29. Marques, H. M.; Munro, O. Q.; Grimmer, N. E.; Levendis, D. C.; Marsicano, F.; Pattrick, G.; Markoulides, T. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1995, 91 (12) 1741-1749
30. Marques, H. M.; Brown, K. L. THEOCHEM 1995, 340, 97-124
31. Autenrieth, F.; Tajkhorshid, E.; Baudry, J.; Luthey-Schulten, Z. J. Comput. Chem. 2004, 25 (13) 1613-1622
32. Li, X. Y.; Czernuszewicz, R. S.; Kincaid, J. R.; Stein, P.; Spiro, T. G. J. Phys. Chem. 1990, 94 (1) 47-61
33. Tafipolsky, M.; Amirjalayer, S.; Schmid, R. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1169-1176
34. Tafipolsky, M.; Schmid, R. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 1341-52
35. Tafipolsky, M.; Amirjalayer, S.; Schmid, R. J. Phys. Chem. C 2010, 114, 14402-14409
36. Vanduyfhuys, L.; Verstraelen, T.; Vandichel, M.; Waroquier, M.; Van Speybroeck, V. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 3217-3231
37. Amirjalayer, S.; Tafipolsky, M.; Schmid, R. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2007, 46, 463-6
38. Getman, R. B.; Miller, J. H.; Wang, K.; Snurr, R. Q. J. Phys. Chem. C 2010, 115 (5) 2066-2075
39. Han, S. S.; Choi, S.-H.; Goddard, W. A. J. Phys. Chem. C 2010, 114 (27) 12039-12047
40. Bureekaew, S.; Amirjalayer, S.; Tafipolsky, M.; Spickermann, C.; Roy, T. K.; Schmid, R. Phys. Status Solidi B 2013, 250, 1128-1141
41. Mayne, C. G.; Saam, J.; Schulten, K.; Tajkhorshid, E.; Gumbart, J. C. J. Comput. Chem. 2013, 34, 2757-2770
42. Rappe, A. K.; Casewit, C. J.; Colwell, K. S.; Goddard, W. A.; Skiff, W. M. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10024-10035
43. Liu, L.; Liu, Y.; Zybin, S. V.; Sun, H.; Goddard, W. A. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 11016-22
44. Casewit, C. J.; Colwell, K. S.; Rappe, A. K. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10046-10053
45. Casewit, C. J.; Colwell, K. S.; Rappe, A. K. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10035-10046
46. Rappe, A. K.; Colwell, K. S.; Casewit, C. J. Inorg. Chem. 1993, 32, 3438-3450
47. García-Peérez, E.; Gascón, J.; Morales- Flórez, V. c.; Castillo, J. M.; Kapteijn, F.; Calero, S. a. Langmuir 2009, 25 (3) 1725-1731
48. Pachfule, P.; Chen, Y.; Sahoo, S. C.; Jiang, J.; Banerjee, R. Chem. Mater. 2011, 23 (11) 2908-2916
49. Surblé, S.; Millange, F.; Serre, C.; Düren, T.; Latroche, M.; Bourrelly, S.; Llewellyn, P. L.; Férey, G. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128 (46) 14889-14896
50. Wang, S.; Yang, Q.; Zhong, C. Sep. Purif. Technol. 2008, 60 (1) 30-35
51. Li, H.; Eddaoudi, M.; O'Keeffe, M.; Yaghi, O. M. Nature 1999, 402 (6759) 276-279
52. Eddaoudi, M.; Kim, J.; Rosi, N.; Vodak, D.; Wachter, J.; O'Keeffe, M.; Yaghi, O. M. Science (New York, N.Y.) 2002, 295, 469-72
53. Chae, H. K.; Siberio-Perez, D. Y.; Kim, J.; Go, Y.; Eddaoudi, M.; Matzger, A. J.; O'Keeffe, M.; Yaghi, O. M. Nature 2004, 427 (6974) 523-527
54. Millange, F.; Serre, C.; Férey, G. Chem. Commun. 2002, 822-3
55. Loiseau, T.; Serre, C.; Huguenard, C.; Fink, G.; Taulelle, F.; Henry, M.; Bataille, T.; Férey, G. Chemistry 2004, 10, 1373-82
56. Millange, F.; Guillou, N.; Medina, M. E.; Férey, G. r.; Carlin-Sinclair, A.; Golden, K. M.; Walton, R. I. Chem. Mater. 2010, 22, 4237-4245
57. Chui, S. S. Science 1999, 283, 1148-1150
58. Feldblyum, J. I.; Liu, M.; Gidley, D. W.; Matzger, A. J. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133 (45) 18257-18263
59. Maniam, P.; Stock, N. Inorg. Chem. 2011, 50, 5085-97
60. Dybtsev, D. N.; Chun, H.; Kim, K. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2004, 43 (38) 5033-5036
61. Biswas, S.; Grzywa, M.; Nayek, H. P.; Dehnen, S.; Senkovska, I.; Kaskel, S.; Volkmer, D. Dalton Trans 2009, 6487-95
62. Denysenko, D.; Werner, T.; Grzywa, M.; Puls, A.; Hagen, V.; Eickerling, G.; Jelic, J.; Reuter, K.; Volkmer, D. Chem. Commun. 2012, 48 (9) 1236-1238
63. Sudik, A. C.; Coîté, A. P.; Yaghi, O. M. Inorg. Chem. 2005, 44, 2998-3000
64. deMonNano deMonNano; http://physics.jacobs-university.de/theine/research/ deMon/, 2009.
65. Gale, J. D. GULP, Version 4.08; http://projects.ivec.org/gulp/.
66. Fonseca Guerra, C.; Snijders, J. G.; te Velde, G.; Baerends, E. J. Theor. Chim. Acta 1998, 99, 391-403
67. te Velde, G.; Bickelhaupt, F. M.; Baerends, E. J.; Fonseca Guerra, C.; van Gisbergen, S. J. A.; Snijders, J. G.; Ziegler, T. J. Comput. Chem. 2001, 22, 931-967
68. ADF2012. Theoretical Chemistry; Vrije Universiteit: Amsterdam, The Netherlands, 2012. http://www.scm.com.
69. Becke, A. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098-3100
70. Perdew, J. P.; Yue, W. Phys. Rev. B 1986, 33, 8800-8802
71. van Lenthe, E.; Baerends, E. J. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1142-56
72. van Lenthe, E.; Baerends, E. J.; Snijders, J. G. J. Chem. Phys. 1993, 99, 4597
73. van Lenthe, E.; Baerends, E. J.; Snijders, J. G. J. Chem. Phys. 1994, 101, 9783
74. van Lenthe, E.; Ehlers, A.; Baerends, E.-J. J. Chem. Phys. 1999, 110, 8943
75. Volkringer, C.; Popov, D.; Loiseau, T.; Férey, G. r.; Burghammer, M.; Riekel, C.; Haouas, M.; Taulelle, F. Chem. Mater. 2009, 21, 5695-5697
76. Dietzel, P. D. C.; Blom, R.; FjellvaÌŠg, H. Dalton Trans. 2006, 2055-7
77. Lieb, A.; Leclerc, H.; Devic, T.; Serre, C.; Margiolaki, I.; Mahjoubi, F.; Lee, J. S.; Vimont, A.; Daturi, M.; Chang, J.-S. Microporous Mesoporous Mater. 2012, 157, 18-23
78. Figgis, B. N.; Robertson, G. B. Nature 1965, 205, 694-695
79. Li, J.; Yang, S. M.; Zhang, F. X.; Tang, Z. X.; Ma, S. L.; Shi, Q. Z.; Wu, Q. J.; Huang, Z. X. Inorg. Chim. Acta 1999, 294 (1) 109-113
80. Shova, S. G.; Cadelnic, I. G.; Gdaniec, M.; Simonov, Y. A.; Jovmir, T. C.; Meriacre, V. M.; Filoti, G.; Turta, C. I. J. Struct. Chem. 1998, 39 (5) 747-761
81. Cohen, S. M. Chem. Rev. 2012, 112, 970-1000
82. Mowat, J. P. S.; Miller, S. R.; Slawin, A. M. Z.; Seymour, V. R.; Ashbrook, S. E.; Wright, P. A. Microporous Mesoporous Mater. 2011, 142 (1) 12-12
83. Li, H.; Eddaoudi, M.; Groy, T. L.; Yaghi, O. M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120 (33) 8571-8572
84. Chen, B. L.; Ockwig, N. W.; Millward, A. R.; Contreras, D. S.; Yaghi, O. M. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2005, 44 (30) 4745-4749
85. Shekhah, O.; Wang, H.; Zacher, D.; Fischer, R. A.; Wöll, C. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2009, 48 (27) 5038-5041
86. Shekhah, O.; Wang, H.; Paradinas, M.; Ocal, C.; Schupbach, B.; Terfort, A.; Zacher, D.; Fischer, R. A.; Woll, C. Nat. Mater. 2009, 8 (6) 481-484
87. Murray, L. J.; Dinca, M.; Yano, J.; Chavan, S.; Bordiga, S.; Brown, C. M.; Long, J. R. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132 (23) 7856-+
88. Liu, J.; Lukose, B.; Shekhah, O.; Arslan, H. K.; Weidler, P.; Gliemann, H.; Braese, S.; Grosjean, S.; Godt, A.; Feng, X.; Muellen, K.; Magdau, I.-B.; Heine, T.; Woell, C. Sci. Rep. 2012, 2, 921.
89. Lee, J. Y.; Olson, D. H.; Pan, L.; Emge, T. J.; Li, J. Adv. Funct. Mater. 2007, 17, 1255-1262
90. Chun, H.; Dybtsev, D. N.; Kim, H.; Kim, K. Chem.-Eur. J. 2005, 11 (12) 3521-3529
91. Mendiratta, A.; Cummins, C. C.; Cotton, F. A.; Ibragimov, S. A.; Murillo, C. A.; Villagrán, D. Inorg. Chem. 2006, 45, 4328-30
92. Cotton, F. A.; Hillard, E. a.; Murillo, C. a.; Wang, X. Inorg. Chem. 2003, 42, 6063-70
93. Cotton, F. A.; Daniels, L. M.; Murillo, C. A.; Pascual, I.; Zhou, H. C. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121 (29) 6856-6861
94. Fu, Z.; Yi, J.; Chen, Y.; Liao, S.; Guo, N.; Dai, J.; Yang, G.; Lian, Y.; Wu, X. Eur. J. Inorg. Chem. 2008, 2008, 628-634
95. Lee, D.; Bois, J. D.; Petasis, D.; Hendrich, M. P.; Krebs, C.; Huynh, B. H.; Lippard, S. J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9893-9894
96. Benbellat, N.; Gavrilenko, K. S.; Le Gal, Y.; Cador, O.; Golhen, S.; Gouasmia, A.; Fabre, J.-M.; Ouahab, L. Inorg. Chem. 2006, 45 (26) 10440-10442
97. Kounavi, K. A.; Manos, M. J.; Tasiopoulos, A. J.; Perlepes, S. P.; Nastopoulos, V. Bioinorg. Chem. Appl. 2010, 178034
98. Lin, X.; Telepeni, I.; Blake, A. J.; Dailly, A.; Brown, C. M.; Simmons, J. M.; Zoppi, M.; Walker, G. S.; Thomas, K. M.; Mays, T. J.; Hubberstey, P.; Champness, N. R.; Schröder, M. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131 (6) 2159-2171
99. Ma, L.; Mihalcik, D. J.; Lin, W. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131 (13) 4610-4612
100. Bak, J. H.; Le, V.-D.; Kang, J.; Wei, S.-H.; Kim, Y.-H. J. Phys. Chem. C 2012, 116, 7386-7392
101. Bureekaew, S.; Amirjalayer, S.; Schmid, R. J. Mater. Chem. 2012, 22, 10249
102. Denysenko, D.; Grzywa, M.; Tonigold, M.; Streppel, B.; Krkljus, I.; Hirscher, M.; Mugnaioli, E.; Kolb, U.; Hanss, J.; Volkmer, D. Chem.-Eur. J. 2011, 17 (6) 1837-1848
103. Teufel, J.; Oh, H.; Hirscher, M.; Wahiduzzaman, M.; Zhechkov, L.; Kuc, A.; Heine, T.; Denysenko, D.; Volkmer, D. Adv. Mater. (Weinheim, Ger.) 2013, 25 (4) 635-639
104. Biswas, S.; Tonigold, M.; Speldrich, M.; Kögerler, P.; Weil, M.; Volkmer, D. Inorg. Chem. 2010, 49, 7424-34