Highly sensitive and specific multiplexed MicroRNA quantification using size-coded ligation chain reaction

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 2, 2014, Pages 1076-1082

  Zhang, Pengbo ^a   Zhang, Jiangyan ^a   Wang, Chengli ^a   Liu, Chenghui ^a,b   Wang, Hui ^b   Li, Zhengping ^a,b  

^a HEBEI UNIVERSITY   (China)

^b SHAANXI NORMAL UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL SAMPLES; DIAGNOSIS AND PROGNOSIS; HIGH SPECIFICITY; MIRNA DETECTIONS; PREDICTIVE VALUES; PROOF OF PRINCIPLES; QUANTIFICATION METHODS; SINGLE NUCLEOTIDES;

CHAINS; DIAGNOSIS; FADING (RADIO); GENE EXPRESSION; MULTIPLEXING;

RNA;

MICRORNA; MIRN143 MICRORNA, HUMAN; MIRN92 MICRORNA, HUMAN; MIRNLET7 MICRORNA, HUMAN; POLYDEOXYRIBONUCLEOTIDE SYNTHASE; TUMOR MARKER;

ARTICLE; CHEMISTRY; DNA PROBE; GENETICS; HUMAN; LIGASE CHAIN REACTION; LIMIT OF DETECTION; METHODOLOGY; SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM; SYNTHESIS; TUMOR CELL LINE;

CELL LINE, TUMOR; DNA LIGASES; DNA PROBES; HUMANS; LIGASE CHAIN REACTION; LIMIT OF DETECTION; MICRORNAS; POLYMORPHISM, SINGLE NUCLEOTIDE; TUMOR MARKERS, BIOLOGICAL;

EID: 84892776152     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac4026384     Document Type: Article

References (41)

1. Cheng, A. M.; Byrom, M. W.; Shelton, J.; Ford, L. P. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 1290-1297
2. Arenz, C. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 5048-5050
3. Calin, G. A.; Croce, C. M. Nat. Rev. Cancer 2006, 6, 857-866
4. Lu, J.; Getz, G.; Miska, E. A.; Alvarez-Saavedra, E.; Lamb, J.; Peck, D.; Sweet-Cordero, A.; Ebert, B. L.; Mak, R. H.; Ferrando, A. A.; Downing, J. R.; Jacks, T.; Horvitz, H. R.; Golub, T. R. Nature 2005, 435, 834-838
5. Volinia, S.; Calin, G. A.; Liu, C. G.; Ambs, S.; Cimmino, A.; Petrocca, F.; Visone, R.; Iorio, M.; Roldo, C.; Ferracin, M.; Prueitt, R. L.; Yanaihara, N.; Lanza, G.; Scarpa, A.; Vecchione, A.; Negrini, M.; Harris, C. C.; Croce, C. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 2257-2261
6. Iorio, M. V.; Ferracin, M.; Liu, C. G.; Veronese, A.; Spizzo, R.; Sabbioni, S.; Magri, E.; Pedriali, M.; Fabbri, M.; Campiglio, M.; Ménard, S.; Palazzo, J. P.; Rosenberg, A.; Musiani, P.; Volinia, S.; Nenci, I.; Calin, G. A.; Querzoli, P.; Negrini, M.; Croce, C. M. Cancer Res. 2005, 65, 7065-7070
7. Iorio, M. V.; Visone, R.; Leva, G. D.; Donati, V.; Petrocca, F.; Casalini, P.; Taccioli, C.; Volinia, S.; Liu, C. G.; Alder, H.; Calin, G. A.; Ménard, S.; Croce, C. M. Cancer Res. 2007, 67, 8699-8707
8. Calin, G. A.; Croce, C. M. Cancer Res. 2006, 66, 7390-7394
9. Chen, C.; Ridzon, D. A.; Broomer, A. J.; Zhou, Z.; Lee, D. H.; Nguyen, J. T.; Barbisin, M.; Xu, N. L.; Mahuvakar, V. R.; Andersen, M. R.; Lao, K. Q.; Livak, K. J.; Guegler, K. J. Nucleic Acids Res. 2005, 33, e179
10. Raymond, C. K.; Roberts, B. S.; Garrett-Engele, P.; Lim, L. P.; Johnson, J. M. RNA 2005, 11, 1737-1744
11. Li, J.; Yao, B.; Huang, H.; Wang, Z.; Sun, C.; Fan, Y.; Chang, Q.; Li, S.; Wang, X.; Xi, J. Anal. Chem. 2009, 81, 5446-5451
12. Allawi, H. T.; Dahlberg, J. E.; Olson, S.; Lund, E.; Olson, M.; Ma, W. P.; Takova, T.; Neri, B. P.; Lyamichev, V. I. RNA 2004, 10, 1153-1161
13. Cheng, Y.; Zhang, X.; Li, Z.; Jiao, X.; Wang, Y.; Zhang, Y. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 3268-3272
14. Wen, Y.; Xu, Y.; Mao, X.; Wei, Y.; Song, H.; Chen, N.; Huang, Q.; Fan, C.; Li, D. Anal. Chem. 2012, 84, 7664-7669
15. Jia, H.; Li, Z.; Liu, C.; Cheng, Y. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 5498-5501
16. Duan, R.; Zuo, X.; Wang, S.; Quan, X.; Chen, D.; Chen, Z.; Jiang, L.; Fan, C.; Xia, F. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 4604-4607
17. Zhang, Y.; Zhang, C. Y. Anal. Chem. 2012, 84, 224-231
18. Liu, Y. Q.; Zhang, M.; Yin, B. C.; Ye, B. C. Anal. Chem. 2012, 84, 5165-5169
19. Bi, S.; Zhang, J.; Hao, S.; Ding, C.; Zhang, S. Anal. Chem. 2011, 83, 3696-3702
20. Thomson, J. M.; Parker, J.; Perou, C. M.; Hammond, S. M. Nat. Methods 2004, 1, 47-53
21. Morin, R. D.; O'Connor, M. D.; Griffith, M.; Kuchenbauer, F.; Delaney, A.; Prabhu, A.-L.; Zhao, Y.; McDonald, H.; Zeng, T.; Hirst, M.; Eaves, C. J.; Marra, M. A. Genome Res. 2008, 18, 610-621
22. Cissell, K. A.; Shrestha, S.; Deo, S. K. Anal. Chem. 2007, 79, 4754-4761
23. Wark, A. W.; Lee, H. J.; Corn, R. M. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 644-652
24. Fang, S.; Lee, H. J.; Wark, A. W.; Corn, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 14044-14046
25. Johnson, B. N.; Mutharasan, R. Anal. Chem. 2012, 84, 10426-10436
26. Wang, J.; Yi, X.; Tang, H.; Han, H.; Wu, M.; Zhou, F. Anal. Chem. 2012, 84, 6400-6406
27. Liang, R. Q.; Li, W.; Li, Y.; Tan, C. Y.; Li, J. X.; Jin, Y. X.; Ruan, K. C. Nucleic Acids Res. 2005, 33, e17
28. Li, J.; Schachermeyer, S.; Wang, Y.; Yin, Y.; Zhong, W. Anal. Chem. 2009, 81, 9723-9729
29. Dong, H.; Jin, S.; Ju, H.; Hao, K.; Xu, L. P.; Lu, H.; Zhang, X. Anal. Chem. 2012, 84, 8670-8674
30. Gao, Z.; Yang, Z. Anal. Chem. 2006, 78, 1470-1477
31. Cissell, K. A.; Rahimi, Y.; Shrestha, S.; Hunt, E. A.; Deo, S. K. Anal. Chem. 2008, 80, 2319-2325
32. Wegman, D. W.; Cherney, L. T.; Yousef, G. M.; Krylov, S. N. Anal. Chem. 2013, 85, 6518-6523
33. Wegman, D. W.; Krylov, S. N. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 10335-10339
34. Arefian, E.; Kiani, J.; Soleimani, M.; Shariati, S. A. M.; Aghaee-Bakhtiari, S. H.; Atashi, A.; Gheisari, Y.; Ahmadbeigi, N.; Banaei-Moghaddam, A. M.; Naderi, M.; Namvarasl, N.; Good, L.; Faridani, O. R. Nucleic Acids Res. 2011, 39, e80
35. Chapin, S. C.; Doyle, P. S. Anal. Chem. 2011, 83, 7179-7185
36. Barany, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 189-193
37. Cheng, Y.; Du, Q.; Wang, L.; Jia, H.; Li, Z. Anal. Chem. 2012, 84, 3739-3744
38. Yan, J.; Li, Z.; Liu, C.; Cheng, Y. Chem. Commun. 2010, 46, 2432-2434
39. Nandakumar, J.; Shuman, S. Mol. Cell 2004, 16, 211-221
40. Nilsson, M.; Barbany, G.; Antson, D. O.; Gertow, K.; Landegren, U. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 791-793
41. Sørensen, K. M.; Andersen, P. S.; Larsen, L. A.; Schwartz, M.; Schouten, J. P.; Nygren, A. O. H. Anal. Chem. 2008, 80, 9363-9368