Multiplexed detection methods for profiling microRNA expression in biological samples

Angewandte Chemie - International Edition

Volumn 47, Issue 4, 2008, Pages 644-652

  Wark, Alastair W ^a   Lee, Hye Jin ^a   Corn, Robert M ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

Gene expression; Microarrays; microRNA; RNA profiling; RNA silencing

Indexed keywords

ANIMALS; CELL CULTURE; MICROARRAYS; PLANTS (BOTANY); RNA;

BIOANALYTICAL METHODS; MICRORNA; RNA SILENCING;

GENE EXPRESSION;

MICRORNA; RIBOZYME;

ANIMAL; BIOSYNTHESIS; CHEMISTRY; DNA MICROARRAY; ELECTROCHEMISTRY; FLUORESCENCE IN SITU HYBRIDIZATION; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; GENE EXPRESSION PROFILING; GENETICS; HUMAN; METHODOLOGY; NORTHERN BLOTTING; REVERSE TRANSCRIPTION POLYMERASE CHAIN REACTION; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; SHORT SURVEY; SPECTROFLUOROMETRY; SURFACE PLASMON RESONANCE;

ANIMALS; BLOTTING, NORTHERN; ELECTROCHEMISTRY; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; GENE EXPRESSION PROFILING; HUMANS; IN SITU HYBRIDIZATION, FLUORESCENCE; MICRORNAS; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; REVERSE TRANSCRIPTASE POLYMERASE CHAIN REACTION; RNA, CATALYTIC; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; SPECTROMETRY, FLUORESCENCE; SURFACE PLASMON RESONANCE;

EID: 38349058429     PISSN: 14337851     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/anie.200702450     Document Type: Short Survey

References (58)

1. V. Ambros, B. Bartel, D. P. Bartel, C. B. Burge, J. C. Carrington, X. Chen, G. Dreyfuss, S. R. Eddy, S. Griffiths-Jones, M. Marshall, M. Matzke, G. Ruvkun, T. Tuschl, RNA 2003, 9, 277.
2. D. Bartel, Cell 2004, 116, 281.
3. L. He, G. J. Hannon, Nat. Rev. Genet. 2004, 5, 522.
4. V. N. Kim, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2005, 6, 376.
5. A. E. Pasquinelli, S. Hunter, J. Bracht, Curr. Opin. Genet. Dev. 2005, 15, 200.
6. C. Arenz, Angew. Chem. 2006, 118, 5170;
7. Angew. Chem. Int. Ed. 2006, 45, 5048.
8. R. C. Lee, R. L. Feinbaum, V. Ambros, Cell 1993, 15, 843.
9. V. Ambros, Nature 2004, 431, 350.
10. R. W. Carthew, Curr. Opin. Genet. Dev. 2006, 16, 203.
11. A. Rodriguez, E. Vigorito, S. Clare, M. V. Warren, P. Couttet, D. R. Soond, S. V. Dongen, R. J. Grocock, P. P. Das, E. A. Miska, D. Vetrie, K. Okkenhaug, A. J. Enright, G. Dougan, M. Turner, A. Bradley, Science 2007, 316, 608.
12. A. Esquela-Kerscher, F. J. Slack, Nat. Rev. Cancer 2006, 6, 259.
13. G. A. Calin, C. M. Croce, Nat. Rev. Cancer 2006, 6, 857.
14. M. S. Kumar, J. Lu, K. L. Mercer, T. R. Golub, T. Jacks, Nat. Genet. 2007, 39, 673.
15. S. Griffiths-Jones, Nucleic Acids Res. 2004, 32, D109.
16. S. Griffiths-Jones, R. J. Grocock, S. V. Dongen, A. Bateman, A. J. Enright, Nucleic Acids Res. 2006, 34, D140.
17. I. Bentwich, A. Avniel, Y. Karov, R. Aharonov, S. Gilad, O. Barad, A. Barzilai, P. Einat, U. Einav, E. Meiri, E. Sharon, Y. Spector, Z. Bentwich, Nat. Genet. 2005, 37, 766.
18. P. Landgraf, M. Rusu, R. Sheridan, A. Sewer, N. Iovino, A. Aravin, S. Pfeffer, A. Rice, A. O. Kamphorst, M. Landthaler, C. Lin, N. D. Socci, L. Hermida, V. Fulci, S. Chiaretti, R. Foa, J. Schliwka, U. Fuchs, A. Novosel, R.-U. Muller, B. Schermer, U. Bissels, J. Inman, Q. Phan, M. Chien, D. B. Weir, R. Choksi, G. De Vita, D. Frezzetti, H.-I. Trompeter, V. Hornung, G. Teng, G. Hartmann, M. Palkovits, R. Di Lauro, P. Wernet, G. Macino, C. E. Regler, J. W. Nagle, J. Ju, F. N. Papavasiliou, T. Benzing, P. Lichter, W. Tam, M. J. Brownstein, A. Bosio, A. Borkhardt, J. J. Russo, C. Sander, M. Zavolan, T. Tuschl, Cell 2007, 129, 1401.
19. M. Lagos-Quintana, R. Rauhut, W. Lendeckel, T. Tuschl, Science 2001, 294, 853.
20. H. T. Allawi, J. E. Dahlberg, S. Olson, E. Lund, M. Olson, W.-P. Ma, T. Takova, B. P. Neri, V. I. Lyamichev, RNA 2004, 10, 1153.
21. T. D. Schmittgen, J. Jiang, Q. Liu, L. Yang, Nucleic Acids Res. 2004, 32, e43.
22. C. K. Raymond, B. S. Roberts, P. Garrett-Engele, L. P. Lim, J. M. Johnson, RNA 2005, 11, 1737.
23. C. Chen, D. A. Ridzon, A. J. Broomer, Z. Zhou, D. H. Lee, J. T. Nguyen, M. Barbisin, N. L. Xu, V. R. Mahuvakar, M. R. Andersen, K. Q. Lao, K. J. Livak, K. J. Guegler, Nucleic Acids Res. 2005, 33, e179.
24. T. Babak, W. Zhang, Q. Morris, B. J. Blencowe, T. R. Hughes, RNA 2004, 10, 1813.
25. J. M. Thomson, J. Parker, C. M. Perou, S. M. Hammond, Nat. Methods 2004, 1, 47.
26. P. T. Nelson, D. A. Baldwin, L. M. Scearce, J. C. Oberholtzer, J. W. Tobias, Z. Mourelatos, Nat. Methods 2004, 1, 155.
27. C.-G. Liu, G. A. Calin, B. Meloon, N. Gamliel, C. Sevignani, M. Ferracin, C. D. Dumitru, M. Shimizu, S. Zupo, M. Dono, H. Alder, F. Bullrich, M. Negrini, C. M. Croce, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004, 101, 9740.
28. O. Barad, E. Meiri, A. Avniel, R. Aharonov, A. Barzilai, I. Bentwich, U. Einav, S. Gilad, P. Hurban, Y. Karov, E. K. Lobenhofer, E. Sharon, Y. M. Shiboleth, M. Shtutman, Z. Bentwich, P. Einat, Genome Res. 2004, 14, 2486.
29. E. A. Miska, E. Alvarez-Saavedra, M. Townsend, A. Yoshii, N. Sestan, P. Rakic, M. Constantine-Paton, R. Horvitz, Genome Biol. 2004, 5, R68.
30. L. A. Goff, M. Yang, J. Bowers, R. C. Getts, R. W. Padgett, R. P. Hart, RNA Biol. 2005, 2, 93.
31. S. Baskerville, D. P. Bartel, RNA 2005, 11, 241.
32. M. Castoldi, S. Schmidt, V. Benes, M. Noerholm, A. E. Kulozik, M. W. Hentze, M. U. Muckenthaler, RNA 2006, 12, 913.
33. I. Beuvinky, F. A. Kolb, W. Budach, A. Garnier, J. Lange, F. Natt, U. Dengler, J. Hall, W. Filipowicz, J. Weiler, Nucleic Acids Res. 2007, 35, e52.
34. D. J. Lockhart, E. A. Winzeler, Nature 2000, 405, 827.
35. H. Wang, R. A. Ach, B. Curry, RNA 2007, 13, 151.
36. A. Valoczi, C. Hornyik, N. Varga, J. Burgyan, S. Kauppinen, Z. Havelda, Nucleic Acids Res. 2004, 32, e175.
37. E. Wienholds, W. P. Kloosterman, E. Miska, E. Alvarez-Saavedra, E. Berezikov, E. D. Bruijn, H. R. Horvitz, S. Kauppinen, R. H. A. Plasterk, Science 2005, 309, 310.
38. W. P. Kloosterman, E. Wienholds, E. D. Bruijn, S. Kauppinen, R. H. A. Plasterk, Nat. Methods 2006, 3, 27.
39. M. Deo, J.-Y. Yu, K.-H. Chung, M. Tippens, D. L. Turner, Dev. Dyn. 2006, 235, 2538.
40. L. A. Neely, S. Patel, J. Garver, M. Gallo, M. Hackett, S. McLaughlin, M. Nadel, H. Harris, S. Gullans, J. Rooke, Nat. Methods 2006, 3, 41.
41. H. J. Lee, A. W. Wark, R. M. Corn, Langmuir 2006, 22, 5241.
42. A. W. Wark, H. J. Lee, R. M. Corn, Anal. Chem. 2005, 77, 3904.
43. H. J. Lee, Y. Li, A. W. Wark, R. M. Corn, Anal. Chem. 2005, 77, 5096.
44. J. M. Enos, J. L. Duzeski, P. L. Roesch, J. E. Hagstrom, M.-A. V. Watt, Biotechniques 2007, 42, 378.
45. A. Garnier, D. Hüsken, J. Weiler, Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids 2001, 20, 1181.
46. R. Liang, W. Li, Y. Li, C. Tan, J. Li, Y. Jin, K. Ruan, Nucleic Acids Res. 2005, 33, e17.
47. Z. Gao, Z. Yang, Anal. Chem. 2006, 78, 1470.
48. J. Shingara, K. Keiger, J. Shelton, L. Laosinchai-Wolf, P. Powers, R. Conrad, D. Brown, E. Labourier, RNA 2005, 11, 1461.
49. M. D. Mattie, C. C. Benz, J. Bowers, K. Sensinger, L. Wong, G. K. Scott, V. Fedele, D. Ginzinger, R. Getts, C. Haqq, Mol. Cancer 2006, 5, 24.
50. S. Fang, H. J. Lee, A. W. Wark, R. M. Corn, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 14044.
51. P. T. Nelson, D. A. Baldwin, W. P. Kloosterman, S. Kauppinen, R. H. A. Plasterk, Z. Mourelatos, RNA 2006, 12, 187.
52. E. Berezikov, G. V. Tetering, M. Verheul, J. V. D. Belt, L. V. Laake, J. Vos, R. Verloop, M. V. D. Wetering, V. Guryev, S. Takada, A. J. V. Zonneveld, H. Mano, R. Plasterk, E. Cuppen, Genome Res. 2006, 16, 1289.
53. S. H. Ramkissoon, L. A. Mainwaring, E. M. Sloand, N. S. Young, S. Kajigaya, Mol. Cell. Probes 2006, 20, 1.
54. J. S. Hartig, I. Grune, S. H. Najafi-Shoushtari, M. Famulok, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 722.
55. P. Y. Chen, H. Manninga, K. Slanchev, M. Chien, J. J. Russo, J. Ju, R. Sheridan, B. John, D. S. S. Marks, D. Gaidatzis, C. Sander, M. Zavolan, T. Tuschl, Genes Dev. 2005, 19, 1288.
56. L. He, J. M. Thomson, M. T. Hemann, E. Hernando-Monge, D. Mu, S. Goodson, S. Powers, C. Cordon-Cardo, S. W. Lowe, G. J. Hannon, S. M. Hammond, Nature 2005, 435, 828.
57. S. P. Jonstrup, J. Koch, J. Kjems, RNA 2006, 12, 1747.
58. J. Lu, G. Getz, E. A. Miska, E. Alvarez-Saavedra, J. Lamb, D. Peck, A. Sweet-Cordero, B. L. Ebert, R. H. Mak, A. A. Ferrando, J. R. Downing, T. Jacks, H. R. Horvitz, T. R. Golub, Nature 2005, 435, 834.