Sensitive detection of microRNA with isothermal amplification and a single-quantum-dot-based nanosensor

Analytical Chemistry

Volumn 84, Issue 1, 2012, Pages 224-231

  Zhang, Yan ^a   Zhang, Chun Yang ^a  

^a SHENZHEN INSTITUTES OF ADVANCED TECHNOLOGY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL PROCESS; BIOMEDICAL RESEARCH; CLINICAL DIAGNOSIS; DETECTION LIMITS; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; HIGHLY SENSITIVE; ISOTHERMAL CONDITIONS; MICRORNAS; QUANTIFICATION METHODS; SENSITIVE DETECTION; TWO STAGE;

AMPLIFICATION; DIAGNOSIS; ENERGY TRANSFER; FLUORESCENCE; NANOSENSORS; OLIGONUCLEOTIDES; PROBES;

SEMICONDUCTOR QUANTUM DOTS;

MICRORNA; QUANTUM DOT;

ARTICLE; DNA PROBE; LIMIT OF DETECTION; NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION; NUCLEOTIDE SEQUENCE; SPECTROFLUOROMETRY;

BASE SEQUENCE; DNA PROBES; LIMIT OF DETECTION; MICRORNAS; NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION; QUANTUM DOTS; SPECTROMETRY, FLUORESCENCE;

EID: 84855363461     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac202405q     Document Type: Article

References (61)

1. Bartel, D. P. Cell 2004, 116, 281-297
2. Lee, Y.; Ahn, C.; Han, J. J.; Choi, H.; Kim, J.; Yim, J.; Lee, J.; Provost, P.; Radmark, O.; Kim, S.; Kim, V. N. Nature 2003, 425, 415-419
3. Wienholds, E.; Plasterk, R. H. A. FEBS Lett. 2005, 579, 5911-5922
4. Kloosterman, W. P.; Plasterk, R. H. A. Dev. Cell 2006, 11, 441-450
5. Croce, C. M. Nat. Rev. Genet. 2009, 10, 704-714
6. Raymond, C. K.; Roberts, B. S.; Garrett-Engele, P.; Lim, L. P.; Johnson, J. M. RNA 2005, 11, 1737-1744
7. Bartels, C. L.; Tsongalis, G. J. Clin. Chem. 2009, 55, 623-631
8. Cissell, K. A.; Deo, S. K. Anal. Bioanal. Chem. 2009, 394, 1109-1116
9. Lagos-Quintana, M.; Rauhut, R.; Lendeckel, W.; Tuschl, T. Science 2001, 294, 853-858
10. Thomson, J. M.; Parker, J.; Perou, C. M.; Hammond, S. M. Nat. Methods 2004, 1, 47-53
11. Chen, C. F.; Ridzon, D. A.; Broomer, A. J.; Zhou, Z. H.; Lee, D. H.; Nguyen, J. T.; Barbisin, M.; Xu, N. L.; Mahuvakar, V. R.; Andersen, M. R.; Lao, K. Q.; Livak, K. J.; Guegler, K. J. Nucleic Acids Res. 2005, 33, e179
12. Lagos-Quintana, M.; Rauhut, R.; Yalcin, A.; Meyer, J.; Lendeckel, W.; Tuschl, T. Curr. Biol. 2002, 12, 735-739
13. Yang, W. J.; Li, X. B.; Li, Y. Y.; Zhao, L. F.; He, W. L.; Gao, Y. Q.; Wan, Y. J.; Xia, W.; Chen, T.; Zheng, H.; Li, M.; Xu, S. Q. Anal. Biochem. 2008, 376, 183-188
14. Neely, L. A.; Patel, S.; Garver, J.; Gallo, M.; Hackett, M.; McLaughlin, S.; Nadel, M.; Harris, J.; Gullans, S.; Rooke, J. Nat. Methods 2006, 3, 41-46
15. Cissell, K. A.; Campbell, S.; Deo, S. K. Anal. Bioanal. Chem. 2008, 391, 2577-2581
16. Cissell, K. A.; Rahimi, Y.; Shrestha, S.; Hunt, E. A.; Deo, S. K. Anal. Chem. 2008, 80, 2319-2325
17. Su, X.; Teh, H. F.; Lieu, X. H.; Gao, Z. Q. Anal. Chem. 2007, 79, 7192-7197
18. Allawi, H. T.; Dahlberg, J. E.; Olson, S.; Lund, E.; Olson, M.; Ma, W. P.; Takova, T.; Neri, B. P.; Lyamichev, V. I. RNA 2004, 10, 1153-1161
19. Hartig, J. S.; Grune, I.; Najafi-Shoushtari, S. H.; Famulok, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 722-723
20. Lu, J.; Getz, G.; Miska, E. A.; Alvarez-Saavedra, E.; Lamb, J.; Peck, D.; Sweet-Cordero, A.; Ebet, B. L.; Mak, R. H.; Ferrando, A. A.; Downing, J. R.; Jacks, T.; Horvitz, H. R.; Golub, T. R. Nature 2005, 435, 834-838
21. Chen, J.; Lozach, J.; Wickham, E.; Barnes, G. B.; Luo, S.; Mikoulitch, I.; Zhou, L.; Schroth, G.; Fan, J. B. Nucleic Acids Res. 2008, 36, e87
22. Creighton, C. J.; Reid, J. G.; Gunaratne, P. H. Briefings Bioinf. 2009, 10, 490-497
23. Van Ness, J.; Van Ness, L. K.; Galas, D. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 4504-4509
24. Tan, E.; Wong, J.; Nguyen, D.; Zhang, Y.; Erwin, B.; Van Ness, L. K.; Baker, S. M.; Galas, D. J.; Niemz, A. Anal. Chem. 2005, 77, 7984-7992
25. Tan, E.; Erwin, B.; Dames, S.; Voelkerding, K.; Niemz, A. Clin. Chem. 2007, 53, 2017-2020
26. Jia, H. X.; Li, Z. P.; Liu, C. H.; Cheng, Y. Q. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 5498-5501
27. Giglio, S.; Monis, P. T.; Saint, C. P. Nucleic Acids Res. 2003, 31, e136
28. Gudnason, H.; Dufva, M.; Bang, D. D.; Wolff, A. Nucleic Acids Res. 2007, 35, e127
29. Nath, K.; Sarosy, J. W.; Hahn, J.; Di Como, C. J. J. Biochem. Biophys. Methods 2000, 42, 15-29
30. Ririe, K. M.; Rasmussen, R. P.; Wittwer, C. T. Anal. Biochem. 1997, 245, 154-160
31. Newby, D. T.; Hadfield, T. L.; Roberto, F. F. Appl. Environ. Microbiol. 2003, 69, 4753-4759
32. Pons, T.; Mattoussi, H. Ann. Biomed. Eng. 2009, 37, 1934-1959
33. Regulacio, M. D.; Han, M. Y. Acc. Chem. Res. 2010, 43, 621-630
34. Medintz, I. L.; Uyeda, H. T.; Goldman, E. R.; Mattoussi, H. Nat. Mater. 2005, 4, 435-446
35. Bruchez, M.; Moronne, M.; Gin, P.; Weiss, S.; Alivisatos, A. P. Science 1998, 281, 2013-2016
36. Zhao, D.; Chan, W. H.; He, Z.; Qiu, T. Anal. Chem. 2009, 81, 3537-3543
37. Alivisatos, P. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 47-52
38. Chan, W. C. W.; Nie, S. M. Science 1998, 281, 2016-2018
39. Han, M. Y.; Gao, X. H.; Su, J. Z.; Nie, S. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 631-635
40. Wang, S.; Han, M. Y.; Huang, D. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 11692-11694
41. Patolsky, F.; Gill, R.; Weizmann, Y.; Mokari, T.; Banin, U.; Willner, I. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13918-13919
42. Algar, W. R.; Krull, U. J. Anal. Bioanal. Chem. 2010, 398, 2439-2449
43. Medintz, I. L.; Clapp, A. R.; Mattoussi, H.; Goldman, E. R.; Fisher, B.; Mauro, J. M. Nat. Mater. 2003, 2, 630-638
44. Algar, W. R.; Krull, U. J. Anal. Chem. 2009, 81, 4113-4120
45. Medintz, I. L.; Konnert, J. H.; Clapp, A. R.; Stanish, I.; Twigg, M. E.; Mattoussi, H.; Mauro, J. M.; Deschamps, J. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9612-9617
46. Zhang, C. Y.; Johnson, L. W. Anal. Chem. 2009, 81, 3051-3055
47. Zhang, C. Y.; Johnson, L. W. Anal. Chem. 2006, 78, 5532-5537
48. Zhang, C. Y.; Johnson, L. W. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 3482-3485
49. Zhang, C. Y.; Johnson, L. W. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 5324-5325
50. Zhang, C. Y.; Hu, J. Anal. Chem. 2010, 82, 1921-1927
51. Xu, X. H.; Yeung, E. S. Science 1997, 275, 1106-1109
52. Weiss, S. Science 1999, 283, 1676-1683
53. Hsin, T. M.; Yeung, E. S. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 8032-8035
54. Li, H. T.; Ying, L. M.; Green, J. J.; Balasubramanian, S.; Klenerman, D. Anal. Chem. 2003, 75, 1664-1670
55. Zhang, C. Y.; Johnson, L. W. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 3750-3751
56. Zhang, C. Y.; Yeh, H. C.; Kuroki, M. T.; Wang, T. H. Nat. Mater. 2005, 4, 826-831
57. Clapp, A. R.; Medintz, I. L.; Mauro, J. M.; Fisher, B. R.; Bawendi, M. G.; Mattoussi, H. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 301-310
58. Tan, E.; Erwin, B.; Dames, S.; Ferguson, T.; Buechel, M.; Irvine, B.; Voelkerding, K.; Niemz, A. Biochemistry 2008, 47, 9987-9999
59. Zhang, C. Y.; Johnson, L. W. Anal. Chem. 2007, 79, 7775-7781
60. Bussing, I.; Slack, F. J.; Grosshans, H. Trends Mol. Med. 2008, 14, 400-409
61. Yan, J. L.; Li, Z. P.; Liu, C. H.; Cheng, Y. Q. Chem. Commun. 2010, 46, 2432-2434