A serendipitous survey of prediction algorithms for amyloidogenicity

Biopolymers

Volumn 100, Issue 6, 2013, Pages 780-789

  Roland, Bartholomew P ^a   Kodali, Ravindra ^a   Mishra, Rakesh ^a   Wetzel, Ronald ^a  

^a UNIVERSITY OF PITTSBURGH SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

Author keywords

Aggregate; Amyloid; Huntingtin; Kinetics; Nucleation; Oligomer; Polyglutamine; Tango; Thermodynamics; Waltz; Zipper; Zyggregator; structure

Indexed keywords

ALGORITHMS; AMINO ACIDS; ENZYME KINETICS; FASTENERS; GLYCOPROTEINS; NUCLEATION; OLIGOMERS; PEPTIDES; PHYSIOLOGY; THERMODYNAMICS;

AMYLOID; HUNTINGTIN; POLYGLUTAMINE; TANGO; WALTZ; ZYGGREGATOR;

AGGREGATES;

AMYLOID; HUNTINGTIN; PEPTIDE;

ALGORITHM; ALPHA HELIX; AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; PREDICTION; PROTEIN AGGREGATION; PROTEIN ANALYSIS; SEQUENCE ANALYSIS; THERMODYNAMICS; CHEMISTRY; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; QUESTIONNAIRE;

ALGORITHMS; AMINO ACID SEQUENCE; AMYLOID; PEPTIDES; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; SURVEYS AND QUESTIONNAIRES;

EID: 84891709353     PISSN: 00063525     EISSN: 10970282     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/bip.22305     Document Type: Article

References (49)

1. Mitraki, A.; King, J. FEBS Lett 1992, 307, 20-25.
2. Wetzel, R. Trends Biotechnol 1994, 12, 193-198.
3. DePristo, M. A.; Weinreich, D. M.; Hartl, D. L. Nat Rev Genet 2005, 6, 678-687.
4. Monsellier, E.; Chiti, F. EMBO Rep 2007, 8, 737-742.
5. Tyedmers, J.; Mogk, A.; Bukau, B. Nat Rev Mol Cell Biol 2010, 11, 777-788.
6. De Bernardez Clark, E.; Schwarz, E.; Rudolph, R. Methods Enzymol 1999, 309, 217-236.
7. Fahnert, B.; Lilie, H.; Neubauer, P. Adv Biochem Eng Biotechnol 2004, 89, 93-142.
8. Simpson, R. J. Cold Spring Harbor Protocols 2010, DOI 10.1101/pdb.top79.
9. Vazquez-Rey, M.; Lang, D. A. Biotech Bioeng 2011, 108, 1494-1508.
10. Martin, J. B. N Engl J Med 1999, 340, 1970-1980.
11. Merlini, G.; Bellotti, V. N Engl J Med 2003, 349, 583-596.
12. Chiti, F.; Stefani, M.; Taddei, N.; Ramponi, G.; Dobson, C. M. Nature 2003, 424, 805-808.
13. Linding, R.; Schymkowitz, J.; Rousseau, F.; Diella, F.; Serrano, L. J Mol Biol 2004, 342, 345-353.
14. DuBay, K. F.; Pawar, A. P.; Chiti, F.; Zurdo, J.; Dobson, C. M.; Vendruscolo, M. J Mol Biol 2004, 341, 1317-1326.
15. Fernandez-Escamilla, A. M.; Rousseau, F.; Schymkowitz, J.; Serrano, L. Nat Biotechnol 2004, 22, 1302-1306.
16. Pawar, A. P.; Dubay, K. F.; Zurdo, J.; Chiti, F.; Vendruscolo, M.; Dobson, C. M. J Mol Biol 2005, 350, 379-392.
17. Thompson, M. J.; Sievers, S. A.; Karanicolas, J.; Ivanova, M. I.; Baker, D.; Eisenberg, D. Proc Natl Acad Sci USA 2006, 103, 4074-4078.
18. Tartaglia, G. G.; Pawar, A. P.; Campioni, S.; Dobson, C. M.; Chiti, F.; Vendruscolo, M. J Mol Biol 2008, 380, 425-436.
19. Goldschmidt, L.; Teng, P. K.; Riek, R.; Eisenberg, D. Proc Natl Acad Sci USA 2010, 107, 3487-3492.
20. Maurer-Stroh, S.; Debulpaep, M.; Kuemmerer, N.; Lopez de la Paz, M.; Martins, I. C.; Reumers, J.; Morris, K. L.; Copland, A.; Serpell, L.; Serrano, L.; Schymkowitz, J. W.; Rousseau, F. Nat Methods 2010, 7, 237-242.
21. Thakur, A. K.; Jayaraman, M.; Mishra, R.; Thakur, M.; Chellgren, V. M.; Byeon, I. J.; Anjum, D. H.; Kodali, R.; Creamer, T. P.; Conway, J. F.; Gronenborn, A. M.; Wetzel, R. Nat Struct Mol Biol 2009, 16, 380-389.
22. Sivanandam, V.N.; Jayaraman,M.;Hoop, C. L.; Kodali, R.; Wetzel, R.; van derWel, P. C. J Am Chem Soc 2011, 133, 4558-4566.
23. Jayaraman, M.; Kodali, R.; Sahoo, B.; Thakur, A. K.; Mayasundari, A.; Mishra, R.; Peterson, C. B.; Wetzel, R. J Mol Biol 2012, 415, 881-899.
24. Mishra, R.; Hoop, C. L.; Kodali, R.; Sahoo, B.; van der Wel, P. C.; Wetzel, R. J Mol Biol 2012, 424, 1-14.
25. Mishra, R.; Jayaraman, M.; Roland, B. P.; Landrum, E.; Fullam, T.; Kodali, R.; Thakur, A. K.; Arduini, I.; Wetzel, R. J Mol Biol 2012, 415, 900-917.
26. Wetzel, R. J Mol Biol 2012, 421, 466-490.
27. Nelson, R.; Sawaya, M. R.; Balbirnie, M.; Madsen, A. O.; Riekel, C.; Grothe, R.; Eisenberg, D. Nature 2005, 435, 773-778.
28. Zuccato, C.; Valenza, M.; Cattaneo, E. Physiol Rev 2010, 90, 905-981.
29. Gu, X.; Greiner, E. R.; Mishra, R.; Kodali, R.; Osmand, A.; Finkbeiner, S.; Steffan, J. S.; Thompson, L. M.; Wetzel, R.; Yang, X. W. Neuron 2009, 64, 828-840.
30. Luheshi, L. M.; Tartaglia, G. G.; Brorsson, A. C.; Pawar, A. P.; Watson, I. E.; Chiti, F.; Vendruscolo, M.; Lomas, D. A.; Dobson, C. M.; Crowther, D. C. PLoS Biol 2007, 5, e290.
31. O'Nuallain, B.; Shivaprasad, S.; Kheterpal, I.; Wetzel, R. Biochem 2005, 44, 12709-12718.
32. Kar, K.; Jayaraman, M.; Sahoo, B.; Kodali, R.; Wetzel, R. Nat Struct Mol Biol 2011, 18, 328-336.
33. Ferrone, F. Methods Enzymol 1999, 309, 256-274.
34. Serio, T. R.; Cashikar, A. G.; Kowal, A. S.; Sawicki, G. J.; Moslehi, J. J.; Serpell, L.; Arnsdorf, M. F.; Lindquist, S. L. Science 2000, 289, 1317-1321.
35. Dyson, H. J. Q Rev Biophys 2011, 44, 467-518.
36. Bertoncini, C. W.; Jung, Y. S.; Fernandez, C. O.; Hoyer, W.; Griesinger, C.; Jovin, T. M.; Zweckstetter, M. Proc Natl Acad Sci USA 2005, 102, 1430-1435.
37. Bhattacharyya, A.; Thakur, A. K.; Chellgren, V. M.; Thiagarajan, G.; Williams, A. D.; Chellgren, B. W.; Creamer, T. P.; Wetzel, R. J Mol Biol 2006, 355, 524-535.
38. Darnell, G.; Orgel, J. P.; Pahl, R.; Meredith, S. C. J Mol Biol 2007, 374, 688-704.
39. Cannon, M. J.; Williams, A. D.; Wetzel, R.; Myszka, D. G. Anal Biochem 2004, 328, 67-75.
40. Yanagi, K.; Sakurai, K.; Yoshimura, Y.; Konuma, T.; Lee, Y. H.; Sugase, K.; Ikegami, T.; Naiki, H.; Goto, Y. J Mol Biol 2012, 422, 390-402.
41. Kelly, J. W. Curr Opin Struct Biol 1998, 8, 101-106.
42. Laganowsky, A.; Liu, C.; Sawaya, M. R.; Whitelegge, J. P.; Park, J.; Zhao, M. L.; Pensalfini, A.; Soriaga, A. B.; Landau, M.; Teng, P. K.; Cascio, D.; Glabe, C.; Eisenberg, D. Science 2012, 335, 1228-1231.
43. Abedini, A.; Raleigh, D. P. Protein Eng Des Sel 2009, 22, 453-459.
44. Knowles, T. P.; Waudby, C. A.; Devlin, G. L.; Cohen, S. I.; Aguzzi, A.; Vendruscolo, M.; Terentjev, E. M.; Welland, M. E.; Dobson, C. M. Science 2009, 326, 1533-1537.
45. Petkova, A. T.; Ishii, Y.; Balbach, J. J.; Antzutkin, O. N.; Leapman, R. D.; Delaglio, F.; Tycko, R. Proc Natl Acad Sci USA 2002, 99, 16742-16747.
46. Luca, S.; Yau, W. M.; Leapman, R.; Tycko, R. Biochemistry 2007, 46, 13505-13522.
47. Kar, K.; Hoop, C. L.; Drombosky, K. W.; Baker, M. A.; Kodali, R.; Arduini, I.; van der Wel, P. C.; Horne, W. S.; Wetzel, R. J Mol Biol 2013, 425, 1183-1197.
48. Kuipers, B. J.; Gruppen, H. J Agri Food Chem 2007, 55, 5445-5451.
49. O'Nuallain, B.; Thakur, A. K.; Williams, A. D.; Bhattacharyya, A. M.; Chen, S.; Thiagarajan, G.; Wetzel, R. Methods Enzymol 2006, 413, 34-74.