Design of novel leads: Ligand based computational modeling studies on non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NNRTIs) of HIV-1

Molecular BioSystems

Volumn 10, Issue 2, 2014, Pages 313-325

  Jain Pancholi, Nilanjana ^a   Gupta, Swagata ^b   Sapre, Neelima ^a   Sapre, Nitin S ^a  

^a SHRI G S INSTITUTE OF TECHNOLOGY AND SCIENCE   (India)

^b Govt PG College   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTI HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS AGENT; DRUG DERIVATIVE; LIGAND; RNA DIRECTED DNA POLYMERASE INHIBITOR; THYMINE;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; DRUG DESIGN; DRUG EFFECT; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1; METABOLISM; QUANTITATIVE STRUCTURE ACTIVITY RELATION; REPRODUCIBILITY; STATISTICAL MODEL; SUPPORT VECTOR MACHINE;

ANTI-HIV AGENTS; DRUG DESIGN; HIV-1; LIGANDS; LINEAR MODELS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; QUANTITATIVE STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; REVERSE TRANSCRIPTASE INHIBITORS; SUPPORT VECTOR MACHINES; THYMINE;

EID: 84891413800     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3mb70218a     Document Type: Article

References (91)

1. T. Cloke M. Munder G. Taylor I. Müller P. Kropf PLoS One 2012 7 11 e48939
2. L. Schneider N. Ktorza S. Fourati L. Assoumou E. Courbon F. Caby C. Blanc M. Tindel R. Agher A. G. Marcelin V. Calvez G. Peytavin C. Katlama HIV Clin. Trials 2012 13 5 284
3. K. Morris Lancet Infect. Dis. 2008 8 8 468
4. B. M. Mathers L. Degenhardt C. Bucello J. Lemon L. Wiessing M. Hickman Bull. W. H. O. 2013 91 2 102 123
5. L. Genovese M. Nebuloni M. Alfano Front. Immunol. 2013 4 86 1 10.3389/fimmu.2013.00086
6. P. Zhan R. Z. Yan X. Y. Liu C. Pannecouque M. Witvrouw E. De Clercq M. T. Molina S. Vega Drug Discoveries Ther. 2011 5 6 279
7. W. Li Y. Chang P. Zhan N. Zhang X. Liu C. Pannecouque E. De Clercq ChemMedChem 2010 5 11 1893
8. M. Schöller-Gyüre W. van den Brink T. N. Kakuda B. Woodfall G. De Smedt H. Vanaken T. Stevens M. Peeters K. Vandermeulen R. M. Hoetelmans J. Clin. Pharmacol. 2008 48 3 322
9. S. Martins M. J. Ramos P. A. Fernandes Curr. Med. Chem. 2008 15 11 1083
10. A. Mittal B. Achappa D. Madi M. N. Chowta J. T. Ramapuram S. Rao B. Unnikrishnan S. Mahalingam J. Clin. Diagn. Res. 2013 7 2 265
11. A. Savarino Expert Opin. Invest. Drugs 2006 15 12 1507
12. P. Mohammadi S. Desfarges I. Bartha B. Joos N. Zangger M. Muñoz H. F. Günthard PLoS Pathog. 2013 9 1 e1003161
13. A. R. Anand H. Zhao T. Nagaraja L. A. Robinson R. K. Ganju Retrovirology 2013 10 2 1 10.1186/1742-4690-10-2
14. A. Akil M. A. Parniak C. S. Dezzuitti B. J. Moncla M. R. Cost M. Li L. C. Rohan Drug Delivery Transl. Res. 2011 1 3 209
15. M. T. Christen L. Menon N. S. Myshakina J. Ahn M. A. Parniak R. Ishima Chem. Biol. Drug Des. 2012 80 5 706
16. R. Gupta A. Hill A. W. Sawyer D. Pillay Clin. Infect. Dis. 2008 47 5 712
17. M. V. Pasley M. Martinez A. Hermes R. d'Amico A. Nilius AIDS Rev. 2013 15 1 38
18. C. O. Agboghoroma O. F. Giwa-Osagie Afr. J. Reprod. Health 2012 16 4 13
19. A. Valerie Braz A. Leslie Holladay D. Mary Barkley Biochemistry 2010 49 3 601
20. S. Brück S. Witte J. Brust D. Schuster F. Mosthaf M. Procaccianti J. A. Rump H. Klinker D. Petzold M. Hartmann Eur. J. Med. Res. 2008 13 7 343
21. G. Maga M. Radi M. A. Gerard M. Bottaand E. Ennifar Viruses 2010 2 4 880
22. N. S. Sapre S. Gupta N. Pancholi N. Sapre J. Comput. Aided Mol. Des. 2008 22 69
23. L. R. Boone Curr. Opin. Invest. Drugs 2006 7 128
24. J. Ren D. K. Stammers Virus Res. 2008 134 1-2 157
25. T. Miyasaka H. Tanaka M. Baba H. Hayakawa R. T. Walker J. Balzarini E. De Clercq J. Med. Chem. 1989 32 2507
26. H. Tanaka M. Baba H. Hayakawa T. Sakamaki T. Miyasaka M. Ubasawa H. Takashima K. Sekiya I. Nitta S. Shigeta R. T. Walker J. Balzarini E. De Clercq J. Med. Chem. 1991 34 349
27. R. Garg S. P. Gupta H. Gao M. S. Babu A. K. Debnath C. Hansh Chem. Rev. 1999 99 3525
28. J. M. Luco F. H. Ferretti J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1997 37 392
29. S. Hannongbua K. Nivesnanond L. Lawtrakul P. Pungpo P. Wolschann J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2001 41 848
30. A. L. Hopkins J. Ren R. M. Esnouf B. E. Willcox E. Y. Jones C. Ross T. Miyasaka R. T. Walker H. Tanaka D. K. Stammers D. I. Stuart J. Med. Chem. 1996 39 1589
31. A. C. Gaudio C. A. Montanari J. Comput. Aided Mol. Des. 2002 16 287
32. H. Wiener J. Am. Chem. Soc. 1947 69 17
33. P. L. A. Popelier P. J. Smith U. A. Chaudry J. Comput. Aided Mol. Des. 2004 18 709
34. Q. Y. Zhang J. Aires-de-Sousa J. Chem. Inf. Model. 2007 47 1 1
35. N. S. Sapre N. Pancholi S. Gupta A. Sikarwar N. Sapre J. Chem. Sci. 2007 119 625
36. N. S. Sapre N. Pancholi S. Gupta N. Sapre J. Comput. Chem. 2008 29 11 1699
37. N. S. Sapre S. Gupta N. Pancholi A. Sikarwar Acta Chim. Slov. 2007 54 797
38. P. R. Duchowicz, E. A. Castro, A. A. Toropov and E. Benfenati, Application of flexible molecular descriptors in the QSPR-QSAR study of heterocyclic drugs, in QSAR and Molecular Modeling Studies in Heterocyclic Drugs I, ed., S. P. Gupta, 2006
39. S. C. Basak, D. Mills, B. D. Gute and R. Natarajan, Predicting Pharmacological and Toxicological Activity of Heterocyclic Compounds Using QSAR and Molecular Modeling, in QSAR and Molecular Modeling Studies in Heterocyclic Drugs I, ed., S. P. Gupta, 2006
40. N. S. Sapre S. Gupta N. Pancholi N. Sapre J. Comput. Chem. 2009 30 6 922
41. S. A. Wildman G. M. Crippen J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1999 39 5 868
42. A. R. Kartrizky K. Chen U. Maran D. A. Carlson Anal. Chem. 2000 72 101
43. A. T. Balaban I. Niculescu-Duvaz Z. Simon Acta Pharm. Jugosl. 1987 37 7
44. A. T. Balaban Pure Appl. Chem. 1983 55 199
45. L. B. Kier Quant. Struct.-Act. Relat. 1985 4 109 116
46. L. B. Kier, Computational Chemical Graph Theory, ed., D. H. Rouvray, Nova Science Publishers, New York, 1990
47. K. Osmialowski J. Halkiewicz A. Radecki R. Kaliszan J. Chromatogr. 1985 346 53
48. P. W. Atkins, Quanta, Oxford University Press, Oxford, 1991
49. L. B. Kier Quant. Struct.-Act. Relat. 1986 5 1
50. L. B. Kier Med. Chem. Res. 1997 7 394
51. L. B. Kier and L. H. Hall, The kappa indices for modeling molecular shape and flexibility, in Topological indices and related descriptors in QSAR and QSPR, ed., J. Devillers, and, A. T. Balaban, Gordon and Breach Science Publishers, 1999
52. Q. N. Hu Y. Z. Liang H. Yin X. L. Peng K. T. Fang J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004 44 1193
53. L. H. Hall L. B. Kier B. B. Brown J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1995 35 1074
54. G. E. Kellogg L. B. Kier P. Gaillard L. H. Hall J. Comput.-Aided Mol. Des. 1996 10 513
55. L. H. Hall A. T. Vaughn Med. Chem. Res. 1997 7 407
56. Y. Brito-Sánchez J. A. Castillo-Garit H. Le-Thi-Thu Y. González-Madariaga F. Torrens Y. Marrero-Ponce J. E. Rodríguez- Borges SAR QSAR Environ. Res. 2013 24 3 235
57. A. M. Almerico M. Tutone A. Lauria J. Comput. Aided Mol. Des. 2008 22 287
58. Q. Xie L. Zhong Y. Pan X. Wang J. Zhou L. Di-wu Q. Huang Y. Wang L. Yang H. Xie S. Yang Eur. J. Med. Chem. 2011 46 3675
59. Y. P. Zhou J. H. Jiang W. Q. Lin H. Y. Zou H. L. Wu G. L. Shen R. Q. Yu Eur. J. Pharm. Sci. 2006 28 344
60. Chemical Applications of Graph Theory, ed., A. T. Balaban, Academic Press, London, 1976
61. E. Arkan M. Shahlaei A. Pourhossein K. Fakhri A. Fassihi Eur. J. Med. Chem. 2010 45 8 3394
62. O. Devinyak B. Zimenkovsky R. Lesyk Curr. Top. Med. Chem. 2012 12 24 2763
63. A. Talevi M. Goodarzi E. V. Ortiz P. R. Duchowicz C. L. Bellera G. Pesce E. A. Castro L. E. Bruno-Blanch Eur. J. Med. Chem. 2011 46 1 218
64. H. Li C. Y. Ung C. W. Yap Y. Xue Z. R. Li Y. Z. Chen J. Mol. Graphics Modell 2006 25 313
65. S. Pramanik K. Roy Chemosphere 2013 92 5 600
66. R. Garg S. P. Gupta H. Gao M. S. Babu A. K. Debnath Chem. Rev. 1999 99 3525
67. K. Roy P. P. Roy Eur. J. Med. Chem. 2009 44 7 2913
68. S. Das P. Roy A. Islam A. Saha A. Mukherjee Chem. Pharm. Bull. 2013 61 2 125
69. N. S. Sapre N. Jain (Pancholi) S. Gupta N. Sapre RSC Adv. 2013 3 10442
70. C. Wang L. Li L. Wang Z. Ping M. T. Flory G. Wang Y. Xi W. Li Diabetes Res. Clin. Pract. 2013 100 1 111
71. M. Szaleniec R. Tadeusiewicz M. Witko Neurocomputing 2008 72 241
72. V. W. Porto D. B. Fogel L. J. Fogel IEEE Expert 1995 10 16
73. V. Maniezzo IEEE Trans. Neural Netw. 1994 5 39
74. T. A. Andrea H. Kalayeh J. Med. Chem. 1991 34 2824
75. S. So G. Richards J. Med. Chem. 1992 35 3201
76. C. Cortes V. Vapnik Machine Learning 1995 20 273
77. J. Zupan and J. Gasteiger, Neuarl Networks in Chemistry and Drug Design, Wiley-VCH, 1999
78. G. Liang Z. Li J. Mol. Graphics Modell. 2007 26 269
79. Y. Cong X. Yang W. Lv Y. Xue J. Mol. Graphics Modell. 2009 28 236
80. R. Darnag E. L. MostaphaMazouz A. Schmitzer D. Villemin A. Jarid D. Cherqaoui Eur. J. Med. Chem. 2010 45 1590
81. H. Golmohammadi Z. Dashtbozorgi W. E. Acree Jr. Eur. J. Pharm. Sci. 2012 47 2 421
82. R. K. Prasoona A. Jyoti Y. Mukesh S. Nishant N. S. Anuraj J. Shobha Interdiscip. Sci. 2013 5 1 45
83. C. C. Chang C. J. Lin Training ν-support vector regression: Theory, algorithms Neural Comput. 2002 14 8 1959
84. Z. Shi X. H. Ma C. Qin J. Jia Y. Y. Jiang C. Y. Tan Y. Z. Chen J. Mol. Graphics Modell 2012 32 49
85. N. Segata E. Blanzieri Fast and scalable local kernel machines J. Mach. Learn. Res. 2012 11 1883
86. Z. Shi X. H. Ma C. Qin J. Jia Y. Y. Jiang C. Y. Tan Y. Z. Chen J. Mol. Graphics Modell 2012 32 49
87. C. C. Chang and C. J. Lin, LIBSVM: a library for support vector machines, 2001
88. M. Jalali-Heravi F. Parastar J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2000 40 147
89. A. L. Hopkins J. Ren J. Milton R. J. Hazen J. H. Chan D. I. Stuart D. K. Stammers J. Med. Chem. 2004 47 5912
90. S. Hannongbua L. Lawtrakul J. Limtrakul J. Comput. Aided Mol. Des. 1996 10 145
91. L. Lawtrakul C. Prakasvudhisarn Monatsh. Chem. 2005 136 1681