A network-based, integrative approach to identify genes with aberrant co-methylation in colorectal cancer

Molecular BioSystems

Volumn 10, Issue 2, 2014, Pages 180-190

  Li, Yongsheng ^a   Xu, Juan ^a   Ju, Huanyu ^a   Xiao, Yun ^a   Chen, Hong ^a   Lv, Junying ^a   Shao, Tingting ^a   Bai, Jing ^a   Zhang, Yunpeng ^a   Wang, Li ^a   Wang, Xishan ^b   Ren, Huan ^a   Li, Xia ^a  

^a HARBIN MEDICAL UNIVERSITY   (China)

^b THE SECOND AFFILIATED HOSPITAL OF HARBIN MEDICAL UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CCNA1 PROTEIN, HUMAN; CYCLIN A1; ESTROGEN RECEPTOR ALPHA; ESTROGEN RECEPTOR ALPHA, HUMAN;

ARTICLE; CELL SURVIVAL; COLORECTAL TUMOR; DNA METHYLATION; GENE SILENCING; GENETIC EPIGENESIS; GENETICS; GENOMICS; HCT116 CELL LINE; HT 29 CELL LINE; HUMAN; HUMAN GENOME; METABOLISM; METHODOLOGY; PATHOLOGY; PROMOTER REGION; REPRODUCIBILITY; TUMOR CELL LINE;

CELL LINE, TUMOR; CELL SURVIVAL; COLORECTAL NEOPLASMS; CYCLIN A1; DNA METHYLATION; EPIGENESIS, GENETIC; ESTROGEN RECEPTOR ALPHA; GENE SILENCING; GENOME, HUMAN; GENOMICS; HCT116 CELLS; HT29 CELLS; HUMANS; PROMOTER REGIONS, GENETIC; REPRODUCIBILITY OF RESULTS;

EID: 84891397152     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3mb70270g     Document Type: Article

References (54)

1. B. S. Taylor N. Schultz H. Hieronymus A. Gopalan Y. Xiao B. S. Carver V. K. Arora P. Kaushik E. Cerami B. Reva Y. Antipin N. Mitsiades T. Landers I. Dolgalev J. E. Major M. Wilson N. D. Socci A. E. Lash A. Heguy J. A. Eastham H. I. Scher V. E. Reuter P. T. Scardino C. Sander C. L. Sawyers W. L. Gerald Cancer Cell 2010 18 11 22
2. M. J. Fackler C. B. Umbricht D. Williams P. Argani L. A. Cruz V. F. Merino W. W. Teo Z. Zhang P. Huang K. Visvananthan J. Marks S. Ethier J. W. Gray A. C. Wolff L. M. Cope S. Sukumar Cancer Res. 2011 71 6195 6207
3. H. H. Cheung T. L. Lee O. M. Rennert W. Y. Chan Birth Defects Res., Part C 2009 87 335 350
4. P. M. Das R. Singal J. Clin. Oncol. 2004 22 4632 4642
5. J. Zhu X. Yao Int. J. Biochem. Cell Biol. 2009 41 147 154
6. H. Noushmehr D. J. Weisenberger K. Diefes H. S. Phillips K. Pujara B. P. Berman F. Pan C. E. Pelloski E. P. Sulman K. P. Bhat R. G. Verhaak K. A. Hoadley D. N. Hayes C. M. Perou H. K. Schmidt L. Ding R. K. Wilson D. Van Den Berg H. Shen H. Bengtsson P. Neuvial L. M. Cope J. Buckley J. G. Herman S. B. Baylin P. W. Laird K. Aldape Cancer Cell 2010 17 510 522
7. Y. Kobayashi D. M. Absher Z. G. Gulzar S. R. Young J. K. McKenney D. M. Peehl J. D. Brooks R. M. Myers G. Sherlock Genome Res. 2011 21 1017 1027
8. B. Stefanska J. Huang B. Bhattacharyya M. Suderman M. Hallett Z. G. Han M. Szyf Cancer Res. 2011 71 5891 5903
9. T. Hinoue D. J. Weisenberger C. P. Lange H. Shen H. M. Byun D. Van Den Berg S. Malik F. Pan H. Noushmehr C. M. van Dijk R. A. Tollenaar P. W. Laird Genome Res. 2012 22 271 282
10. Y. H. Kim H. C. Lee S. Y. Kim Y. I. Yeom K. J. Ryu B. H. Min D. H. Kim H. J. Son P. L. Rhee J. J. Kim J. C. Rhee H. C. Kim H. K. Chun W. M. Grady Y. S. Kim Ann. Surg. Oncol. 2012 18 2338 2347
11. S.-C. Wang A. Petronis DNA Methylation Microarrays: Experimental Design and Statistical Analysis 2008
12. Y. Li J. Zhu G. Tian N. Li Q. Li M. Ye H. Zheng J. Yu H. Wu J. Sun H. Zhang Q. Chen R. Luo M. Chen Y. He X. Jin Q. Zhang C. Yu G. Zhou Y. Huang H. Cao X. Zhou S. Guo X. Hu X. Li K. Kristiansen L. Bolund J. Xu W. Wang H. Yang J. Wang R. Li S. Beck X. Zhang PLoS Biol. 2010 8 e1000533
13. J. Frigola J. Song C. Stirzaker R. A. Hinshelwood M. A. Peinado S. J. Clark Nat. Genet. 2006 38 540 549
14. J. Mill T. Tang Z. Kaminsky T. Khare S. Yazdanpanah L. Bouchard P. Jia A. Assadzadeh J. Flanagan A. Schumacher S. C. Wang A. Petronis Am. J. Hum. Genet. 2008 82 696 711
15. R. Akulenko V. Helms Hum. Mol. Genet. 2013 10.1093/hmg/ddt158
16. J. Lim T. Hao C. Shaw A. J. Patel G. Szabo J. F. Rual C. J. Fisk N. Li A. Smolyar D. E. Hill A. L. Barabasi M. Vidal H. Y. Zoghbi Cell 2006 125 801 814
17. S. Aerts D. Lambrechts S. Maity P. Van Loo B. Coessens F. De Smet L. C. Tranchevent B. De Moor P. Marynen B. Hassan P. Carmeliet Y. Moreau Nat. Biotechnol. 2006 24 537 544
18. A. del Sol R. Balling L. Hood D. Galas Curr. Opin. Biotechnol. 2010 21 566 571
19. J. West S. Beck X. Wang A. E. Teschendorff Sci. Rep. 2013 3 1630
20. J. Kim L. Gao K. Tan PLoS One 2012 7 e52973
21. T. S. Keshava Prasad R. Goel K. Kandasamy S. Keerthikumar S. Kumar S. Mathivanan D. Telikicherla R. Raju B. Shafreen A. Venugopal L. Balakrishnan A. Marimuthu S. Banerjee D. S. Somanathan A. Sebastian S. Rani S. Ray C. J. Harrys Kishore S. Kanth M. Ahmed M. K. Kashyap R. Mohmood Y. L. Ramachandra V. Krishna B. A. Rahiman S. Mohan P. Ranganathan S. Ramabadran R. Chaerkady A. Pandey Nucleic Acids Res. 2009 37 D767 D772
22. A. Hamosh A. F. Scott J. S. Amberger C. A. Bocchini V. A. McKusick Nucleic Acids Res. 2005 33 D514 D517
23. P. A. Futreal L. Coin M. Marshall T. Down T. Hubbard R. Wooster N. Rahman M. R. Stratton Nat. Rev. Cancer 2004 4 177 183
24. M. Krawczak E. V. Ball I. Fenton P. D. Stenson S. Abeysinghe N. Thomas D. N. Cooper Hum. Mutat. 2000 15 45 51
25. J. O. Yang S. Hwang J. Oh J. Bhak T. K. Sohn BMC Bioinf. 2008 9 suppl. 12 S19
26. X. He S. Chang J. Zhang Q. Zhao H. Xiang K. Kusonmano L. Yang Z. S. Sun H. Yang J. Wang Nucleic Acids Res. 2008 36 D836 D841
27. M. Bibikova J. Le B. Barnes S. Saedinia-Melnyk L. Zhou R. Shen K. L. Gunderson Epigenomics 2009 1 177 200
28. Y. Benjamini Y. Hochberg J. R. Stat. Soc. 1995 57 289 300
29. A. P. Bradley Pattern Recogn. 1997 30 1145 1159
30. R. N. Jorissen P. Gibbs M. Christie S. Prakash L. Lipton J. Desai D. Kerr L. A. Aaltonen D. Arango M. Kruhoffer T. F. Orntoft C. L. Andersen M. Gruidl V. P. Kamath S. Eschrich T. J. Yeatman O. M. Sieber Clin. Cancer Res. 2009 15 7642 7651
31. J. J. Smith N. G. Deane F. Wu N. B. Merchant B. Zhang A. Jiang P. Lu J. C. Johnson C. Schmidt C. E. Bailey S. Eschrich C. Kis S. Levy M. K. Washington M. J. Heslin R. J. Coffey T. J. Yeatman Y. Shyr R. D. Beauchamp Gastroenterology 2010 138 958 968
32. L. C. Li R. Dahiya Bioinformatics 2002 18 1427 1431
33. L. D. Wood D. W. Parsons S. Jones J. Lin T. Sjoblom R. J. Leary D. Shen S. M. Boca T. Barber J. Ptak N. Silliman S. Szabo Z. Dezso V. Ustyanksky T. Nikolskaya Y. Nikolsky R. Karchin P. A. Wilson J. S. Kaminker Z. Zhang R. Croshaw J. Willis D. Dawson M. Shipitsin J. K. Willson S. Sukumar K. Polyak B. H. Park C. L. Pethiyagoda P. V. Pant D. G. Ballinger A. B. Sparks J. Hartigan D. R. Smith E. Suh N. Papadopoulos P. Buckhaults S. D. Markowitz G. Parmigiani K. W. Kinzler V. E. Velculescu B. Vogelstein Science 2007 318 1108 1113
34. H. T. Zhu J. Han L. Ma Aizheng 2008 27 654 660
35. C. Borner Mol. Immunol. 2003 39 615 647
36. A. L. Barabasi Z. N. Oltvai Nat. Rev. Genet. 2004 5 101 113
37. X. Wu Q. Liu R. Jiang Bioinformatics 2009 25 98 104
38. M. Oti H. G. Brunner Clin. Genet. 2007 71 1 11
39. H. Yu P. M. Kim E. Sprecher V. Trifonov M. Gerstein PLoS Comput. Biol. 2007 3 e59
40. H. Jeong S. P. Mason A. L. Barabasi Z. N. Oltvai Nature 2001 411 41 42
41. J. D. Han N. Bertin T. Hao D. S. Goldberg G. F. Berriz L. V. Zhang D. Dupuy A. J. Walhout M. E. Cusick F. P. Roth M. Vidal Nature 2004 430 88 93
42. R. Albert H. Jeong A. L. Barabasi Nature 2000 406 378 382
43. Y. Tokumaru K. Yamashita M. Osada S. Nomoto D. I. Sun Y. Xiao M. O. Hoque W. H. Westra J. A. Califano D. Sidransky Cancer Res. 2004 64 5982 5987
44. C. X. Deng Nucleic Acids Res. 2006 34 1416 1426
45. G. Bindea B. Mlecnik H. Hackl P. Charoentong M. Tosolini A. Kirilovsky W. H. Fridman F. Pages Z. Trajanoski J. Galon Bioinformatics 2009 25 1091 1093
46. Y. Zhao T. Zhou A. Li H. Yao F. He L. Wang J. Si Anat. Rec. 2009 292 692 700
47. G. W. McLean N. O. Carragher E. Avizienyte J. Evans V. G. Brunton M. C. Frame Nat. Rev. Cancer 2005 5 505 515
48. S. Biswas P. Trobridge J. Romero-Gallo D. Billheimer L. L. Myeroff J. K. Willson S. D. Markowitz W. M. Grady Genes, Chromosomes Cancer 2008 47 95 106
49. T. J. Hudson W. Anderson A. Artez A. D. Barker C. Bell R. R. Bernabe M. K. Bhan F. Calvo I. Eerola D. S. Gerhard A. Guttmacher M. Guyer F. M. Hemsley J. L. Jennings D. Kerr P. Klatt P. Kolar J. Kusada D. P. Lane F. Laplace L. Youyong G. Nettekoven B. Ozenberger J. Peterson T. S. Rao J. Remacle A. J. Schafer T. Shibata M. R. Stratton J. G. Vockley K. Watanabe H. Yang M. M. Yuen B. M. Knoppers M. Bobrow A. Cambon-Thomsen L. G. Dressler S. O. Dyke Y. Joly K. Kato K. L. Kennedy P. Nicolas M. J. Parker E. Rial-Sebbag C. M. Romeo-Casabona K. M. Shaw S. Wallace G. L. Wiesner N. Zeps P. Lichter A. V. Biankin C. Chabannon L. Chin B. Clement E. de Alava F. Degos M. L. Ferguson P. Geary D. N. Hayes A. L. Johns A. Kasprzyk H. Nakagawa R. Penny M. A. Piris R. Sarin A. Scarpa M. van de Vijver P. A. Futreal H. Aburatani M. Bayes D. D. Botwell P. J. Campbell X. Estivill S. M. Grimmond I. Gut M. Hirst C. Lopez-Otin P. Majumder M. Marra J. D. McPherson Z. Ning X. S. Puente Y. Ruan H. G. Stunnenberg H. Swerdlow V. E. Velculescu R. K. Wilson H. H. Xue L. Yang P. T. Spellman G. D. Bader P. C. Boutros P. Flicek G. Getz R. Guigo G. Guo D. Haussler S. Heath T. J. Hubbard T. Jiang S. M. Jones Q. Li N. Lopez-Bigas R. Luo L. Muthuswamy B. F. Ouellette J. V. Pearson V. Quesada B. J. Raphael C. Sander T. P. Speed L. D. Stein J. M. Stuart J. W. Teague Y. Totoki T. Tsunoda A. Valencia D. A. Wheeler H. Wu S. Zhao G. Zhou M. Lathrop G. Thomas T. Yoshida M. Axton C. Gunter L. J. Miller J. Zhang S. A. Haider J. Wang C. K. Yung A. Cros Y. Liang S. Gnaneshan J. Guberman J. Hsu D. R. Chalmers K. W. Hasel T. S. Kaan W. W. Lowrance T. Masui L. L. Rodriguez C. Vergely D. D. Bowtell N. Cloonan A. deFazio J. R. Eshleman D. Etemadmoghadam B. B. Gardiner J. G. Kench R. L. Sutherland M. A. Tempero N. J. Waddell P. J. Wilson S. Gallinger M. S. Tsao P. A. Shaw G. M. Petersen D. Mukhopadhyay R. A. DePinho S. Thayer K. Shazand T. Beck M. Sam L. Timms V. Ballin Y. Lu J. Ji X. Zhang F. Chen X. Hu Q. Yang G. Tian L. Zhang X. Xing X. Li Z. Zhu Y. Yu J. Yu J. Tost P. Brennan I. Holcatova D. Zaridze A. Brazma L. Egevard E. Prokhortchouk R. E. Banks M. Uhlen J. Viksna F. Ponten K. Skryabin E. Birney A. Borg A. L. Borresen-Dale C. Caldas J. A. Foekens S. Martin J. S. Reis-Filho A. L. Richardson C. Sotiriou G. Thoms L. van't Veer D. Birnbaum H. Blanche P. Boucher S. Boyault J. D. Masson-Jacquemier I. Pauporte X. Pivot A. Vincent-Salomon E. Tabone C. Theillet I. Treilleux P. Bioulac-Sage T. Decaens D. Franco M. Gut D. Samuel J. Zucman-Rossi R. Eils B. Brors J. O. Korbel A. Korshunov P. Landgraf H. Lehrach S. Pfister B. Radlwimmer G. Reifenberger M. D. Taylor C. von Kalle P. P. Majumder P. Pederzoli R. A. Lawlor M. Delledonne A. Bardelli T. Gress D. Klimstra G. Zamboni Y. Nakamura S. Miyano A. Fujimoto E. Campo S. de Sanjose E. Montserrat M. Gonzalez-Diaz P. Jares H. Himmelbauer S. Bea S. Aparicio D. F. Easton F. S. Collins C. C. Compton E. S. Lander W. Burke A. R. Green S. R. Hamilton O. P. Kallioniemi T. J. Ley E. T. Liu B. J. Wainwright Nature 2010 464 993 998
50. T. J. Freeman J. J. Smith X. Chen M. K. Washington J. T. Roland A. L. Means S. A. Eschrich T. J. Yeatman N. G. Deane R. D. Beauchamp Gastroenterology 2012 142 562 571
51. J. P. Issa Y. L. Ottaviano P. Celano S. R. Hamilton N. E. Davidson S. B. Baylin Nat. Genet. 1994 7 536 540
52. N. Kitkumthorn P. Yanatatsanajit S. Kiatpongsan C. Phokaew S. Triratanachat P. Trivijitsilp W. Termrungruanglert D. Tresukosol S. Niruthisard A. Mutirangura BMC Cancer 2006 6 55
53. B. Zhang C. Gaiteri L. G. Bodea Z. Wang J. McElwee A. A. Podtelezhnikov C. Zhang T. Xie L. Tran R. Dobrin E. Fluder B. Clurman S. Melquist M. Narayanan C. Suver H. Shah M. Mahajan T. Gillis J. Mysore M. E. MacDonald J. R. Lamb D. A. Bennett C. Molony D. J. Stone V. Gudnason A. J. Myers E. E. Schadt H. Neumann J. Zhu V. Emilsson Cell 2013 153 707 720
54. D. Kvitsiani S. Ranade B. Hangya H. Taniguchi J. Z. Huang A. Kepecs Nature 2013 498 363 366