Conformational dynamics of the partially disordered yeast transcription factor GCN4

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 11, 2013, Pages 5190-5200

  Robustelli, Paul ^a   Trbovic, Nikola ^a   Friesner, Richard A ^a   Palmer, Arthur G ^a  

^a Och Spine at New York Presbyterian Hospitals   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84887831600     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct400654r     Document Type: Article

References (72)

1. Dunker, A. K.; Brown, C. J.; Lawson, J. D.; Iakoucheva, L. M.; Obradović, Z. Biochemistry 2002, 41, 6573
2. Tompa, P. Curr. Opin. Struct. Biol. 2011, 21, 419
3. Dyson, H. J.; Wright, P. E. Nature Rev. Mol. Cell. Biol. 2005, 6, 197
4. Dunker, A. K.; Silman, I.; Uversky, V. N.; Sussman, J. L. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 756
5. Chiti, F.; Dobson, C. M. Annu. Rev. Biochem. 2006, 75, 333
6. Luheshi, L. M.; Crowther, D. C.; Dobson, C. M. Curr. Opin. Chem. Bio.l 2008, 12, 25
7. Marsh, J. A.; Teichmann, S. A.; Forman-Kay, J. D. Curr. Opin. Struct. Biol. 2012, 22, 643
8. Wright, P. E.; Dyson, H. J. Curr. Opin. Struct. Biol. 2009, 19, 31
9. Espinoza-Fonseca, L. M. Biochem. Biophys. Re.s Commun. 2009, 382, 479
10. Eliezer, D. Curr. Opin. Struct. Biol. 2009, 19, 23
11. Mittag, T.; Forman-Kay, J. D. Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 3
12. Fuxreiter, M.; Simon, I.; Friedrich, P.; Tompa, P. J. Mol. Biol. 2004, 338, 1015
13. Csermely, P.; Palotai, R.; Nussinov, R. Trends. Biochem. Sci. 2010, 35, 539
14. Miloushev, V. Z.; Bahna, F.; Ciatto, C.; Ahlsen, G.; Honig, B.; Shapiro, L.; Palmer, A. G. Structure 2008, 16, 1195
15. Vogt, A. D.; Di Cera, E. Biochemistry 2012, 51, 5894
16. Hammes, G. G.; Chang, Y. C.; Oas, T. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 13737
17. Jensen, M. R.; Ruigrok, R. W.; Blackledge, M. Curr. Opin. Struct. Biol. 2013, 23, 426
18. Allison, J. R.; Varnai, P.; Dobson, C. M.; Vendruscolo, M. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 18314
19. Jensen, M. R.; Salmon, L.; Nodet, G.; Blackledge, M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1270
20. Ozenne, V.; Schneider, R.; Yao, M.; Huang, J.-r.; Salmon, L.; Zweckstetter, M.; Jensen, M. R.; Blackledge, M. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 15138
21. Krzeminski, M.; Marsh, J. A.; Neale, C.; Choy, W.-Y.; Forman-Kay, J. D. Bioinformatics 2013, 29, 398
22. Fisher, C. K.;; Ullman, O.;; Stultz, C. M. Efficient Construction of Disordered Protein Ensembles in a Bayesian Framework with Optimal Selection of Conformations. Pacific Symposium on Biocomputing, Oahu, Hawaii, Jan 3-7, 2012; p 82.
23. Lindorff-Larsen, K.; Trbovic, N.; Maragakis, P.; Piana, S.; Shaw, D. E. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 3787
24. Knott, M.; Best, R. B. PLoS Comput Biol 2012, 8, e1002605
25. Miller, M. Curr. Protein. Pept. Sci. 2009, 10, 244
26. Ellenberger, T. E.; Brandl, C. J.; Struhl, K.; Harrison, S. C. Cell 1992, 71, 1223
27. Bracken, C.; Carr, P. A.; Cavanagh, J.; Palmer, R. A. G. J. Mol. Biol. 1999, 285, 2133
28. Weiss, M. A.; Ellenberger, T.; Wobbe, C. R.; Lee, J. P.; Harrison, S. C.; Struhl, K. Nature 1990, 347, 575
29. Saudek, V.; Pastore, A.; Castiglione Morelli, M. A.; Frank, R.; Gausepohl, H.; Gibson, T.; Weih, F.; Roesch, P. Protein Eng. 1990, 4, 3
30. Markwick, P. R. L.; Cervantes, C. F.; Abel, B. L.; Komives, E. A.; Blackledge, M.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1220
31. Li, D.-W.; Bruschweiler, R. J. Phys. Chem. Lett. 2009, 1, 246
32. Robustelli, P.; Stafford, K. A.; Palmer, A. G. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 6365
33. Hollenbeck, J. J.; Gurnon, D. G.; Fazio, G. C.; Carlson, J. J.; Oakley, M. G. Biochemistry 2001, 40, 13833
34. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins 2006, 65, 712
35. Jorgensen, W. J.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
36. MacKerell, A. D. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586
37. Hollenbeck, J. J.; McClain, D. L.; Oakley, M. G. Protein Sci. 2002, 11, 2740
38. Cukier, R. I. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 6071
39. Zeiske, T.; Stafford, K. A.; Friesner, R. A.; Palmer, A. G. Proteins 2013, 81, 499
40. Shen, Y.; Bax, A. J. Biomol. NMR 2010, 48, 13
41. Han, B.; Liu, Y.; Ginzinger, S. W.; Wishart, D. S. J. Biomol. NMR 2011, 50, 43
42. Tamiola, K.; Mulder, F. A. A. Biochem. Soc. Trans. 2012, 40, 1014
43. Wood, G. P. F.; Rothlisberger, U. J. Chem. Theory. Comput. 2011, 7, 1552
44. Wong, V.; Case, D. A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6013
45. Maragakis, P.; Lindorff-Larsen, K.; Eastwood, M. P.; Dror, R. O.; Klepeis, J. L.; Arkin, I. T.; Jensen, M. Ø.; Xu, H.; Trbovic, N.; Friesner, R. A.; Iii, A. G. P.; Shaw, D. E. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6155
46. Shirts, M. R.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2005, 122, 134508
47. Best, R. B.; Mittal, J. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 14916
48. Best, R. B.; Mittal, J. Proteins 2011, 79, 1318
49. Takemura, K.; Kitao, A. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 6279
50. Lipari, G.; Szabo, A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4546
51. Lipari, G.; Szabo, A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4559
52. Trbovic, N.; Kim, B.; Friesner, R. A.; Palmer, A. G. Proteins 2008, 71, 684
53. Schurr, J. M.; Babcock, H. P.; Fujimoto, B. S. J. Magn. Reson. B. 1994, 105, 211
54. Palmer, A. G. Chem. Rev. 2004, 104, 3623
55. Prompers, J. J.; Brüschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 4522
56. Berger, C.; Piubelli, L.; Haditsch, U.; Bosshard, H. R. FEBS Lett. 1998, 425, 14
57. Kohler, J. J.; Metallo, S. J.; Schneider, T. L.; Schepartz, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 11735
58. Metallo, S. J.; Schepartz, A. Chem. Biol. 1994, 1, 143
59. Drysdale, C. M.; Duenas, E.; Jackson, B. M.; Reusser, U.; Braus, G. H.; Hinnebusch, A. G. Mol. Cell. Biol. 1995, 15, 1220
60. Liu, J. G.; Perumal, N. B.; Oldfield, C. J.; Su, E. W.; Uversky, V. N.; Dunker, A. K. Biochemistry 2006, 45, 6873
61. Camilloni, C.; De Simone, A.; Vranken, W. F.; Vendruscolo, M. Biochemistry 2012, 51, 2224
62. Kim, E.; Lee, S.; Jeon, A.; Choi, J. M.; Lee, H. S.; Hohng, S.; Kim, H. S. Nat. Chem. Bio. 2013, 9, 313
63. Banks, J. L.; Beard, H. S.; Cao, Y. X.; Cho, A. E.; Damm, W.; Farid, R.; Felts, A. K.; Halgren, T. A.; Mainz, D. T.; Maple, J. R.; Murphy, R.; Philipp, D. M.; Repasky, M. P.; Zhang, L. Y.; Berne, B. J.; Friesner, R. A.; Gallicchio, E.; Levy, R. M. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1752
64. Bowers, K. J.; Chow, E.; Xu, H.; Dror, R. O.; Eastwood, M. P.; Gregersen, B. A.; Klepeis, J. L.; Kolossvary, I.; Moraes, M. A.; Sacerdoti, F. D.; Salmon, J. K.; Shan, Y.; Shaw, D. E. Scalable Algorithms for Molecular Dynamics Simulations on Commodity Clusters. In Proceedings of the 2006 ACM/IEEE Conference on Supercomputing (SC06), Tampa, FL, Nov 11-17; ACM Press: New York, 2006.
65. Cheatham, T. E.; Miller, J. L.; Fox, T.; Darden, T. A.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4193
66. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089
67. York, D. M.; Darden, T. A.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1993, 99, 8345
68. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phy.s 1977, 23, 327
69. Tuckerman, M.; Berne, B. J.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 1992, 97, 1990
70. Palmer, A. G. Chem. Rev. 2004, 104, 3623
71. Chandrasekhar, I.; Clore, G. M.; Szabo, A.; Gronenborn, A. M.; Brooks, B. R. J. Mol. Biol. 1992, 226, 239
72. Agresti, A. Categorical Data Analysis, 2 nd ed.; Wiley-Interscience: Hoboken, NJ, 2002.