Secondary structure assignment of amyloid-β peptide using chemical shifts

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 7, Issue 5, 2011, Pages 1552-1563

  Wood, Geoffrey P F ^a   Rothlisberger, Ursula ^a  

^a EPFL   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 79955924937     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct200156e     Document Type: Article

References (68)

1. Selkoe, D. J. Physiol. Rev. 2001, 81, 741-766
2. Hardy, J.; Selkoe, D. J. Science 2002, 297, 353-356
3. Shoji, M.; Golde, T. E.; Ghiso, J.; Cheung, T. T.; Estus, S.; Shaffer, L. M.; Cai, X. D.; McKay, D. M.; Tintner, R.; Frangione, B.; Younkin, S. G. Science 1992, 258, 126-129
4. Selkoe, D. J. Trends Cell Biol. 1998, 8, 447-453
5. Kang, J.; Lemaire, H. G.; Unterbeck, A.; Salbaum, J. M.; Masters, C. L.; Grzeschik, K. H.; Multhaup, G.; Beyreuther, K.; Mullerhill, B. Nature 1987, 325, 733-736
6. Gregory, G. C.; Halliday, G. M. Neurotox. Res. 2005, 7, 29-41
7. Lambert, M. P.; Barlow, A. K.; Chromy, B. A.; Edwards, C.; Freed, R.; Liosatos, M.; Morgan, T. E.; Rozovsky, I.; Trommer, B.; Viola, K. L.; Wals, P.; Zhang, C.; Finch, C. E.; Krafft, G. A.; Klein, W. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 6448-6453
8. Walsh, D. M.; Hartley, D. M.; Kusumoto, Y.; Fezoui, Y.; Condron, M. M.; Lomakin, A.; Benedek, G. B.; Selkoe, D. J.; Teplow, D. B. J. Biol. Chem. 1999, 274, 25945-25952
9. Hartley, D. M.; Walsh, D. M.; Ye, C. P.; Deihl, T. D.; Vasquez, S.; Vassilev, P. M.; Teplow, D. B.; Selkoe, D. J. J. Neurosci. 1999, 19, 8876-8884
10. Barrow, C. J.; Zagorski, M. G. Science 1991, 253, 179-182
11. Shao, H. Y.; Jao, S. C.; Ma, K.; Zagorski, M. G. J. Mol. Biol. 1999, 285, 755-773
12. Ma, K.; Clancy, E. L.; Zhang, Y. B.; Ray, D. G.; Wollenberg, K.; Zagorski, M. G. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8698-8706
13. Crescenzi, O.; Tomaselli, S.; Guerrini, R.; Salvadori, S.; D'Ursi, A. M.; Temussi, P. A.; Picone, D. Eur. J. Biochem. 2002, 269, 5642-5648
14. Tomaselli, S.; Esposito, V.; Vangone, P.; van Nuland, N.A. J.; Bonvin, A. M. J. J.; Guerrini, R.; Tancredi, T.; Temussi, P. A.; Picone, D. Chembiochem 2006, 7, 257-267
15. Petkova, A. T.; Ishii, Y.; Balbach, J. J.; Antzutkin, O. N.; Leapman, R. D.; Delaglio, F.; Tycko, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 16742-16747
16. Hou, L. M.; Shao, H. Y.; Zhang, Y. B.; Li, H.; Menon, N. K.; Neuhaus, E. B.; Brewer, J. M.; Byeon, I. J. L.; Ray, D. G.; Vitek, M. P.; Iwashita, T.; Makula, R. A.; Przybyla, A. B.; Zagorski, M. G. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1992-2005
17. Danielsson, J.; Jarvet, J.; Damberg, P.; Graslund, A. FEBS J. 2005, 272, 3938-3949
18. Kirkitadze, M. D.; Condron, M. M.; Teplow, D. B. J. Mol. Biol. 2001, 312, 1103-1119
19. Bitan, G.; Kirkitadze, M. D.; Lomakin, A.; Vollers, S. S.; Benedek, G. B.; Teplow, D. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 330-335
20. Lee, J. P.; Stimson, E. R.; Ghilardi, J. R.; Mantyh, P. W.; Lu, Y. A.; Felix, A. M.; Llanos, W.; Behbin, A.; Cummings, M.; Vancriekinge, M.; Timms, W.; Maggio, J. E. Biochemistry 1995, 34, 5191-5200
21. Zhang, S.; Iwata, K.; Lachenmann, M. J.; Peng, J. W.; Li, S.; Stimson, E. R.; Lu, Y.; Felix, A. M.; Maggio, J. E.; Lee, J. P. J. Struct. Biol. 2000, 130, 130-141
22. Wishart, D. S.; Sykes, B. D.; Richards, F. M. Biochemistry 1992, 31, 1647-1651
23. Dalgarno, D. C.; Levine, B. A.; Williams, R. J. P. Biosci. Rep. 1983, 3, 443-452
24. Deslauriers, R.; Smith, I. C. P. In Topics in Carbon-13 NMR Spectroscopy; Levy, G. C., Eds.; John Wiley & Sons: New York, 1976; Vol 2, pp 1-80.
25. Szilagyi, L. Proc. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 1995, 27, 325-443
26. Raffa, D. F.; Rauk, A. J. Phys. Chem B 2007, 111, 3789-3799
27. Sgourakis, N. G.; Yan, Y.; McCallum, S. A.; Wang, C.; Garcia, A. E. J. Mol. Biol. 2007, 368, 1448-1457
28. Yang, M. F.; Teplow, D. B. J. Mol. Biol. 2008, 384, 450-464
29. Takeda, T.; Klimov, D. K. J. Phys. Chem B 2009, 113, 6692-6702
30. Vitalis, A.; Caflisch, A. J. Mol. Biol. 2010, 403, 148-165
31. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins 2006, 65, 712-725
32. Ferrara, P.; Apostolakis, J.; Caflisch, A. Proteins: Struct. Funct. Bioinf. 2002, 46, 24-33
33. Trzesniak, D.; Glattli, A.; Bernhard Jaun, B.; van Gunsteren, W. F. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 14320-14329
34. Glattli, A.; van Gunsteren, W. F. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2004, 43, 6312-6312
35. van Gunsteren, W. F.; Dolenc, J.; Mark, A. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 149-153
36. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141-151
37. Sanbonmatsu, K. Y.; Garcia, A. E. Proteins: Struct. Funct. Bioinform. 2002, 46, 225-234
38. Rathore, N.; Chopra, M.; de Pablo, J. J. J. Chem. Phys. 2005, 122, 024111
39. Fukunishi, H.; Watanabe, O.; Takada, S. J. Chem. Phys. 2002, 116, 9058-9067
40. Hritz, J.; Oostenbrink, C. J. Chem. Phys. 2008, 128, 144121
41. Sugita, Y.; Kitao, A.; Okamoto, Y. J. Chem. Phys. 2000, 113, 6042-6051
42. Okur, A.; Roe, D. R.; Cui, G. L.; Hornak, V.; Simmerling, C. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 557-568
43. Roitberg, A. E.; Okur, A.; Simmerling, C. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 2415-2418
44. Okur, A.; Wickstrom, L.; Layten, M.; Geney, R.; Song, K.; Hornak, V.; Simmerling, C. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 420-433
45. Okur, A.; Wickstrom, L.; Simmerling, C. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 488-498
46. Temperature generator for REMD-simulations. http://folding.bmc.uu.se/ remd/index.php (accessed March, 2008).
47. Patriksson, A.; van der Spoel, D. Phys. Chem. Chem, Phys. 2008, 10, 2073-2077
48. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P.; Kollman, P. A. AMBER 9; University of California: San Francisco, CA, 2006.
49. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J. M.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999-2012
50. Wang, T.; Wade, R. C. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 140-148
51. Li, H.; Robertson, A. D.; Jensen, J. H. Proteins 2005, 61, 704-721
52. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 372-341
53. Although the sampling frequencies for the two simulations are different (2 ps versus 12 ps), the figure does not change significantly if the number of configurations is adjusted to reflect equal sampling frequencies (12 ps). The total number of configurations (∼80-000) is kept in this analysis for purposes of clarity.
54. Osapay, K.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 9436-9444
55. Xu, X. P.; Case, D. A. J. Biomol. NMR 2001, 21, 321-333
56. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne., P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235-242
57. Wishart, D. S.; Case, D. A. Methods Enzymol. 2001, 338, 3-34
58. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers. 1983, 22, 2577-2637
59. Braun, D.; Wider, G.; Wuthrich, K. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 8466-8469
60. Merutka, G.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. J. Biomol. NMR 1995, 5, 14-24
61. Wishart, D. S.; Bigam, A.; Holm, R. S.; Sykes, B. D. Biomol. NMR 1995, 5, 67-81
62. Beck, D. A. C.; Alonso, D. O. V.; Inoyama, D.; Daggett, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 2008, 105, 12259-12264
63. Ting, D.; Wang, G. L.; Shapovalov, M.; Mitra, R.; Jordan, M. I.; Dunbrack, R. L. PLOS Comput. Biol. 2010, 6, e1000763
64. Smith, L. J.; Fiebig, K. M.; Schwalbe, H.; Dobson, C. M. Curr. Biol. 1996, 1, R96-R106
65. Wasylishen, R. E.; Tomlinson, G. Biochem. J. 1975, 147, 605-607
66. Wang, L. Y.; Eghbalnia, H. R.; Markley, J. L. J. Biomol. NMR 2006, 35, 155-165
67. Frishman, D; Argos, P. Proteins 1995, 23, 566-579
68. We do not include the first and last residues in this calculation because the Ramachandran angles are not defined for these residues.