Water model tuning for improved reproduction of rotational diffusion and NMR spectral density

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 22, 2012, Pages 6279-6287

  Takemura, Kazuhiro ^a,b   Kitao, Akio ^a,c  

^a UNIVERSITY OF TOKYO   (Japan)

^b NATIONAL INSTITUTES OF NATURAL SCIENCES   (Japan)

^c JAPAN SCIENCE AND TECHNOLOGY AGENCY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDES; BOND LENGTH; DIFFUSION IN SOLIDS; PROTEINS;

AMIDE BOND; BARSTAR; BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITORS; CORRELATION TIME; EXPERIMENTAL VALUES; MAIN CHAINS; MOLECULAR SIMULATIONS; PROTEIN G; PURE WATER; ROOM TEMPERATURE; ROTATIONAL DIFFUSION; SITE-SPECIFIC; SPC/E MODEL; TEMPERATURE DEPENDENT; UBIQUITIN; WATER MODELS;

SPECTRAL DENSITY;

EID: 84861844002     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp301100g     Document Type: Article

References (44)

1. Lipari, G.; Szabo, A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4559
2. Lipari, G.; Szabo, A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4546
3. Nederveen, A. J.; Bonvin, A. M. J. J. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 363
4. Showalter, S. A.; Brüschweiler, R. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 961
5. Pfeiffer, S.; Fushman, D.; Cowburn, D. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3021
6. Takemura, K.; Kitao, A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 11870
7. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Hermans, J. In Intermolecular Forces; Pullman, B., Ed.; Reidel: Dordrecht, The Netherlands, 1981; p 331.
8. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269
9. Wu, Y.; Tepper, H. L.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2006, 124, 024503
10. Dunweg, B.; Kremer, K. J. Chem. Phys. 1993, 99, 6983
11. Yeh, I. C.; Hummer, G. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 15873
12. Lynden-Bell, R. M. J. Phys.: Condens. Matter 2010, 22, 284107
13. Bergman, D. L.; Lynden-Bell, R. M. Mol. Phys. 2001, 99, 1011
14. Chatterjee, S.; Debenedetti, P. G.; Stillinger, F. H.; Lynden-Bell, R. M. J. Chem. Phys. 2008, 128, 124511
15. Höchtl, P.; Boresch, S.; Bitomsky, W.; Steinhauser, O. J. Chem. Phys. 1998, 109, 4927
16. Smith, P. E.; van Gunsteren, W. F. J. Mol. Biol. 1994, 236, 629
17. Horn, H. W.; Swope, W. C.; Pitera, J. W.; Madura, J. D.; Dick, T. J.; Hura, G. L.; Head-Gordon, T. J. Chem. Phys. 2004, 120, 9665
18. Glättli, A.; Daura, X.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 2002, 116, 9811
19. Motakabbir, K. A.; Berkowitz, M. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8359
20. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins 2006, 65, 712
21. Tjandra, N.; Feller, S. E.; Pastor, R. W.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 12562
22. Lee, A. L.; Wand, A. J. J. Biomol. NMR 1999, 13, 101
23. Peng, J. W.; Wagner, G. Biochemistry (Moscow) 1992, 31, 8571
24. Peng, J. W.; Wagner, G. J. Magn. Reson. 1992, 98, 308
25. Lefèvre, J. F.; Dayie, K. T.; Peng, J. W.; Wagner, G. Biochemistry (Moscow) 1996, 35, 2674
26. Idiyatullin, D.; Nesmelova, I.; Daragan, V. A.; Mayo, K. H. J. Mol. Biol. 2003, 325, 149
27. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., I. I. I.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossvary, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Kollman, P. A. AMBER 10; University of California: San Francisco, CA, 2008.
28. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
29. Wong, V.; Case, D. A. J. Phys. Chem. B 2007, 112, 6013
30. Holz, M.; Heil, S. R.; Sacco, A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 4740
31. Vandermaarel, J. R. C.; Lankhorst, D.; Debleijser, J.; Leyte, J. C. Chem. Phys. Lett. 1985, 122, 541
32. Ludwig, R. Chem. Phys. 1995, 195, 329
33. Wagner, W.; Pruss, A. J. Phys. Chem. Ref. Data 2002, 31, 387
34. Kell, G. S. J. Chem. Eng. Data 1975, 20, 97
35. Fernandez, D. P.; Goodwin, A. R. H.; Lemmon, E. W.; Sengers, J. M. H. L.; Williams, R. C. J. Phys. Chem. Ref. Data 1997, 26, 1125
36. Cornilescu, G.; Marquardt, J. L.; Ottiger, M.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 6836
37. Berndt, K. D.; Guntert, P.; Orbons, L. P. M.; Wuthrich, K. J. Mol. Biol. 1992, 227, 757
38. Beeser, S. A.; Goldenberg, D. P.; Oas, T. G. J. Mol. Biol. 1997, 269, 154
39. Gronenborn, A. M.; Filpula, D. R.; Essig, N. Z.; Achari, A.; Whitlow, M.; Wingfield, P. T.; Clore, G. M. Science 1991, 253, 657
40. Barchi, J. J.; Grasberger, B.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. Protein Sci. 1994, 3, 15
41. Wong, K. B.; Fersht, A. R.; Freund, S. M. J. Mol. Biol. 1997, 268, 494
42. Hall, J. B.; Fushman, D. J. Biomol. NMR 2003, 27, 261
43. Li, D. W.; Brüschweiler, R. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2010, 49, 6778
44. Li, D. W.; Brüschweiler, R. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1773