Activity-based protein profiling of secreted cellulolytic enzyme activity dynamics in Trichoderma reesei QM6a, NG14, and RUT-C30

Molecular BioSystems

Volumn 9, Issue 12, 2013, Pages 2992-3000

  Anderson, Lindsey N ^a   Culley, David E ^a   Hofstad, Beth A ^a   Chauvigné Hines, Lacie M ^a   Zink, Erika M ^a   Purvine, Samuel O ^a   Smith, Richard D ^a   Callister, Stephen J ^a   Magnuson, Jon M ^a   Wright, Aaron T ^a  

^a PACIFIC NORTHWEST NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

FUNGAL PROTEIN; GLUCOSE; GLYCOSIDASE; LIGNIN; LIGNOCELLULOSE;

BIOCHEMISTRY; CLASSIFICATION; ENZYMOLOGY; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; PH; PROCEDURES; PROTEOMICS; SECRETION (PROCESS); TEMPERATURE; TRICHODERMA;

BIOCHEMICAL PROCESSES; FUNGAL PROTEINS; GLUCOSE; GLYCOSIDE HYDROLASES; HYDROGEN-ION CONCENTRATION; LIGNIN; MASS SPECTROMETRY; PROTEOMICS; TEMPERATURE; TRICHODERMA;

EID: 84887127492     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3mb70333a     Document Type: Article

References (46)

1. C. N. Hamelinck G. van Hooijdonk A. P. C. Faaij Biomass Bioenergy 2005 28 4 384 410
2. T. Hasunuma A. Rondo Biotechnol. Adv. 2012 30 6 1207 1218
3. A. Margeot B. Hahn-Hagerdal M. Edlund R. Slade F. Monot Curr. Opin. Biotechnol. 2009 20 3 372 380
4. E. M. Rubin Nature 2008 454 841 845
5. A. K. Chandel G. Chandrasekhar M. B. Silva S. S. da Silva Crit. Rev. Biotechnol. 2012 32 3 187 202
6. Y. H. P. Zhang L. R. Lynd Biotechnol. Bioeng. 2004 88 7 797 824
7. M. E. Himmel Science 2007 316 982
8. D. G. Olson J. E. McBride A. J. Shaw L. R. Lynd Curr. Opin. Biotechnol. 2012 23 3 396 405
9. H. Bouws A. Wattenberg H. Zorn Appl. Microbiol. Biotechnol. 2008 80 3 381 388
10. A. Schuster M. Schmoll Appl. Microbiol. Biotechnol. 2010 87 3 787 799
11. D. Martinez R. M. Berka B. Henrissat M. Saloheimo M. Arvas S. E. Baker J. Chapman O. Chertkov P. M. Coutinho D. Cullen E. G. J. Danchin I. V. Grigoriev P. Harris M. Jackson C. P. Kubicek C. S. Han I. Ho L. F. Larrondo A. L. de Leon J. K. Magnuson S. Merino M. Misra B. Nelson N. Putnam B. Robbertse A. A. Salamov M. Schmoll A. Terry N. Thayer A. Westerholm-Parvinen C. L. Schoch J. Yao R. Barabote M. A. Nelson C. Detter D. Bruce C. R. Kuske G. Xie P. Richardson D. S. Rokhsar S. M. Lucas E. M. Rubin N. Dunn-Coleman M. Ward T. S. Brettin Nat. Biotechnol. 2008 26 10 1193
12. E. T. Reese Biotechnol. Bioeng. 1976 9 20
13. E. T. Reese Biotechnol. Bioeng. 1976 91 93
14. R. Peterson H. Nevalainen Microbiology 2012 158 58 68
15. S. Le Crom W. Schackwitz L. Pennacchio J. K. Magnuson D. E. Culley J. R. Collett J. Martin I. S. Druzhinina H. Mathis F. Monot B. Seiboth B. Cherry M. Rey R. Berka C. P. Kubicek S. E. Baker A. Margeot Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 38 16151 16156
16. T. Juhasz Z. Szengyel K. Reczey M. Siika-Aho L. Viikari Process Biochem. 2005 40 11 3519 3525
17. S. S. Adav A. Ravindran L. T. Chao L. Tan S. Singh S. K. Sze J. Proteome Res. 2011 10 10 4579 4596
18. S. S. Adav L. T. Chao S. K. Sze Mol. Cell. Proteomics 2012 11 7 10.1074/mcp.M111.012419
19. S. P. S. Chundawat M. S. Lipton S. O. Purvine N. Uppugundla D. H. Gao V. Balan B. E. Dale J. Proteome Res. 2011 10 10 4365 4372
20. D. H. Gao S. P. S. Chundawat N. Uppugundla V. Balan B. E. Dale Biotechnol. Bioeng. 2011 108 8 1788 1800
21. H. Jorgensen J. P. Kutter L. Olsson Anal. Biochem. 2003 317 1 85 93
22. M. Klingeberg K. D. Vorlop G. Antranikian Appl. Microbiol. Biotechnol. 1990 33 5 494 500
23. T. B. Vinzant W. S. Adney S. R. Decker J. O. Baker M. T. Kinter N. E. Sherman J. W. Fox M. E. Himmel Appl. Biochem. Biotechnol. 2001 91-93 99 107
24. A. V. Markov A. V. Gusakov E. G. Kondratyeva O. N. Okunev A. O. Bekkarevich A. P. Sinitsyn Biochemistry 2005 70 6 657 663
25. M. A. Kabel M. J. E. C. van der Maarel G. Klip A. G. J. Voragen H. A. Schols Biotechnol. Bioeng. 2006 93 1 56 63
26. B. F. Cravatt A. T. Wright J. W. Kozarich Annu. Rev. Biochem. 2008 77 383 414
27. L. M. Chauvigne-Hines L. N. Anderson H. M. Weaver J. N. Brown P. K. Koech C. D. Nicora B. A. Hofstad R. D. Smith M. J. Wilkins S. J. Callister A. T. Wright J. Am. Chem. Soc. 2012 134 50 20521 20532
28. A. E. Speers B. F. Cravatt Chem. Biol. 2004 11 4 535 546
29. A. N. Li A. Y. Ding J. Chen S. A. Liu M. Zhang D. C. Li J. Microbiol. Biotechnol. 2007 17 4 624 631
30. F. F. Zanoelo M. D. T. D. Polizeli H. F. Terenzi J. A. Jorge FEMS Microbiol. Lett. 2004 240 2 137 143
31. F. H. M. Souza C. V. Nascimento J. C. Rosa D. C. Masui F. A. Leone J. A. Jorge R. P. M. Furriel Process Biochem. 2010 45 2 272 278
32. A. Ahamed P. Vermette Biochem. Eng. J. 2008 42 1 41 46
33. A. Ahamed P. Vermette Biochem. Eng. J. 2008 40 3 399 407
34. C. Ansong C. Ortega S. H. Payne D. H. Haft L. M. Chauvigne-Hines M. P. Lewis A. R. Ollodart S. O. Purvine A. K. Shukla S. Fortuin R. D. Smith J. N. Adkins C. Grundner A. T. Wright Chem. Biol. 2013 20 1 123 133
35. J. S. D. Zimmer M. E. Monroe W. J. Qian R. D. Smith Mass Spectrom. Rev. 2006 25 3 450 482
36. R. Garcia J. A. Cremata O. Quintero R. Montesino K. Benkestock J. Stahlberg Biotechnol. Appl. Biochem. 2001 33 141 152
37. I. Stals K. Sandra S. Geysens R. Contreras J. Van Beeumen M. Claeyssens Glycobiology 2004 14 8 713 724
38. I. Stals K. Sandra B. Devreese J. Van Beeumen M. Claeyssens Glycobiology 2004 14 8 725 737
39. M. Mandels R. E. Andreotti Process Biochem. 1978 13 5 6 13
40. R. T. Kelly J. S. Page Q. Z. Luo R. J. Moore D. J. Orton K. Q. Tang R. D. Smith Anal. Chem. 2006 78 22 7796 7801
41. J. R. Yates J. K. Eng A. L. Mccormack Anal. Chem. 1995 67 18 3202 3210
42. S. Kim N. Gupta P. A. Pevzner J. Proteome Res. 2008 7 8 3354 3363
43. N. Jaitly A. Mayampurath K. Littlefield J. N. Adkins G. A. Anderson R. D. Smith BMC Bioinf. 2009 10 87 10.1186/1471-2105-10-87
44. M. E. Monroe N. Tolic N. Jaitly J. L. Shaw J. N. Adkins R. D. Smith Bioinformatics 2007 23 15 2021 2023
45. J. R. Stanley J. N. Adkins G. W. Slysz M. E. Monroe S. O. Purvine Y. V. Karpievitch G. A. Anderson R. D. Smith A. R. Dabney Anal. Chem. 2011 83 16 6135 6140
46. A. D. Polpitiya W. J. Qian N. Jaitly V. A. Petyuk J. N. Adkins D. G. Camp G. A. Anderson R. D. Smith Bioinformatics 2008 24 13 1556 1558