Sample preparation for single molecule localization microscopy

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 15, Issue 43, 2013, Pages 18771-18783

  Allen, John R ^a   Ross, Stephen T ^b   Davidson, Michael W ^a  

^a FLORIDA STATE UNIVERSITY   (United States)

^b Nikon USA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COORDINATION COMPOUND; FLUORESCENT DYE; PHOTOPROTEIN;

ANIMAL; CHEMISTRY; FLUORESCENCE MICROSCOPY; FLUORESCENT ANTIBODY TECHNIQUE; HUMAN; MAGNETISM; METABOLISM; NANOTECHNOLOGY; REVIEW; THEORETICAL MODEL;

ANIMALS; COORDINATION COMPLEXES; FLUORESCENT ANTIBODY TECHNIQUE; FLUORESCENT DYES; HUMANS; LUMINESCENT PROTEINS; MAGNETICS; MICROSCOPY, FLUORESCENCE; MODELS, THEORETICAL; NANOTECHNOLOGY;

EID: 84886887325     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3cp53719f     Document Type: Review

References (78)

1. M. J. Rust M. Bates X. Zhuang Nat. Methods 2006 3 793 795
2. E. Betzig G. H. Patterson R. Sougrat O. W. Lindwasser S. Olenych J. S. Bonifacino M. W. Davidson J. Lippincott-Schwartz H. F. Hess Science 2006 313 1642 1645
3. S. T. Hess T. P. K. Girirajan M. D. Mason Biophys. J. 2006 91 4258 4272
4. M. Heilemann S. van de Linde M. Schüttpelz R. Kasper B. Seefeldt A. Mukherjee P. Tinnefeld M. Sauer Angew. Chem., Int. Ed. 2008 47 6172 6176
5. J. Fölling M. Bossi H. Bock R. Medda C. A. Wurm B. Hein S. Jakobs C. Eggeling S. W. Hell Nat. Methods 2008 5 943 945
6. A. Egner C. Geisler C. von Middendorff H. Bock D. Wenzel R. Medda M. Andresen A. C. Stiel S. Jakobs C. Eggeling A. Schönle S. W. Hell Biophys. J. 2007 93 3285 3290
7. J. C. Vaughan S. Jia X. Zhuang Nat. Methods 2012 9 1181 1184
8. M. Bates T. R. Blosser X. Zhuang Phys. Rev. Lett. 2005 10 108101
9. M. Bates B. Huang G. T. Dempsey X. Zhuang Science 2007 317 1749 1753
10. M. Bates G. T. Dempsey K. H. Chen X. Zhuang ChemPhysChem 2012 1 99 107
11. M. Bossi J. Fölling V. N. Belov V. P. Boyarskiy R. Medda A. Egner C. Eggeling A. Schonle S. W. Hell Nano Lett. 2008 8 2463 2468
12. I. Testa C. A. Wurm R. Medda E. Rothermel C. von Middledorff J. Fölling S. Jakobs A. Schonle S. W. Hell C. Eggeling Biophys. J. 2010 99 2686 2694
13. D. Baddeley D. Crossman S. Rossberger J. E. Cheyne J. M. Montgomery I. D. Jayasinghe C. Cremer M. B. Cannell C. Soeller PLoS One 2011 6 e20645
14. A. Lampe V. Haucke S. J. Sigrist M. Heilemann J. Schmoranzer Biol. Cell 2012 4 229 237
15. H. Shroff C. G. Galbraith J. A. Galbraith H. White J. Gillette S. Olenych M. W. Davidson E. Betzig Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 20308 20313
16. M. S. Gunewardene F. V. Subach T. J. Gould G. P. Penoncello M. V. Gudheti V. V. Verkhusha S. T. Hess Biophys. J. 2011 101 1522 1528
17. H. Bock C. Geisler C. A. Wurm C. von Middendorff S. Jakobs A. Schönle A. Egner S. W. Hell C. Eggeling Appl. Phys. B: Lasers Opt. 2007 88 161 165
18. T. Klein A. Löschberger S. Proppert S. Wolter S. van de Linde M. Sauer Nat. Methods 2011 8 7 9
19. M. Eckhardt M. Anders W. Muranyi M. Heilemann J. Krijnse-Locker B. Müller PLoS One 2011 6 e22007
20. T. Klein S. van de Linde M. Sauer ChemBioChem 2012 13 1861 1863
21. B. Huang W. Wang M. Bates X. Zhuang Science 2008 319 810 813
22. S. R. P. Pavani M. A. Thompson J. S. Biteen S. J. Lord N. Liu R. J. Twieg R. Piestun W. E. Moerner Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 2995 2999
23. S. W. Hell E. H. K. Stelzer J. Opt. Soc. Am. A 1992 9 2159 2166
24. M. G. L. Gustafsson D. A. Agard J. W. Sedat J. Microsc. 1999 195 10 16
25. G. Shtengel J. A. Galbraith C. G. Galbraith J. Lippincott-Schwartz J. M. Gillette S. Manley R. Sougrat C. M. Waterman P. Kanchanawong M. W. Davidson R. D. Fetter H. F. Hess Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 3125 3130
26. K. Xu H. P. Babcock X. Zhuang Nat. Methods 2012 9 185 188
27. M. F. Juette T. J. Gould M. D. Lessard M. J. Mlodzianoski B. S. Nagpure B. T. Bennett S. T. Hess J. Bewersdorf Nat. Methods 2008 5 527 529
28. A. Vaziri J. Tang H. Shroff C. V. Shank Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 20221 20226
29. A. G. York A. Ghitani A. Vaziri M. W. Davidson H. Shroff Nat. Methods 2011 8 327 333
30. F. C. Zanacchi Z. Lavagnino M. P. Donnorso A. D. Bue L. Furia M. Faretta A. Diaspro Nat. Methods 2011 8 1047 1049
31. S. Shim C. Xia G. Zhong H. P. Babcock J. C. Vaughan B. Huang X. Wang C. Xu G. Bi X. Zhuang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 13978 13983
32. R. Wombacher M. Heidbreder S. van de Linde M. P. Sheetz M. Heilemann V. W. Cornish M. Sauer Nat. Methods 2010 7 717 719
33. A. Keppler S. Gendreizig T. Gronemeyer H. Pick H. Vogel K. Johnsson Nat. Biotechnol. 2003 21 86 89
34. T. Klein S. van de Linde M. Sauer ChemBioChem 2012 13 1861 1863
35. A. Benke N. Olivier J. Gunzenhäuser S. Manley Nano Lett. 2012 12 2619 2624
36. T. Klein A. Löschberger S. Proppert S. Wolter S. van de Linde M. Sauer Nat. Methods 2011 8 7 9
37. J. S. Biteen M. A. Thompson N. K. Tselentis G. R. Bowman L. Shapiro W. E. Moerner Nat. Methods 2008 5 947 949
38. N. C. Shaner G. G. Lambert A. Chammas Y. Ni P. J. Cranfill M. A. Baird B. R. Sell J. R. Allen R. N. Day M. Israelsson M. W. Davidson J. Wang Nat. Methods 2013 10 407 409
39. G. H. Patterson J. Lippincott-Schwartz Science 2002 297 1873 1877
40. F. V. Subach G. H. Patterson S. Manley J. M. Gillette J. Lippincott-Schwartz V. V. Verkhusha Nat. Methods 2009 6 153 159
41. V. V. Verkhusha A. Sorkin Chem. Biol. 2005 12 279 285
42. F. V. Subach G. H. Patterson M. Renz J. Lippincott-Schwartz V. V. Verkhusha J. Am. Chem. Soc. 2010 132 6481 6491
43. D. M. Chudakov V. V. Verkhusha D. B. Staroverov E. A. Souslova S. Lukyanov K. A. Lukyanov Nat. Biotechnol. 2004 22 1435 1439
44. T. Matsuda A. Miyawaki T. Nagai Nat. Methods 2008 5 339 345
45. S. A. McKinney C. S. Murphy K. L. Hazelwood M. W. Davidson L. L. Looger Nat. Methods 2009 6 131 133
46. M. Zhang H. Chang Y. Zhang J. Yu L. Wu W. Ji J. Chen B. Liu J. Lu Y. Liu J. Zhang P. Xu T. Xu Nat. Methods 2012 9 727 729
47. G. U. Nienhaus K. Nienhaus A. Hölzle S. Ivanchenko F. Renzi F. Oswald M. Wolff F. Schmitt C. Röcker B. Vallone W. Weidemann R. Heilker H. Nar J. Wiedenmann Photochem. Photobiol. 2006 82 351 358
48. H. Hoi N. C. Shaner M. W. Davidson C. W. Cairo J. Wang R. E. Campbell J. Mol. Biol. 2010 401 776 791
49. A. L. McEvoy H. Hoi M. Bates E. Platonova P. J. Cranfill M. A. Baird M. W. Davidson H. Ewers J. Liphardt R. E. Campbell PLoS One 2012 7 e51314
50. H. Tsutsui S. Karasawa H. Shimizu N. Nukina A. Miyawaki EMBO Rep. 2005 6 233 238
51. S. Habuchi H. Tsutsui A. B. Kochaniak A. Miyawaki A. M. van Oijen PLoS One 2008 3 e3944
52. N. G. Gurskaya V. V. Verkhusha A. S. Shcheglov D. B. Staroverov T. V. Chepurnykh A. F. Fradkov S. Lukyanov K. A. Lukyanov Nat. Biotechnol. 2006 24 461 465
53. R. Ando H. Hama M. Yamamoto-Hino H. Mizuno A. Miyawaki Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 12651 12656
54. O. M. Subach G. H. Patterson L. Ting Y. Wang J. S. Condeelis V. V. Verkhusha Nat. Methods 2011 8 771 777
55. O. M. Subach D. Entenberg J. S. Condeelis V. V. Verkhusha J. Am. Chem. Soc. 2012 134 14789 14799
56. S. Habuchi R. Ando P. Dedecker W. Verheijen H. Mizuno A. Miyawaki J. Hofkens Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 9511 9516
57. R. Ando C. Flors H. Mizuno J. Hofkens A. Miyawaki Biophys. J. 2007 92 L97 L99
58. M. Andresen A. C. Stiel J. Fölling D. Wenzel A. Schönle A. Egner C. Eggeling S. W. Hell S. Jakobs Nat. Biotechnol. 2008 26 1035 1040
59. A. C. Stiel S. Trowitzsch G. Weber M. Andresen C. Eggeling S. W. Hell S. Jakobs M. C. Wahl Biochem. J. 2007 402 35 42
60. H. Chang M. Zhang W. Ji J. Chen Y. Zhang B. Liu J. Lu J. Zhang P. Xu T. Xu Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 4455 4460
61. T. Brakemann A. C. Stiel G. Weber M. Andresen I. Testa T. Grotjohann M. Leutenegger U. Plessmann H. Urlaub C. Eggeling M. C. Wahl S. W. Hell S. Jakobs Nat. Biotechnol. 2011 29 942 947
62. A. C. Stiel M. Andresen H. Bock M. Hilbert J. Schilde A. Schönle C. Eggeling A. Egner S. W. Hell S. Jakobs Biophys. J. 2008 95 2989 2997
63. D. M. Chudakov V. V. Belousov A. G. Zaraisky V. V. Novoselov D. B. Staroverov D. B. Zorov S. Lukyanov K. A. Lukyanov Nat. Biotechnol. 2003 21 191 194
64. V. Adam M. Lelimousin S. Boehme G. Desfonds K. Nienhaus M. J. Field J. Wiedenmann S. McSweeney G. U. Nienhaus D. Bourgeois Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 18343 18348
65. J. Fuchs S. Boehme F. Oswald P. N. Hedde M. Krause J. Wiedenmann G. U. Nienhaus Nat. Methods 2010 7 627 630
66. V. Adam B. Moeyaert C. C. David H. Mizuno M. Lelimousin P. Dedecker R. Ando A. Miyawaki J. Michiels Y. Engelborghs J. Hofkens Chem. Biol. 2011 18 1241 1251
67. S. van de Linde R. Kasper M. Heilemann M. Sauer Appl. Phys. B: Lasers Opt. 2008 93 725 731
68. M. Yamashita A. Kuniyasu H. Kashiwagi J. Chem. Phys. 1977 66 986 989
69. P. Schäfer S. van de Linde J. Lehmann M. Sauer S. Doose Anal. Chem. 2013 85 3393 3400
70. S. van de Linde I. Krstic T. Prisner S. Doose M. Heilemann M. Sauer Photochem. Photobiol. Sci. 2011 10 499 506
71. J. Vogelsang R. Kasper C. Steinhauer B. Person M. Heilemann M. Sauer P. Tinnefeld Angew. Chem., Int. Ed. 2008 47 5465 5469
72. S. van de Linde R. Kasper M. Heilemann M. Sauer Appl. Phys. B: Lasers Opt. 2008 93 725 731
73. M. Heilemann S. van de Linde A. Mukherjee M. Sauer Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 6903 6908
74. S. A. Jones S. Shim J. He X. Zhuang Nat. Methods 2011 8 499 505
75. G. T. Dempsey J. C. Vaughan K. H. Chen M. Bates X. Zhuang Nat. Methods 2011 8 1027 1036
76. K. A. K. Tanaka K. G. N. Suzuki Y. M. Shirai S. T. Shibutani M. S. H. Miyahara H. Tsuboi M. Yahara A. Yoshimura S. Mayor T. K. Fujiwara A. Kusumi Nat. Methods 2010 7 865 866
77. P. Annibale M. Scarselli M. Greco A. Radenovic Optical Nanoscopy 2012 1 9
78. T. H. Leu J. L. Hamlin Mol. Cell. Biol. 1989 9 523 531