Structural, electronic and photophysical properties of analogous RNA nucleosides: A theoretical study

New Journal of Chemistry

Volumn 37, Issue 11, 2013, Pages 3640-3646

  Samanta, Pralok K ^a   Pati, Swapan K ^a  

^a JAWAHARLAL NEHRU CENTRE FOR ADVANCED SCIENTIFIC RESEARCH   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

NUCLEIC ACID BASE; NUCLEOSIDE; RNA; SOLVENT; WATER;

ABSORPTION; ARTICLE; ATOMIC EMISSION SPECTROMETRY; BASE PAIRING; CONTROLLED STUDY; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; ELECTRONICS; ENERGY; ENERGY TRANSFER; GAS; GEOMETRY; HYDROGEN BOND; OPTICS; PHASE TRANSITION; PHOTOPHYSICS; PHYSICAL CHEMISTRY; PRIORITY JOURNAL; RNA STRUCTURE; THEORETICAL STUDY; TIME DEPENDENT DENSITY FUNCTIONAL THEORY;

EID: 84885826740     PISSN: 11440546     EISSN: 13699261     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3nj00633f     Document Type: Article

References (59)

1. C. E. Crespo-Hernandez B. Cohen P. M. Hare B. Kohler Chem. Rev. 2004 104 1977 2019
2. R. B. Merrifield J. Am. Chem. Soc. 1963 85 2149 2154
3. K. Tanaka M. Shionoya Coord. Chem. Rev. 2007 251 2732 2742
4. R. W. Sinkeldam N. J. Greco Y. Tor Chem. Rev. 2010 110 2579 2619
5. M. Barbatti A. J. A. Aquino J. J. Szymczak D. Nachtigallova P. Hobza H. Lischka Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 107 21453 21458
6. C. T. Middleton K. de La Harpe C. Su Y. K. Law C. E. Crespo-Hernandez B. Kohler Annu. Rev. Phys. Chem. 2009 60 217 239
7. Z. Xu D. R. Spring J. Yoon Chem.-Asian J. 2011 6 2114 2122
8. G. H. Clever C. Kaul T. Carell Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 6226 6236
9. S. S. Mallajosyula S. K. Pati Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 4977 4981
10. G. Brancolini R. Di Felice J. Chem. Phys. 2011 134 205102
11. H. Liu G. Li H. Ai J. Li Y. Bu J. Phys. Chem. C 2011 115 22547 22556
12. H. Miyachi T. Matsui Y. Shigeta K. Hirao Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 909 917
13. E. Shapir G. Brancolini T. Molotsky A. B. Kotlyar R. Di Felice D. Porath Adv. Mater. 2011 23 4290 4294
14. P. K. Samanta A. K. Manna S. K. Pati Chem.-Asian J. 2012 7 2718 2728
15. P. K. Samanta G. Periyasamy A. K. Manna S. K. Pati J. Mater. Chem. 2012 22 6774 6781
16. J. A. Frey R. Leist S. Leutwyler J. Phys. Chem. A 2006 110 4188 4195
17. O. Khakshoor S. E. Wheeler K. N. Houk E. T. Kool J. Am. Chem. Soc. 2012 134 3154 3163
18. A. Migliore S. Corni D. Varsano M. L. Klein R. Di Felice J. Phys. Chem. B 2009 113 9402 9415
19. J. Sponer P. Jurecka P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 2004 126 10142 10151
20. D. Varsano A. Garbesi R. Di Felice J. Phys. Chem. B 2007 111 14012 14021
21. C. Boonlua C. Vilaivan H.-A. Wagenknecht T. Vilaivan Chem.-Asian J. 2011 6 3251 3259
22. G. Paragi I. Palinko C. Van Alsenoy I. K. Gyemant B. Penke Z. Timar New J. Chem. 2002 26 1503 1506
23. G. Paragi E. Szajli F. Bogar L. Kovacs C. F. Guerra F. M. Bickelhaupt New J. Chem. 2008 32 1981 1987
24. M. Z. Zgierski T. Fujiwara W. G. Kofron E. C. Lim Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 3206 3209
25. N. J. Greco Y. Tor J. Am. Chem. Soc. 2005 127 10784 10785
26. D. Shin R. W. Sinkeldam Y. Tor J. Am. Chem. Soc. 2011 133 14912 14915
27. L. Zhang X. Chen H. Liu L. Han R. I. Cukier Y. Bu J. Phys. Chem. B 2010 114 3726 3734
28. L. Zhang H. Li X. Chen R. I. Cukier Y. Bu J. Phys. Chem. B 2009 113 1173 1181
29. F. Seela M. Zulauf Chem.-Eur. J. 1998 4 1781 1790
30. F. Seela M. Zulauf M. Sauer M. Deimel Helv. Chim. Acta 2000 83 910 927
31. Y. Zhao J. L. Knee A. M. Baranger Bioorg. Chem. 2008 36 271 277
32. A. R. Hernandez E. T. Kool Org. Lett. 2011 13 676 679
33. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, N. J. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, Ö. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski and D. J. Fox, Gaussian 09, Revision A.1, Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2009
34. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648 5652
35. C. T. Lee W. T. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1988 37 785 789
36. B. Miehlich A. Savin H. Stoll H. Preuss Chem. Phys. Lett. 1989 157 200 206
37. Y. Zhao D. G. Truhlar Theor. Chem. Acc. 2008 120 215 241
38. J. D. Chai M. Head-Gordon Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 6615 6620
39. J. D. Chai M. Head-Gordon J. Chem. Phys. 2008 128 084106
40. G. Scalmani M. J. Frisch J. Chem. Phys. 2010 132 114110
41. P. Jurecka P. Nachtigall P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2001 3 4578 4582
42. P. K. Samanta A. K. Manna S. K. Pati J. Phys. Chem. B 2012 116 7618 7626
43. H. Y. Zhang A. Calzolari R. Di Felice J. Phys. Chem. B 2005 109 15345 15348
44. J. Ramon Blas O. Huertas C. Tabares B. G. Sumpter M. Fuentes-Cabrera M. Orozco P. Ordejon F. Javier Luque J. Phys. Chem. A 2011 115 11344 11354
45. S. R. Lynch H. Liu J. Gao E. T. Kool J. Am. Chem. Soc. 2006 128 14704 14711
46. J. M. Gao H. B. Liu E. T. Kool Angew. Chem., Int. Ed. 2005 44 3118 3122
47. O. Huertas J. R. Blas I. Soteras M. Orozco F. J. Luque J. Phys. Chem. A 2006 110 510 518
48. T. L. McConnell S. D. Wetmore J. Phys. Chem. B 2007 111 2999 3009
49. L. A. Lait L. R. Rutledge A. L. Millen S. D. Wetmore J. Phys. Chem. B 2008 112 12526 12536
50. S. F. Boys F. Bernardi Mol. Phys. 2002 100 65 73
51. S. Simon M. Duran J. J. Dannenberg J. Chem. Phys. 1996 105 11024 11031
52. R. Saxena S. Shrivastava A. Chattopadhyay J. Phys. Chem. B 2008 112 12134 12138
53. P. J. Mohan A. Datta S. S. Mallajosyula S. K. Pati J. Phys. Chem. B 2006 110 18661 18664
54. D. Varsano R. Di Felice M. A. L. Marques A. Rubio J. Phys. Chem. B 2006 110 7129 7138
55. M. Fuentes-Cabrera B. G. Sumpter J. C. Wells J. Phys. Chem. B 2005 109 21135 21139
56. M. Gedik A. Brown J. Photochem. Photobiol., A 2013 259 25 32
57. B. Kohler J. Phys. Chem. Lett. 2010 1 2047 2053
58. G. M. Krishnan O. Kuehn Chem. Phys. Lett. 2007 435 132 135
59. M. Yang L. Szyc K. Roettger H. Fidder E. T. J. Nibbering T. Elsaesser F. Temps J. Phys. Chem. B 2011 115 5484 5492