A theoretical study of molecular conformations and gelation ability of N,N′-dipyridyl urea compounds in ethanol solution: DFT calculations and MD simulations

RSC Advances

Volumn 3, Issue 39, 2013, Pages 18115-18127

  Meng, Suci ^a,b   Tang, Yaqun ^a   Yin, Yuan ^a   Yin, Xiulian ^a   Xie, Jimin ^a  

^a JIANGSU UNIVERSITY   (China)

^b NANJING UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CARBONYL COMPOUNDS; COMPLEXATION; CONFORMATIONS; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; ETHANOL; GELATION; HYDROGEN BONDS; METABOLISM; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULES; PROBABILITY DISTRIBUTIONS; SOLVENTS; THREE DIMENSIONAL; UREA;

CONFORMATIONAL STABILITIES; HYDROGEN BOND NETWORKS; INTERMOLECULAR INTERACTIONS; MOLECULAR CONFORMATION; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; PYRIDINE-NITROGEN ATOM; RADIAL DISTRIBUTION FUNCTIONS; SOLVENT COORDINATION;

ORGANIC SOLVENTS;

EID: 84884253421     PISSN: None     EISSN: 20462069     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3ra43056a     Document Type: Article

References (75)

1. P. Terech R. G. Weiss Chem. Rev. 1997 97 3133
2. L. A. Estroff A. D. Hamilton Chem. Rev. 2004 104 1201
3. J. H. Jung G. John M. Matsutoshi K. Yoshida S. Shinkai T. Shimizu Langmuir 2001 17 7229
4. J. Shi Y. Gao Z. Yang B. Xu Beilstein J. Org. Chem. 2011 7 167
5. M. Suzuki T. Abe K. Hanabusa J. Colloid Interface Sci. 2010 341 69
6. A. Pasc F. O. Akong S. Cosgun C. Gérardin Beilstein J. Org. Chem. 2010 6 973
7. A. Popov M. B. Hickey R. Hiremath M. Peterson P. Ratanabanangkoon M. Rizzolio S. Waggener Y. Zimenkov Pharm. Res. 2011 28 2556
8. F. S. Schoonbeek J. H. van Esch R. Hulst R. M. Kellogg B. L. Feringa Chem.-Eur. J. 2000 6 2633
9. N. C. Singha D. N. Sathyanarayana J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1997 157
10. G. A. Jeffrey, An Introduction to Hydrogen Bonding, Oxford University Press: New York, 1997, pp. 11-78
11. T. Steiner Angew. Chem., Int. Ed. 2002 41 48
12. M. Morgan J. R. Jr Chem. Rev. 1997 97 1647
13. G. M. Whitesides E. E. Simanek J. P. Mathlas C. T. Seto D. N. Chin M. Mammen A. D. M. Gordon Acc. Chem. Res. 1995 28 37
14. M. Loos A. G. J. Ligtenbarg J. van Esch H. Kooijman A. L. Spek R. Hage R. M. Kellogg B. L. Feringa Eur. J. Org. Chem. 2000 3675
15. C. Baddeley Z. Yan G. King P. M. Woodward J. D. Badjié J. Org. Chem. 2007 72 7270
16. N. N. Adarsh D. K. Kumar P. Dastidar Cryst. Growth Des. 2009 9 2979
17. N. N. Adarsh D. K. Kumar P. Dastidar CrystEngComm 2008 10 1565
18. X. Huang J. Liang Y. Xia B. Wu X. Yang Acta Crystallogr., Sect. E: Struct. Rep. Online 2007 63 o1217
19. J. van Esch R. M. Kellogg B. L. Feringa Tetrahedron Lett. 1997 38 281
20. L. S. Reddy S. Basavoju V. R. Vangala A. Nangia Cryst. Growth Des. 2006 6 161
21. D. K. Kumar D. A. Jose A. Das P. Dastidar Chem. Commun. 2005 4059
22. S. Meng W. Li X. Yin J. Xie Comput. Theor. Chem. 2013 1006 76
23. P. Byrne D. R. Turner G. O. Lloyd N. Clarke J. W. Steed Cryst. Growth Des. 2008 8 3335
24. P. S. Corbin S. C. Zimmerman P. A. Thiessen N. A. Hawryluk T. J. Murray J. Am. Chem. Soc. 2001 123 10475
25. P. S. Corbin S. C. Zimmerman J. Am. Chem. Soc. 2000 122 3779
26. A. Dkhissi R. Blossey Chem. Phys. Lett. 2007 439 35
27. K. N. Rankin R. J. Boyd J. Comput. Chem. 2001 22 1590
28. G. Murdachaew C. J. Mundy G. K. Schenter J. Chem. Phys. 2010 132 164102
29. J. Černý P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 1624
30. J. A. Plumley J. J. Dannenberg J. Comput. Chem. 2011 32 1519
31. F. Li L. Wang J. Zhao J. R. Xie K. E. Riley Z. Chen Theor. Chem. Acc. 2011 130 341
32. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648
33. C. Lee W. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B 1988 37 785
34. J. P. Perdew Phys. Rev. B 1986 33 8822
35. J. P. Perdew K. Burke M. Ernzerhof Phys. Rev. Lett. 1996 77 3865
36. J. P. Perdew Y. Wang Phys. Rev. B: Condens. Matter 1992 45 13244
37. P. Hobza J. Šponer T. Reschel J. Comput. Chem. 1995 16 1315
38. J. Ireta J. Neugebauer M. Scheffler J. Phys. Chem. A 2004 108 5692
39. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput. 2005 1 415
40. S. Tsuzuki H. P. Lüthi J. Chem. Phys. 2001 114 3949
41. E. R. Johnson R. A. Wolkow G. A. DiLabio Chem. Phys. Lett. 2004 394 334
42. M. J. Allen D. J. Tozer J. Chem. Phys. 2002 117 11113
43. S. Kristyán P. Pulay Chem. Phys. Lett. 1994 229 175
44. N. Kurita H. Sekino Int. J. Quantum Chem. 2003 91 355
45. K. S. Thanthiriwatte E. G. Hohenstein L. A. Burns C. D. Sherrill J. Chem. Theory Comput. 2011 7 88
46. Y. Zhao D. G. Truhlar Theor. Chem. Acc. 2007 120 215
47. K. E. Riley M. Pitoňák J. Černý P. Hobza J. Chem. Theory Comput. 2010 6 66
48. E. G. Hohenstein S. T. Chill C. D. Sherrill J. Chem. Theory Comput. 2008 4 1996
49. C. H. Suresh N. Mohan K. Periya K. P. Vijayalakshmi R. George J. M. Mathew J. Comput. Chem. 2009 30 1392
50. E. Cancès B. Mennucci J. Tomasi J. Chem. Phys. 1997 107 3032
51. B. Mennucci E. Cancès J. Tomasi J. Phys. Chem. B 1997 101 10506
52. J. Tomasi B. Mennucci R. Cammi Chem. Rev. 2005 105 2999
53. J. Tomasi M. Persico Chem. Rev. 1994 94 2027
54. M. Cossi V. Barone R. Cammi J. Tomasi Chem. Phys. Lett. 1996 255 327
55. S. Simon M. Duran J. J. Dannenberg J. Chem. Phys. 1996 105 11024
56. S. F. Boys F. Bernardi Mol. Phys. 1970 19 553
57. M. J. Frisch, et al., Gaussian 09, Revision A. 02, Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2009
58. H. Sun Macromolecules 1995 28 701
59. S. Meng J. Ma Y. Jiang J. Phys. Chem. B 2007 111 4128
60. S. Meng J. Ma J. Phys. Chem. B 2008 112 4313
61. S. Meng J. Ma J. Phys. Chem. A 2012 116 913
62. J. Pang H. Yang J. Ma R. Cheng J. Phys. Chem. B 2010 114 8652
63. S. Nosé Mol. Phys. 1984 52 255
64. M. P. Allen and D. J. Tildesley, Computational Simulation of Liquids, Oxford, New York, 1987, pp. 78-82
65. N. Karasawa W. A. Goddard III J. Phys. Chem. 1989 93 7320
66. Materials studio, version 4.0, Accelrys Inc., San Diego, CA, 2006
67. I. M. Svishchev P. G. Kusalik J. Chem. Phys. 1993 99 3049
68. A. V. Gubskaya P. G. Kusalik J. Phys. Chem. A 2004 108 7151
69. A. V. Gubskaya P. G. Kusalik J. Phys. Chem. A 2004 108 7165
70. X. Liu S. Zhang G. Zhou G. Wu X. Yuan X. Yao J. Phys. Chem. B 2006 110 12062
71. Z. Liu S. Huang W. Wang J. Phys. Chem. B 2004 108 12978
72. A. K. Soper J. Chem. Phys. 1994 101 6888
73. D. Yokogawa H. Sato S. Sakaki J. Chem. Phys. 2006 125 114102
74. A. Vishnyakov A. P. Lyubartsev A. Laaksonen J. Phys. Chem. A 2001 105 1702
75. L. Laaksonen J. Mol. Graphics 1992 10 33