Assessment of the performance of the M05#2X and M06#2X exchange correlation functionals for noncovalent interactions in biomolecules

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 4, Issue 12, 2008, Pages 1996-2000

  Hohenstein, Edward G ^a   Chill, Samuel T ^a   Sherrill, C David ^a,b  

^a GEORGIA INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

^b Georgia Institute of Technology

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 58149235202     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct800308k     Document Type: Article

References (52)

1. Saenger, W. Principles of Nucleic Acid Structure; Springer Verlag: New York, 1984.
2. Shieh, H.-S.; Berman, H. M.; Dabrow, M.; Neidle, S. Nucleic Acids Res. 1980, 8, 85-97.
3. Elstner, M.; Hobza, P.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Kaxiras, E. J. Chem. Phys. 2001, 114, 5149-5155.
4. Meyer, E. A.; Castellano, R. K.; Diederich, F. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2003, 42, 1210-1250.
5. Burley, S. K.; Petsko, G. A. Science 1985, 229, 23-28.
6. Mobley, D. L.; Graves, A. P.; Chodera, J. D.; McReynolds, A. C; Shoichet, B. K.; Dill, K. A. J. Mol. Biol. 2007, 371, 1118-1134.
7. Raghavachari, K.; Trucks, G. W.; Pople, J. A.; Head-Gordon, M. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 479-483.
8. Takatani, T.; Hohenstein, E. G.; Sherrill, C. D. J. Chem. Phys. 2008, 128, 124111.
9. Sinnokrot, M. O.; Sherrill, C. D. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 10656-10668.
10. Grimme, S. J. Chem. Phys. 2003, 118, 9095-9102.
11. Hill, J. G.; Platts, J. A. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 80-85.
12. Distasio, R. A.; Head-Gordon, M. Mol. Phys. 2007, 105, 1073-1083.
13. Scuseria, G. E.; Ayala, P. Y. J. Chem. Phys. 1999, 111, 8330-8343.
14. Schutz, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 3941-3947.
15. Flocke, N.; Bartlett, R. J. J. Chem. Phys. 2004, 121, 10935.
16. Subotnik, J. E.; Sodt, A.; Head-Gordon, M. J. Chem. Phys. 2006, 125,074116.
17. Parr, R. G.; Yang, W. Density-Functional Theory of Atoms and Molecules, Vol. 16 of International Series of Monographs on Chemistry; Oxford: New York, 1989.
18. Tsuzuki, S.; Lüthi, H. P. J. Chem. Phys. 2001, 114, 3949-3957.
19. Černý J.; Hofza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 1624-1626.
20. Allen, M. J.; Tozer, D. J. J. Chem. Phys. 2002, 117, 11113-11120.
21. Hobza, P.; Šponer, J.; Reschel, T. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1315-1325.
22. Kristyán, S.; Pulay, P. Chem. Phys. Lett. 1994, 229, 175-180.
23. Kurita, N.; Sekino, H Int. J. Quantum Chem. 2003, 91, 355-362.
24. Johnson, E. R.; Wolkow, R. A.; DiLabio, G. A. Chem. Phys. Lett. 2004, 394, 334-338.
25. von Lilienfeld, O. A.; Tavernelli, I.; Rothlisberger, U.; Sebastiani, D. Phys. Rev. Lett. 2004, 93, 153004.
26. von Lilienfeld, O. A.; Tavernelli, I.; Rothlisberger, U.; Sebastiani, D. Phys. Rev. B 2005, 71, 195119.
27. Dion, M.; Rydberg, H.; Schröder, E.; Langreth, D. C.; Lundqvist, B. I. Phys. Rev. Lett. 2004, 92, 246401.
28. Becke, A. D.; Johnson, E. R. J. Chem. Phys. 2005, 123, 154101.
29. Johnson, E. R.; Becke, A. D. J. Chem. Phys. 2005, 123, 024101.
30. Becke, A. D.; Johnson, E. R. J. Chem. Phys. 2006, 124, 014104.
31. Zimmerli, U.; Parrinello, M.; Koumoutsakos, P. J. Chem. Phys. 2004, 120, 2693-2699.
32. Jurečka, P.; Černý, J.; Hobza, P.; Salahub, D. R. J. Comput. Chem. 2007, 28, 555-569.
33. Wu, Q.; Yang, W. J. Chem. Phys. 2002, 116, 515-524.
34. Grimme, S. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1787-1799.
35. Grimme, S. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1463-1473.
36. Zhao, Y.; Schultz, N. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 2005, 123,161103.
37. Zhao, Y.; Schultz, N. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 364-382.
38. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 2006, 125, 194101.
39. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. Theor. Chem. Acc. 2008, 720, 215-241.
40. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 289-300.
41. Gu, J. D.; Wang, J.; Leszczynski, J.; Xie, Y. M.; Schaefer, H. F. Chem. Phys. Lett. 2008, 458, 164-166.
42. Jurečka, P.; Šponer, J.; Černý, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1985-1993.
43. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865-3868.
44. Grimme, S.; Antony, J.; Schwabe, T.; Mück-Lichtenfeld, C. Org. Biomol. Chem. 2007, 5, 741-758.
45. Shao, Y.; Molnar, L. F.; Jung, Y.; Kussmann, J.; Ochsenfeld, C.; Brown, S. T.; Gilbert, A. T. B.; Slipchenko, L. V.; Levchenko, S. V.; O'Neill, D. P., Jr.; Lochan, R. C.; Wang, T.; Beran, G. J. O.; Besley, N. A.; Herbert, J. M.; Lin, C. Y.; Voorhis, T. V.; Chien, S. H.; Sodt, A.; Steele, R. P.; Rassolov, V. A.; Maslen, P. E.; Korambath, P. P.; Adamson, R. D.; Austin, B.; Baker, J.; Byrd, E. F. C.; Dachsel, H.; Doerksen, R. J.; Dreuw, A.; Dunietz, B. D.; Dutoi, A. D.; Furlani, T. R.; Gwaltney, S. R.; Heyden, A.; Hirata, S.; Hsu, C.-P.; Kedziora, G.; Khalliulin, R. Z.; Klunzinger, P.; Lee, A. M.; Lee, M. S.; Liang, W.; Lotan, I.; Nair, N.; Peters, B.; Proynov, E. I.; Pieniazek, P. A.; Rhee, Y. M.; Ritchie, J.; Rosta,
46. E.; Sherrill, C. D.; Simmonett, A. C.; Subotnik, J. E.; Woodcock, H. L.; Zhang, W.; Bell, A. T.; Chakraborty, A. K.; Chipman, D. M.; Keil, F. J.; Warshel, A.; Hehre, W. J.; Schaefer, H. F.; Kong, J.; Krylov, A. I.; Gill, P. M. W.; Head-Gordon, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 3172-3191.
47. Crawford, T. D.; Sherrill, C. D.; Valeev, E. F.; Fermann, J. T.; King, R. A.; Leininger, M. L.; Brown, S. T.; Janssen, C. L.; Seidl, E. T.; Kenny, J. P.; Allen, W. D. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1610-1616.
48. Kendall, R. A.; Dunning, T. H.; Harrison, R. J. J. Chem. Phys. 1992, 96, 6796-6806.
49. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553-566.
50. Lin, I.; Rothlisberger, U. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 2730-2734.
51. Morgado, C.; Vincent, M. A.; Hillier, I. H.; Shan, X. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 448-451.
52. Antony, J.; Grimrne, S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 5287-5293.