Quantification-based mass spectrometry imaging of proteins by parafilm assisted microdissection

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 17, 2013, Pages 8127-8134

  Franck, Julien ^a   Quanico, Jusal ^a,b   Wisztorski, Maxence ^a   Day, Robert ^b   Salzet, Michel ^a   Fournier, Isabelle ^a  

^a UNIV LILLE   (France)

^b UNIVERSITÉ DE SHERBROOKE   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GLASS; HIERARCHICAL CLUSTERING; IMAGE SEGMENTATION; MASS SPECTROMETRY; MICRODISSECTION; MOLECULAR IMAGING; PROTEOMICS; TISSUE;

IDENTIFICATION DATA; IDENTIFICATION OF PROTEINS; LOW-ABUNDANCE PROTEINS; MALDI-MASS SPECTROMETRY; MASS-SPECTROMETRY IMAGING; MOLECULAR CLASSIFICATION; PROTEIN IDENTIFICATION; RELATIVE QUANTIFICATION;

PROTEINS;

MEMBRANE PROTEIN; PARAFFIN;

ANIMAL; ARTICLE; BRAIN; BRAIN LEVEL; CHEMISTRY; HISTOLOGY; MASS SPECTROMETRY; METHODOLOGY; MICRODISSECTION; RAT;

ANIMALS; BRAIN; BRAIN CHEMISTRY; MEMBRANE PROTEINS; MICRODISSECTION; PARAFFIN; RATS; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION;

EID: 84883469188     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac4009397     Document Type: Article

References (51)

1. Drexler, D. M.; Tannehill-Gregg, S. H.; Wang, L.; Brock, B. J. J. Pharmacol. Toxicol. Methods 2011, 63, 205-208
2. Kallback, P.; Shariatgorji, M.; Nilsson, A.; Andren, P. E. J. Proteomics 2012, 75, 4941-4951
3. Shanta, S. R.; Kim, T. Y.; Hong, J. H.; Lee, J. H.; Shin, C. Y.; Kim, K. H.; Kim, Y. H.; Kim, S. K.; Kim, K. P. Analyst 2012, 137, 5757-5762
4. Sugiura, Y.; Setou, M. J. Neuroimmune Pharmacol. 2010, 5, 31-43
5. Trim, P. J.; Francese, S.; Clench, M. R. Bioanalysis 2009, 1, 309-319
6. Hankin, J. A.; Farias, S. E.; Barkley, R. M.; Heidenreich, K.; Frey, L. C.; Hamazaki, K.; Kim, H. Y.; Murphy, R. C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011, 22, 1014-1021
7. Landgraf, R. R.; Garrett, T. J.; Conaway, M. C.; Calcutt, N. A.; Stacpoole, P. W.; Yost, R. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2011, 25, 3178-3184
8. Murphy, R. C.; Hankin, J. A.; Barkley, R. M.; Zemski Berry, K. A. Biochim. Biophys. Acta 2011, 1811, 970-975
9. Bruand, J.; Sistla, S.; Meriaux, C.; Dorrestein, P. C.; Gaasterland, T.; Ghassemian, M.; Wisztorski, M.; Fournier, I.; Salzet, M.; Macagno, E.; Bafna, V. J. Proteome Res. 2011, 10, 1915-1928
10. Goodwin, R. J.; Pennington, S. R.; Pitt, A. R. Proteomics 2008, 8, 3785-3800
11. Sole-Domenech, S.; Johansson, B.; Schalling, M.; Malm, J.; Sjovall, P. Anal. Chem. 2010, 82, 1964-1974
12. Clemis, E. J.; Smith, D. S.; Camenzind, A. G.; Danell, R. M.; Parker, C. E.; Borchers, C. H. Anal. Chem. 2012, 84, 3514-3522
13. Franck, J.; Longuespee, R.; Wisztorski, M.; Van Remoortere, A.; Van Zeijl, R.; Deelder, A.; Salzet, M.; McDonnell, L.; Fournier, I. Med. Sci. Monit. 2010, 16, BR293-9
14. Grey, A. C.; Chaurand, P.; Caprioli, R. M.; Schey, K. L. J. Proteome Res. 2009, 8, 3278-3283
15. Goodwin, R. J.; Iverson, S. L.; Andren, P. E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2012, 26, 494-498
16. Prideaux, B.; Staab, D.; Stoeckli, M. Methods Mol. Biol. 2010, 656, 405-413
17. Takai, N.; Tanaka, Y.; Inazawa, K.; Saji, H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2012, 26, 1549-1556
18. Elsner, M.; Rauser, S.; Maier, S.; Schone, C.; Balluff, B.; Meding, S.; Jung, G.; Nipp, M.; Sarioglu, H.; Maccarrone, G.; Aichler, M.; Feuchtinger, A.; Langer, R.; Jutting, U.; Feith, M.; Kuster, B.; Ueffing, M.; Zitzelsberger, H.; Hofler, H.; Walch, A. J. Proteomics 2012, 75, 4693-4704
19. Lemaire, R.; Menguellet, S. A.; Stauber, J.; Marchaudon, V.; Lucot, J. P.; Collinet, P.; Farine, M. O.; Vinatier, D.; Day, R.; Ducoroy, P.; Salzet, M.; Fournier, I. J. Proteome Res. 2007, 6, 4127-4134
20. Longuespée, R.; Gagnon, H.; Boyon, C.; Strupat, K.; Dauly, C.; Kerdraon, O.; Ighodaro, A.; Desmons, A.; Dupuis, J.; Wisztorski, M.; Vinatier, D.; Fournier, I.; Day, R.; Salzet, M. Proteomics Clin. Appl. 2013, 7, 337-354
21. Stauber, J.; Lemaire, R.; Franck, J.; Bonnel, D.; Croix, D.; Day, R.; Wisztorski, M.; Fournier, I.; Salzet, M. J. Proteome Res. 2008, 7, 969-978
22. Stoeckli, M.; Staab, D.; Staufenbiel, M.; Wiederhold, K. H.; Signor, L. Anal. Biochem. 2002, 311, 33-39
23. Strobel, K.; Haerle, S. K.; Stoeckli, S. J.; Schrank, M.; Soyka, J. D.; Veit-Haibach, P.; Hany, T. F. Eur. J. Nucl. Med. Mol. Imaging 2009, 36, 919-927
24. Cerruti, C. D.; Benabdellah, F.; Laprevote, O.; Touboul, D.; Brunelle, A. Anal. Chem. 2012, 84, 2164-2171
25. Gagnon, H.; Franck, J.; Wisztorski, M.; Day, R.; Fournier, I.; Salzet, M. Prog. Histochem. Cytochem. 2012, 47, 133-174
26. Bonnel, D.; Longuespee, R.; Franck, J.; Roudbaraki, M.; Gosset, P.; Day, R.; Salzet, M.; Fournier, I. Anal. Bioanal. Chem. 2011, 401, 149-165
27. Debois, D.; Smargiasso, N.; Demeure, K.; Asakawa, D.; Zimmerman, T. A.; Quinton, L.; De Pauw, E. Top Curr. Chem. 2013, 331, 117-141
28. Franck, J.; El Ayed, M.; Wisztorski, M.; Salzet, M.; Fournier, I. Anal. Chem. 2009, 81, 8305-8317
29. Gustafsson, J. O.; Oehler, M. K.; Ruszkiewicz, A.; McColl, S. R.; Hoffmann, P. Int. J. Mol. Sci. 2011, 12, 773-794
30. El Ayed, M.; Bonnel, D.; Longuespee, R.; Castelier, C.; Franck, J.; Vergara, D.; Desmons, A.; Tasiemski, A.; Kenani, A.; Vinatier, D.; Day, R.; Fournier, I.; Salzet, M. Med. Sci. Monit. 2010, 16, BR233-45
31. Schober, Y.; Schramm, T.; Spengler, B.; Rompp, A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2011, 25, 2475-2483
32. Wisniewski, J. R.; Dus, K.; Mann, M. Proteomics Clin. Appl. 2013, 7, 225-233
33. Quanico, J.; Franck, J.; Dauly, C.; Strupat, K.; Dupuy, J.; Day, R.; Salzet, M.; Fournier, I.; Wisztorski, M. J. Proteomics 2013, 79, 200-218
34. Wisztorski, M.; Fatou, B.; Franck, J.; Desmons, A.; Farré, I.; Leblanc, E.; Fournier, I.; Salzet, M. Proteomics Clin. Appl. 2013, 7, 234-240
35. Kristiansen, G. Methods Mol. Biol. 2010, 576, 31-38
36. Keller, A.; Nesvizhskii, A. I.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2002, 74, 5383-5392
37. Nesvizhskii, A. I.; Keller, A.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2003, 75, 4646-4658
38. Lemaire, R.; Wisztorski, M.; Desmons, A.; Tabet, J.; Day, R.; Salzet, M.; Fournier, I. Anal. Chem. 2006, 78, 7145-7153
39. Tomlins, S. A.; Rubin, M. A.; Chinnaiyan, A. M. Annu. Rev. Pathol. 2006, 1, 243-271
40. Buchman, V. L.; Hunter, H. J.; Pinon, L. G.; Thompson, J.; Privalova, E. M.; Ninkina, N. N.; Davies, A. M. J. Neurosci. 1998, 18, 9335-9341
41. Augustin, I.; Betz, A.; Herrmann, C.; Jo, T.; Brose, N. Biochem. J. 1999, 337, 363-371
42. Hozumi, Y.; Fukaya, M.; Adachi, N.; Saito, N.; Otani, K.; Kondo, H.; Watanabe, M.; Goto, K. Eur. J. Neurosci. 2008, 28, 2409-2422
43. Fujishige, K.; Kotera, J.; Omori, K. Eur. J. Biochem. 1999, 266, 1118-1127
44. Miller, I.; Crawford, J.; Gianazza, E. Proteomics 2006, 6, 5385-5408
45. Theodosis, D. T. Front. Neuroendocrinol. 2002, 23, 101-135
46. Wu, C.; Orozco, C.; Boyer, J.; Leglise, M.; Goodale, J.; Batalov, S.; Hodge, C. L.; Haase, J.; Janes, J.; Huss, J. W., 3rd; Su, A. I. Genome Biol. 2009, 10, R130
47. Liu, D.; Smith, D. J. Methods 2003, 31, 317-325
48. Petyuk, V. A.; Qian, W. J.; Chin, M. H.; Wang, H.; Livesay, E. A.; Monroe, M. E.; Adkins, J. N.; Jaitly, N.; Anderson, D. J.; Camp, D. G., 2nd; Smith, D. J.; Smith, R. D. Genome Res. 2007, 17, 328-336
49. Lemaire, R.; Desmons, A.; Tabet, J.; Day, R.; Salzet, M.; Fournier, I. J. Proteome Res. 2007, 6, 1295-1305
50. Seeley, E. H.; Caprioli, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 18126-18131
51. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999