Complementary iTRAQ proteomics and RNA-seq transcriptomics reveal multiple levels of regulation in response to nitrogen starvation in Synechocystis sp. PCC 6803

Molecular BioSystems

Volumn 9, Issue 10, 2013, Pages 2565-2574

  Huang, Siqiang ^a,b   Chen, Lei ^a,b   Te, Rigen ^a,b   Qiao, Jianjun ^a,b   Wang, Jiangxin ^a,b   Zhang, Weiwen ^a,b  

^a TIANJIN UNIVERSITY   (China)

^b BEIJING UNIVERSITY OF POSTS AND TELECOMMUNICATIONS   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

NITROGEN; PROTEOME; TRANSCRIPTOME;

ARTICLE; GENE EXPRESSION PROFILING; GENE EXPRESSION REGULATION; GENE REGULATORY NETWORK; GENETICS; GROWTH, DEVELOPMENT AND AGING; METABOLISM; MOLECULAR GENETICS; MUTATION; PROTEOMICS; REPRODUCIBILITY; SYNECHOCYSTIS;

GENE EXPRESSION PROFILING; GENE EXPRESSION REGULATION, BACTERIAL; GENE REGULATORY NETWORKS; MOLECULAR SEQUENCE ANNOTATION; MUTATION; NITROGEN; PROTEOME; PROTEOMICS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; SYNECHOCYSTIS; TRANSCRIPTOME;

EID: 84883386749     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3mb70188c     Document Type: Article

References (52)

1. R. Stanier G. Bazine Annu. Rev. Microbiol. 1977 31 225
2. D. P. Häder H. Kumar R. Smith R. Worrest J. Photochem. Photobiol., B 1998 46 53
3. Z. I. Johnson E. R. Zinser A. Coe N. P. McNulty E. M. S. Woodward S. W. Chisholm Science 2006 311 1737
4. T. Kaneko A. Tanaka S. Sato H. Kotani T. Sazuka N. Miyajima M. Sugiura S. Tabata DNA Res. 1995 2 153
5. T. Kaneko S. Sato H. Kotani A. Tanaka E. Asamizu Y. Nakamura N. Miyajima M. Hirosawa M. Sugiura S. Sasamoto DNA Res. 1996 3 109
6. K. Nitta Y. Kaneko K. Kojima H. Fukuzawa H. Kosaka H. Nakamoto Arch. Microbiol. 2004 182 487
7. S. Shcolnick T. C. Summerfield L. Reytman L. A. Sherman N. Keren Plant Physiol. 2009 150 2045
8. A. K. Singh T. Elvitigala M. Bhattacharyya-Pakrasi R. Aurora B. Ghosh H. B. Pakrasi Plant Physiol. 2008 148 467
9. K. M. Wegener A. K. Singh J. M. Jacobs T. Elvitigala E. A. Welsh N. Keren M. A. Gritsenko B. K. Ghosh D. G. Camp R. D. Smith Mol. Cell. Proteomics 2010 9 2678
10. V. Krasikov E. A. von Wobeser H. L. Dekker J. Huisman H. C. Matthijs Physiol. Plant. 2012 145 426
11. I. C. de Loura J. P. Dubacq J. C. Thomas The effects of nitrogen deficiency on pigments and lipids of cyanobacteria Plant Physiol. 1987 83 838
12. L. Rodolfi G. Chini Zittelli N. Bassi G. Padovani N. Biondi G. Bonini M. R. Tredici Biotechnol. Bioeng. 2008 102 100
13. T. Osanai S. Imamura M. Asayama M. Shirai I. Suzuki N. Murata K. Tanaka DNA Res. 2006 13 185
14. E. A. von Wobeser B. W. Ibelings J. Bok V. Krasikov J. Huisman H. C. Matthijs Plant Physiol. 2011 155 1445
15. L. Nie G. Wu W. Zhang Genetics 2006 174 2229
16. W. Zhang F. Li L. Nie Microbiology 2010 156 287
17. R. Olivares-Hernández R. Usaite J. Nielsen Biotechnol. Bioeng. 2010 107 865
18. S. Muraoka H. Kume S. Watanabe J. Adachi M. Kuwano M. Sato N. Kawasaki Y. Kodera M. Ishitobi H. Inaji Y. Miyamoto K. Kato T. Tomonaga J. Proteome Res. 2012 11 4201
19. A. L. Kroeker P. Ezzati A. J. Halayko K. M. Coombs J. Proteome Res. 2012 11 4132
20. C. Zhou K. L. Simpson L. J. Lancashire M. J. Walker M. J. Dawson R. D. Unwin A. Rembielak P. Price C. West C. Dive A. D. Whetton J. Proteome Res. 2012 11 2103
21. J. Qiao J. Wang L. Chen X. Tian S. Huang X. Ren W. Zhang J. Proteome Res. 2012 11 5286
22. X. Tian L. Chen J. Wang J. Qiao W. Zhang J. Proteomics 2013 78 326
23. J. Wang M. Sommerfeld Q. Hu Planta 2009 230 191
24. A. Lei H. Chen G. Shen Z. Hu L. Chen J. Wang Biotechnol. Biofuels 2012 5 18
25. J. Wang L. Chen S. Huang J. Liu X. Ren X. Tian J. Qiao W. Zhang Biotechnol. Biofuels 2012 5 1
26. B. Zhang S. Horvath A general framework for weighted gene co-expression network analysis Stat. Appl. Genet. Mol. Biol. 2005 4 1128
27. J. Wang G. Wu L. Chen W. Zhang BMC Genomics 2013 14 112
28. H. Bao C. Zhang Y. Ren J. Zhao Biochim. Biophys. Acta 2010 1797 339
29. H. L. Wang B. L. Postier R. L. Burnap BioTechniques 2002 33
30. H. Rismani-Yazdi B. Z. Haznedaroglu C. Hsin J. Peccia Biotechnol. Biofuels 2012 5 74
31. S. Anders W. Huber Genome Biol. 2010 11 R106
32. W. Zhang D. E. Culley L. Nie F. J. Brockman J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2006 33 784
33. S. Lin S. Haas T. Zemojtel P. Xiao M. Vingron R. Li Gene 2011 473 139
34. A. M. A. Muro-Pastor A. Herrero E. Flores J. Bacteriol. 2001 183 1090
35. T. Osanai Y. Kanesaki T. Nakano H. Takahashi M. Asayama M. Shirai M. Kanehisa I. Suzuki N. Murata K. Tanaka J. Biol. Chem. 2005 280 30653
36. T. Ideker V. Thorsson J. A. Ranish R. Christmas J. Buhler J. K. Eng R. Bumgarner D. R. Goodlett R. Aebersold L. Hood Science 2001 292 929
37. R. W. Corbin O. Paliy F. Yang J. Shabanowitz M. Platt C. E. Lyons K. Root J. McAuliffe M. I. Jordan S. Kustu Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 9232
38. L. Nie G. Wu D. E. Culley J. C. Scholten W. Zhang Crit. Rev. Biotechnol. 2007 27 63
39. J. Longworth J. Noirel J. Pandhal P. C. Wright S. Vaidyanathan J. Proteome Res. 2012 11 5959
40. H. Li A. K. Singh L. M. McIntyre L. A. Sherman J. Bacteriol. 2004 186 3331
41. M. Görl J. Sauer T. Baier K. Forchhammer Microbiology 1998 144 2449
42. J. Toepel J. E. McDermott T. C. Summerfield L. A. Sherman J. Physiol. 2010 45 610
43. J. Sauer U. Schreiber R. Schmid U. Völker K. Forchhammer Plant Physiol. 2001 126 233
44. A. Beyer J. Hollunder H. P. Nasheuer T. Wilhelm Mol. Cell. Proteomics 2004 3 1083
45. L. Nie G. Wu W. Zhang Biochem. Biophys. Res. Commun. 2006 339 603
46. R. Brockmann A. Beyer J. J. Heinisch T. Wilhelm PLoS Comput. Biol. 2007 3 e57
47. G. Wu L. Nie W. Zhang Curr. Microbiol. 2008 57 18
48. M. A. Chaussee A. V. Dmitriev E. A. Callegari M. S. Chaussee Arch. Microbiol. 2008 189 27
49. A. K. Schmid D. J. Reiss A. Kaur M. Pan N. King P. T. Van L. Hohmann D. B. Martin N. S. Baliga Genome Res. 2007 17 1399
50. N. R. Neves M. A. Oliva D. da Cruz Centeno A. C. Costa R. F. Ribas E. G. Pereira Sci. Total Environ. 2009 407 3740
51. M. J. C. Crabbe J. Integr. Plant Biol. 2010 52 698
52. A. K. Singh T. Elvitigala J. C. Cameron B. K. Ghosh M. Bhattacharyya-Pakrasi H. B. Pakrasi BMC Syst. Biol. 2010 4 105