Nanomechanics of HaloTag tethers

Journal of the American Chemical Society

Volumn 135, Issue 34, 2013, Pages 12762-12771

  Popa, Ionel ^a   Berkovich, Ronen ^a   Alegre Cebollada, Jorge ^a   Badilla, Carmen L ^a   Rivas Pardo, Jaime Andrés ^a   Taniguchi, Yukinori ^b   Kawakami, Masaru ^b   Fernandez, Julio M ^a  

^a Howard Hughes Medical Institute   (United States)

^b JAPAN ADVANCED INSTITUTE OF SCIENCE AND TECHNOLOGY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACTIVE SITE; APPLIED FORCES; DETACHMENT FORCES; GLASS SURFACES; LONG-TERM OBSERVATIONS; POLYPROTEINS; PULLING FORCE; THIOL CHEMISTRY;

ATOMIC FORCE MICROSCOPY; MECHANICAL PROPERTIES; TETHERLINES;

PROTEINS;

ALKANE; ALKYL CHLORIDE; HALOALKANE DEHYDROGENASE; OXIDOREDUCTASE; POLYPROTEIN; UNCLASSIFIED DRUG; HALOALKANE DEHALOGENASE; HYDROLASE;

AMINO TERMINAL SEQUENCE; ARTICLE; ATOMIC FORCE MICROSCOPY; CARBOXY TERMINAL SEQUENCE; CONTROLLED STUDY; COVALENT BOND; ENZYME ACTIVE SITE; FORCE; MOLECULAR MECHANICS; PROTEIN FOLDING; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; ISOLATION AND PURIFICATION; MECHANICS; METABOLISM; NANOTECHNOLOGY;

HYDROLASES; MECHANICAL PROCESSES; MICROSCOPY, ATOMIC FORCE; MODELS, MOLECULAR; NANOTECHNOLOGY; PROTEIN FOLDING;

EID: 84883273341     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja4056382     Document Type: Article

References (50)

1. Carrion-Vazquez, M.; Oberhauser, A. F.; Fisher, T. E.; Marszalek, P. E.; Li, H. B.; Fernandez, J. M. Prog. Biophys. Mol. Biol. 2000, 74, 63
2. Rief, M.; Gautel, M.; Oesterhelt, F.; Fernandez, J. M.; Gaub, H. E. Science 1997, 276, 1109
3. Clausen-Schaumann, H.; Seitz, M.; Krautbauer, R.; Gaub, H. E. Curr. Opin. Chem. Biol. 2000, 4, 524
4. Oesterhelt, F.; Oesterhelt, D.; Pfeiffer, M.; Engel, A.; Gaub, H. E.; Muller, D. J. Science 2000, 288, 143
5. Sandal, M.; Valle, F.; Tessari, I.; Mammi, S.; Bergantino, E.; Musiani, F.; Brucale, M.; Bubacco, L.; Samori, B. PLoS Biol. 2008, 6, 99
6. Benedetti, F.; Micheletti, C.; Bussi, G.; Sekatskii, S. K.; Dietler, G. Biophys. J. 2011, 101, 1504
7. Muller, D. J.; Dufrene, Y. F. Nat. Nanotechnol. 2008, 3, 261
8. Fisher, T. E.; Oberhauser, A. F.; Carrion-Vazquez, M.; Marszalek, P. E.; Fernandez, J. M. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 379
9. Ikai, A. Philos. Trans. R. Soc., B 2008, 363, 2163
10. Li, H. B.; Oberhauser, A. F.; Fowler, S. B.; Clarke, J.; Fernandez, J. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 6527
11. Garcia-Manyes, S.; Brujic, J.; Badilla, C. L.; Fernandez, J. M. Biophys. J. 2007, 93, 2436
12. Brujic, J.; Hermans, R. I. Z.; Garcia-Manyes, S.; Walther, K. A.; Fernandez, J. M. Biophys. J. 2007, 92, 2896
13. Los, G. V.; Encell, L. P.; McDougall, M. G.; Hartzell, D. D.; Karassina, N.; Zimprich, C.; Wood, M. G.; Learish, R.; Ohane, R. F.; Urh, M.; Simpson, D.; Mendez, J.; Zimmerman, K.; Otto, P.; Vidugiris, G.; Zhu, J.; Darzins, A.; Klaubert, D. H.; Bulleit, R. F.; Wood, K. V. ACS Chem. Biol. 2008, 3, 373
14. Motejadded, H.; Kranz, B.; Berensmeier, S.; Franzreb, M.; Altenbuchner, J. Appl. Biochem. Biotechnol. 2010, 162, 2098
15. Locatelli-Hoops, S.; Sheen, F. C.; Zoubak, L.; Gawrisch, K.; Yeliseev, A. A. Protein Expression Purif. 2013, 89, 62
16. Zhang, Y.; So, M. K.; Loening, A. M.; Yao, H. Q.; Gambhir, S. S.; Rao, J. H. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 4936
17. Neklesa, T. K.; Tae, H. S.; Schneekloth, A. R.; Stulberg, M. J.; Corson, T. W.; Sundberg, T. B.; Raina, K.; Holley, S. A.; Crews, C. M. Nat. Chem. Biol. 2011, 7, 538
18. Takemoto, K.; Matsuda, T.; McDougall, M.; Klaubert, D. H.; Hasegawa, A.; Los, G. V.; Wood, K. V.; Miyawaki, A.; Nagai, T. ACS Chem. Biol. 2011, 6, 401
19. So, M. K.; Yao, H. Q.; Rao, J. H. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2008, 374, 419
20. Taniguchi, Y.; Kawakami, M. Langmuir 2010, 26, 10433
21. Aubin-Tam, M. E.; Olivares, A. O.; Sauer, R. T.; Baker, T. A.; Lang, M. J. Cell 2011, 145, 257
22. Beyer, M. K. J. Chem. Phys. 2000, 112, 7307
23. Beyer, M. K.; Clausen-Schaumann, H. Chem. Rev. 2005, 105, 2921
24. Wang, T.; Arakawa, H.; Ikai, A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2001, 285, 9
25. Kufer, S. K.; Dietz, H.; Albrecht, C.; Blank, K.; Kardinal, A.; Rief, M.; Gaub, H. E. Eur. Biophys. J. Biophys. 2005, 35, 72
26. Zakeri, B.; Fierer, J. O.; Celik, E.; Chittock, E. C.; Schwarz-Linek, U.; Moy, V. T.; Howarth, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, E690
27. Grandbois, M.; Beyer, M.; Rief, M.; Clausen-Schaumann, H.; Gaub, H. E. Science 1999, 283, 1727
28. Popa, I.; Fernandez, J. M.; Garcia-Manyes, S. J. Biol. Chem. 2011, 286, 31072
29. MLCTBruker; Bruker AFM Probes: http://www.brukerafmprobes.com.
30. Carrion-Vazquez, M.; Li, H. B.; Lu, H.; Marszalek, P. E.; Oberhauser, A. F.; Fernandez, J. M. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 738
31. Mickler, M.; Dima, R. I.; Dietz, H.; Hyeon, C.; Thirumalai, D.; Rief, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 20268
32. Brockwell, D. J.; Paci, E.; Zinober, R. C.; Beddard, G. S.; Olmsted, P. D.; Smith, D. A.; Perham, R. N.; Radford, S. E. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 731
33. Marszalek, P. E.; Lu, H.; Li, H.; Carrion-Vazquez, M.; Oberhauser, A. F.; Schulten, K.; Fernandez, J. M. Nature 1999, 402, 100
34. Ainavarapu, R. K.; Brujic, J.; Huang, H. H.; Wiita, A. P.; Lu, H.; Li, L. W.; Walther, K. A.; Carrion-Vazquez, M.; Li, H. B.; Fernandez, J. M. Biophys. J. 2007, 92, 225
35. Sikora, M.; Sulkowska, J. I.; Cieplak, M. PLoS Comput. Biol. 2009, 5, e1000547
36. Lu, H.; Schulten, K. Biophys. J. 2000, 79, 51
37. Cossaro, A.; Mazzarello, R.; Rousseau, R.; Casalis, L.; Verdini, A.; Kohlmeyer, A.; Floreano, L.; Scandolo, S.; Morgante, A.; Klein, M. L.; Scoles, G. Science 2008, 321, 943
38. Frei, M.; Aradhya, S. V.; Hybertsen, M. S.; Venkataraman, L. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 4003
39. Zheng, P.; Li, H. B. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 6791
40. Matthiesen, J. E.; Jose, D.; Sorensen, C. M.; Klabunde, K. J. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 9376
41. Qi, Y. H.; Qin, J. Y.; Zhang, G. L.; Zhang, T. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 16418
42. Kruger, D.; Fuchs, H.; Rousseau, R.; Marx, D.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2002, 89, 186402
43. Sulkowska, J. I.; Cieplak, M. J. Phys.: Condens. Matter 2007, 19, 283201
44. Liu, R. C.; Garcia-Manyes, S.; Sarkar, A.; Badilla, C. L.; Fernandez, J. M. Biophys. J. 2009, 96, 3810
45. Wiita, A. P.; Perez-Jimenez, R.; Walther, K. A.; Grater, F.; Berne, B. J.; Holmgren, A.; Sanchez-Ruiz, J. M.; Fernandez, J. M. Nature 2007, 450, 124
46. Garcia-Manyes, S.; Kuo, T.-L.; Fernández, J. M. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 3104
47. Popa, I.; Kosuri, P.; Alegre-Cebollada, J.; Garcia-Manyes, S.; Fernandez, J. M. Nat. Protoc. 2013, 10.1038/nprot.2013.056
48. Garcia-Manyes, S.; Dougan, L.; Badilla, C. L.; Brujic, J.; Fernandez, J. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 10534
49. Kosuri, P.; Alegre-Cebollada, J.; Feng, J.; Kaplan, A.; InglEÌs-Prieto, A.; Badilla, C. L.; Stockwell, B. R.; Sanchez-Ruiz, J. M.; Holmgren, A.; Fernndez, J. M. Cell 2012, 151, 794
50. Min, W.; English, B. P.; Luo, G. B.; Cherayil, B. J.; Kou, S. C.; Xie, X. S. Acc. Chem. Res. 2005, 38, 923